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root/OpenMD/branches/development/samples/alkane/alkanes.md
(Generate patch)

Comparing trunk/samples/alkane/alkanes.md (file contents):
Revision 2 by gezelter, Fri Sep 24 04:16:43 2004 UTC vs.
Revision 790 by tim, Tue Dec 6 16:49:59 2005 UTC

# Line 3 | Line 3 | molecule{
3  
4   molecule{
5    name = "methane";
6 <  nAtoms = 1;
6 >  
7    atom[0]{
8      type="CH4";
9      position( 0.0, 0.0, 0.0 );
# Line 12 | Line 12 | molecule{
12  
13   molecule{
14    name = "ethane";
15 <  nAtoms = 2;
15 >  
16    atom[0]{
17      type = "CH3";
18      position( 0.0, 0.0, 0.0 );
# Line 22 | Line 22 | molecule{
22      position( 0.0, 1.54, 0.0 );
23    }
24  
25 <  nBonds = 1;
26 <  bond[0]{
25 >  
26 >  bond{
27      members( 0, 1 );
28    }
29   }
30  
31   molecule{
32    name = "ethane2";
33 <  nAtoms = 2;
33 >  
34    atom[0]{
35      type = "CH3";
36      position( 0.0, 0.0, 0.0 );
# Line 40 | Line 40 | molecule{
40      position( 0.0, 1.54, 0.0 );
41    }
42  
43 <  nBonds = 1;
44 <  bond[0]{
43 >  
44 >  bond{
45      members( 0, 1 );
46    }
47   }
# Line 51 | Line 51 | molecule{
51   molecule{
52  
53    name = "propane";
54 –  nAtoms = 3;
54    
55 +  
56    atom[0]{
57      type = "CH3";
58      position( -0.626, 1.407, 0.0 );
# Line 68 | Line 68 | molecule{
68      position( 1.54, 0.0, 0.0 );
69    }
70  
71 <  nBonds = 2;
71 >  
72  
73 <  bond[0]{
73 >  bond{
74      members( 0, 1 );
75    }
76  
77 <  bond[1]{
77 >  bond{
78      members( 1, 2 );
79    }
80  
81 <  nBends = 1;
82 <  bend[0]{
81 >  
82 >  bend{
83      members( 0, 1, 2 );
84    }
85   }
# Line 87 | Line 87 | molecule{
87   molecule{
88  
89    name = "butane";
90 –  nAtoms = 4;
90    
91 +  
92    atom[0]{
93      type = "CH3";
94      position( -0.626, 1.407, 0.0 );
# Line 110 | Line 110 | molecule{
110    }
111    
112  
113 <  nBonds = 3;
113 >  
114  
115 <  bond[0]{
115 >  bond{
116      members( 0, 1 );
117    }
118  
119 <  bond[1]{
119 >  bond{
120      members( 1, 2 );
121    }
122  
123 <  bond[2]{
123 >  bond{
124      members( 2, 3 );
125    }
126  
127 <  nBends = 2;
128 <  bend[0]{
127 >  
128 >  bend{
129      members( 0, 1, 2 );
130    }
131  
132 <  bend[1]{
132 >  bend{
133      members( 1, 2, 3 );
134    }
135  
136 <  nTorsions = 1;
137 <  torsion[0]{
136 >  
137 >  torsion{
138      members( 0, 1, 2, 3 );
139    }
140   }
# Line 142 | Line 142 | molecule{
142   molecule{
143  
144    name = "pentane";
145 –  nAtoms = 5;
145    
146 +  
147    atom[0]{
148      type = "CH3";
149      position( -0.626, 1.407, 0.0 );
# Line 170 | Line 170 | molecule{
170    }
171    
172  
173 <  nBonds = 4;
173 >  
174  
175 <  bond[0]{
175 >  bond{
176      members( 0, 1 );
177    }
178  
179 <  bond[1]{
179 >  bond{
180      members( 1, 2 );
181    }
182  
183 <  bond[2]{
183 >  bond{
184      members( 2, 3 );
185    }
186  
187 <  bond[3]{
187 >  bond{
188      members( 3, 4 );
189    }
190  
191 <  nBends = 3;
192 <  bend[0]{
191 >  
192 >  bend{
193      members( 0, 1, 2 );
194    }
195  
196 <  bend[1]{
196 >  bend{
197      members( 1, 2, 3 );
198    }
199  
200 <  bend[2]{
200 >  bend{
201      members( 2, 3, 4 );
202    }
203  
204 <  nTorsions = 2;
205 <  torsion[0]{
204 >  
205 >  torsion{
206      members( 0, 1, 2, 3 );
207    }
208  
209 <  torsion[1]{
209 >  torsion{
210      members( 1, 2, 3, 4 );
211    }
212   }
# Line 214 | Line 214 | molecule{
214   molecule{
215  
216    name = "pseudoButane";
217 –  nAtoms = 4;
217    
218 +  
219    atom[0]{
220      type = "CH3";
221      position( -0.626, 1.407, 0.0 );
# Line 237 | Line 237 | molecule{
237    }
238    
239  
240 <  nBonds = 3;
240 >  
241  
242 <  bond[0]{
242 >  bond{
243      members( 0, 1 );
244    }
245  
246 <  bond[1]{
246 >  bond{
247      members( 1, 2 );
248    }
249  
250 <  bond[2]{
250 >  bond{
251      members( 2, 3 );
252    }
253  
254 <  nBends = 2;
255 <  bend[0]{
254 >  
255 >  bend{
256      members( 0, 1, 2 );
257    }
258  
259 <  bend[1]{
259 >  bend{
260      members( 1, 2, 3 );
261    }
262  
263 <  nTorsions = 1;
264 <  torsion[0]{
263 >  
264 >  torsion{
265      members( 0, 1, 2, 3 );
266    }
267  
268 <  nRigidBodies = 4;
268 >  
269    rigidBody[0]{
270 <    nMembers = 1;
270 >    
271      members(0);
272    }
273    rigidBody[1]{
274 <    nMembers = 1;
274 >    
275      members(1);
276    }
277  
278    rigidBody[2]{
279 <    nMembers = 1;
279 >    
280      members(2);
281    }
282  
283    rigidBody[3]{
284 <    nMembers = 1;
284 >    
285      members(3);
286    }
287  

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines