ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/OpenMD/branches/development/src/applications/openmd/openmd.cpp
(Generate patch)

Comparing branches/development/src/applications/openmd/openmd.cpp (file contents):
Revision 1465 by chuckv, Fri Jul 9 23:08:25 2010 UTC vs.
Revision 1695 by gezelter, Fri Mar 16 15:15:46 2012 UTC

# Line 35 | Line 35
35   *                                                                      
36   * [1]  Meineke, et al., J. Comp. Chem. 26, 252-271 (2005).            
37   * [2]  Fennell & Gezelter, J. Chem. Phys. 124, 234104 (2006).          
38 < * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 234107 (2008).          
39 < * [4]  Vardeman & Gezelter, in progress (2010).                        
38 > * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 24107 (2008).          
39 > * [4]  Kuang & Gezelter,  J. Chem. Phys. 133, 164101 (2010).
40 > * [5]  Vardeman, Stocker & Gezelter, J. Chem. Theory Comput. 7, 834 (2011).
41   */
42  
43   #ifdef IS_MPI
# Line 86 | Line 87 | int main(int argc,char* argv[]){
87    if( worldRank == 0 ){
88   #endif
89      std::cerr <<
90 <      "  +-----------------------------------------------------------------------+\n"<<
91 <      "  |    ____                    __  ___ ____                               |\n"<<
92 <      "  |   / __ \\____  ___  ____   /  |/  // __ \\  The Open Molecular Dynamics |\n"<<
93 <      "  |  / / / / __ \\/ _ \\/ __ \\ / /|_/ // / / /  Engine (formerly OOPSE).    |\n"<<
94 <      "  | / /_/ / /_/ /  __/ / / // /  / // /_/ /                               |\n"<<
95 <      "  | \\____/ .___/\\___/_/ /_//_/  /_//_____/    Copyright 2004-2010 by the  |\n"<<
96 <      "  |     /_/                                   University of Notre Dame.   |\n"<<
97 <      "  |                                                                       |\n"<<
90 >      "  +--------------------------------------------------------------------------+\n"<<
91 >      "  |    ____                    __  ___ ____                                  |\n"<<
92 >      "  |   / __ \\____  ___  ____   /  |/  // __ \\  The Open Molecular Dynamics    |\n"<<
93 >      "  |  / / / / __ \\/ _ \\/ __ \\ / /|_/ // / / /  Engine (formerly OOPSE).       |\n"<<
94 >      "  | / /_/ / /_/ /  __/ / / // /  / // /_/ /                                  |\n"<<
95 >      "  | \\____/ .___/\\___/_/ /_//_/  /_//_____/    Copyright 2004-2012 by the     |\n"<<
96 >      "  |     /_/                                   University of Notre Dame.      |\n"<<
97 >      "  |                                                                          |\n"<<
98        "  |        version " <<
99        OPENMD_VERSION_MAJOR << "." << OPENMD_VERSION_MINOR << revision <<
100 <      "     http://www.openmd.net       |\n"<<
101 <      "  |                                                                       |\n"<<
102 <      "  | OpenMD is an OpenScience project.  All source code is available for   |\n"<<
103 <      "  | any use whatsoever under a BSD-style license.                         |\n"<<
104 <      "  |                                                                       |\n"<<
105 <      "  | Support OpenScience!  If you use OpenMD or its source code in your    |\n"<<
106 <      "  | research, please cite the appropriate papers when you publish your    |\n"<<
107 <      "  | work.  Good starting points are:                                      |\n"<<
108 <      "  |                                                                       |\n"<<
109 <      "  | [1]  Meineke, et al., J. Comp. Chem. 26, 252-271 (2005).              |\n"<<
110 <      "  | [2]  Fennell & Gezelter, J. Chem. Phys. 124, 234104 (2006).           |\n"<<
111 <      "  | [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 234107 (2008).          |\n"<<
112 <      "  | [4]  Vardeman & Gezelter, in progress (2010).                         |\n"<<
113 <      "  +-----------------------------------------------------------------------+\n"<<
100 >      "     http://www.openmd.net          |\n"<<
101 >      "  |                                                                          |\n"<<
102 >      "  | OpenMD is an OpenScience project.  All source code is available for any  |\n"<<
103 >      "  | use whatsoever under a BSD-style license.                                |\n"<<
104 >      "  |                                                                          |\n"<<
105 >      "  | Support OpenScience!  If you use OpenMD or its source code in your       |\n"<<
106 >      "  | research, please cite the appropriate papers when you publish your work  |\n"<<
107 >      "  | Good starting points are:                                                |\n"<<
108 >      "  |                                                                          |\n"<<
109 >      "  | [1] Meineke, et al., J. Comp. Chem. 26, 252-271 (2005).                  |\n"<<
110 >      "  | [2] Fennell & Gezelter, J. Chem. Phys. 124, 234104 (2006).               |\n"<<
111 >      "  | [3] Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 24107 (2008).               |\n"<<
112 >      "  | [4] Kuang & Gezelter,  J. Chem. Phys. 133, 164101 (2010).                |\n"<<
113 >      "  | [5] Vardeman, Stocker & Gezelter, J. Chem. Theory Comput. 7, 834 (2011). |\n"<<
114 >      "  | [6] Kuang & Gezelter, Mol. Phys., in press (2012).                       |\n"<<
115 >      "  +--------------------------------------------------------------------------+\n"<<
116        "\n";
117      
118      if( argc < 2 ){
# Line 130 | Line 133 | int main(int argc,char* argv[]){
133    //create simulation model
134    SimCreator creator;
135    SimInfo* info = creator.createSim(argv[1]);
136 +
137    Globals* simParams = info->getSimParams();
138  
139    if (simParams->haveMinimizer() && simParams->haveEnsemble()) {
# Line 137 | Line 141 | int main(int argc,char* argv[]){
141      painCave.isFatal = 1;
142      simError();        
143    }
144 <    
144 >  
145 >
146    if (simParams->haveMinimizer()) {
147      //create minimizer
148      Minimizer* myMinimizer = MinimizerFactory::getInstance()->createMinimizer(toUpperCopy(simParams->getMinimizer()), info);

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines