ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/OpenMD/branches/development/forceFields/MnM.frc
(Generate patch)

Comparing trunk/forceFields/MnM.frc (file contents):
Revision 1256 by kfletche, Tue Jun 10 16:34:36 2008 UTC vs.
Revision 1257 by chuckv, Wed Jun 11 16:49:56 2008 UTC

# Line 9 | Line 9 | end Options
9            MetallicEnergyUnitScaling   23.0605423
10   end Options
11  
12 +
13   begin AtomTypes    
14   //Name          mass     (amu)
15   CH4             16.05          
16   CH3             15.04          
17   CH2             14.03          
18   CH              13.02
19 < thCH3           15.04
20 < thCH2           14.03
21 < //thS           32.0655
19 > // CH3 (sp3) thiol/sulfide/disulfide
20 > CH3S    15.04
21 > // CH2 (sp3) thiol/sulfide/disulfide
22 > CH2S    14.03
23 > //CH (sp3) all other/thiol
24 > CHS     13.02
25 > //C (sp3) all other/thiol
26 > CS      12.0107
27 > // sulfone
28 > SYZ     32.0655
29 > // O in sulfone
30 > OY
31 > // thiol S
32 > SH      32.0655
33 > //Thiol H
34 > HS      1.0079
35 > // Sulfoxide
36 > SZ  32.0655
37 > // Sulfur in disulfide
38 > SS  32.0655
39 > // Sulfur in aromatic (thiophene)
40 > SP  32.0655
41 > // sp2 carbon in thiophene
42 > CS   12.0107
43 > // Sulfur attached to gold
44 > SAu  228.9807
45 >
46 > //Water
47   SSD             18.0153        
48   SSD1            18.0153
49   SSD_E           18.0153
# Line 38 | Line 64 | EP_TIP5P       0.0
64   EP_TIP4P        0.0
65   EP_TIP4P-Ew     0.0
66   EP_TIP5P        0.0
67 +
68 + //Standard Atoms
69   C               12.0107
70   S       32.0655
71   Ni      58.710
# Line 72 | Line 100 | O_SPC          0.15532         3.16549
100   O_TIP5P-E       0.178           3.097  
101   O_SPCE          0.15532         3.16549
102   O_SPC           0.15532         3.16549
103 < CH4             0.279           3.73
104 < //CH3           0.185           3.75
105 < //CH2           0.0866          3.95
106 < CH              0.0189          4.68
107 < C               0.101745452544  3.35
108 < CH3           0.2146          3.76
109 < CH2           0.1127          3.96
110 < S             0.2504          4.45
103 > // From TraPPE-UA JPCB, 109, 24100 and JCPB 102,2569
104 > CH4             0.2941          3.73
105 > CH3             0.1947          3.75
106 > CH2             0.09140         3.95
107 > CH              0.0987          4.68
108 > CS              0.0009935           6.40
109 > CH3S            0.1947          3.75
110 > CH2S            0.09140         3.95
111 > CHS         0.0987          4.68
112 > S           0.3954          3.58
113 > SH          0.4610          3.62
114 > SS          0.3279          3.72
115 > SP          0.3576          3.60
116   end LennardJonesAtomTypes
117  
118   begin SCAtomTypes
# Line 205 | Line 238 | CH         CH  Harmonic                1.526           260
238   CH2         CH  Harmonic                1.526           260
239   CH          CH  Harmonic                1.526           260
240   // fix the Kb for the thiol below:
241 < S       CH2 Harmonic        1.82        260
241 > S       CH2 Harmonic        1.82        281
242  
243   //Atom1 Atom2   Cubic           b0      K3      K2      K1      K0
244   //V_Cubic = K3(b - b0)^3 + K2(b - b0)^2 + K1(b - b0) + K0
# Line 271 | Line 304 | begin TorsionTypes
304  
305   // All thiol torsions from Kautman and Klein (J. Phys. Chem. 1989, 91, 4994-5001)
306  
307 < S       CH2     CH2     CH3     Polynomial      0       2.218   1       2.905   2       -3.136  3       -0.7313 4       6.272   5       -7.528
308 < S       CH2     CH2     CH2     Polynomial      0       2.218   1       2.905   2       -3.136  3       -0.7313 4       6.272   5       -7.528
309 < S       CH2     CH2     CH      Polynomial      0       2.218   1       2.905   2       -3.136  3       -0.7313 4       6.272   5       -7.528
310 < S       CH2     CH2     C       Polynomial      0       2.218   1       2.905   2       -3.136  3       -0.7313 4       6.272   5       -7.528
307 > //S     CH2     CH2     CH3     Polynomial      0       2.218   1       2.905   2       -3.136  3       -0.7313 4       6.272   5       -7.528
308 > //S     CH2     CH2     CH2     Polynomial      0       2.218   1       2.905   2       -3.136  3       -0.7313 4       6.272   5       -7.528
309 > //S     CH2     CH2     CH      Polynomial      0       2.218   1       2.905   2       -3.136  3       -0.7313 4       6.272   5       -7.528
310 > //S     CH2     CH2     C       Polynomial      0       2.218   1       2.905   2       -3.136  3       -0.7313 4       6.272   5       -7.528
311  
312   // All type 1 possibilities from Dubbeldam et al. (J. Phys. Chem. B 2004, 108, 12301-12313)
313  
314 < CH3     CH2     CH2     CH3     Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
315 < CH3     CH2     CH2     CH2     Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
316 < CH3     CH2     CH2     CH      Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
317 < CH3     CH2     CH2     C       Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
318 < CH2     CH2     CH2     CH2     Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
319 < CH2     CH2     CH2     CH      Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
320 < CH2     CH2     CH2     C       Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
321 < CH      CH2     CH2     CH      Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
322 < CH      CH2     CH2     C       Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
323 < C       CH2     CH2     C       Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
314 > //CH3   CH2     CH2     CH3     Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
315 > //CH3   CH2     CH2     CH2     Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
316 > //CH3   CH2     CH2     CH      Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
317 > //CH3   CH2     CH2     C       Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
318 > //CH2   CH2     CH2     CH2     Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
319 > //CH2   CH2     CH2     CH      Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
320 > //CH2   CH2     CH2     C       Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
321 > //CH    CH2     CH2     CH      Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
322 > //CH    CH2     CH2     C       Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
323 > //C     CH2     CH2     C       Polynomial      0       2.3939  1       3.871   2       -0.7111 3       -3.864  4       1.4222  5       -3.111
324  
325   // All type 2 possibilities:
326  
327 < H       CH      CH2     CH3     Polynomial      0       2.7167  1       8.665   2       0.82669 3       -12.92  4       -1.653  5       3.2712
328 < H       CH      CH2     CH2     Polynomial      0       2.7161  1       8.665   2       0.82669 3       -12.92  4       -1.653  5       3.2712
329 < H       CH      CH2     CH      Polynomial      0       2.7161  1       8.665   2       0.82669 3       -12.92  4       -1.653  5       3.2712
330 < H       CH      CH2     C       Polynomial      0       2.7161  1       8.665   2       0.82669 3       -12.92  4       -1.653  5       3.2712
327 > //H     CH      CH2     CH3     Polynomial      0       2.7167  1       8.665   2       0.82669 3       -12.92  4       -1.653  5       3.2712
328 > //H     CH      CH2     CH2     Polynomial      0       2.7161  1       8.665   2       0.82669 3       -12.92  4       -1.653  5       3.2712
329 > //H     CH      CH2     CH      Polynomial      0       2.7161  1       8.665   2       0.82669 3       -12.92  4       -1.653  5       3.2712
330 > //H     CH      CH2     C       Polynomial      0       2.7161  1       8.665   2       0.82669 3       -12.92  4       -1.653  5       3.2712
331  
332   // All type 3 possibilities:
333  
334 < CH3     C       CH2     CH3     Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
335 < CH3     C       CH2     CH2     Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
336 < CH3     C       CH2     CH      Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
337 < CH3     C       CH2     C       Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
338 < CH2     C       CH2     CH2     Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
339 < CH2     C       CH2     CH      Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
340 < CH2     C       CH2     C       Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
341 < CH      C       CH2     CH      Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
342 < CH      C       CH2     C       Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
343 < C       C       CH2     C       Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
334 > //CH3   C       CH2     CH3     Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
335 > //CH3   C       CH2     CH2     Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
336 > //CH3   C       CH2     CH      Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
337 > //CH3   C       CH2     C       Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
338 > //CH2   C       CH2     CH2     Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
339 > //CH2   C       CH2     CH      Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
340 > //CH2   C       CH2     C       Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
341 > //CH    C       CH2     CH      Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
342 > //CH    C       CH2     C       Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
343 > //C     C       CH2     C       Polynomial      0       2.5701  1       7.710   2       0       3       -10.29  4       0       5       0
344  
345   // All type 4 possibilities:
346  
347 < CH3     C       C       CH3     Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
348 < CH3     C       C       CH2     Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
349 < CH3     C       C       CH      Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
350 < CH3     C       C       C       Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
351 < CH2     C       C       CH2     Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
352 < CH2     C       C       CH      Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
353 < CH2     C       C       C       Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
354 < CH      C       C       CH      Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
355 < CH      C       C       C       Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
356 < C       C       C       C       Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
347 > //CH3   C       C       CH3     Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
348 > //CH3   C       C       CH2     Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
349 > //CH3   C       C       CH      Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
350 > //CH3   C       C       C       Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
351 > //CH2   C       C       CH2     Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
352 > //CH2   C       C       CH      Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
353 > //CH2   C       C       C       Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
354 > //CH    C       C       CH      Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
355 > //CH    C       C       C       Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
356 > //C     C       C       C       Polynomial      0       4.0652  1       12.20   2       0       3       -16.26  4       0       5       0
357  
358   //All type 5 possibilities:
359  
360 < CH3     C       CH      H       Polynomial      0       3.1301  1       9.390   2       0       3       -12.52  4       0       5       0
361 < CH2     C       CH      H       Polynomial      0       3.1301  1       9.390   2       0       3       -12.52  4       0       5       0
362 < CH      C       CH      H       Polynomial      0       3.1301  1       9.390   2       0       3       -12.52  4       0       5       0
363 < C       C       CH      H       Polynomial      0       3.1301  1       9.390   2       0       3       -12.52  4       0       5       0
360 > //CH3   C       CH      H       Polynomial      0       3.1301  1       9.390   2       0       3       -12.52  4       0       5       0
361 > //CH2   C       CH      H       Polynomial      0       3.1301  1       9.390   2       0       3       -12.52  4       0       5       0
362 > //CH    C       CH      H       Polynomial      0       3.1301  1       9.390   2       0       3       -12.52  4       0       5       0
363 > //C     C       CH      H       Polynomial      0       3.1301  1       9.390   2       0       3       -12.52  4       0       5       0
364  
365   //All type 6 possibilities:
366  
367 < H       CH      CH      H       Polynomial      0       2.1706  1       5.609   2       -1.804  3       -5.976  4       3.6089  5       -3.6089
367 > //H     CH      CH      H       Polynomial      0       2.1706  1       5.609   2       -1.804  3       -5.976  4       3.6089  5       -3.6089
368  
369   //Cubic
370   //Atom1 Atom2   Atom3   Atom4   Cubic           k3              k2              k1              k0  ( all are kcal/mol )
371   //V_Cubic = k3(cos phi)^3 + k2(cos phi)^2 + k1(cos phi) + k0
372   //Cubic Examples
373 < //CH3   CH2     CH2     CH3     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
374 < //CH3   CH2     CH      CH3     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
375 < //CH3   CH      CH      CH3     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
376 < //CH3   CH2     CH2     CH2     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
377 < //CH3   CH2     CH      CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
378 < //CH3   CH      CH2     CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
379 < //CH3   CH      CH      CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
380 < //CH3   CH2     CH2     CH      Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
381 < //CH3   CH2     CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
382 < //CH3   CH      CH2     CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
383 < //CH3   CH      CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
384 < //CH2   CH2     CH2     CH2     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
385 < //CH2   CH2     CH      CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
386 < //CH2   CH      CH      CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
387 < //CH2   CH2     CH2     CH      Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
388 < //CH2   CH2     CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
389 < //CH2   CH      CH2     CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
390 < //CH2   CH      CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
391 < //CH    CH2     CH2     CH      Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
392 < //CH    CH2     CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
393 < //CH    CH      CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
394 < //S   CH2 CH2 CH2   Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
373 > CH3     CH2     CH2     CH3     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
374 > CH3     CH2     CH      CH3     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
375 > CH3     CH      CH      CH3     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
376 > CH3     CH2     CH2     CH2     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
377 > CH3     CH2     CH      CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
378 > CH3     CH      CH2     CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
379 > CH3     CH      CH      CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
380 > CH3     CH2     CH2     CH      Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
381 > CH3     CH2     CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
382 > CH3     CH      CH2     CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
383 > CH3     CH      CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
384 > CH2     CH2     CH2     CH2     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
385 > CH2     CH2     CH      CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
386 > CH2     CH      CH      CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
387 > CH2     CH2     CH2     CH      Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
388 > CH2     CH2     CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
389 > CH2     CH      CH2     CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
390 > CH2     CH      CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
391 > CH      CH2     CH2     CH      Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
392 > CH      CH2     CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
393 > CH      CH      CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
394 > S   CH2 CH2 CH2   Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
395  
396 + //Opls
397 + //Atom1 Atom2   Atom3   Atom4   Opls    v0      v1      v2      v3
398 + //V_Opls = v0 + v1 / 2 * [1 + cos(phi)] + v2 / 2 * [1 - cos(2*phi)] + v3 / 2 * [1 + cos(3*phi)]
399 + //units for v_n: kcal / mol
400 +
401 +
402   //Charmm
403   //Atom1 Atom2   Atom3   Atom4   Charmm          Kchi            n               delta           [Kchi           n               delta]
404   //V_Charmm =  Kchi(1 + cos(n(chi) - delta))

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines