ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/OpenMD/branches/development/src/rnemd/RNEMDParameters.cpp
(Generate patch)

Comparing branches/development/src/rnemd/RNEMDParameters.cpp (file contents):
Revision 1773 by gezelter, Tue Aug 7 18:26:40 2012 UTC vs.
Revision 1854 by gezelter, Thu Mar 28 20:54:06 2013 UTC

# Line 35 | Line 35
35   *                                                                      
36   * [1]  Meineke, et al., J. Comp. Chem. 26, 252-271 (2005).            
37   * [2]  Fennell & Gezelter, J. Chem. Phys. 124, 234104 (2006).          
38 < * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 24107 (2008).          
38 > * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 234107 (2008).          
39   * [4]  Kuang & Gezelter,  J. Chem. Phys. 133, 164101 (2010).
40   * [5]  Vardeman, Stocker & Gezelter, J. Chem. Theory Comput. 7, 834 (2011).
41   */
# Line 57 | Line 57 | namespace OpenMD {
57      DefineOptionalParameter(KineticFlux, "kineticFlux");
58      DefineOptionalParameter(MomentumFlux, "momentumFlux");
59      DefineOptionalParameter(MomentumFluxVector, "momentumFluxVector");
60 +    DefineOptionalParameter(AngularMomentumFlux, "angularMomentumFlux");
61 +    DefineOptionalParameter(AngularMomentumFluxVector,
62 +                            "angularMomentumFluxVector");    
63      DefineOptionalParameter(SlabWidth, "slabWidth");
64      DefineOptionalParameter(SlabACenter, "slabAcenter");
65      DefineOptionalParameter(SlabBCenter, "slabBcenter");
66 +    DefineOptionalParameter(SphereARadius, "sphereAradius");
67 +    DefineOptionalParameter(SphereBRadius, "sphereBradius");    
68 +    DefineOptionalParameter(SelectionA, "selectionA");
69 +    DefineOptionalParameter(SelectionB, "selectionB");
70 +    DefineOptionalParameter(CoordinateOrigin, "coordinateOrigin");
71      DefineOptionalParameter(OutputFileName, "outputFileName");
72      DefineOptionalParameterWithDefaultValue(OutputBins, "outputBins", 20);
73 <    DefineOptionalParameter(OutputFields, "outputFields")
73 >    DefineOptionalParameterWithDefaultValue(OutputBinWidth, "outputBinWidth", 2.0);
74 >    DefineOptionalParameter(OutputFields, "outputFields");
75    }
76    
77    RNEMDParameters::~RNEMDParameters() {    
# Line 71 | Line 80 | namespace OpenMD {
80    void RNEMDParameters::validate() {
81      CheckParameter(ExchangeTime, isPositive());
82      CheckParameter(OutputBins, isPositive());
83 +    CheckParameter(OutputBinWidth, isPositive());
84      CheckParameter(Method,
85                     isEqualIgnoreCase("swap") ||  
86                     isEqualIgnoreCase("NIVS")  ||
87                     isEqualIgnoreCase("VSS"));
88      CheckParameter(FluxType,
89 <                   isEqualIgnoreCase("KE") ||
89 >                   isEqualIgnoreCase("KE") ||
90                     isEqualIgnoreCase("Px") ||
91                     isEqualIgnoreCase("Py") ||
92                     isEqualIgnoreCase("Pz") ||
93 +                   isEqualIgnoreCase("Lx") ||
94 +                   isEqualIgnoreCase("Ly") ||
95 +                   isEqualIgnoreCase("Lz") ||
96                     isEqualIgnoreCase("Pvector") ||
97 +                   isEqualIgnoreCase("Lvector") ||
98                     isEqualIgnoreCase("KE+Px") ||
99                     isEqualIgnoreCase("KE+Py") ||
100 <                   isEqualIgnoreCase("KE+Pvector"));
100 >                   isEqualIgnoreCase("KE+Lx") ||
101 >                   isEqualIgnoreCase("KE+Ly") ||
102 >                   isEqualIgnoreCase("KE+Lz") ||
103 >                   isEqualIgnoreCase("KE+Pvector") ||
104 >                   isEqualIgnoreCase("KE+Lvector")
105 >                   );
106    }
107    
108   }

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines