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root/OpenMD/trunk/src/applications/staticProps/BondAngleDistribution.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/applications/staticProps/BondAngleDistribution.cpp (file contents):
Revision 1785 by jmichalk, Wed Aug 22 18:43:27 2012 UTC vs.
Revision 2071 by gezelter, Sat Mar 7 21:41:51 2015 UTC

# Line 35 | Line 35
35   *                                                                      
36   * [1]  Meineke, et al., J. Comp. Chem. 26, 252-271 (2005).            
37   * [2]  Fennell & Gezelter, J. Chem. Phys. 124, 234104 (2006).          
38 < * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 24107 (2008).          
38 > * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 234107 (2008).          
39   * [4] Kuang & Gezelter,  J. Chem. Phys. 133, 164101 (2010).
40   * [4] , Stocker & Gezelter, J. Chem. Theory Comput. 7, 834 (2011). *
41   *  Created by J. Daniel Gezelter on 07/27/07.
# Line 50 | Line 50
50   #include "primitives/Molecule.hpp"
51   #include "utils/NumericConstant.hpp"
52  
53 + using namespace std;
54   namespace OpenMD {
55  
56    BondAngleDistribution::BondAngleDistribution(SimInfo* info,
57 <                                              const std::string& filename,
58 <                                              const std::string& sele,
59 <                                              double rCut, int nbins) : StaticAnalyser(info, filename),
60 <                                              selectionScript_(sele),
61 <                                                                evaluator_(info), seleMan_(info){
57 >                                               const string& filename,
58 >                                               const string& sele,
59 >                                               double rCut, int nbins)
60 >    : StaticAnalyser(info, filename), selectionScript_(sele), seleMan_(info),
61 >      evaluator_(info) {
62      
63      setOutputName(getPrefix(filename) + ".bad");
64      
# Line 71 | Line 72 | namespace OpenMD {
72      rCut_ = rCut;
73      nBins_ = nbins;
74  
74 –
75      // Theta can take values from 0 to 180    
76 +
77      deltaTheta_ = (180.0) / nBins_;
78      histogram_.resize(nBins_);
79    }
# Line 98 | Line 99 | namespace OpenMD {
99      StuntDouble* sd;
100      Vector3d vec;
101      std::vector<Vector3d> bondvec;
101 –    std::vector<RealType> bonddist;
102      RealType r;    
103      int nBonds;    
104      int i;
# Line 174 | Line 174 | namespace OpenMD {
174                Vector3d vec2 = bondvec[j];
175                
176                vec2.normalize();
177 <            
177 >              
178                RealType theta = acos(dot(vec1,vec2))*180.0/NumericConstant::PI;
179 –              
179                
180 +              
181                if (theta > 180.0){
182                  theta = 360.0 - theta;
183                }
184 <              int whichBin = theta/deltaTheta_;
184 >              int whichBin = int(theta/deltaTheta_);
185                
186                histogram_[whichBin] += 2;
187              }

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