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root/OpenMD/branches/development/forceFields/MnM.frc
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Comparing trunk/forceFields/MnM.frc (file contents):
Revision 1255 by chuckv, Mon Jun 9 15:10:56 2008 UTC vs.
Revision 1256 by kfletche, Tue Jun 10 16:34:36 2008 UTC

# Line 204 | Line 204 | CH         CH  Harmonic                1.526           260
204   CH2         CH2 Harmonic                1.526           260
205   CH2         CH  Harmonic                1.526           260
206   CH          CH  Harmonic                1.526           260
207 + // fix the Kb for the thiol below:
208   S       CH2 Harmonic        1.82        260
209  
210   //Atom1 Atom2   Cubic           b0      K3      K2      K1      K0
# Line 267 | Line 268 | begin TorsionTypes
268   end BendTypes
269  
270   begin TorsionTypes
271 +
272 + // All thiol torsions from Kautman and Klein (J. Phys. Chem. 1989, 91, 4994-5001)
273 +
274 + S       CH2     CH2     CH3     Polynomial      0       2.218   1       2.905   2       -3.136  3       -0.7313 4       6.272   5       -7.528
275 + S       CH2     CH2     CH2     Polynomial      0       2.218   1       2.905   2       -3.136  3       -0.7313 4       6.272   5       -7.528
276 + S       CH2     CH2     CH      Polynomial      0       2.218   1       2.905   2       -3.136  3       -0.7313 4       6.272   5       -7.528
277 + S       CH2     CH2     C       Polynomial      0       2.218   1       2.905   2       -3.136  3       -0.7313 4       6.272   5       -7.528
278 +
279 + // All type 1 possibilities from Dubbeldam et al. (J. Phys. Chem. B 2004, 108, 12301-12313)
280 +
281 + CH3     CH2     CH2     CH3     Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
282 + CH3     CH2     CH2     CH2     Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
283 + CH3     CH2     CH2     CH      Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
284 + CH3     CH2     CH2     C       Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
285 + CH2     CH2     CH2     CH2     Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
286 + CH2     CH2     CH2     CH      Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
287 + CH2     CH2     CH2     C       Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
288 + CH      CH2     CH2     CH      Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
289 + CH      CH2     CH2     C       Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
290 + C       CH2     CH2     C       Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
291 +
292 + // All type 2 possibilities:
293 +
294 + H       CH      CH2     CH3     Polynomial      0       2.7167  1       8.665   2       0.82669 3       -12.92  4       -1.653  5       3.2712
295 + H       CH      CH2     CH2     Polynomial      0       2.7161  1       8.665   2       0.82669 3       -12.92  4       -1.653  5       3.2712
296 + H       CH      CH2     CH      Polynomial      0       2.7161  1       8.665   2       0.82669 3       -12.92  4       -1.653  5       3.2712
297 + H       CH      CH2     C       Polynomial      0       2.7161  1       8.665   2       0.82669 3       -12.92  4       -1.653  5       3.2712
298  
299 + // All type 3 possibilities:
300 +
301 + CH3     C       CH2     CH3     Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
302 + CH3     C       CH2     CH2     Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
303 + CH3     C       CH2     CH      Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
304 + CH3     C       CH2     C       Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
305 + CH2     C       CH2     CH2     Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
306 + CH2     C       CH2     CH      Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
307 + CH2     C       CH2     C       Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
308 + CH      C       CH2     CH      Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
309 + CH      C       CH2     C       Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
310 + C       C       CH2     C       Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
311 +
312 + // All type 4 possibilities:
313 +
314 + CH3     C       C       CH3     Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
315 + CH3     C       C       CH2     Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
316 + CH3     C       C       CH      Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
317 + CH3     C       C       C       Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
318 + CH2     C       C       CH2     Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
319 + CH2     C       C       CH      Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
320 + CH2     C       C       C       Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
321 + CH      C       C       CH      Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
322 + CH      C       C       C       Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
323 + C       C       C       C       Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
324 +
325 + //All type 5 possibilities:
326 +
327 + CH3     C       CH      H       Polynomial      0       3.1301  1       9.390   2       0       3       -12.52  4       0       5       0
328 + CH2     C       CH      H       Polynomial      0       3.1301  1       9.390   2       0       3       -12.52  4       0       5       0
329 + CH      C       CH      H       Polynomial      0       3.1301  1       9.390   2       0       3       -12.52  4       0       5       0
330 + C       C       CH      H       Polynomial      0       3.1301  1       9.390   2       0       3       -12.52  4       0       5       0
331 +
332 + //All type 6 possibilities:
333 +
334 + H       CH      CH      H       Polynomial      0       2.1706  1       5.609   2       -1.804  3       -5.976  4       3.6089  5       -3.6089
335 +
336   //Cubic
337   //Atom1 Atom2   Atom3   Atom4   Cubic           k3              k2              k1              k0  ( all are kcal/mol )
338   //V_Cubic = k3(cos phi)^3 + k2(cos phi)^2 + k1(cos phi) + k0
339   //Cubic Examples
340 < CH3     CH2     CH2     CH3     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
341 < CH3     CH2     CH      CH3     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
342 < CH3     CH      CH      CH3     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
343 < CH3     CH2     CH2     CH2     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
344 < CH3     CH2     CH      CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
345 < CH3     CH      CH2     CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
346 < CH3     CH      CH      CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
347 < CH3     CH2     CH2     CH      Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
348 < CH3     CH2     CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
349 < CH3     CH      CH2     CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
350 < CH3     CH      CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
351 < CH2     CH2     CH2     CH2     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
352 < CH2     CH2     CH      CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
353 < CH2     CH      CH      CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
354 < CH2     CH2     CH2     CH      Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
355 < CH2     CH2     CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
356 < CH2     CH      CH2     CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
357 < CH2     CH      CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
358 < CH      CH2     CH2     CH      Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
359 < CH      CH2     CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
360 < CH      CH      CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
361 < S   CH2 CH2 CH2   Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
340 > //CH3   CH2     CH2     CH3     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
341 > //CH3   CH2     CH      CH3     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
342 > //CH3   CH      CH      CH3     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
343 > //CH3   CH2     CH2     CH2     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
344 > //CH3   CH2     CH      CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
345 > //CH3   CH      CH2     CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
346 > //CH3   CH      CH      CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
347 > //CH3   CH2     CH2     CH      Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
348 > //CH3   CH2     CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
349 > //CH3   CH      CH2     CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
350 > //CH3   CH      CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
351 > //CH2   CH2     CH2     CH2     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
352 > //CH2   CH2     CH      CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
353 > //CH2   CH      CH      CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
354 > //CH2   CH2     CH2     CH      Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
355 > //CH2   CH2     CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
356 > //CH2   CH      CH2     CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
357 > //CH2   CH      CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
358 > //CH    CH2     CH2     CH      Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
359 > //CH    CH2     CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
360 > //CH    CH      CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
361 > //S   CH2 CH2 CH2   Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
362  
363   //Charmm
364   //Atom1 Atom2   Atom3   Atom4   Charmm          Kchi            n               delta           [Kchi           n               delta]

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