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root/OpenMD/branches/development/src/brains/ForceManager.cpp
(Generate patch)

Comparing branches/development/src/brains/ForceManager.cpp (file contents):
Revision 1710 by gezelter, Fri May 18 21:44:02 2012 UTC vs.
Revision 1723 by gezelter, Thu May 24 20:59:54 2012 UTC

# Line 388 | Line 388 | namespace OpenMD {
388        setupCutoffs();
389  
390        info_->prepareTopology();      
391 +
392 +      doParticlePot_ = info_->getSimParams()->getOutputParticlePotential();
393 +      doHeatFlux_ = info_->getSimParams()->getPrintHeatFlux();
394 +      if (doHeatFlux_) doParticlePot_ = true;
395 +  
396      }
397  
398      ForceFieldOptions& fopts = forceField_->getForceFieldOptions();
# Line 468 | Line 473 | namespace OpenMD {
473      }
474      
475      // Zero out the stress tensor
476 <    tau *= 0.0;
477 <    
476 >    stressTensor *= 0.0;
477 >    // Zero out the heatFlux
478 >    fDecomp_->setHeatFlux( V3Zero );    
479    }
480    
481    void ForceManager::shortRangeInteractions() {
# Line 502 | Line 508 | namespace OpenMD {
508  
509        for (bond = mol->beginBond(bondIter); bond != NULL;
510             bond = mol->nextBond(bondIter)) {
511 <        bond->calcForce();
511 >        bond->calcForce(doParticlePot_);
512          bondPotential += bond->getPotential();
513        }
514  
# Line 510 | Line 516 | namespace OpenMD {
516             bend = mol->nextBend(bendIter)) {
517          
518          RealType angle;
519 <        bend->calcForce(angle);
519 >        bend->calcForce(angle, doParticlePot_);
520          RealType currBendPot = bend->getPotential();          
521          
522          bendPotential += bend->getPotential();
# Line 535 | Line 541 | namespace OpenMD {
541        for (torsion = mol->beginTorsion(torsionIter); torsion != NULL;
542             torsion = mol->nextTorsion(torsionIter)) {
543          RealType angle;
544 <        torsion->calcForce(angle);
544 >        torsion->calcForce(angle, doParticlePot_);
545          RealType currTorsionPot = torsion->getPotential();
546          torsionPotential += torsion->getPotential();
547          map<Torsion*, TorsionDataSet>::iterator i = torsionDataSets.find(torsion);
# Line 559 | Line 565 | namespace OpenMD {
565             inversion != NULL;
566             inversion = mol->nextInversion(inversionIter)) {
567          RealType angle;
568 <        inversion->calcForce(angle);
568 >        inversion->calcForce(angle, doParticlePot_);
569          RealType currInversionPot = inversion->getPotential();
570          inversionPotential += inversion->getPotential();
571          map<Inversion*, InversionDataSet>::iterator i = inversionDataSets.find(inversion);
# Line 591 | Line 597 | namespace OpenMD {
597    }
598    
599    void ForceManager::longRangeInteractions() {
600 +
601  
602      Snapshot* curSnapshot = info_->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot();
603      DataStorage* config = &(curSnapshot->atomData);
# Line 615 | Line 622 | namespace OpenMD {
622        // center of mass of the group is the same as position of the atom  
623        // if cutoff group does not exist
624        cgConfig->position = config->position;
625 +      cgConfig->velocity = config->velocity;
626      }
627  
628      fDecomp_->zeroWorkArrays();
629      fDecomp_->distributeData();
630      
631      int cg1, cg2, atom1, atom2, topoDist;
632 <    Vector3d d_grp, dag, d;
632 >    Vector3d d_grp, dag, d, gvel2, vel2;
633      RealType rgrpsq, rgrp, r2, r;
634      RealType electroMult, vdwMult;
635      RealType vij;
# Line 638 | Line 646 | namespace OpenMD {
646      RealType vpair;
647      potVec longRangePotential(0.0);
648      potVec workPot(0.0);
649 +    vector<int>::iterator ia, jb;
650  
651      int loopStart, loopEnd;
652  
# Line 650 | Line 659 | namespace OpenMD {
659      idat.sw = &sw;
660      idat.shiftedPot = (cutoffMethod_ == SHIFTED_POTENTIAL) ? true : false;
661      idat.shiftedForce = (cutoffMethod_ == SHIFTED_FORCE) ? true : false;
662 +    idat.doParticlePot = doParticlePot_;
663 +    sdat.doParticlePot = doParticlePot_;
664      
665      loopEnd = PAIR_LOOP;
666      if (info_->requiresPrepair() ) {
# Line 693 | Line 704 | namespace OpenMD {
704            atomListRow = fDecomp_->getAtomsInGroupRow(cg1);
705            atomListColumn = fDecomp_->getAtomsInGroupColumn(cg2);
706  
707 <          for (vector<int>::iterator ia = atomListRow.begin();
707 >          if (doHeatFlux_)
708 >            gvel2 = fDecomp_->getGroupVelocityColumn(cg2);
709 >        
710 >          for (ia = atomListRow.begin();
711                 ia != atomListRow.end(); ++ia) {            
712              atom1 = (*ia);
713              
714 <            for (vector<int>::iterator jb = atomListColumn.begin();
714 >            for (jb = atomListColumn.begin();
715                   jb != atomListColumn.end(); ++jb) {              
716                atom2 = (*jb);
717  
# Line 715 | Line 729 | namespace OpenMD {
729                  if (atomListRow.size() == 1 && atomListColumn.size() == 1) {
730                    idat.d = &d_grp;
731                    idat.r2 = &rgrpsq;
732 +                  if (doHeatFlux_)
733 +                    vel2 = gvel2;
734                  } else {
735                    d = fDecomp_->getInteratomicVector(atom1, atom2);
736                    curSnapshot->wrapVector( d );
737                    r2 = d.lengthSquare();
738                    idat.d = &d;
739                    idat.r2 = &r2;
740 +                  if (doHeatFlux_)
741 +                    vel2 = fDecomp_->getAtomVelocityColumn(atom2);
742                  }
743                
744                  r = sqrt( *(idat.r2) );
# Line 733 | Line 751 | namespace OpenMD {
751                    fDecomp_->unpackInteractionData(idat, atom1, atom2);
752                    vij += vpair;
753                    fij += f1;
754 <                  tau -= outProduct( *(idat.d), f1);
754 >                  stressTensor -= outProduct( *(idat.d), f1);
755 >                  if (doHeatFlux_)
756 >                    fDecomp_->addToHeatFlux(*(idat.d) * dot(f1, vel2));
757                  }
758                }
759              }
# Line 746 | Line 766 | namespace OpenMD {
766                fij += fg;
767  
768                if (atomListRow.size() == 1 && atomListColumn.size() == 1) {
769 <                tau -= outProduct( *(idat.d), fg);
769 >                stressTensor -= outProduct( *(idat.d), fg);
770 >                if (doHeatFlux_)
771 >                  fDecomp_->addToHeatFlux(*(idat.d) * dot(fg, vel2));
772 >                
773                }
774            
775 <              for (vector<int>::iterator ia = atomListRow.begin();
775 >              for (ia = atomListRow.begin();
776                     ia != atomListRow.end(); ++ia) {            
777                  atom1 = (*ia);                
778                  mf = fDecomp_->getMassFactorRow(atom1);
# Line 762 | Line 785 | namespace OpenMD {
785                      // find the distance between the atom
786                      // and the center of the cutoff group:
787                      dag = fDecomp_->getAtomToGroupVectorRow(atom1, cg1);
788 <                    tau -= outProduct(dag, fg);
788 >                    stressTensor -= outProduct(dag, fg);
789 >                    if (doHeatFlux_)
790 >                      fDecomp_->addToHeatFlux( dag * dot(fg, vel2));
791                    }
792                  }
793                }
794 <              for (vector<int>::iterator jb = atomListColumn.begin();
794 >              for (jb = atomListColumn.begin();
795                     jb != atomListColumn.end(); ++jb) {              
796                  atom2 = (*jb);
797                  mf = fDecomp_->getMassFactorColumn(atom2);
# Line 780 | Line 805 | namespace OpenMD {
805                      // find the distance between the atom
806                      // and the center of the cutoff group:
807                      dag = fDecomp_->getAtomToGroupVectorColumn(atom2, cg2);
808 <                    tau -= outProduct(dag, fg);
808 >                    stressTensor -= outProduct(dag, fg);
809 >                    if (doHeatFlux_)
810 >                      fDecomp_->addToHeatFlux( dag * dot(fg, vel2));
811                    }
812                  }
813                }
814              }
815              //if (!info_->usesAtomicVirial()) {
816 <            //  tau -= outProduct(d_grp, fij);
816 >            //  stressTensor -= outProduct(d_grp, fij);
817 >            //  if (doHeatFlux_)
818 >            //     fDecomp_->addToHeatFlux( d_grp * dot(fij, vel2));
819              //}
820            }
821          }
# Line 824 | Line 853 | namespace OpenMD {
853  
854      lrPot = longRangePotential.sum();
855  
856 <    //store the tau and long range potential    
856 >    //store the stressTensor and long range potential    
857      curSnapshot->statData[Stats::LONG_RANGE_POTENTIAL] = lrPot;
858      curSnapshot->statData[Stats::VANDERWAALS_POTENTIAL] = longRangePotential[VANDERWAALS_FAMILY];
859      curSnapshot->statData[Stats::ELECTROSTATIC_POTENTIAL] = longRangePotential[ELECTROSTATIC_FAMILY];
# Line 845 | Line 874 | namespace OpenMD {
874        for (rb = mol->beginRigidBody(rbIter); rb != NULL;
875             rb = mol->nextRigidBody(rbIter)) {
876          Mat3x3d rbTau = rb->calcForcesAndTorquesAndVirial();
877 <        tau += rbTau;
877 >        stressTensor += rbTau;
878        }
879      }
880      
881   #ifdef IS_MPI
882 <    Mat3x3d tmpTau(tau);
883 <    MPI_Allreduce(tmpTau.getArrayPointer(), tau.getArrayPointer(),
884 <                  9, MPI_REALTYPE, MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
882 >
883 >    MPI::COMM_WORLD.Allreduce(MPI::IN_PLACE, stressTensor.getArrayPointer(), 9,
884 >                              MPI::REALTYPE, MPI::SUM);
885   #endif
886 <    curSnapshot->setTau(tau);
886 >    curSnapshot->setStressTensor(stressTensor);
887 >    
888    }
889  
890   } //end namespace OpenMD

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