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root/OpenMD/branches/development/src/brains/SimInfo.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/brains/SimInfo.cpp (file contents):
Revision 316 by tim, Fri Feb 11 22:41:02 2005 UTC vs.
Revision 430 by tim, Thu Mar 10 23:56:42 2005 UTC

# Line 73 | Line 73 | SimInfo::SimInfo(std::vector<std::pair<MoleculeStamp*,
73                                  nGlobalIntegrableObjects_(0), nGlobalRigidBodies_(0),
74                                  nAtoms_(0), nBonds_(0),  nBends_(0), nTorsions_(0), nRigidBodies_(0),
75                                  nIntegrableObjects_(0),  nCutoffGroups_(0), nConstraints_(0),
76 <                                sman_(NULL), fortranInitialized_(false), selectMan_(NULL) {
76 >                                sman_(NULL), fortranInitialized_(false) {
77  
78              
79      std::vector<std::pair<MoleculeStamp*, int> >::iterator i;
# Line 139 | Line 139 | SimInfo::SimInfo(std::vector<std::pair<MoleculeStamp*,
139      molToProcMap_.resize(nGlobalMols_);
140   #endif
141  
142 –    selectMan_ = new SelectionManager(this);
143 –    selectMan_->selectAll();
142   }
143  
144   SimInfo::~SimInfo() {
145 <    //MemoryUtils::deleteVectorOfPointer(molecules_);
146 <
147 <    MemoryUtils::deleteVectorOfPointer(moleculeStamps_);
145 >    std::map<int, Molecule*>::iterator i;
146 >    for (i = molecules_.begin(); i != molecules_.end(); ++i) {
147 >        delete i->second;
148 >    }
149 >    molecules_.clear();
150 >    
151 >    MemoryUtils::deletePointers(moleculeStamps_);
152      
153      delete sman_;
154      delete simParams_;
155      delete forceField_;
154 –    delete selectMan_;
156   }
157  
158   int SimInfo::getNGlobalConstraints() {
# Line 366 | Line 367 | void SimInfo::addExcludePairs(Molecule* mol) {
367          exclude_.addPair(c, d);        
368      }
369  
370 <    
370 >    Molecule::RigidBodyIterator rbIter;
371 >    RigidBody* rb;
372 >    for (rb = mol->beginRigidBody(rbIter); rb != NULL; rb = mol->nextRigidBody(rbIter)) {
373 >        std::vector<Atom*> atoms = rb->getAtoms();
374 >        for (int i = 0; i < atoms.size() -1 ; ++i) {
375 >            for (int j = i + 1; j < atoms.size(); ++j) {
376 >                a = atoms[i]->getGlobalIndex();
377 >                b = atoms[j]->getGlobalIndex();
378 >                exclude_.addPair(a, b);
379 >            }
380 >        }
381 >    }        
382 >
383 >    Molecule::CutoffGroupIterator cgIter;
384 >    CutoffGroup* cg;
385 >    for (cg = mol->beginCutoffGroup(cgIter); cg != NULL; cg = mol->nextCutoffGroup(cgIter)) {
386 >        std::vector<Atom*> atoms = cg->getAtoms();
387 >        for (int i = 0; i < atoms.size() -1 ; ++i) {
388 >            for (int j = i + 1; j < atoms.size(); ++j) {
389 >                a = atoms[i]->getGlobalIndex();
390 >                b = atoms[j]->getGlobalIndex();
391 >                exclude_.addPair(a, b);
392 >            }
393 >        }
394 >    }  
395 >
396   }
397  
398   void SimInfo::removeExcludePairs(Molecule* mol) {
# Line 410 | Line 436 | void SimInfo::removeExcludePairs(Molecule* mol) {
436          exclude_.removePair(b, d);
437          exclude_.removePair(c, d);        
438      }
439 +
440 +    Molecule::RigidBodyIterator rbIter;
441 +    RigidBody* rb;
442 +    for (rb = mol->beginRigidBody(rbIter); rb != NULL; rb = mol->nextRigidBody(rbIter)) {
443 +        std::vector<Atom*> atoms = rb->getAtoms();
444 +        for (int i = 0; i < atoms.size() -1 ; ++i) {
445 +            for (int j = i + 1; j < atoms.size(); ++j) {
446 +                a = atoms[i]->getGlobalIndex();
447 +                b = atoms[j]->getGlobalIndex();
448 +                exclude_.removePair(a, b);
449 +            }
450 +        }
451 +    }        
452  
453 +    Molecule::CutoffGroupIterator cgIter;
454 +    CutoffGroup* cg;
455 +    for (cg = mol->beginCutoffGroup(cgIter); cg != NULL; cg = mol->nextCutoffGroup(cgIter)) {
456 +        std::vector<Atom*> atoms = cg->getAtoms();
457 +        for (int i = 0; i < atoms.size() -1 ; ++i) {
458 +            for (int j = i + 1; j < atoms.size(); ++j) {
459 +                a = atoms[i]->getGlobalIndex();
460 +                b = atoms[j]->getGlobalIndex();
461 +                exclude_.removePair(a, b);
462 +            }
463 +        }
464 +    }  
465 +
466   }
467  
468  
# Line 754 | Line 806 | double SimInfo::calcMaxCutoffRadius() {
806      return maxCutoffRadius;
807   }
808  
809 < void SimInfo::setupCutoff() {
758 <    double rcut_;  //cutoff radius
759 <    double rsw_; //switching radius
809 > void SimInfo::getCutoff(double& rcut, double& rsw) {
810      
811      if (fInfo_.SIM_uses_Charges | fInfo_.SIM_uses_Dipoles | fInfo_.SIM_uses_RF) {
812          
# Line 767 | Line 817 | void SimInfo::setupCutoff() {
817                  "\tfor the cutoffRadius.\n");
818              painCave.isFatal = 0;
819              simError();
820 <            rcut_ = 15.0;
820 >            rcut = 15.0;
821          } else{
822 <            rcut_ = simParams_->getRcut();
822 >            rcut = simParams_->getRcut();
823          }
824  
825          if (!simParams_->haveRsw()){
# Line 779 | Line 829 | void SimInfo::setupCutoff() {
829                  "\t0.95 * cutoffRadius for the switchingRadius\n");
830              painCave.isFatal = 0;
831              simError();
832 <            rsw_ = 0.95 * rcut_;
832 >            rsw = 0.95 * rcut;
833          } else{
834 <            rsw_ = simParams_->getRsw();
834 >            rsw = simParams_->getRsw();
835          }
836  
837      } else {
# Line 789 | Line 839 | void SimInfo::setupCutoff() {
839          //meta-data file, the maximum cutoff radius calculated from forcefiled will be used
840          
841          if (simParams_->haveRcut()) {
842 <            rcut_ = simParams_->getRcut();
842 >            rcut = simParams_->getRcut();
843          } else {
844              //set cutoff radius to the maximum cutoff radius based on atom types in the whole system
845 <            rcut_ = calcMaxCutoffRadius();
845 >            rcut = calcMaxCutoffRadius();
846          }
847  
848          if (simParams_->haveRsw()) {
849 <            rsw_  = simParams_->getRsw();
849 >            rsw  = simParams_->getRsw();
850          } else {
851 <            rsw_ = rcut_;
851 >            rsw = rcut;
852          }
853      
854      }
855 <        
855 > }
856 >
857 > void SimInfo::setupCutoff() {
858 >    getCutoff(rcut_, rsw_);    
859      double rnblist = rcut_ + 1; // skin of neighbor list
860  
861      //Pass these cutoff radius etc. to fortran. This function should be called once and only once
# Line 834 | Line 887 | void SimInfo::setSnapshotManager(SnapshotManager* sman
887   }
888  
889   void SimInfo::setSnapshotManager(SnapshotManager* sman) {
890 +    //if (sman_ == sman_) {
891 +    //    return;
892 +    //}
893 +    
894 +    //delete sman_;
895      sman_ = sman;
896  
897      Molecule* mol;

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