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root/OpenMD/branches/development/src/brains/ForceManager.cpp
(Generate patch)

Comparing branches/development/src/brains/ForceManager.cpp (file contents):
Revision 1550 by gezelter, Wed Apr 27 21:49:59 2011 UTC vs.
Revision 1570 by gezelter, Thu May 26 21:56:04 2011 UTC

# Line 55 | Line 55
55   #include "primitives/Bend.hpp"
56   #include "primitives/Torsion.hpp"
57   #include "primitives/Inversion.hpp"
58 – #include "parallel/ForceMatrixDecomposition.hpp"
58   #include "nonbonded/NonBondedInteraction.hpp"
59 + #include "parallel/ForceMatrixDecomposition.hpp"
60  
61   using namespace std;
62   namespace OpenMD {
# Line 72 | Line 72 | namespace OpenMD {
72    
73    void ForceManager::calcForces() {
74      
75 <    if (!info_->isFortranInitialized()) {
75 >    if (!info_->isTopologyDone()) {
76        info_->update();
77        interactionMan_->setSimInfo(info_);
78        interactionMan_->initialize();
79        swfun_ = interactionMan_->getSwitchingFunction();
80        fDecomp_->distributeInitialData();
81 <      info_->setupFortran();
81 >      info_->prepareTopology();
82      }
83      
84      preCalculation();  
# Line 323 | Line 323 | namespace OpenMD {
323          rCutSq = groupCutoffMap[gtypes].first;
324  
325          if (rgrpsq < rCutSq) {
326 <          idat.rcut = groupCutoffMap[gtypes].second;
326 >          *(idat.rcut) = groupCutoffMap[gtypes].second;
327            if (iLoop == PAIR_LOOP) {
328              vij *= 0.0;
329              fij = V3Zero;
330            }
331            
332 <          in_switching_region = swfun_->getSwitch(rgrpsq, idat.sw, dswdr, rgrp);              
332 >          in_switching_region = swfun_->getSwitch(rgrpsq, *(idat.sw), dswdr,
333 >                                                  rgrp);              
334            atomListRow = fDecomp_->getAtomsInGroupRow(cg1);
335            atomListColumn = fDecomp_->getAtomsInGroupColumn(cg2);
336  
# Line 346 | Line 347 | namespace OpenMD {
347                  idat = fDecomp_->fillInteractionData(atom1, atom2);
348  
349                  if (atomListRow.size() == 1 && atomListColumn.size() == 1) {
350 <                  idat.d = d_grp;
351 <                  idat.r2 = rgrpsq;
350 >                  *(idat.d) = d_grp;
351 >                  *(idat.r2) = rgrpsq;
352                  } else {
353 <                  idat.d = fDecomp_->getInteratomicVector(atom1, atom2);
354 <                  curSnapshot->wrapVector(idat.d);
355 <                  idat.r2 = idat.d.lengthSquare();
353 >                  *(idat.d) = fDecomp_->getInteratomicVector(atom1, atom2);
354 >                  curSnapshot->wrapVector( *(idat.d) );
355 >                  *(idat.r2) = idat.d->lengthSquare();
356                  }
357                  
358 <                idat.rij = sqrt(idat.r2);
358 >                *(idat.rij) = sqrt( *(idat.r2) );
359                
360                  if (iLoop == PREPAIR_LOOP) {
361                    interactionMan_->doPrePair(idat);
362                  } else {
363                    interactionMan_->doPair(idat);
364 <                  vij += idat.vpair;
365 <                  fij += idat.f1;
366 <                  tau -= outProduct(idat.d, idat.f1);
364 >                  vij += *(idat.vpair);
365 >                  fij += *(idat.f1);
366 >                  tau -= outProduct( *(idat.d), *(idat.f1));
367                  }
368                }
369              }
# Line 376 | Line 377 | namespace OpenMD {
377                fij += fg;
378  
379                if (atomListRow.size() == 1 && atomListColumn.size() == 1) {
380 <                tau -= outProduct(idat.d, fg);
380 >                tau -= outProduct( *(idat.d), fg);
381                }
382            
383                for (vector<int>::iterator ia = atomListRow.begin();
384                     ia != atomListRow.end(); ++ia) {            
385                  atom1 = (*ia);                
386 <                mf = fDecomp_->getMfactRow(atom1);
386 >                mf = fDecomp_->getMassFactorRow(atom1);
387                  // fg is the force on atom ia due to cutoff group's
388                  // presence in switching region
389                  fg = swderiv * d_grp * mf;
# Line 400 | Line 401 | namespace OpenMD {
401                for (vector<int>::iterator jb = atomListColumn.begin();
402                     jb != atomListColumn.end(); ++jb) {              
403                  atom2 = (*jb);
404 <                mf = fDecomp_->getMfactColumn(atom2);
404 >                mf = fDecomp_->getMassFactorColumn(atom2);
405                  // fg is the force on atom jb due to cutoff group's
406                  // presence in switching region
407                  fg = -swderiv * d_grp * mf;
# Line 426 | Line 427 | namespace OpenMD {
427        if (iLoop == PREPAIR_LOOP) {
428          if (info_->requiresPrepair()) {            
429            fDecomp_->collectIntermediateData();
430 <          atomListLocal = fDecomp_->getAtomList();
431 <          for (vector<int>::iterator ia = atomListLocal.begin();
431 <               ia != atomListLocal.end(); ++ia) {              
432 <            atom1 = (*ia);            
430 >
431 >          for (int atom1 = 0; atom1 < info_->getNAtoms(); atom1++) {
432              sdat = fDecomp_->fillSelfData(atom1);
433              interactionMan_->doPreForce(sdat);
434            }
435 +
436            fDecomp_->distributeIntermediateData();        
437          }
438        }
# Line 441 | Line 441 | namespace OpenMD {
441      
442      fDecomp_->collectData();
443      
444 <    if (info_->requiresSkipCorrection() || info_->requiresSelfCorrection()) {
445 <      atomListLocal = fDecomp_->getAtomList();
446 <      for (vector<int>::iterator ia = atomListLocal.begin();
447 <           ia != atomListLocal.end(); ++ia) {              
448 <        atom1 = (*ia);    
444 >    if ( info_->requiresSkipCorrection() ) {
445 >      
446 >      for (int atom1 = 0; atom1 < fDecomp_->getNAtomsInRow(); atom1++) {
447  
448 <        if (info_->requiresSkipCorrection()) {
449 <          vector<int> skipList = fDecomp_->getSkipsForAtom(atom1);
450 <          for (vector<int>::iterator jb = skipList.begin();
451 <               jb != skipList.end(); ++jb) {              
452 <            atom2 = (*jb);
453 <            idat = fDecomp_->fillSkipData(atom1, atom2);
454 <            interactionMan_->doSkipCorrection(idat);
455 <          }
448 >        vector<int> skipList = fDecomp_->getSkipsForRowAtom( atom1 );
449 >        
450 >        for (vector<int>::iterator jb = skipList.begin();
451 >             jb != skipList.end(); ++jb) {        
452 >    
453 >          atom2 = (*jb);
454 >          idat = fDecomp_->fillSkipData(atom1, atom2);
455 >          interactionMan_->doSkipCorrection(idat);
456 >
457          }
459 –          
460 –        if (info_->requiresSelfCorrection()) {
461 –          sdat = fDecomp_->fillSelfData(atom1);
462 –          interactionMan_->doSelfCorrection(sdat);
463 –        }
458        }
459      }
460 +    
461 +    if (info_->requiresSelfCorrection()) {
462  
463 +      for (int atom1 = 0; atom1 < info_->getNAtoms(); atom1++) {          
464 +        sdat = fDecomp_->fillSelfData(atom1);
465 +        interactionMan_->doSelfCorrection(sdat);
466 +      }
467 +
468 +    }
469 +
470      // dangerous to iterate over enums, but we'll live on the edge:
471      for (int i = NO_FAMILY; i != N_INTERACTION_FAMILIES; ++i){
472        lrPot += longRangePotential[i]; //Quick hack

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