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root/OpenMD/branches/development/src/io/RestReader.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/io/RestReader.cpp (file contents):
Revision 417 by chrisfen, Thu Mar 10 15:10:24 2005 UTC vs.
Revision 990 by chrisfen, Mon Jun 19 01:36:06 2006 UTC

# Line 60 | Line 60
60  
61   #ifdef IS_MPI
62   #include <mpi.h>
63 – #include "brains/mpiSimulation.hpp"
63   #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 0
64   #define TAKE_THIS_TAG_INT 1
65   #define TAKE_THIS_TAG_DOUBLE 2
# Line 69 | Line 68 | namespace oopse {
68   namespace oopse {
69    
70    RestReader::RestReader( SimInfo* info ) : info_(info){
71 <        
71 >    
72      idealName = "idealCrystal.in";
73      
74      isScanned = false;
# Line 93 | Line 92 | namespace oopse {
92              "File \"idealCrystal.in\" opened successfully for reading." );
93      MPIcheckPoint();
94   #endif
95 +
96      return;  
97    }
98    
# Line 122 | Line 122 | namespace oopse {
122    
123    
124    void RestReader :: readIdealCrystal(){
125 <    
125 >        
126      int i;
127      unsigned int j;
128 <    
128 >
129   #ifdef IS_MPI
130      int done, which_node, which_atom; // loop counter
131   #endif //is_mpi
# Line 220 | Line 220 | namespace oopse {
220      int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
221      
222      MPI_Status istatus;
223 –    int localIndex;
223      int nCurObj;
224      int nitems;
225 <    
226 <    nTotObjs = info_->getTotIntegrableObjects();
225 >    int haveError;
226 >
227 >    nTotObjs = info_->getNGlobalIntegrableObjects();
228      haveError = 0;
229 <    
229 >
230      if (worldRank == masterNode) {
231        eof_test = fgets(read_buffer, sizeof(read_buffer), inIdealFile);
232        if( eof_test == NULL ){
# Line 259 | Line 259 | namespace oopse {
259          painCave.isFatal = 1;
260          simError();
261        }
262 <      
262 >
263 >      MPI_Bcast(read_buffer, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, masterNode, MPI_COMM_WORLD);
264 >
265        for (i=0 ; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
266          int which_node = info_->getMolToProc(i);
267          
268          if(which_node == masterNode){
269            //molecules belong to master node
270            
271 <          localIndex = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
271 >          mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
272            
273 <          if(localIndex == NULL) {
274 <            strcpy(painCave.errMsg,
275 <                   "RestReader Error: Molecule not found on node %d!",
276 <                   worldRank);
273 >          if(mol == NULL) {
274 >            sprintf(painCave.errMsg,
275 >                    "RestReader Error: Molecule not found on node %d!\n",
276 >                    worldRank);
277              painCave.isFatal = 1;
278              simError();
279            }
# Line 291 | Line 293 | namespace oopse {
293                painCave.isFatal = 1;
294                simError();
295              }
296 <            
297 <            parseIdealLine(read_buffer, integrableObjects[j]);
296 >        
297 >            parseIdealLine(read_buffer, integrableObject);
298 >        
299            }
300 +
301          } else {
302            //molecule belongs to slave nodes
303            
304            MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node,
305                     TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
306            
307 <          for(j=0; j < nCurObj; j++){
307 >          for(j = 0; j < nCurObj; j++){
308              
309              eof_test = fgets(read_buffer, sizeof(read_buffer), inIdealFile);
310              if(eof_test == NULL){
# Line 313 | Line 317 | namespace oopse {
317                simError();
318              }
319              
320 <            if(haveError) nodeZeroError();
317 <            
318 <            MPI_Send(read_buffer, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
320 >            MPI_Send(read_buffer, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
321                       TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
322            }
323          }
324        }
325      } else {
326 <      //actions taken at slave nodes
326 >      //actions taken at slave nodes
327 >      MPI_Bcast(read_buffer, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, masterNode, MPI_COMM_WORLD);
328 >
329        for (i=0 ; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
330 <        int which_node = info_->getMolToProc(i);
331 <        
330 >        int which_node = info_->getMolToProc(i);
331 >
332          if(which_node == worldRank){
333            //molecule with global index i belongs to this processor
334            
335 <          localIndex = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
335 >          mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
336            
337 <          if(localIndex == NULL) {
337 >          if(mol == NULL) {
338              sprintf(painCave.errMsg,
339                      "RestReader Error: molecule not found on node %d\n",
340                      worldRank);
# Line 338 | Line 342 | namespace oopse {
342              simError();
343            }
344            
345 <          nCurObj = localIndex->getNIntegrableObjects();
345 >          nCurObj = mol->getNIntegrableObjects();
346            
347            MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, masterNode,
348                     TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
# Line 365 | Line 369 | namespace oopse {
369    
370    char* RestReader::parseIdealLine(char* readLine, StuntDouble* sd){
371      
372 <    char *foo; // the pointer to the current string token
373 <    
374 <    double pos[3];        // position place holders
375 <    double q[4];          // the quaternions
376 <    double RfromQ[3][3];  // the rotation matrix
377 <    double normalize;     // to normalize the reference unit vector
374 <    double uX, uY, uZ;    // reference unit vector place holders
375 <    double uselessToken;
372 >    RealType pos[3];        // position place holders
373 >    RealType q[4];          // the quaternions
374 >    RealType RfromQ[3][3];  // the rotation matrix
375 >    RealType normalize;     // to normalize the reference unit vector
376 >    RealType uX, uY, uZ;    // reference unit vector place holders
377 >    RealType uselessToken;
378      StringTokenizer tokenizer(readLine);
379      int nTokens;
380      
381      nTokens = tokenizer.countTokens();
382 <    
382 >
383      if (nTokens < 14) {
384        sprintf(painCave.errMsg,
385                "RestReader Error: Not enough Tokens.\n");
# Line 386 | Line 388 | namespace oopse {
388      }
389      
390      std::string name = tokenizer.nextToken();
391 <    
391 >
392      if (name != sd->getType()) {
393        
394        sprintf(painCave.errMsg,
# Line 401 | Line 403 | namespace oopse {
403      pos[0] = tokenizer.nextTokenAsDouble();
404      pos[1] = tokenizer.nextTokenAsDouble();
405      pos[2] = tokenizer.nextTokenAsDouble();
406 <    
406 >
407      // store the positions in the stuntdouble as generic data doubles
408      DoubleGenericData* refPosX = new DoubleGenericData();
409      refPosX->setID("refPosX");
410      refPosX->setData(pos[0]);
411      sd->addProperty(refPosX);
412 <    
412 >
413      DoubleGenericData* refPosY = new DoubleGenericData();
414      refPosY->setID("refPosY");
415      refPosY->setData(pos[1]);
# Line 417 | Line 419 | namespace oopse {
419      refPosZ->setID("refPosZ");
420      refPosZ->setData(pos[2]);
421      sd->addProperty(refPosZ);
422 <    
422 >
423      // we don't need the velocities
424      uselessToken = tokenizer.nextTokenAsDouble();
425      uselessToken = tokenizer.nextTokenAsDouble();
# Line 493 | Line 495 | namespace oopse {
495      char *parseErr;
496      
497      std::vector<StuntDouble*> vecParticles;
498 <    std::vector<double> tempZangs;
498 >    std::vector<RealType> tempZangs;
499        
500      inAngFileName = info_->getRestFileName();
501      
# Line 594 | Line 596 | namespace oopse {
596      
597      // first thing first, suspend fatalities.
598      painCave.isEventLoop = 1;
599 <    
599 >
600 >    int masterNode = 0;
601      int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
602 <    int haveError, index;
603 <    
604 <    int *MolToProcMap = mpiSim->getMolToProcMap();
605 <    int localIndex;
602 >    int haveError;
603 >    int intObjIndex;    
604 >    int intObjIndexTransfer;    
605 >
606      int nCurObj;
607 <    double angleTranfer;
607 >    RealType angleTranfer;
608      
609 <    nTotObjs = info_->getTotIntegrableObjects();
609 >    nTotObjs = info_->getNGlobalIntegrableObjects();
610      haveError = 0;
611 <    if (worldRank == 0) {
611 >
612 >    if (worldRank == masterNode) {
613        
614        eof_test = fgets(read_buffer, sizeof(read_buffer), inAngFile);
615        if( eof_test == NULL ){
# Line 623 | Line 627 | namespace oopse {
627            tempZangs.push_back( atof(read_buffer) );
628          eof_test = fgets(read_buffer, sizeof(read_buffer), inAngFile);
629        }
630 <      
630 >
631        // Check to see that the number of integrable objects in the
632        // intial configuration file is the same as derived from the
633        // meta-data file.
# Line 636 | Line 640 | namespace oopse {
640          simError();
641        }
642        
643 <    }
644 <    // At this point, node 0 has a tempZangs vector completed, and
641 <    // everyone else has nada
642 <    index = 0;
643 <    
644 <    for (i=0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++) {
645 <      // Get the Node number which has this atom
646 <      which_node = MolToProcMap[i];
643 >      // At this point, node 0 has a tempZangs vector completed, and
644 >      // everyone else has nada
645        
646 <      if (worldRank == 0) {
647 <        if (which_node == 0) {
648 <          localIndex = mpiSim->getGlobalToLocalMol(i);
649 <          
650 <          if(localIndex == -1) {
651 <            strcpy(painCave.errMsg, "Molecule not found on node 0!");
652 <            haveError = 1;
646 >      for (i=0 ; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
647 >        // Get the Node number which has this atom
648 >        which_node = info_->getMolToProc(i);
649 >        
650 >        if (which_node == masterNode) {
651 >          mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
652 >
653 >          if(mol == NULL) {
654 >            strcpy(painCave.errMsg, "Molecule not found on node 0!");
655 >            haveError = 1;
656 >            simError();
657 >          }
658 >
659 >          for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii);
660 >               integrableObject != NULL;
661 >               integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)){
662 >            intObjIndex = integrableObject->getGlobalIndex();
663 >            integrableObject->setZangle(tempZangs[intObjIndex]);
664 >          }    
665 >          
666 >        } else {
667 >          // I am MASTER OF THE UNIVERSE, but I don't own this molecule
668 >          // listen for the number of integrableObjects in the molecule
669 >          MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node,
670 >                   TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
671 >          
672 >          for(j=0; j < nCurObj; j++){          
673 >            // listen for which integrableObject we need to send the value for
674 >            MPI_Recv(&intObjIndexTransfer, 1, MPI_INT, which_node,
675 >                   TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
676 >            angleTransfer = tempZangs[intObjIndexTransfer];
677 >            // send the value to the node so it can initialize the object
678 >            MPI_Send(&angleTransfer, 1, MPI_REALTYPE, which_node,
679 >                     TAKE_THIS_TAG_DOUBLE, MPI_COMM_WORLD);              
680 >          }
681 >        }
682 >      }
683 >    } else {
684 >      // I am SLAVE TO THE MASTER
685 >      for (i=0 ; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
686 >        int which_node = info_->getMolToProc(i);
687 >
688 >        if (which_node == worldRank) {
689 >          
690 >          // BUT I OWN THIS MOLECULE!!!
691 >          
692 >          mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
693 >
694 >          if(mol == NULL) {
695 >            sprintf(painCave.errMsg,
696 >                    "RestReader Error: molecule not found on node %d\n",
697 >                    worldRank);
698 >            painCave.isFatal = 1;
699              simError();
700            }
701 <          
702 <          vecParticles = (info_->molecules[localIndex]).getIntegrableObjects();
703 <          for(j = 0; j < vecParticles.size(); j++){      
704 <            vecParticles[j]->setZangle(tempZangs[index]);
705 <            index++;
706 <          }    
707 <          
708 <        } else {
709 <          // I am MASTER OF THE UNIVERSE, but I don't own this molecule
710 <          
711 <          MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node,
712 <                   TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
713 <          
714 <          for(j=0; j < nCurObj; j++){            
715 <            angleTransfer = tempZangs[index];
716 <            MPI_Send(&angleTransfer, 1, MPI_DOUBLE, which_node,
717 <                     TAKE_THIS_TAG_DOUBLE, MPI_COMM_WORLD);              
718 <            index++;
719 <          }
720 <          
677 <        }
678 <        
679 <      } else {
680 <        // I am SLAVE TO THE MASTER
681 <        
682 <        if (which_node == worldRank) {
683 <          
684 <          // BUT I OWN THIS MOLECULE!!!
685 <          
686 <          localIndex = mpiSim->getGlobalToLocalMol(i);
687 <          vecParticles = (info_->molecules[localIndex]).getIntegrableObjects();
688 <          nCurObj = vecParticles.size();
689 <          
690 <          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0,
691 <                   TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
692 <          
693 <          for(j = 0; j < vecParticles.size(); j++){
694 <            
695 <            MPI_Recv(&angleTransfer, 1, MPI_DOUBLE, 0,
696 <                     TAKE_THIS_TAG_DOUBLE, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
697 <            vecParticles[j]->setZangle(angleTransfer);
698 <          }    
699 <        }
701 >
702 >          nCurObj = mol->getNIntegrableObjects();
703 >          // send the number of integrableObjects in the molecule
704 >          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0,
705 >                   TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
706 >          
707 >          for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii);
708 >               integrableObject != NULL;
709 >               integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)){
710 >            intObjIndexTransfer = integrableObject->getGlobalIndex();
711 >            // send the global index of the integrableObject
712 >            MPI_Send(&intObjIndexTransfer, 1, MPI_INT, 0,
713 >                     TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
714 >            // listen for the value we want to set locally
715 >            MPI_Recv(&angleTransfer, 1, MPI_REALTYPE, 0,
716 >                     TAKE_THIS_TAG_DOUBLE, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
717 >
718 >            integrableObject->setZangle(angleTransfer);
719 >          }    
720 >        }
721        }
722 <    }
722 >    }
723   #endif
724    }
725    
# Line 732 | Line 753 | namespace oopse {
753      // first thing first, suspend fatalities.
754      painCave.isEventLoop = 1;
755      
756 +    int masterNode = 0;
757      int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
758 <    int haveError, index;
758 >    int haveError;
759      int which_node;
760      
761      MPI_Status istatus;
762 <    int *MolToProcMap = mpiSim->getMolToProcMap();
741 <    int localIndex;
762 >    
763      int nCurObj;
764 <    double angleTranfer;
764 >    RealType angleTranfer;
765      
766 <    nTotObjs = info_->getTotIntegrableObjects();
766 >    nTotObjs = info_->getNGlobalIntegrableObjects();
767      haveError = 0;
768 <    
769 <    for (i=0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++) {
770 <      // Get the Node number which has this atom
771 <      which_node = MolToProcMap[i];
772 <      
773 <      // let's let node 0 pass out constant values to all the processors
774 <      if (worldRank == 0) {
775 <        if (which_node == 0) {
776 <          localIndex = mpiSim->getGlobalToLocalMol(i);
777 <          
778 <          if(localIndex == -1) {
779 <            strcpy(painCave.errMsg, "Molecule not found on node 0!");
780 <            haveError = 1;
781 <            simError();
782 <          }
783 <          
784 <          vecParticles = (info_->molecules[localIndex]).getIntegrableObjects();
785 <          for(j = 0; j < vecParticles.size(); j++){      
786 <            vecParticles[j]->setZangle( 0.0 );
787 <          }    
788 <          
789 <        } else {
790 <          // I am MASTER OF THE UNIVERSE, but I don't own this molecule
791 <          
792 <          MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node,
793 <                   TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
794 <          
795 <          for(j=0; j < nCurObj; j++){            
796 <            angleTransfer = 0.0;
797 <            MPI_Send(&angleTransfer, 1, MPI_DOUBLE, which_node,
798 <                     TAKE_THIS_TAG_DOUBLE, MPI_COMM_WORLD);              
799 <            index++;
800 <          }
801 <        }
802 <      } else {
803 <        // I am SLAVE TO THE MASTER
804 <        
805 <        if (which_node == worldRank) {
806 <          
807 <          // BUT I OWN THIS MOLECULE!!!
808 <          
809 <          localIndex = mpiSim->getGlobalToLocalMol(i);
810 <          vecParticles = (info_->molecules[localIndex]).getIntegrableObjects();
811 <          nCurObj = vecParticles.size();
812 <          
813 <          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0,
814 <                   TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
815 <          
816 <          for(j = 0; j < vecParticles.size(); j++){
817 <            
818 <            MPI_Recv(&angleTransfer, 1, MPI_DOUBLE, 0,
768 >    if (worldRank == masterNode) {
769 >
770 >      for (i=0 ; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
771 >        // Get the Node number which has this atom
772 >        which_node = info_->getMolToProc(i);
773 >        
774 >        // let's let node 0 pass out constant values to all the processors
775 >        if (worldRank == masterNode) {
776 >          mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
777 >          
778 >          if(mol == NULL) {
779 >            strcpy(painCave.errMsg, "Molecule not found on node 0!");
780 >            haveError = 1;
781 >            simError();
782 >          }
783 >          
784 >          for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii);
785 >               integrableObject != NULL;
786 >               integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)){
787 >            
788 >            integrableObject->setZangle( 0.0 );
789 >            
790 >          }
791 >          
792 >        } else {
793 >          // I am MASTER OF THE UNIVERSE, but I don't own this molecule
794 >          
795 >          MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node,
796 >                   TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
797 >          
798 >          for(j=0; j < nCurObj; j++){            
799 >            angleTransfer = 0.0;
800 >            MPI_Send(&angleTransfer, 1, MPI_REALTYPE, which_node,
801 >                     TAKE_THIS_TAG_DOUBLE, MPI_COMM_WORLD);              
802 >            
803 >          }
804 >        }
805 >      }
806 >    } else {
807 >      // I am SLAVE TO THE MASTER
808 >      for (i=0 ; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
809 >        int which_node = info_->getMolToProc(i);
810 >        
811 >        if (which_node == worldRank) {
812 >          
813 >          // BUT I OWN THIS MOLECULE!!!
814 >          mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
815 >          
816 >          if(mol == NULL) {
817 >            sprintf(painCave.errMsg,
818 >                    "RestReader Error: molecule not found on node %d\n",
819 >                    worldRank);
820 >            painCave.isFatal = 1;
821 >            simError();
822 >          }
823 >          
824 >          nCurObj = mol->getNIntegrableObjects();
825 >          
826 >          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0,
827 >                   TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
828 >          
829 >          for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii);
830 >               integrableObject != NULL;
831 >               integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)){
832 >            
833 >            MPI_Recv(&angleTransfer, 1, MPI_REALTYPE, 0,
834                       TAKE_THIS_TAG_DOUBLE, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
835              vecParticles[j]->setZangle(angleTransfer);
836            }    

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– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines