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root/OpenMD/branches/development/samples/RNEMD/thiols.md
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Comparing branches/development/samples/RNEMD/thiols.md (file contents):
Revision 1770 by gezelter, Tue Jul 24 19:18:19 2012 UTC vs.
Revision 1783 by kstocke1, Wed Aug 22 17:20:40 2012 UTC

# Line 37 | Line 37 | molecule{
37  
38    atom[4]{
39      type = "CH3";
40 +    position( 3.706, -1.407, 0.0 );
41 +  }
42 +  
43 +
44 +  bond{
45 +    members( 0, 1 );
46 +  }
47 +
48 +  bond{
49 +    members( 1, 2 );
50 +  }
51 +
52 +  bond{
53 +    members( 2, 3 );
54 +  }
55 +
56 +  bond{
57 +    members( 3, 4 );
58 +  }
59 +
60 +  
61 +  bend{
62 +    members( 0, 1, 2 );
63 +  }
64 +
65 +  bend{
66 +    members( 1, 2, 3 );
67 +  }
68 +
69 +  bend{
70 +    members( 2, 3, 4 );
71 +  }
72 +
73 +  
74 +  torsion{
75 +    members( 0, 1, 2, 3 );
76 +  }
77 +
78 +  torsion{
79 +    members( 1, 2, 3, 4 );
80 +  }
81 +  
82 + }
83 +
84 +
85 + molecule{
86 +
87 +  name = "Hexanethiol";
88 +  
89 +  
90 +  atom[0]{
91 +    type = "S";
92 +    position( -0.626, 1.709, 0.0 );
93 +  }
94 +
95 +  atom[1]{
96 +    type = "CH2";
97 +    position( 0.0, 0.0, 0.0 );
98 +  }
99 +
100 +  atom[2]{
101 +    type = "CH2";
102 +    position( 1.54, 0.0, 0.0 );
103 +  }
104 +
105 +  atom[3]{
106 +    type = "CH2";
107 +    position( 2.166, -1.407, 0.0 );
108 +  }
109 +
110 +  atom[4]{
111 +    type = "CH2";
112 +    position( 3.706, -1.407, 0.0 );
113 +  }
114 +
115 +  atom[5]{
116 +    type = "CH2";
117 +    position( 4.332, -2.814, 0.0 );
118 +  }
119 +
120 +  atom[6]{
121 +    type = "CH3";
122 +    position( 5.872, -2.814, 0.0 );
123 +  }
124 +  
125 +
126 +  bond{
127 +    members( 0, 1 );
128 +  }
129 +
130 +  bond{
131 +    members( 1, 2 );
132 +  }
133 +
134 +  bond{
135 +    members( 2, 3 );
136 +  }
137 +
138 +  bond{
139 +    members( 3, 4 );
140 +  }
141 +
142 +  bond{
143 +    members( 4, 5 );
144 +  }
145 +
146 +  bond{
147 +    members( 5, 6 );
148 +  }
149 +
150 +  
151 +  bend{
152 +    members( 0, 1, 2 );
153 +  }
154 +
155 +  bend{
156 +    members( 1, 2, 3 );
157 +  }
158 +
159 +  bend{
160 +    members( 2, 3, 4 );
161 +  }
162 +
163 +  bend{
164 +    members( 3, 4, 5 );
165 +  }
166 +
167 +  bend{
168 +    members( 4, 5, 6 );
169 +  }
170 +
171 +  
172 +  torsion{
173 +    members( 0, 1, 2, 3 );
174 +  }
175 +
176 +  torsion{
177 +    members( 1, 2, 3, 4 );
178 +  }
179 +
180 +  torsion{
181 +    members( 2, 3, 4, 5 );
182 +  }
183 +
184 +  torsion{
185 +    members( 3, 4, 5, 6 );
186 +  }
187 +  
188 + }
189 +
190 +
191 + molecule{
192 +
193 +  name = "Octanethiol";
194 +  
195 +  
196 +  atom[0]{
197 +    type = "S";
198 +    position( -0.626, 1.709, 0.0 );
199 +  }
200 +
201 +  atom[1]{
202 +    type = "CH2";
203 +    position( 0.0, 0.0, 0.0 );
204 +  }
205 +
206 +  atom[2]{
207 +    type = "CH2";
208 +    position( 1.54, 0.0, 0.0 );
209 +  }
210 +
211 +  atom[3]{
212 +    type = "CH2";
213 +    position( 2.166, -1.407, 0.0 );
214 +  }
215 +
216 +  atom[4]{
217 +    type = "CH2";
218 +    position( 3.706, -1.407, 0.0 );
219 +  }
220 +
221 +  atom[5]{
222 +    type = "CH2";
223 +    position( 4.332, -2.814, 0.0 );
224 +  }
225 +
226 +  atom[6]{
227 +    type = "CH2";
228 +    position( 5.872, -2.814, 0.0 );
229 +  }
230 +  
231 +  atom[7]{
232 +    type = "CH2";
233 +    position( 6.498, -4.221, 0.0 );
234 +  }
235 +
236 +  atom[8]{
237 +    type = "CH3";
238 +    position( 8.038, -4.221, 0.0 );
239 +  }
240 +
241 +
242 +  bond{
243 +    members( 0, 1 );
244 +  }
245 +
246 +  bond{
247 +    members( 1, 2 );
248 +  }
249 +
250 +  bond{
251 +    members( 2, 3 );
252 +  }
253 +
254 +  bond{
255 +    members( 3, 4 );
256 +  }
257 +
258 +  bond{
259 +    members( 4, 5 );
260 +  }
261 +
262 +  bond{
263 +    members( 5, 6 );
264 +  }
265 +
266 +  bond{
267 +    members( 6, 7 );
268 +  }
269 +
270 +  bond{
271 +    members( 7, 8 );
272 +  }
273 +
274 +  
275 +  bend{
276 +    members( 0, 1, 2 );
277 +  }
278 +
279 +  bend{
280 +    members( 1, 2, 3 );
281 +  }
282 +
283 +  bend{
284 +    members( 2, 3, 4 );
285 +  }
286 +
287 +  bend{
288 +    members( 3, 4, 5 );
289 +  }
290 +
291 +  bend{
292 +    members( 4, 5, 6 );
293 +  }
294 +
295 +  bend{
296 +    members( 5, 6, 7 );
297 +  }
298 +
299 +  bend{
300 +    members( 6, 7, 8 );
301 +  }
302 +
303 +  
304 +  torsion{
305 +    members( 0, 1, 2, 3 );
306 +  }
307 +
308 +  torsion{
309 +    members( 1, 2, 3, 4 );
310 +  }
311 +
312 +  torsion{
313 +    members( 2, 3, 4, 5 );
314 +  }
315 +
316 +  torsion{
317 +    members( 3, 4, 5, 6 );
318 +  }
319 +
320 +  torsion{
321 +    members( 4, 5, 6, 7 );
322 +  }
323 +
324 +  torsion{
325 +    members( 5, 6, 7, 8 );
326 +  }
327 +  
328 + }
329 +
330 +
331 + molecule{
332 +
333 +  name = "Decanethiol";
334 +  
335 +  
336 +  atom[0]{
337 +    type = "S";
338 +    position( -0.626, 1.709, 0.0 );
339 +  }
340 +
341 +  atom[1]{
342 +    type = "CH2";
343 +    position( 0.0, 0.0, 0.0 );
344 +  }
345 +
346 +  atom[2]{
347 +    type = "CH2";
348 +    position( 1.54, 0.0, 0.0 );
349 +  }
350 +
351 +  atom[3]{
352 +    type = "CH2";
353 +    position( 2.166, -1.407, 0.0 );
354 +  }
355 +
356 +  atom[4]{
357 +    type = "CH2";
358      position( 3.706, -1.407, 0.0 );
359    }
360 +
361 +  atom[5]{
362 +    type = "CH2";
363 +    position( 4.332, -2.814, 0.0 );
364 +  }
365 +
366 +  atom[6]{
367 +    type = "CH2";
368 +    position( 5.872, -2.814, 0.0 );
369 +  }
370    
371 +  atom[7]{
372 +    type = "CH2";
373 +    position( 6.498, -4.221, 0.0 );
374 +  }
375  
376 +  atom[8]{
377 +    type = "CH2";
378 +    position( 8.038, -4.221, 0.0 );
379 +  }
380 +
381 +  atom[9]{
382 +    type = "CH2";
383 +    position( 8.664, -5.628, 0.0 );
384 +  }
385 +
386 +  atom[10]{
387 +    type = "CH3";
388 +    position( 10.204, -5.628, 0.0 );
389 +  }
390 +
391 +
392 +  bond{
393 +    members( 0, 1 );
394 +  }
395 +
396 +  bond{
397 +    members( 1, 2 );
398 +  }
399 +
400 +  bond{
401 +    members( 2, 3 );
402 +  }
403 +
404 +  bond{
405 +    members( 3, 4 );
406 +  }
407 +
408 +  bond{
409 +    members( 4, 5 );
410 +  }
411 +
412 +  bond{
413 +    members( 5, 6 );
414 +  }
415 +
416 +  bond{
417 +    members( 6, 7 );
418 +  }
419 +
420 +  bond{
421 +    members( 7, 8 );
422 +  }
423 +
424 +  bond{
425 +    members( 8, 9 );
426 +  }
427 +
428 +  bond{
429 +    members( 9, 10 );
430 +  }
431 +
432    
433 +  bend{
434 +    members( 0, 1, 2 );
435 +  }
436  
437 +  bend{
438 +    members( 1, 2, 3 );
439 +  }
440 +
441 +  bend{
442 +    members( 2, 3, 4 );
443 +  }
444 +
445 +  bend{
446 +    members( 3, 4, 5 );
447 +  }
448 +
449 +  bend{
450 +    members( 4, 5, 6 );
451 +  }
452 +
453 +  bend{
454 +    members( 5, 6, 7 );
455 +  }
456 +
457 +  bend{
458 +    members( 6, 7, 8 );
459 +  }
460 +
461 +  bend{
462 +    members( 7, 8, 9 );
463 +  }
464 +
465 +  bend{
466 +    members( 8, 9, 10 );
467 +  }
468 +
469 +  
470 +  torsion{
471 +    members( 0, 1, 2, 3 );
472 +  }
473 +
474 +  torsion{
475 +    members( 1, 2, 3, 4 );
476 +  }
477 +
478 +  torsion{
479 +    members( 2, 3, 4, 5 );
480 +  }
481 +
482 +  torsion{
483 +    members( 3, 4, 5, 6 );
484 +  }
485 +
486 +  torsion{
487 +    members( 4, 5, 6, 7 );
488 +  }
489 +
490 +  torsion{
491 +    members( 5, 6, 7, 8 );
492 +  }
493 +
494 +  torsion{
495 +    members( 6, 7, 8, 9 );
496 +  }
497 +
498 +  torsion{
499 +    members( 7, 8, 9, 10 );
500 +  }
501 +  
502 + }
503 +
504 +
505 + molecule{
506 +
507 +  name = "Dodecanethiol";
508 +  
509 +  
510 +  atom[0]{
511 +    type = "S";
512 +    position( -0.626, 1.709, 0.0 );
513 +  }
514 +
515 +  atom[1]{
516 +    type = "CH2";
517 +    position( 0.0, 0.0, 0.0 );
518 +  }
519 +
520 +  atom[2]{
521 +    type = "CH2";
522 +    position( 1.54, 0.0, 0.0 );
523 +  }
524 +
525 +  atom[3]{
526 +    type = "CH2";
527 +    position( 2.166, -1.407, 0.0 );
528 +  }
529 +
530 +  atom[4]{
531 +    type = "CH2";
532 +    position( 3.706, -1.407, 0.0 );
533 +  }
534 +
535 +  atom[5]{
536 +    type = "CH2";
537 +    position( 4.332, -2.814, 0.0 );
538 +  }
539 +
540 +  atom[6]{
541 +    type = "CH2";
542 +    position( 5.872, -2.814, 0.0 );
543 +  }
544 +  
545 +  atom[7]{
546 +    type = "CH2";
547 +    position( 6.498, -4.221, 0.0 );
548 +  }
549 +
550 +  atom[8]{
551 +    type = "CH2";
552 +    position( 8.038, -4.221, 0.0 );
553 +  }
554 +
555 +  atom[9]{
556 +    type = "CH2";
557 +    position( 8.664, -5.628, 0.0 );
558 +  }
559 +
560 +  atom[10]{
561 +    type = "CH2";
562 +    position( 10.204, -5.628, 0.0 );
563 +  }
564 +
565 +  atom[11]{
566 +    type = "CH2";
567 +    position( 10.830, -7.035, 0.0 );
568 +  }
569 +
570 +  atom[12]{
571 +    type = "CH3";
572 +    position( 12.370, -7.035, 0.0 );
573 +  }
574 +
575 +
576    bond{
577      members( 0, 1 );
578    }
# Line 59 | Line 589 | molecule{
589      members( 3, 4 );
590    }
591  
592 +  bond{
593 +    members( 4, 5 );
594 +  }
595 +
596 +  bond{
597 +    members( 5, 6 );
598 +  }
599 +
600 +  bond{
601 +    members( 6, 7 );
602 +  }
603 +
604 +  bond{
605 +    members( 7, 8 );
606 +  }
607 +
608 +  bond{
609 +    members( 8, 9 );
610 +  }
611 +
612 +  bond{
613 +    members( 9, 10 );
614 +  }
615 +
616 +  bond{
617 +    members( 10, 11 );
618 +  }
619 +
620 +  bond{
621 +    members( 11, 12 );
622 +  }
623    
624 +
625    bend{
626      members( 0, 1, 2 );
627    }
# Line 72 | Line 634 | molecule{
634      members( 2, 3, 4 );
635    }
636  
637 +  bend{
638 +    members( 3, 4, 5 );
639 +  }
640 +
641 +  bend{
642 +    members( 4, 5, 6 );
643 +  }
644 +
645 +  bend{
646 +    members( 5, 6, 7 );
647 +  }
648 +
649 +  bend{
650 +    members( 6, 7, 8 );
651 +  }
652 +
653 +  bend{
654 +    members( 7, 8, 9 );
655 +  }
656 +
657 +  bend{
658 +    members( 8, 9, 10 );
659 +  }
660 +
661 +  bend{
662 +    members( 9, 10, 11 );
663 +  }
664 +
665 +  bend{
666 +    members( 10, 11, 12 );
667 +  }
668 +
669    
670    torsion{
671      members( 0, 1, 2, 3 );
# Line 80 | Line 674 | molecule{
674    torsion{
675      members( 1, 2, 3, 4 );
676    }
677 +
678 +  torsion{
679 +    members( 2, 3, 4, 5 );
680 +  }
681 +
682 +  torsion{
683 +    members( 3, 4, 5, 6 );
684 +  }
685 +
686 +  torsion{
687 +    members( 4, 5, 6, 7 );
688 +  }
689 +
690 +  torsion{
691 +    members( 5, 6, 7, 8 );
692 +  }
693 +
694 +  torsion{
695 +    members( 6, 7, 8, 9 );
696 +  }
697 +
698 +  torsion{
699 +    members( 7, 8, 9, 10 );
700 +  }
701 +
702 +  torsion{
703 +    members( 8, 9, 10, 11 );
704 +  }
705 +
706 +  torsion{
707 +    members( 9, 10, 11, 12 );
708 +  }
709    
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