| 35 | 
  | 
 *                                                                       | 
| 36 | 
  | 
 * [1]  Meineke, et al., J. Comp. Chem. 26, 252-271 (2005).              | 
| 37 | 
  | 
 * [2]  Fennell & Gezelter, J. Chem. Phys. 124, 234104 (2006).           | 
| 38 | 
< | 
 * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 24107 (2008).           | 
| 39 | 
< | 
 * [4]  Vardeman & Gezelter, in progress (2009).                         | 
| 38 | 
> | 
 * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 234107 (2008).           | 
| 39 | 
> | 
 * [4]  Kuang & Gezelter,  J. Chem. Phys. 133, 164101 (2010). | 
| 40 | 
> | 
 * [5]  Vardeman, Stocker & Gezelter, J. Chem. Theory Comput. 7, 834 (2011). | 
| 41 | 
  | 
 */ | 
| 42 | 
  | 
 | 
| 43 | 
  | 
#include "hydrodynamics/HydroProp.hpp" | 
| 46 | 
  | 
 | 
| 47 | 
  | 
namespace OpenMD { | 
| 48 | 
  | 
   | 
| 49 | 
< | 
  HydroProp::HydroProp(){     | 
| 49 | 
< | 
    hasCOR = false; | 
| 50 | 
< | 
    hasXi = false; | 
| 49 | 
> | 
  HydroProp::HydroProp() : hasCOR(false), hasXi(false) {     | 
| 50 | 
  | 
  } | 
| 51 | 
  | 
   | 
| 52 | 
< | 
  HydroProp::HydroProp(Vector3d cor, Mat6x6d Xi, Mat6x6d D) : cor_(cor), Xi_(Xi), D_(D){ | 
| 53 | 
< | 
    hasCOR = true; | 
| 54 | 
< | 
    hasXi = true; | 
| 52 | 
> | 
  HydroProp::HydroProp(Vector3d cor, Mat6x6d Xi, Mat6x6d D) : cor_(cor),  | 
| 53 | 
> | 
                                                              Xi_(Xi), D_(D),  | 
| 54 | 
> | 
                                                              hasCOR(true),  | 
| 55 | 
> | 
                                                              hasXi(true) { | 
| 56 | 
  | 
  } | 
| 57 | 
  | 
   | 
| 58 | 
< | 
  HydroProp::HydroProp(const std::string frictionLine) { | 
| 58 | 
> | 
  HydroProp::HydroProp(const std::string &frictionLine) : hasCOR(false), | 
| 59 | 
> | 
                                                          hasXi(false) { | 
| 60 | 
  | 
     | 
| 61 | 
  | 
    StringTokenizer tokenizer(frictionLine); | 
| 62 | 
  | 
    if (tokenizer.countTokens() >= 40) { | 
| 65 | 
  | 
      cor_[1] = tokenizer.nextTokenAsDouble(); | 
| 66 | 
  | 
      cor_[2] = tokenizer.nextTokenAsDouble(); | 
| 67 | 
  | 
       | 
| 68 | 
+ | 
      hasCOR = true; | 
| 69 | 
+ | 
 | 
| 70 | 
  | 
      Xitt_(0,0) = tokenizer.nextTokenAsDouble(); | 
| 71 | 
  | 
      Xitt_(0,1) = tokenizer.nextTokenAsDouble(); | 
| 72 | 
  | 
      Xitt_(0,2) = tokenizer.nextTokenAsDouble(); | 
| 112 | 
  | 
      Xi_.setSubMatrix(3, 0, Xitr_); | 
| 113 | 
  | 
      Xi_.setSubMatrix(3, 3, Xirr_); | 
| 114 | 
  | 
 | 
| 115 | 
+ | 
      hasXi = true; | 
| 116 | 
+ | 
 | 
| 117 | 
  | 
      CholeskyDecomposition(Xi_, S_);             | 
| 118 | 
  | 
 | 
| 119 | 
  | 
    } |