ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/OpenMD/branches/development/samples/lipid/water.md
(Generate patch)

Comparing:
trunk/samples/lipid/water.md (file contents), Revision 2 by gezelter, Fri Sep 24 04:16:43 2004 UTC vs.
branches/development/samples/lipid/water.md (file contents), Revision 1465 by chuckv, Fri Jul 9 23:08:25 2010 UTC

# Line 1 | Line 1
1 + #ifndef _WATER_MD_
2 + #define _WATER_MD_
3 +
4   molecule{
5 <  name = "SSD_water";
6 <  nAtoms = 1;
5 >  name = "Cl-";
6 >  
7    atom[0]{
8 +    type = "Cl-";
9 +    position(0.0, 0.0, 0.0);
10 +  }
11 + }
12 +
13 + molecule{
14 +  name = "Na+";
15 +  
16 +  atom[0]{
17 +    type = "Na+";
18 +    position(0.0, 0.0, 0.0);
19 +  }
20 + }
21 +
22 + molecule{
23 +  name = "SSD_E";
24 +  
25 +  atom[0]{
26 +    type = "SSD_E";
27 +    position( 0.0, 0.0, 0.0 );
28 +    orientation( 0.0, 0.0, 0.0 );
29 +  }
30 + }
31 +
32 + molecule{
33 +  name = "SSD_RF";
34 +  
35 +  atom[0]{
36 +    type = "SSD_RF";
37 +    position( 0.0, 0.0, 0.0 );
38 +    orientation( 0.0, 0.0, 0.0 );
39 +  }
40 + }
41 +
42 + molecule{
43 +  name = "SSD";
44 +  
45 +  atom[0]{
46      type = "SSD";
47      position( 0.0, 0.0, 0.0 );
48      orientation( 0.0, 0.0, 0.0 );
49    }
50   }
51 +
52 + molecule{
53 +  name = "SSD1";
54 +  
55 +  atom[0]{
56 +    type = "SSD1";
57 +    position( 0.0, 0.0, 0.0 );
58 +    orientation( 0.0, 0.0, 0.0 );
59 +  }
60 + }
61 +
62 + molecule{
63 +  name = "TRED";
64 +  
65 +  atom[0]{
66 +    type = "TRED";
67 +    position( 0.0, 0.0, 0.0 );
68 +    orientation( 0.0, 0.0, 0.0 );
69 +  }
70 +  atom[1]{
71 +    type = "EP_TRED";
72 +    position( 0.0, 0.0, 0.5 );
73 +  }
74 +
75 +  rigidBody[0]{
76 +    members(0, 1);
77 +  }
78 + }
79 +
80 + molecule{
81 +  name = "TIP3P";
82 +  
83 +  atom[0]{
84 +    type = "O_TIP3P";
85 +    position( 0.0, 0.0, -0.06556 );
86 +  }
87 +  atom[1]{
88 +    type = "H_TIP3P";
89 +    position( 0.0, 0.75695, 0.52032 );
90 +  }
91 +  atom[2]{
92 +    type = "H_TIP3P";
93 +    position( 0.0, -0.75695, 0.52032 );
94 +  }
95 +  
96 +  rigidBody[0]{    
97 +    members(0, 1, 2);
98 +  }  
99 + }
100 +
101 + molecule{
102 +  name = "TIP4P";
103 +  
104 +  atom[0]{
105 +    type = "O_TIP4P";
106 +    position( 0.0, 0.0, -0.06556 );
107 +  }
108 +  atom[1]{
109 +    type = "H_TIP4P";
110 +    position( 0.0, 0.75695, 0.52032 );
111 +  }
112 +  atom[2]{
113 +    type = "H_TIP4P";
114 +    position( 0.0, -0.75695, 0.52032 );
115 +  }
116 +  atom[3]{
117 +    type = "EP_TIP4P";
118 +    position( 0.0, 0.0, 0.08444 );
119 +  }
120 +  
121 +  rigidBody[0]{    
122 +    members(0, 1, 2, 3);
123 +  }  
124 + }
125 +
126 + molecule{
127 +  name = "TIP4P-Ew";
128 +  
129 +  atom[0]{
130 +    type = "O_TIP4P-Ew";
131 +    position( 0.0, 0.0, -0.06556 );
132 +  }
133 +  atom[1]{
134 +    type = "H_TIP4P-Ew";
135 +    position( 0.0, 0.75695, 0.52032 );
136 +  }
137 +  atom[2]{
138 +    type = "H_TIP4P-Ew";
139 +    position( 0.0, -0.75695, 0.52032 );
140 +  }
141 +  atom[3]{
142 +    type = "EP_TIP4P-Ew";
143 +    position( 0.0, 0.0, 0.05944 );
144 +  }
145 +  
146 +  rigidBody[0]{    
147 +    members(0, 1, 2, 3);
148 +  }
149 + }
150 +
151 + molecule{
152 +  name = "TIP5P";
153 +  
154 +  atom[0]{
155 +    type = "O_TIP5P";
156 +    position( 0.0, 0.0, -0.06556 );
157 +  }
158 +  atom[1]{
159 +    type = "H_TIP5P";
160 +    position( 0.0, 0.75695, 0.52032 );
161 +  }
162 +  atom[2]{
163 +    type = "H_TIP5P";
164 +    position( 0.0, -0.75695, 0.52032 );
165 +  }
166 +  atom[3]{
167 +    type = "EP_TIP5P";
168 +    position( 0.57154, 0.0, -0.46971 );
169 +  }
170 +  atom[4]{
171 +    type = "EP_TIP5P";
172 +    position( -0.57154, 0.0, -0.46971 );
173 +  }
174 +  
175 +  rigidBody[0]{
176 +    members(0, 1, 2, 3, 4);
177 +  }
178 + }
179 +
180 + molecule{
181 +  name = "TIP5P-E";
182 +  
183 +  atom[0]{
184 +    type = "O_TIP5P-E";
185 +    position( 0.0, 0.0, -0.06556 );
186 +  }
187 +  atom[1]{
188 +    type = "H_TIP5P";
189 +    position( 0.0, 0.75695, 0.52032 );
190 +  }
191 +  atom[2]{
192 +    type = "H_TIP5P";
193 +    position( 0.0, -0.75695, 0.52032 );
194 +  }
195 +  atom[3]{
196 +    type = "EP_TIP5P";
197 +    position( 0.57154, 0.0, -0.46971 );
198 +  }
199 +  atom[4]{
200 +    type = "EP_TIP5P";
201 +    position( -0.57154, 0.0, -0.46971 );
202 +  }
203 +  
204 +  rigidBody[0]{    
205 +    members(0, 1, 2, 3, 4);
206 +  }
207 + }
208 +
209 + molecule{
210 +  name = "SPCE";
211 +  
212 +  atom[0]{
213 +    type = "O_SPCE";
214 +    position( 0.0, 0.0, -0.06461 );
215 +  }
216 +  atom[1]{
217 +    type = "H_SPCE";
218 +    position( 0.0, 0.81649, 0.51275 );
219 +  }
220 +  atom[2]{
221 +    type = "H_SPCE";
222 +    position( 0.0, -0.81649, 0.51275 );
223 +  }
224 +  
225 +  rigidBody[0]{    
226 +    members(0, 1, 2);
227 +  }
228 + }
229 +
230 + molecule{
231 +  name = "SPC";
232 +  
233 +  atom[0]{
234 +    type = "O_SPC";
235 +    position( 0.0, 0.0, -0.06461 );
236 +  }
237 +  atom[1]{
238 +    type = "H_SPC";
239 +    position( 0.0, 0.81649, 0.51275 );
240 +  }
241 +  atom[2]{
242 +    type = "H_SPC";
243 +    position( 0.0, -0.81649, 0.51275 );
244 +  }
245 +  
246 +  rigidBody[0]{    
247 +    members(0, 1, 2);
248 +  }
249 + }
250 +
251 + molecule{
252 +  name = "DPD";
253 +  
254 +  atom[0]{
255 +    type = "DPD";
256 +    position(0.0, 0.0, 0.0);
257 +  }
258 + }
259 +
260 + #endif

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines