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root/OpenMD/branches/development/forceFields/Amber.frc
(Generate patch)

Comparing trunk/forceFields/Amber.frc (file contents):
Revision 1270 by gezelter, Tue Jul 1 13:29:02 2008 UTC vs.
Revision 1278 by gezelter, Mon Jul 14 12:36:39 2008 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < // This is the forcefield file generated from amber99.prm
2 < //
3 < // The sections are divided into AtomTypes
4 < //
1 > begin Options
2 >      Name                   = "Amber"
3 > end Options
4  
6 –
5   begin BaseAtomTypes
6   //number                name            mass     (amu)
7   CT              12.01
# Line 51 | Line 49 | Cs+             132.910
49   K+              39.100
50   Rb+             85.470
51   Cs+             132.910
52 < Mg+             24.305
53 < Ca+             40.080
54 < Zn+             65.400
52 > Mg+2            24.305
53 > Ca+2            40.080
54 > Zn+2            65.400
55   Cl-             35.450
56   end BaseAtomTypes
57  
# Line 403 | Line 401 | ACE-O                   O
401   ACE-HA                  HC
402   ACE-C                   C
403   ACE-O                   O
404 < C-Term                  N
405 < C-Term                  H
406 < N-MeAmide               N
407 < N-MeAmide               H
408 < N-MeAmide               CT
409 < N-MeAmide               H1
404 > C-Term-N                N
405 > C-Term-H                H
406 > N-MeAmide-N             N
407 > N-MeAmide-H             H
408 > N-MeAmide-C             CT
409 > N-MeAmide-H1            H1
410   NGLY-N                  N3
411   NGLY-CA                 CT
412   NGLY-C                  C
# Line 937 | Line 935 | DT-H6                   H4
935   DT-C7                   CT
936   DT-H7                   HC
937   DT-H6                   H4
938 < R-Phosphodiester        P
939 < R-Phosphodiester        O2
938 > R-Phosphodiester-P      P
939 > R-Phosphodiester-O      O2
940   R5H-O5'                 OH
941   R5H-H5T                 HO
942   R5P-O5'                 OS
# Line 949 | Line 947 | R3P-OP                  O2
947   R3P-O3'                 OS
948   R3P-P                   P
949   R3P-OP                  O2
950 < D-Phosphodiester        P
951 < D-Phosphodiester        O2
950 > D-Phosphodiester-P      P
951 > D-Phosphodiester-O      O2
952   D5H-O5'                 OH
953   D5H-H5T                 HO
954   D5P-O5'                 OS
# Line 961 | Line 959 | D3P-OP                  O2
959   D3P-O3'                 OS
960   D3P-P                   P
961   D3P-OP                  O2
962 < TIP3P                   OW
963 < TIP3P                   HW
966 < Li+                     Li+
967 < Na+                     Na+
968 < K+                      K+
969 < Rb+                     Rb+
970 < Cs+                     Cs+
971 < Mg+2                    Mg+
972 < Ca+2                    Ca+
973 < Zn+2                    Zn+
974 < Cl-                     Cl-
962 > TIP3P-O                 OW
963 > TIP3P-H                 HW
964   end AtomTypes
965  
966  
# Line 1320 | Line 1309 | ACE-O                   -0.5679
1309   ACE-HA                  0.1123
1310   ACE-C                   0.5972
1311   ACE-O                   -0.5679
1312 < C-Term                  -0.8400
1313 < C-Term                  0.4200
1314 < N-MeAmide               -0.4157
1315 < N-MeAmide               0.2719
1316 < N-MeAmide               -0.1490
1317 < N-MeAmide               0.0976
1312 > C-Term-N                -0.8400
1313 > C-Term-H                 0.4200
1314 > N-MeAmide-N             -0.4157
1315 > N-MeAmide-H             0.2719
1316 > N-MeAmide-C             -0.1490
1317 > N-MeAmide-H1            0.0976
1318   NGLY-N                  0.2943
1319   NGLY-CA                 -0.0100
1320   NGLY-C                  0.6163
# Line 1854 | Line 1843 | DT-H6                   0.2607
1843   DT-C7                   -0.2269
1844   DT-H7                   0.0770
1845   DT-H6                   0.2607
1846 < R-Phosphodiester        1.1662
1847 < R-Phosphodiester        -0.7760
1846 > R-Phosphodiester-P      1.1662
1847 > R-Phosphodiester-O      -0.7760
1848   R5H-O5'                 -0.6223
1849   R5H-H5T                 0.4295
1850   R5P-O5'                 -0.6328
# Line 1866 | Line 1855 | R3P-OP                  -0.8200
1855   R3P-O3'                 -0.6565
1856   R3P-P                   0.9000
1857   R3P-OP                  -0.8200
1858 < D-Phosphodiester        1.1659
1859 < D-Phosphodiester        -0.7761
1858 > D-Phosphodiester-P      1.1659
1859 > D-Phosphodiester-O      -0.7761
1860   D5H-O5'                 -0.6318
1861   D5H-H5T                 0.4422
1862   D5P-O5'                 -0.6296
# Line 1878 | Line 1867 | D3P-OP                  -0.8200
1867   D3P-O3'                 -0.6553
1868   D3P-P                   0.9000
1869   D3P-OP                  -0.8200
1870 < TIP3P                   -0.834
1871 < TIP3P                   0.417
1870 > TIP3P-O                -0.834
1871 > TIP3P-H                 0.417
1872   Li+                     1.000
1873   Na+                     1.000
1874   K+                      1.000
# Line 1940 | Line 1929 | Cs+            0.000081        6.049202
1929   K+              0.000328        4.736018
1930   Rb+             0.000170        5.266993
1931   Cs+             0.000081        6.049202
1932 < Mg+             0.894700        1.412253
1933 < Ca+             0.459789        3.052397
1934 < Zn+             0.012500        1.959977
1932 > Mg+2            0.894700        1.412253
1933 > Ca+2            0.459789        3.052397
1934 > Zn+2            0.012500        1.959977
1935   Cl-             0.100000        4.401040
1936   end LennardJonesAtomTypes
1937  
# Line 2031 | Line 2020 | HW      HW      Harmonic        1.513600        553.00
2020   S       S       Harmonic        2.038000        166.000000
2021   SH      HS      Harmonic        1.336000        274.000000
2022   HW      HW      Harmonic        1.513600        553.000000
2023 < end BondType
2023 > end BondTypes
2024  
2025  
2026   begin BendTypes
# Line 2566 | Line 2555 | end TorsionTypes
2555   end TorsionTypes
2556  
2557  
2558 < begin Improper TorsionTypes
2559 < CT      N       C       O       10.500000       2       180.000000
2560 < CM      NA      C       O       10.500000       2       180.000000
2561 < CB      NA      C       O       10.500000       2       180.000000
2562 < N*      NA      C       O       10.500000       2       180.000000
2563 < CT      O2      C       O2      10.500000       2       180.000000
2564 < CA      CA      CA      CT      1.100000        2       180.000000
2565 < CA      CA      CA      OH      1.100000        2       180.000000
2566 < CA      CA      CA      HA      1.100000        2       180.000000
2567 < CN      CA      CA      HA      1.100000        2       180.000000
2568 < NC      CM      CA      N2      1.100000        2       180.000000
2569 < CA      CB      CA      HA      1.100000        2       180.000000
2570 < CB      NC      CA      N2      1.100000        2       180.000000
2571 < NA      NC      CA      N2      1.100000        2       180.000000
2572 < N2      N2      CA      N2      10.500000       2       180.000000
2573 < CM      CA      CM      HA      1.100000        2       180.000000
2574 < C       CM      CM      CT      1.100000        2       180.000000
2575 < C       CM      CM      HA      1.100000        2       180.000000
2576 < N*      CM      CM      H4      1.100000        2       180.000000
2577 < NA      CV      CC      CT      1.100000        2       180.000000
2578 < NA      CW      CC      CT      1.100000        2       180.000000
2579 < NB      CW      CC      CT      1.100000        2       180.000000
2580 < CC      NB      CV      H4      1.100000        2       180.000000
2581 < CC      NA      CW      H4      1.100000        2       180.000000
2582 < C*      NA      CW      H4      1.100000        2       180.000000
2583 < NA      NA      CR      H5      1.100000        2       180.000000
2584 < NB      NA      CR      H5      1.100000        2       180.000000
2585 < NA      NB      CR      H5      1.100000        2       180.000000
2586 < CW      CB      C*      CT      1.100000        2       180.000000
2587 < NB      N*      CK      H5      1.100000        2       180.000000
2588 < NC      NC      CQ      H5      1.100000        2       180.000000
2589 < C       CT      N       CT      1.000000        2       180.000000
2590 < C       CT      N       H       1.000000        2       180.000000
2591 < C       H       N       H       1.000000        2       180.000000
2592 < C       C       NA      H       1.000000        2       180.000000
2593 < C       CA      NA      H       1.000000        2       180.000000
2594 < CR      CW      NA      H       1.000000        2       180.000000
2595 < CC      CR      NA      H       1.000000        2       180.000000
2596 < CW      CN      NA      H       1.000000        2       180.000000
2597 < CM      C       N*      CT      1.000000        2       180.000000
2598 < CK      CB      N*      CT      1.000000        2       180.000000
2599 < CT      CA      N2      H       1.000000        2       180.000000
2600 < CA      H       N2      H       1.000000        2       180.000000
2601 < end Improper TorsionTypes
2558 > begin InversionTypes
2559 > CT      N       C       O       ImproperCosine  10.500000       2       180.000000
2560 > CM      NA      C       O       ImproperCosine  10.500000       2       180.000000
2561 > CB      NA      C       O       ImproperCosine  10.500000       2       180.000000
2562 > N*      NA      C       O       ImproperCosine  10.500000       2       180.000000
2563 > CT      O2      C       O2      ImproperCosine  10.500000       2       180.000000
2564 > CA      CA      CA      CT      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2565 > CA      CA      CA      OH      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2566 > CA      CA      CA      HA      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2567 > CN      CA      CA      HA      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2568 > NC      CM      CA      N2      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2569 > CA      CB      CA      HA      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2570 > CB      NC      CA      N2      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2571 > NA      NC      CA      N2      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2572 > N2      N2      CA      N2      ImproperCosine  10.500000       2       180.000000
2573 > CM      CA      CM      HA      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2574 > C       CM      CM      CT      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2575 > C       CM      CM      HA      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2576 > N*      CM      CM      H4      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2577 > NA      CV      CC      CT      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2578 > NA      CW      CC      CT      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2579 > NB      CW      CC      CT      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2580 > CC      NB      CV      H4      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2581 > CC      NA      CW      H4      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2582 > C*      NA      CW      H4      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2583 > NA      NA      CR      H5      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2584 > NB      NA      CR      H5      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2585 > NA      NB      CR      H5      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2586 > CW      CB      C*      CT      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2587 > NB      N*      CK      H5      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2588 > NC      NC      CQ      H5      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2589 > C       CT      N       CT      ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2590 > C       CT      N       H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2591 > C       H       N       H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2592 > C       C       NA      H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2593 > C       CA      NA      H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2594 > CR      CW      NA      H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2595 > CC      CR      NA      H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2596 > CW      CN      NA      H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2597 > CM      C       N*      CT      ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2598 > CK      CB      N*      CT      ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2599 > CT      CA      N2      H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2600 > CA      H       N2      H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2601 > end InversionTypes
2602  

Diff Legend

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+ Added lines
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> Changed lines