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root/OpenMD/branches/development/src/brains/ForceManager.cpp
(Generate patch)

Comparing branches/development/src/brains/ForceManager.cpp (file contents):
Revision 1592 by gezelter, Tue Jul 12 20:33:14 2011 UTC vs.
Revision 1613 by gezelter, Thu Aug 18 20:18:19 2011 UTC

# Line 108 | Line 108 | namespace OpenMD {
108      
109      Globals* simParams_ = info_->getSimParams();
110      ForceFieldOptions& forceFieldOptions_ = forceField_->getForceFieldOptions();
111 +    int mdFileVersion;
112      
113 +    if (simParams_->haveMDfileVersion())
114 +      mdFileVersion = simParams_->getMDfileVersion();
115 +    else
116 +      mdFileVersion = 0;
117 +  
118 +
119      if (simParams_->haveCutoffRadius()) {
120        rCut_ = simParams_->getCutoffRadius();
121      } else {      
# Line 582 | Line 589 | namespace OpenMD {
589          bool update_nlist = fDecomp_->checkNeighborList();
590          if (update_nlist)
591            neighborList = fDecomp_->buildNeighborList();
592 <      }      
593 <        
592 >      }            
593 >
594        for (vector<pair<int, int> >::iterator it = neighborList.begin();
595               it != neighborList.end(); ++it) {
596                  
# Line 593 | Line 600 | namespace OpenMD {
600          cuts = fDecomp_->getGroupCutoffs(cg1, cg2);
601  
602          d_grp  = fDecomp_->getIntergroupVector(cg1, cg2);
603 +
604          curSnapshot->wrapVector(d_grp);        
605          rgrpsq = d_grp.lengthSquare();
598 –
606          rCutSq = cuts.second;
607  
608          if (rgrpsq < rCutSq) {
# Line 610 | Line 617 | namespace OpenMD {
617                
618            atomListRow = fDecomp_->getAtomsInGroupRow(cg1);
619            atomListColumn = fDecomp_->getAtomsInGroupColumn(cg2);
620 +                      
621  
622            for (vector<int>::iterator ia = atomListRow.begin();
623                 ia != atomListRow.end(); ++ia) {            
# Line 618 | Line 626 | namespace OpenMD {
626              for (vector<int>::iterator jb = atomListColumn.begin();
627                   jb != atomListColumn.end(); ++jb) {              
628                atom2 = (*jb);
629 <            
629 >
630                if (!fDecomp_->skipAtomPair(atom1, atom2)) {
631                  vpair = 0.0;
632                  workPot = 0.0;
# Line 640 | Line 648 | namespace OpenMD {
648                    idat.d = &d;
649                    idat.r2 = &r2;
650                  }
651 <                
651 >              
652                  r = sqrt( *(idat.r2) );
653                  idat.rij = &r;
654                
# Line 649 | Line 657 | namespace OpenMD {
657                  } else {
658                    interactionMan_->doPair(idat);
659                    fDecomp_->unpackInteractionData(idat, atom1, atom2);
660 +
661                    vij += vpair;
662                    fij += f1;
654 –                  cerr << "ats = " << atom1 << " " << atom2 << "d = " << *(idat.d) << " f1 = " << f1 << "\n";
663                    tau -= outProduct( *(idat.d), f1);
664                  }
665                }
# Line 705 | Line 713 | namespace OpenMD {
713                  }
714                }
715              }
716 <            //if (!SIM_uses_AtomicVirial) {
716 >            //if (!info_->usesAtomicVirial()) {
717              //  tau -= outProduct(d_grp, fij);
718              //}
719            }
# Line 726 | Line 734 | namespace OpenMD {
734  
735          }
736        }
729 –
737      }
738      
739      fDecomp_->collectData();

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines