| 36 | 
  | 
 * [1]  Meineke, et al., J. Comp. Chem. 26, 252-271 (2005).              | 
| 37 | 
  | 
 * [2]  Fennell & Gezelter, J. Chem. Phys. 124, 234104 (2006).           | 
| 38 | 
  | 
 * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 24107 (2008).           | 
| 39 | 
< | 
 * [4]  Vardeman & Gezelter, in progress (2009).                         | 
| 39 | 
> | 
 * [4] Kuang & Gezelter,  J. Chem. Phys. 133, 164101 (2010). | 
| 40 | 
> | 
 * [4] , Stocker & Gezelter, J. Chem. Theory Comput. 7, 834 (2011). * | 
| 41 | 
  | 
 * | 
| 41 | 
– | 
 * | 
| 42 | 
  | 
 *  Created by Xiuquan Sun on 05/09/06. | 
| 43 | 
  | 
 *  @author  Xiuquan Sun  | 
| 44 | 
< | 
 *  @version $Id: Hxy.cpp,v 1.8 2009-11-25 20:01:59 gezelter Exp $ | 
| 44 | 
> | 
 *  @version $Id$ | 
| 45 | 
  | 
 * | 
| 46 | 
  | 
 */ | 
| 47 | 
  | 
 | 
| 100 | 
  | 
      errbin_sum_sq.clear(); | 
| 101 | 
  | 
      errbin_sq.clear(); | 
| 102 | 
  | 
       | 
| 103 | 
< | 
      for(int i=0; i < bin.size(); i++) | 
| 103 | 
> | 
      for(unsigned int i=0; i < bin.size(); i++) | 
| 104 | 
  | 
        bin[i].clear(); | 
| 105 | 
< | 
      for(int i=0; i < samples.size(); i++) | 
| 105 | 
> | 
      for(unsigned int i=0; i < samples.size(); i++) | 
| 106 | 
  | 
        samples[i].clear(); | 
| 107 | 
  | 
 | 
| 108 | 
  | 
      mag.clear(); | 
| 115 | 
  | 
    int nFrames = reader.getNFrames(); | 
| 116 | 
  | 
    nProcessed_ = nFrames/step_; | 
| 117 | 
  | 
     | 
| 118 | 
< | 
    for(int k=0; k < bin.size(); k++) | 
| 118 | 
> | 
    for(unsigned int k=0; k < bin.size(); k++) | 
| 119 | 
  | 
      bin[k].resize(nFrames); | 
| 120 | 
< | 
    for(int k=0; k < samples.size(); k++) | 
| 120 | 
> | 
    for(unsigned int k=0; k < samples.size(); k++) | 
| 121 | 
  | 
      samples[k].resize(nFrames); | 
| 122 | 
  | 
 | 
| 123 | 
  | 
    RealType lenX_, lenY_; | 
| 145 | 
  | 
    std::fill(errbin_sum_sq.begin(), errbin_sum_sq.end(), 0.0); | 
| 146 | 
  | 
    std::fill(errbin_sq.begin(), errbin_sq.end(), 0.0); | 
| 147 | 
  | 
     | 
| 148 | 
< | 
    for(int i=0; i < bin.size(); i++) | 
| 148 | 
> | 
    for(unsigned int i=0; i < bin.size(); i++) | 
| 149 | 
  | 
      std::fill(bin[i].begin(), bin[i].end(), 0.0); | 
| 150 | 
  | 
     | 
| 151 | 
< | 
    for(int i=0; i < samples.size(); i++) | 
| 151 | 
> | 
    for(unsigned int i=0; i < samples.size(); i++) | 
| 152 | 
  | 
      std::fill(samples[i].begin(), samples[i].end(), 0); | 
| 153 | 
  | 
     | 
| 154 | 
  | 
    for (int istep = 0; istep < nFrames; istep += step_) { |