ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/OpenMD/branches/development/src/io/ZConsWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/io/ZConsWriter.cpp (file contents):
Revision 246 by gezelter, Wed Jan 12 22:41:40 2005 UTC vs.
Revision 1241 by gezelter, Fri Apr 25 15:14:47 2008 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < /*
1 > /*
2   * Copyright (c) 2005 The University of Notre Dame. All Rights Reserved.
3   *
4   * The University of Notre Dame grants you ("Licensee") a
# Line 46 | Line 46
46  
47   #include "io/ZConsWriter.hpp"
48   #include "utils/simError.h"
49 + #ifdef IS_MPI
50 + #include <mpi.h>
51 + #endif
52  
50 –
53   namespace oopse {
54 < ZConsWriter::ZConsWriter(SimInfo* info, const std::string& filename) : info_(info) {
55 <  //use master - slave mode, only master node writes to disk
54 >  ZConsWriter::ZConsWriter(SimInfo* info, const std::string& filename) : info_(info) {
55 >    //use master - slave mode, only master node writes to disk
56   #ifdef IS_MPI
57      if(worldRank == 0){
58   #endif
59  
60 <    output_.open(filename.c_str());
60 >      output_.open(filename.c_str());
61  
62 <    if(!output_){
63 <         sprintf( painCave.errMsg,
64 <                  "Could not open %s for z constrain output_ \n", filename.c_str());
65 <         painCave.isFatal = 1;
66 <         simError();
67 <    }
62 >      if(!output_){
63 >        sprintf( painCave.errMsg,
64 >                 "Could not open %s for z constrain output_ \n", filename.c_str());
65 >        painCave.isFatal = 1;
66 >        simError();
67 >      }
68  
69 <    output_ << "//time(fs)" << std::endl;
70 <    output_ << "//number of fixed z-constrain molecules" << std::endl;
71 <    output_ << "//global Index of molecule\tzconstrain force\tcurrentZPos" << std::endl;
69 >      output_ << "//time(fs)" << std::endl;
70 >      output_ << "//number of fixed z-constrain molecules" << std::endl;
71 >      output_ << "//global Index of molecule\tzconstrain force\tcurrentZPos" << std::endl;
72  
73   #ifdef IS_MPI
74      }
75   #endif  
76  
77 < }
77 >  }
78  
79 < ZConsWriter::~ZConsWriter()
80 < {
79 >  ZConsWriter::~ZConsWriter()
80 >  {
81  
82   #ifdef IS_MPI
83 <  if(worldRank == 0 ){
83 >    if(worldRank == 0 ){
84   #endif  
85 <  output_.close();  
85 >      output_.close();  
86   #ifdef IS_MPI  
87 <  }
87 >    }
88   #endif
89 < }
89 >  }
90  
91 < void ZConsWriter::writeFZ(const std::list<ZconstraintMol>& fixedZmols){
91 >  void ZConsWriter::writeFZ(const std::list<ZconstraintMol>& fixedZmols){
92   #ifndef IS_MPI
93      output_ << info_->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot()->getTime() << std::endl;
94      output_ << fixedZmols.size() << std::endl;
95  
96      std::list<ZconstraintMol>::const_iterator i;
97      for ( i = fixedZmols.begin(); i != fixedZmols.end(); ++i) {
98 <        output_ << i->mol->getGlobalIndex() <<"\t" << i->fz << "\t" << i->zpos << "\t" << i->param.zTargetPos <<std::endl;
98 >      output_ << i->mol->getGlobalIndex() <<"\t" << i->fz << "\t" << i->zpos << "\t" << i->param.zTargetPos <<std::endl;
99      }
100   #else
101      int nproc;
# Line 110 | Line 112 | void ZConsWriter::writeFZ(const std::list<ZconstraintM
112  
113      MPI_Status ierr;
114      int zmolIndex;
115 <    double data[3];
115 >    RealType data[3];
116      
117      if (masterNode == 0) {
118  
119 <        std::vector<ZconsData> zconsData;
120 <        ZconsData tmpData;      
121 <        for(int i =0 ; i < nproc; ++i) {
122 <            if (i == masterNode) {
123 <                std::list<ZconstraintMol>::const_iterator j;
124 <                for ( j = fixedZmols.begin(); j != fixedZmols.end(); ++j) {
125 <                    tmpData.zmolIndex = j->mol->getGlobalIndex() ;
126 <                    tmpData.zforce= j->fz;
127 <                    tmpData.zpos = j->zpos;
128 <                    tmpData.zconsPos = j->param.zTargetPos;
129 <                    zconsData.push_back(tmpData);
130 <                }                
119 >      std::vector<ZconsData> zconsData;
120 >      ZconsData tmpData;      
121 >      for(int i =0 ; i < nproc; ++i) {
122 >        if (i == masterNode) {
123 >          std::list<ZconstraintMol>::const_iterator j;
124 >          for ( j = fixedZmols.begin(); j != fixedZmols.end(); ++j) {
125 >            tmpData.zmolIndex = j->mol->getGlobalIndex() ;
126 >            tmpData.zforce= j->fz;
127 >            tmpData.zpos = j->zpos;
128 >            tmpData.zconsPos = j->param.zTargetPos;
129 >            zconsData.push_back(tmpData);
130 >          }                
131  
132 <            } else {
133 <                for(int k =0 ; k < nFixedZmolsInProc[i]; ++k) {
134 <                    MPI_Recv(&zmolIndex, 1, MPI_INT, i, 0, MPI_COMM_WORLD,&ierr);
135 <                    MPI_Recv(data, 3, MPI_DOUBLE, i, 0, MPI_COMM_WORLD,&ierr);
136 <                    tmpData.zmolIndex = zmolIndex;
137 <                    tmpData.zforce= data[0];
138 <                    tmpData.zpos = data[1];
139 <                    tmpData.zconsPos = data[2];
140 <                    zconsData.push_back(tmpData);                                        
141 <                }
142 <            }
132 >        } else {
133 >          for(int k =0 ; k < nFixedZmolsInProc[i]; ++k) {
134 >            MPI_Recv(&zmolIndex, 1, MPI_INT, i, 0, MPI_COMM_WORLD,&ierr);
135 >            MPI_Recv(data, 3, MPI_REALTYPE, i, 0, MPI_COMM_WORLD,&ierr);
136 >            tmpData.zmolIndex = zmolIndex;
137 >            tmpData.zforce= data[0];
138 >            tmpData.zpos = data[1];
139 >            tmpData.zconsPos = data[2];
140 >            zconsData.push_back(tmpData);                                        
141 >          }
142 >        }
143              
144 <        }
144 >      }
145  
146  
147 <        output_ << info_->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot()->getTime() << std::endl;
148 <        output_ << zconsData.size() << std::endl;
147 >      output_ << info_->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot()->getTime() << std::endl;
148 >      output_ << zconsData.size() << std::endl;
149  
150 <        std::vector<ZconsData>::iterator l;
151 <        for (l = zconsData.begin(); l != zconsData.end(); ++l) {
152 <            output_ << l->zmolIndex << "\t" << l->zforce << "\t" << l->zpos << "\t" <<  l->zconsPos << std::endl;
153 <        }
150 >      std::vector<ZconsData>::iterator l;
151 >      for (l = zconsData.begin(); l != zconsData.end(); ++l) {
152 >        output_ << l->zmolIndex << "\t" << l->zforce << "\t" << l->zpos << "\t" <<  l->zconsPos << std::endl;
153 >      }
154          
155      } else {
156  
157 <        std::list<ZconstraintMol>::const_iterator j;
158 <        for (j = fixedZmols.begin(); j != fixedZmols.end(); ++j) {
159 <            zmolIndex = j->mol->getGlobalIndex();            
160 <            data[0] = j->fz;
161 <            data[1] = j->zpos;
162 <            data[2] = j->param.zTargetPos;
163 <            MPI_Send(&zmolIndex, 1, MPI_INT, masterNode, 0, MPI_COMM_WORLD);
164 <            MPI_Send(data, 3, MPI_DOUBLE, masterNode, 0, MPI_COMM_WORLD);
157 >      std::list<ZconstraintMol>::const_iterator j;
158 >      for (j = fixedZmols.begin(); j != fixedZmols.end(); ++j) {
159 >        zmolIndex = j->mol->getGlobalIndex();            
160 >        data[0] = j->fz;
161 >        data[1] = j->zpos;
162 >        data[2] = j->param.zTargetPos;
163 >        MPI_Send(&zmolIndex, 1, MPI_INT, masterNode, 0, MPI_COMM_WORLD);
164 >        MPI_Send(data, 3, MPI_REALTYPE, masterNode, 0, MPI_COMM_WORLD);
165              
166 <        }
166 >      }
167      }
168   #endif
169 < }
169 >  }
170  
171   }

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines