ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/OpenMD/trunk/src/applications/nanoRodBuilder/GeometryBuilder.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/applications/nanoRodBuilder/GeometryBuilder.cpp (file contents):
Revision 467 by chuckv, Mon Apr 11 21:37:30 2005 UTC vs.
Revision 518 by chuckv, Thu Apr 28 00:24:11 2005 UTC

# Line 19 | Line 19
19   *    publication of scientific results based in part on use of the
20   *    program.  An acceptable form of acknowledgement is citation of
21   *    the article in which the program was described (Matthew
22 <                                                                                                                                                                                                                        *    A. Meineke, Charles F. Vardeman II, Teng Lin, Christopher
23 <                                                                                                                                                                                                                        *    J. Fennell and J. Daniel Gezelter, "OOPSE: An Object-Oriented
22 > *    A. Meineke, Charles F. Vardeman II, Teng Lin, Christopher
23 > *    J. Fennell and J. Daniel Gezelter, "OOPSE: An Object-Oriented
24   *    Parallel Simulation Engine for Molecular Dynamics,"
25 <                                                                                                                                                                                                                        *    J. Comput. Chem. 26, pp. 252-271 (2005))
25 > *    J. Comput. Chem. 26, pp. 252-271 (2005))
26   *
27   * 2. Redistributions of source code must retain the above copyright
28   *    notice, this list of conditions and the following disclaimer.
# Line 60 | Line 60
60   #include <CGAL/aff_transformation_tags.h>
61   #include <iostream>
62   #include <algorithm>
63 + #include <fstream>
64 + #include <math.h>
65  
66 + using namespace std;
67   using namespace oopse;
68  
69   //typedef CGAL::Homogeneous<int>              Kernel;
# Line 95 | Line 98 | class Build_nanorod : public CGAL::Modifier_base<HDS>
98   // A modifier creating a triangle with the incremental builder.
99   template <class HDS>
100   class Build_nanorod : public CGAL::Modifier_base<HDS> {
101 < public:
101 > public:
102    Vertex_handle end1;
103    Vertex_handle neight1;
104 <                Vertex_handle end2;
104 >  Vertex_handle end2;
105    Vertex_handle neight2;
106 +  Vertex_handle neight3;
107    
108    Build_nanorod() {}
109    void operator()( HDS& hds) {
# Line 117 | Line 121 | class Build_nanorod : public CGAL::Modifier_base<HDS>
121      B.add_vertex( Point(-0.4874571845316,    0.4874571845315,  0.6709272557930));
122      B.add_vertex( Point(-0.7887222926324,   -0.4874571845315, -0.2562714077342)); //End vertex
123      end1 = B.add_vertex( Point( 0.0000000000000,    1.0000000000000,  0.0000000000000));
124 <    B.add_vertex( Point(-0.4874571845315,    -0.4874571845316,  0.6709272557930));
124 >    neight3 = B.add_vertex( Point(-0.4874571845315,    -0.4874571845316,  0.6709272557930));
125      neight1 = B.add_vertex( Point(-0.0000000000000,    0.4874571845316, -0.8293116961175));
126      B.add_vertex( Point( 0.0000000000000,    -0.4874571845316, -0.8293116961175));
127      B.add_vertex( Point( 0.4874571845315,    0.4874571845316,  0.6709272557930));
# Line 243 | Line 247 | bool GeometryBuilder::isInsidePolyhedron(double x, dou
247  
248   bool GeometryBuilder::isInsidePolyhedron(double x, double y, double z) {
249          
250 <        Point_3 point(x,y,z);
250 >  Point_3 point(x,y,z);
251    Plane_iterator i;
252    Facet_iterator j;
253    for ( i =nanoRodPolyhedron.planes_begin(), j = nanoRodPolyhedron.facets_begin(); i != nanoRodPolyhedron.planes_end() && j !=nanoRodPolyhedron.facets_end(); ++i, ++j) {
# Line 263 | Line 267 | GeometryBuilder::GeometryBuilder(double length,double
267  
268  
269   GeometryBuilder::GeometryBuilder(double length,double width) {
270 < // Create the geometry for nanorod
270 >  // Create the geometry for nanorod
271    Build_nanorod<HalfedgeDS> nanorod;
272    
273    nanoRodPolyhedron.delegate( nanorod);
274    
275 <        double y1 = nanorod.end1->point().y() - nanorod.neight1->point().y();
276 <        double y2 = nanorod.end2->point().y() - nanorod.neight2->point().y();
277 <        
278 <        CGAL::Aff_transformation_3<Kernel> aff_tranformation( width,
279 <                                                                                                                                                                                                                                0.0,
280 <                                                                                                                                                                                                                                0.0,
281 <                                                                                                                                                                                                                                0.0,
282 <                                                                                                                                                                                                                                0.0,
283 <                                                                                                                                                                                                                                length,
284 <                                                                                                                                                                                                                                0.0,
285 <                                                                                                                                                                                                                                0.0,
286 <                                                                                                                                                                                                                                0.0,
287 <                                                                                                                                                                                                                                0.0,
288 <                                                                                                                                                                                                                                width,
289 <                                                                                                                                                                                                                                0.0);  
290 <        std::transform( nanoRodPolyhedron.points_begin(), nanoRodPolyhedron.points_end(), nanoRodPolyhedron.points_begin(), aff_tranformation);
291 <        
292 <        Point_3 point1(nanorod.end1->point().x(), y1 + nanorod.neight1->point().y(), nanorod.end1->point().z());
293 <        Point_3 point2(nanorod.end2->point().x(), y2+ nanorod.neight2->point().y(), nanorod.end2->point().z());
294 <        nanorod.end1->point() = point1;
295 <        nanorod.end2->point() = point2;
275 >  double y1 = nanorod.end1->point().y() - nanorod.neight1->point().y();
276 >  double y2 = nanorod.end2->point().y() - nanorod.neight2->point().y();
277 >  
278 >  double endDist = sqrt(pow(nanorod.neight2->point().x() - nanorod.neight3->point().x(),2)+
279 >                        pow(nanorod.neight2->point().y() - nanorod.neight3->point().y(),2)+
280 >                        pow(nanorod.neight2->point().z() - nanorod.neight3->point().z(),2));
281 >  
282 >  double endRatio1 = y1/endDist;
283 >  double endRatio2 = y2/endDist;
284 >  
285 >  std::cout << "End dist is " << endDist <<" ratio " << endRatio1 << std::endl;
286 >  
287 >  CGAL::Aff_transformation_3<Kernel> aff_tranformation( width,
288 >                                                        0.0,
289 >                                                        0.0,
290 >                                                        0.0,
291 >                                                        0.0,
292 >                                                        length,
293 >                                                        0.0,
294 >                                                        0.0,
295 >                                                        0.0,
296 >                                                        0.0,
297 >                                                        width,
298 >                                                        0.0);  
299 >  std::transform( nanoRodPolyhedron.points_begin(), nanoRodPolyhedron.points_end(), nanoRodPolyhedron.points_begin(), aff_tranformation);
300          
293 –        // Construct normal vector for each face.
294 –        std::transform( nanoRodPolyhedron.facets_begin(), nanoRodPolyhedron.facets_end(), nanoRodPolyhedron.planes_begin(),
295 –                                                                        Normal_vector());
296 –        
301    
302 +  double endDist2 = sqrt(pow(nanorod.neight2->point().x() - nanorod.neight3->point().x(),2)+
303 +                        pow(nanorod.neight2->point().y() - nanorod.neight3->point().y(),2)+
304 +                        pow(nanorod.neight2->point().z() - nanorod.neight3->point().z(),2));
305 +  
306 +  Point_3 point1(nanorod.end1->point().x(), endDist2*endRatio1 + nanorod.neight1->point().y(), nanorod.end1->point().z());
307 +  Point_3 point2(nanorod.end2->point().x(), endDist2*endRatio2 + nanorod.neight2->point().y(), nanorod.end2->point().z());
308 +  nanorod.end1->point() = point1;
309 +  nanorod.end2->point() = point2;
310          
311 < }
311 >  // Construct normal vector for each face.
312 >  std::transform( nanoRodPolyhedron.facets_begin(), nanoRodPolyhedron.facets_end(), nanoRodPolyhedron.planes_begin(),
313 >                  Normal_vector());
314 > }      
315 >  void GeometryBuilder::dumpGeometry(const std::string& geomFileName){
316 >    
317 >     std::ofstream newGeomFile;
318 >    
319 >     //create new .md file based on old .md file
320 >     newGeomFile.open(geomFileName.c_str());
321 >    
322 >     // Write polyhedron in Object File Format (OFF).
323 >     CGAL::set_ascii_mode( std::cout);
324 >     newGeomFile << "OFF" << std::endl << nanoRodPolyhedron.size_of_vertices() << ' '
325 >        << nanoRodPolyhedron.size_of_facets() << " 0" << std::endl;
326 >     std::copy( nanoRodPolyhedron.points_begin(), nanoRodPolyhedron.points_end(),
327 >                std::ostream_iterator<Point_3>( newGeomFile, "\n"));
328 >     for (  Facet_iterator i = nanoRodPolyhedron.facets_begin(); i != nanoRodPolyhedron.facets_end(); ++i) {
329 >        Halfedge_facet_circulator j = i->facet_begin();
330 >        // Facets in polyhedral surfaces are at least triangles.
331 >        CGAL_assertion( CGAL::circulator_size(j) >= 3);
332 >        newGeomFile << CGAL::circulator_size(j) << ' ';
333 >        do {
334 >           newGeomFile << ' ' << std::distance(nanoRodPolyhedron.vertices_begin(), j->vertex());
335 >        } while ( ++j != i->facet_begin());
336 >        newGeomFile << std::endl;
337 >     }
338 >    
339 >     newGeomFile.close();
340 >    
341 >    
342 >  
343 >        
344 >  }
345  
346 +

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines