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root/OpenMD/trunk/src/applications/staticProps/GofRAngle.hpp
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Comparing trunk/src/applications/staticProps/GofRAngle.hpp (file contents):
Revision 1785 by jmichalk, Wed Aug 22 18:43:27 2012 UTC vs.
Revision 2023 by gezelter, Thu Oct 2 14:35:14 2014 UTC

# Line 35 | Line 35
35   *                                                                      
36   * [1]  Meineke, et al., J. Comp. Chem. 26, 252-271 (2005).            
37   * [2]  Fennell & Gezelter, J. Chem. Phys. 124, 234104 (2006).          
38 < * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 24107 (2008).          
38 > * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 234107 (2008).          
39   * [4]  Kuang & Gezelter,  J. Chem. Phys. 133, 164101 (2010).
40   * [5]  Vardeman, Stocker & Gezelter, J. Chem. Theory Comput. 7, 834 (2011).
41   */
# Line 48 | Line 48 | namespace OpenMD {
48    class GofRAngle : public RadialDistrFunc {
49      
50    public:
51 <    GofRAngle(SimInfo* info, const std::string& filename, const std::string& sele1, const std::string& sele2, RealType len, int nrbins, int nangleBins);
51 >    GofRAngle(SimInfo* info, const std::string& filename,
52 >              const std::string& sele1, const std::string& sele2,
53 >              RealType len, int nrbins, int nangleBins);
54 >    GofRAngle(SimInfo* info, const std::string& filename,
55 >              const std::string& sele1, const std::string& sele2,
56 >              const std::string& sele3,
57 >              RealType len, int nrbins, int nangleBins);
58  
59      int getNRBins() {
60        return nRBins_;
# Line 63 | Line 69 | namespace OpenMD {
69    private:
70  
71      virtual void preProcess();
72 +    virtual void processNonOverlapping( SelectionManager& sman1,
73 +                                        SelectionManager& sman2);
74 +    virtual void processOverlapping( SelectionManager& sman );
75 +
76      virtual void initializeHistogram();
77      virtual void processHistogram();
78      virtual void collectHistogram(StuntDouble* sd1, StuntDouble* sd2);
79 <
79 >    virtual void collectHistogram(StuntDouble* sd1, StuntDouble* sd2,
80 >                                  StuntDouble* sd3);
81      virtual RealType evaluateAngle(StuntDouble* sd1, StuntDouble* sd2) = 0;
82 <
82 >    virtual RealType evaluateAngle(StuntDouble* sd1, StuntDouble* sd2,
83 >                                   StuntDouble* sd3) = 0;
84      virtual void writeRdf();
85  
86 +
87      RealType deltaCosAngle_;
88      int nAngleBins_;
89      RealType len_;
90      int nRBins_;
91      RealType deltaR_;
92 +
93 +    bool doSele3_;
94 +    std::string selectionScript3_;
95 +    SelectionManager seleMan3_;
96 +    SelectionEvaluator evaluator3_;
97          
98      std::vector<std::vector<int> > histogram_;
99      std::vector<std::vector<RealType> > avgGofr_;
# Line 85 | Line 103 | namespace OpenMD {
103  
104    class GofRTheta : public GofRAngle {
105    public:
106 <    GofRTheta(SimInfo* info, const std::string& filename, const std::string& sele1, const std::string& sele2, RealType len, int nrbins, int nangleBins)
106 >    GofRTheta(SimInfo* info, const std::string& filename,
107 >              const std::string& sele1, const std::string& sele2,
108 >              RealType len, int nrbins, int nangleBins)
109        : GofRAngle (info, filename, sele1, sele2, len, nrbins, nangleBins) {
110          setOutputName(getPrefix(filename) + ".gofrt");
111        }
112 +    GofRTheta(SimInfo* info, const std::string& filename,
113 +              const std::string& sele1, const std::string& sele2,
114 +              const std::string& sele3,
115 +              RealType len, int nrbins, int nangleBins)
116 +      : GofRAngle (info, filename, sele1, sele2, sele3, len, nrbins,
117 +                   nangleBins) {
118 +        setOutputName(getPrefix(filename) + ".gofrt");
119 +      }
120          
121    private:
122  
123      virtual RealType evaluateAngle(StuntDouble* sd1, StuntDouble* sd2);        
124 +    virtual RealType evaluateAngle(StuntDouble* sd1, StuntDouble* sd2,
125 +                                   StuntDouble* sd3);        
126    };
127  
128  
129    class GofROmega : public GofRAngle {
130    public:
131 <    GofROmega(SimInfo* info, const std::string& filename, const std::string& sele1, const std::string& sele2, RealType len, int nrbins, int nangleBins)
131 >    GofROmega(SimInfo* info, const std::string& filename,
132 >              const std::string& sele1, const std::string& sele2,
133 >              RealType len, int nrbins, int nangleBins)
134        : GofRAngle (info, filename, sele1, sele2, len, nrbins, nangleBins) {
135          setOutputName(getPrefix(filename) + ".gofro");
136        }
137 +    GofROmega(SimInfo* info, const std::string& filename,
138 +              const std::string& sele1, const std::string& sele2,
139 +              const std::string& sele3,
140 +              RealType len, int nrbins, int nangleBins)
141 +      : GofRAngle (info, filename, sele1, sele2, sele3, len, nrbins,
142 +                   nangleBins) {
143 +        setOutputName(getPrefix(filename) + ".gofro");
144 +      }
145      
146    private:
147 <    virtual RealType evaluateAngle(StuntDouble* sd1, StuntDouble* sd2);        
147 >    virtual RealType evaluateAngle(StuntDouble* sd1, StuntDouble* sd2);    
148 >    virtual RealType evaluateAngle(StuntDouble* sd1, StuntDouble* sd2,
149 >                                   StuntDouble* sd3);        
150 >  
151    };
152  
153   }

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