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root/OpenMD/branches/development/forceFields/MnM.frc
(Generate patch)

Comparing trunk/forceFields/MnM.frc (file contents):
Revision 1273 by chuckv, Tue Jul 1 18:30:17 2008 UTC vs.
Revision 1276 by chuckv, Mon Jul 7 19:10:55 2008 UTC

# Line 16 | Line 16 | CH             13.02
16   CH3             15.04          
17   CH2             14.03          
18   CH              13.02
19 + // Aromatic CH as in benzene
20 + CHar             13.02
21 + //
22 + RCHar           12.0107
23   // CH3 (sp3) thiol/sulfide/disulfide
24   CH3S    15.04
25   // CH2 (sp3) thiol/sulfide/disulfide
# Line 45 | Line 49 | SAu  228.9807
49   // Sulfur attached to gold
50   SAu  228.9807
51  
52 +
53   //Water
54   SSD             18.0153        
55   SSD1            18.0153
# Line 111 | Line 116 | CHS         0.0987          4.68
116   CH3S            0.1947          3.75
117   CH2S            0.09140         3.95
118   CHS         0.0987          4.68
119 < S           0.3954          3.58
119 > // From CPC 177 2007 S-S distance on gold surfaces is 4.45
120 > S           0.3954          4.45
121   SH          0.4610          3.62
122   SS          0.3279          3.72
123   SP          0.3576          3.60
124 + //From TraPPE-UA JPCB 104, 8008
125 + CHar         0.1003          3.695
126 + RCHar       0.04173         3.88
127   // ---- End From TraPPE-UA
128 +
129   end LennardJonesAtomTypes
130  
131   begin SCAtomTypes
# Line 149 | Line 159 | Au CH2 LennardJones 3.54 0.1749
159   // sigma epsilon
160   Au CH3 LennardJones 3.54 0.2146
161   Au CH2 LennardJones 3.54 0.1749
162 < //Au SH   LennardJones   4.45 9.180
163 < Au S   LennardJones   4.45 9.180
162 > //Au SH   LennardJones   2.40 8.465
163 > Au S   LennardJones    2.40 8.465
164  
165   //Shifted Morse
166   // r0 D0 beta0
# Line 292 | Line 302 | CH3     CH2     CH      Harmonic        114.0    124.1
302   CH3     CH2     CH      Harmonic        114.0    124.19
303  
304  
295 –
305   //UreyBradley
306   //Atom1 Atom2   Atom3   UreyBradley             Theta0  Ktheta  S0      Kub
307   //V_UreyBradleyBend = Ktheta(Theta - Theta0)^2 +  Kub(S - S0)^2
# Line 445 | Line 454 | CH3     CG      S       H      Trappe    0.0         0.0    
454   CH2     CH2     C       S       Trappe    0.0         0.0       0.0       0.91658
455   CH      CH2     C       S       Trappe    0.0         0.0       0.0       0.91658
456   CH3     CG      S       H       Trappe    0.0         0.0       0.0       0.79480
457 + //From TraPPE-UA JPCB 104, 8008
458  
459   //Charmm
460   //Atom1 Atom2   Atom3   Atom4   Charmm          Kchi            n               delta           [Kchi           n               delta]

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines