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root/OpenMD/branches/development/forceFields/MnM.frc
(Generate patch)

Comparing trunk/forceFields/MnM.frc (file contents):
Revision 1258 by gezelter, Wed Jun 11 19:03:39 2008 UTC vs.
Revision 1259 by chuckv, Mon Jun 16 19:53:53 2008 UTC

# Line 27 | Line 27 | SYZ     32.0655
27   // sulfone
28   SYZ     32.0655
29   // O in sulfone
30 < OY
30 > //OY
31   // thiol S
32   SH      32.0655
33   //Thiol H
34   HS      1.0079
35 + //Thiol S
36 + S      32.0655
37   // Sulfoxide
38   SZ  32.0655
39   // Sulfur in disulfide
# Line 113 | Line 115 | SP          0.3576          3.60
115   SH          0.4610          3.62
116   SS          0.3279          3.72
117   SP          0.3576          3.60
118 + // ---- End From TraPPE-UA
119   end LennardJonesAtomTypes
120  
121   begin SCAtomTypes
# Line 238 | Line 241 | CH         CH  Harmonic                1.526           260
241   CH2         CH  Harmonic                1.526           260
242   CH          CH  Harmonic                1.526           260
243   // fix the Kb for the thiol below:
244 < S       CH2 Harmonic        1.82        281
244 > S           CH2 Harmonic                1.82            281
245 > SH          CH2 Harmonic                1.82            281  
246  
247   //Atom1 Atom2   Cubic           b0      K3      K2      K1      K0
248   //V_Cubic = K3(b - b0)^3 + K2(b - b0)^2 + K1(b - b0) + K0
# Line 263 | Line 267 | begin BendTypes
267   //Theta0: degrees
268   //Harmonic examples
269   //
270 < CH3     CH2     CH3     Harmonic        114.0   117.68
271 < CH3     CH2     CH2     Harmonic        114.0   117.68
272 < CH3     CH2     CH      Harmonic        114.0   117.68
273 < CH3     CH      CH3     Harmonic        112.0   117.68
274 < CH3     CH      CH2     Harmonic        112.0   117.68
275 < CH3     CH      CH      Harmonic        112.0   117.68
276 < CH2     CH2     CH2     Harmonic        114.0   117.68
277 < CH2     CH2     CH      Harmonic        114.0   117.68
270 > //CH3   CH2     CH3     Harmonic        114.0   117.68
271 > //CH3   CH2     CH2     Harmonic        114.0   117.68
272 > //CH3   CH2     CH      Harmonic        114.0   117.68
273 > //CH3   CH      CH3     Harmonic        112.0   117.68
274 > //CH3   CH      CH2     Harmonic        112.0   117.68
275 > //CH3   CH      CH      Harmonic        112.0   117.68
276 > //CH2   CH2     CH2     Harmonic        114.0   117.68
277 > //CH2   CH2     CH      Harmonic        114.0   117.68
278   CH2     CH      CH2     Harmonic        112.0   117.68
279   CH2     CH      CH      Harmonic        112.0   117.68
280 < CH      CH2     CH      Harmonic        114.0   117.68
280 > //CH    CH2     CH      Harmonic        114.0   117.68
281   CH      CH      CH      Harmonic        112.0   117.68
282 < S   CH2 CH2 Harmonic    114.0   117.68
282 >
283 > //From Lubna et al.JPCB 109, 24100 (2005) TraPPE
284 > CH3     CH2     SH      Harmonic        96.0     67.220
285 > CH2     CH2     SH      Harmonic        96.0     67.220
286 > CH2     CH2     S       Harmonic        114.0    124.19
287 > CH3     CH2     S       Harmonic        114.0    124.19
288 > CH3     CH2     CH3     Harmonic        114.0    124.19
289 > CH3     CH2     CH2     Harmonic        114.0    124.19
290 > CH2     CH2     CH2     Harmonic        114.0    124.19
291 > CH3     CH2     CH      Harmonic        114.0    124.19
292 >
293  
294  
295   //UreyBradley
# Line 370 | Line 384 | begin TorsionTypes
384   //Atom1 Atom2   Atom3   Atom4   Cubic           k3              k2              k1              k0  ( all are kcal/mol )
385   //V_Cubic = k3(cos phi)^3 + k2(cos phi)^2 + k1(cos phi) + k0
386   //Cubic Examples
387 < CH3     CH2     CH2     CH3     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
387 > //CH3   CH2     CH2     CH3     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
388   CH3     CH2     CH      CH3     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
389   CH3     CH      CH      CH3     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
390 < CH3     CH2     CH2     CH2     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
390 > //CH3   CH2     CH2     CH2     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
391   CH3     CH2     CH      CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
392   CH3     CH      CH2     CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
393   CH3     CH      CH      CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
394 < CH3     CH2     CH2     CH      Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
394 > //CH3   CH2     CH2     CH      Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
395   CH3     CH2     CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
396   CH3     CH      CH2     CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
397   CH3     CH      CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
398 < CH2     CH2     CH2     CH2     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
398 > //CH2   CH2     CH2     CH2     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
399   CH2     CH2     CH      CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
400   CH2     CH      CH      CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
401   CH2     CH2     CH2     CH      Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
# Line 391 | Line 405 | CH     CH      CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
405   CH      CH2     CH2     CH      Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
406   CH      CH2     CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
407   CH      CH      CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
408 < S   CH2 CH2 CH2   Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
408 > //S   CH2 CH2 CH2   Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
409  
410   //Opls
411   //Atom1 Atom2   Atom3   Atom4   Opls    v1      v2      v3
412   //V_Opls = v1 / 2 * [1 + cos(phi)] + v2 / 2 * [1 - cos(2*phi)] + v3 / 2 * [1 + cos(3*phi)]
413   //units for v_n: kcal / mol
414  
415 +
416   //Trappe
417   //Atom1 Atom2   Atom3   Atom4   Trappe  c0      c1      c2      c3
418   //V_Opls = c0 + c1 * [1 + cos(phi)] + c2 * [1 - cos(2*phi)] + c3 * [1 + cos(3*phi)]
419   //units for c_n: kcal / mol
420  
421 + //From Martin et al. JPCB 120, 2569 (1998)
422 + CH3     CH2    CH2     CH3      Trappe    0.0         0.70544  -0.13549   1.5723
423 + CH3     CH2    CH2     CH2      Trappe    0.0         0.70544  -0.13549   1.5723  
424 + CH3     CH2    CH2     CH       Trappe    0.0         0.70544  -0.13549   1.5723  
425 + CH2     CH2    CH2     CH2      Trappe    0.0         0.70544  -0.13549   1.5723  
426 +
427 +
428 + //From Lubna et al.JPCB 109, 24100 (2005)
429 + CH3     CH2     CH2     SH      Trappe    0.10507    -0.10342   0.036680  0.60874    
430 + CH2     CH2     CH2     SH      Trappe    0.10507    -0.10342   0.036680  0.60874
431 + CH3     CH2     S       CH2     Trappe    0.0         0.73041  -0.53685   1.1557
432 + CH2     CH2     S       CH2     Trappe    0.0         0.73041  -0.53685   1.1557
433 + CH      CH2     S       CH2     Trappe    0.0         0.73041  -0.53685   1.1557
434 + CH2     S       S       CH2     Trappe    3.5049      0.79083  -4.3348    1.003932
435 + CH3     S       S       CH3     Trappe    3.5049      0.79083  -4.3348    1.003932
436 + CH3     CH2     CH      S       Trappe   -0.49886     0.85189  -0.22225   0.87680
437 + CH3     CH2     CH      S       Trappe   -0.49886     0.85189  -0.22225   0.87680
438 + CH2     CH2     CH      S       Trappe   -0.49886     0.85189  -0.22225   0.87680
439 + CH      CH2     CH      S       Trappe   -0.49886     0.85189  -0.22225   0.87680
440 + CH3     CH2     C       S       Trappe    0.0         0.0       0.0       0.91658
441 + CH2     CH2     C       S       Trappe    0.0         0.0       0.0       0.91658
442 + CH      CH2     C       S       Trappe    0.0         0.0       0.0       0.91658
443 + CH3     CG      S       H       Trappe    0.0         0.0       0.0       0.79480
444 +
445   //Charmm
446   //Atom1 Atom2   Atom3   Atom4   Charmm          Kchi            n               delta           [Kchi           n               delta]
447   //V_Charmm =  Kchi(1 + cos(n(chi) - delta))
# Line 419 | Line 458 | S   CH2 CH2 CH2   Cubic           5.9602          -0.2
458   //Atom1 Atom2   Atom3   Atom4   Polynomial      i       Ki      [j      Kj]
459   //VPolynomial = Ki (cos phi)^i + ... + Kj (cos phi)^j
460  
461 +
462   end TorsionTypes
463  
464  

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines