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root/OpenMD/branches/development/src/brains/ForceManager.cpp
(Generate patch)

Comparing branches/development/src/brains/ForceManager.cpp (file contents):
Revision 1549 by gezelter, Wed Apr 27 18:38:15 2011 UTC vs.
Revision 1575 by gezelter, Fri Jun 3 21:39:49 2011 UTC

# Line 49 | Line 49
49  
50   #include "brains/ForceManager.hpp"
51   #include "primitives/Molecule.hpp"
52 – #include "UseTheForce/doForces_interface.h"
52   #define __OPENMD_C
54 – #include "UseTheForce/DarkSide/fInteractionMap.h"
53   #include "utils/simError.h"
54   #include "primitives/Bond.hpp"
55   #include "primitives/Bend.hpp"
56   #include "primitives/Torsion.hpp"
57   #include "primitives/Inversion.hpp"
58 + #include "nonbonded/NonBondedInteraction.hpp"
59   #include "parallel/ForceMatrixDecomposition.hpp"
61 – //#include "parallel/ForceSerialDecomposition.hpp"
60  
61   using namespace std;
62   namespace OpenMD {
63    
64    ForceManager::ForceManager(SimInfo * info) : info_(info) {
65  
68 – #ifdef IS_MPI
66      fDecomp_ = new ForceMatrixDecomposition(info_);
70 – #else
71 –    // fDecomp_ = new ForceSerialDecomposition(info);
72 – #endif
67    }
68    
69    void ForceManager::calcForces() {
70      
71 <    if (!info_->isFortranInitialized()) {
71 >    if (!info_->isTopologyDone()) {
72        info_->update();
73        interactionMan_->setSimInfo(info_);
74        interactionMan_->initialize();
75        swfun_ = interactionMan_->getSwitchingFunction();
76 +      info_->prepareTopology();
77        fDecomp_->distributeInitialData();
83 –      info_->setupFortran();
78      }
79      
80      preCalculation();  
# Line 267 | Line 261 | namespace OpenMD {
261        rc = pos;
262      }
263      
264 <    //initialize data before passing to fortran
265 <    RealType longRangePotential[LR_POT_TYPES];
272 <    RealType lrPot = 0.0;
273 <    int isError = 0;
274 <
275 <    for (int i=0; i<LR_POT_TYPES;i++){
276 <      longRangePotential[i]=0.0; //Initialize array
277 <    }
278 <
279 <    // new stuff starts here:
280 <
264 >    // new stuff starts here:
265 >    fDecomp_->zeroWorkArrays();
266      fDecomp_->distributeData();
267  
268      int cg1, cg2, atom1, atom2;
# Line 293 | Line 278 | namespace OpenMD {
278      InteractionData idat;
279      SelfData sdat;
280      RealType mf;
281 +    potVec pot(0.0);
282 +    potVec longRangePotential(0.0);
283 +    RealType lrPot;
284  
285      int loopStart, loopEnd;
286  
# Line 324 | Line 312 | namespace OpenMD {
312          rCutSq = groupCutoffMap[gtypes].first;
313  
314          if (rgrpsq < rCutSq) {
315 <          idat.rcut = groupCutoffMap[gtypes].second;
315 >          *(idat.rcut) = groupCutoffMap[gtypes].second;
316            if (iLoop == PAIR_LOOP) {
317              vij *= 0.0;
318              fij = V3Zero;
319            }
320            
321 <          in_switching_region = swfun_->getSwitch(rgrpsq, idat.sw, dswdr, rgrp);              
321 >          in_switching_region = swfun_->getSwitch(rgrpsq, *(idat.sw), dswdr,
322 >                                                  rgrp);              
323            atomListRow = fDecomp_->getAtomsInGroupRow(cg1);
324            atomListColumn = fDecomp_->getAtomsInGroupColumn(cg2);
325  
# Line 344 | Line 333 | namespace OpenMD {
333                
334                if (!fDecomp_->skipAtomPair(atom1, atom2)) {
335                  
336 +                pot *= 0.0;
337 +
338                  idat = fDecomp_->fillInteractionData(atom1, atom2);
339 +                *(idat.pot) = pot;
340  
341                  if (atomListRow.size() == 1 && atomListColumn.size() == 1) {
342 <                  idat.d = d_grp;
343 <                  idat.r2 = rgrpsq;
342 >                  *(idat.d) = d_grp;
343 >                  *(idat.r2) = rgrpsq;
344                  } else {
345 <                  idat.d = fDecomp_->getInteratomicVector(atom1, atom2);
346 <                  curSnapshot->wrapVector(idat.d);
347 <                  idat.r2 = idat.d.lengthSquare();
345 >                  *(idat.d) = fDecomp_->getInteratomicVector(atom1, atom2);
346 >                  curSnapshot->wrapVector( *(idat.d) );
347 >                  *(idat.r2) = idat.d->lengthSquare();
348                  }
349                  
350 <                idat.rij = sqrt(idat.r2);
350 >                *(idat.rij) = sqrt( *(idat.r2) );
351                
352                  if (iLoop == PREPAIR_LOOP) {
353                    interactionMan_->doPrePair(idat);
354                  } else {
355                    interactionMan_->doPair(idat);
356 <                  vij += idat.vpair;
357 <                  fij += idat.f1;
358 <                  tau -= outProduct(idat.d, idat.f1);
356 >                  fDecomp_->unpackInteractionData(idat, atom1, atom2);
357 >                  vij += *(idat.vpair);
358 >                  fij += *(idat.f1);
359 >                  tau -= outProduct( *(idat.d), *(idat.f1));
360                  }
361                }
362              }
# Line 377 | Line 370 | namespace OpenMD {
370                fij += fg;
371  
372                if (atomListRow.size() == 1 && atomListColumn.size() == 1) {
373 <                tau -= outProduct(idat.d, fg);
373 >                tau -= outProduct( *(idat.d), fg);
374                }
375            
376                for (vector<int>::iterator ia = atomListRow.begin();
377                     ia != atomListRow.end(); ++ia) {            
378                  atom1 = (*ia);                
379 <                mf = fDecomp_->getMfactRow(atom1);
379 >                mf = fDecomp_->getMassFactorRow(atom1);
380                  // fg is the force on atom ia due to cutoff group's
381                  // presence in switching region
382                  fg = swderiv * d_grp * mf;
# Line 401 | Line 394 | namespace OpenMD {
394                for (vector<int>::iterator jb = atomListColumn.begin();
395                     jb != atomListColumn.end(); ++jb) {              
396                  atom2 = (*jb);
397 <                mf = fDecomp_->getMfactColumn(atom2);
397 >                mf = fDecomp_->getMassFactorColumn(atom2);
398                  // fg is the force on atom jb due to cutoff group's
399                  // presence in switching region
400                  fg = -swderiv * d_grp * mf;
# Line 427 | Line 420 | namespace OpenMD {
420        if (iLoop == PREPAIR_LOOP) {
421          if (info_->requiresPrepair()) {            
422            fDecomp_->collectIntermediateData();
423 <          atomListLocal = fDecomp_->getAtomList();
424 <          for (vector<int>::iterator ia = atomListLocal.begin();
432 <               ia != atomListLocal.end(); ++ia) {              
433 <            atom1 = (*ia);            
423 >
424 >          for (int atom1 = 0; atom1 < info_->getNAtoms(); atom1++) {
425              sdat = fDecomp_->fillSelfData(atom1);
426              interactionMan_->doPreForce(sdat);
427            }
428 +
429            fDecomp_->distributeIntermediateData();        
430          }
431        }
# Line 442 | Line 434 | namespace OpenMD {
434      
435      fDecomp_->collectData();
436      
437 <    if (info_->requiresSkipCorrection() || info_->requiresSelfCorrection()) {
438 <      atomListLocal = fDecomp_->getAtomList();
439 <      for (vector<int>::iterator ia = atomListLocal.begin();
448 <           ia != atomListLocal.end(); ++ia) {              
449 <        atom1 = (*ia);    
437 >    if ( info_->requiresSkipCorrection() ) {
438 >      
439 >      for (int atom1 = 0; atom1 < fDecomp_->getNAtomsInRow(); atom1++) {
440  
441 <        if (info_->requiresSkipCorrection()) {
442 <          vector<int> skipList = fDecomp_->getSkipsForAtom(atom1);
443 <          for (vector<int>::iterator jb = skipList.begin();
444 <               jb != skipList.end(); ++jb) {              
445 <            atom2 = (*jb);
446 <            idat = fDecomp_->fillSkipData(atom1, atom2);
447 <            interactionMan_->doSkipCorrection(idat);
448 <          }
441 >        vector<int> skipList = fDecomp_->getSkipsForRowAtom( atom1 );
442 >        
443 >        for (vector<int>::iterator jb = skipList.begin();
444 >             jb != skipList.end(); ++jb) {        
445 >    
446 >          atom2 = (*jb);
447 >          idat = fDecomp_->fillSkipData(atom1, atom2);
448 >          interactionMan_->doSkipCorrection(idat);
449 >
450          }
460 –          
461 –        if (info_->requiresSelfCorrection()) {
462 –          sdat = fDecomp_->fillSelfData(atom1);
463 –          interactionMan_->doSelfCorrection(sdat);
464 –        }
451        }
452      }
453 +    
454 +    if (info_->requiresSelfCorrection()) {
455  
456 <    for (int i=0; i<LR_POT_TYPES;i++){
457 <      lrPot += longRangePotential[i]; //Quick hack
456 >      for (int atom1 = 0; atom1 < info_->getNAtoms(); atom1++) {          
457 >        sdat = fDecomp_->fillSelfData(atom1);
458 >        interactionMan_->doSelfCorrection(sdat);
459 >      }
460 >
461      }
462 <        
462 >
463 >    longRangePotential = fDecomp_->getLongRangePotential();
464 >    lrPot = longRangePotential.sum();
465 >
466      //store the tau and long range potential    
467      curSnapshot->statData[Stats::LONG_RANGE_POTENTIAL] = lrPot;
468 <    curSnapshot->statData[Stats::VANDERWAALS_POTENTIAL] = longRangePotential[VDW_POT];
469 <    curSnapshot->statData[Stats::ELECTROSTATIC_POTENTIAL] = longRangePotential[ELECTROSTATIC_POT];
468 >    curSnapshot->statData[Stats::VANDERWAALS_POTENTIAL] = longRangePotential[VANDERWAALS_FAMILY];
469 >    curSnapshot->statData[Stats::ELECTROSTATIC_POTENTIAL] = longRangePotential[ELECTROSTATIC_FAMILY];
470    }
471  
472    

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– Removed lines
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