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root/OpenMD/trunk/src/applications/staticProps/StaticProps.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/applications/staticProps/StaticProps.cpp (file contents):
Revision 1521 by gezelter, Tue Oct 19 18:40:54 2010 UTC vs.
Revision 1522 by kstocke1, Fri Nov 19 20:26:36 2010 UTC

# Line 73 | Line 73
73   #include "applications/staticProps/Hxy.hpp"
74   #endif
75   #include "applications/staticProps/RhoR.hpp"
76 + #include "applications/staticProps/AngleR.hpp"
77 + #include "applications/staticProps/RhoAngleR.hpp"
78 + #include "applications/staticProps/TetrahedralityParam.hpp"
79  
80   using namespace OpenMD;
81  
# Line 187 | Line 190 | int main(int argc, char* argv[]){
190      maxLen = std::min(std::min(hmat(0, 0), hmat(1, 1)), hmat(2, 2)) /2.0;
191      zmaxLen = hmat(2,2);    
192    }    
193 <
193 >  
194    StaticAnalyser* analyser;
195    if (args_info.gofr_given){
196      analyser= new GofR(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
197 <                       args_info.nbins_arg);        
197 >                       args_info.nbins_arg);        
198    } else if (args_info.gofz_given) {
199      analyser= new GofZ(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
200 <                       args_info.nbins_arg);
200 >                       args_info.nbins_arg);
201    } else if (args_info.r_z_given) {
202      analyser  = new GofRZ(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen, zmaxLen,
203 <                          args_info.nbins_arg, args_info.nbins_z_arg);
203 >                          args_info.nbins_arg, args_info.nbins_z_arg);
204    } else if (args_info.r_theta_given) {
205      analyser  = new GofRTheta(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
206 <                              args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
206 >                              args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
207    } else if (args_info.r_omega_given) {
208      analyser  = new GofROmega(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
209 <                              args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
209 >                              args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
210    } else if (args_info.theta_omega_given) {
211      analyser  = new GofAngle2(info, dumpFileName, sele1, sele2,
212 <                              args_info.nanglebins_arg);
212 >                              args_info.nanglebins_arg);
213    } else if (args_info.gxyz_given) {
214      if (args_info.refsele_given) {
215        analyser= new GofXyz(info, dumpFileName, sele1, sele2,args_info.refsele_arg,
216 <                           maxLen, args_info.nbins_arg);        
216 >                           maxLen, args_info.nbins_arg);        
217      } else {
218        sprintf( painCave.errMsg,
219 <               "--refsele must set when --gxyz is used");
219 >               "--refsele must set when --gxyz is used");
220        painCave.severity = OPENMD_ERROR;
221        painCave.isFatal = 1;
222        simError();  
# Line 221 | Line 224 | int main(int argc, char* argv[]){
224    } else if (args_info.twodgofr_given){
225      if (args_info.dz_given) {
226        analyser= new TwoDGofR(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
227 <                             args_info.dz_arg, args_info.nbins_arg);        
227 >                             args_info.dz_arg, args_info.nbins_arg);        
228      } else {
229        sprintf( painCave.errMsg,
230 <               "A slab width (dz) must be specified when calculating TwoDGofR");
230 >               "A slab width (dz) must be specified when calculating TwoDGofR");
231        painCave.severity = OPENMD_ERROR;
232        painCave.isFatal = 1;
233        simError();
234 <    }
234 >    }    
235    } else if (args_info.p2_given) {
236      analyser  = new P2OrderParameter(info, dumpFileName, sele1, sele2);
237    } else if (args_info.rp2_given){
# Line 236 | Line 239 | int main(int argc, char* argv[]){
239    } else if (args_info.bo_given){
240      if (args_info.rcut_given) {
241        analyser = new BondOrderParameter(info, dumpFileName, sele1,
242 <                                        args_info.rcut_arg,
243 <                                        args_info.nbins_arg);
242 >                                        args_info.rcut_arg,
243 >                                        args_info.nbins_arg);
244      } else {
245        sprintf( painCave.errMsg,
246 <               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
246 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
247 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
248 >      painCave.isFatal = 1;
249 >      simError();
250 >    }
251 >    
252 >  } else if (args_info.tet_param_given) {
253 >    if (args_info.rcut_given) {  
254 >      analyser = new TetrahedralityParam(info, dumpFileName, sele1,
255 >                                         args_info.rcut_arg,
256 >                                         args_info.nbins_arg);
257 >    } else {
258 >      sprintf( painCave.errMsg,
259 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Tetrahedrality Parameters");
260        painCave.severity = OPENMD_ERROR;
261        painCave.isFatal = 1;
262        simError();
# Line 248 | Line 264 | int main(int argc, char* argv[]){
264    } else if (args_info.bor_given){
265      if (args_info.rcut_given) {
266        analyser = new BOPofR(info, dumpFileName, sele1, args_info.rcut_arg,
267 <                            args_info.nbins_arg, maxLen);
267 >                            args_info.nbins_arg, maxLen);
268      } else {
269        sprintf( painCave.errMsg,
270 <               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
270 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
271        painCave.severity = OPENMD_ERROR;
272        painCave.isFatal = 1;
273        simError();
# Line 259 | Line 275 | int main(int argc, char* argv[]){
275    } else if (args_info.bad_given){
276      if (args_info.rcut_given) {
277        analyser = new BondAngleDistribution(info, dumpFileName, sele1, args_info.rcut_arg,
278 <                                           args_info.nbins_arg);
278 >                                           args_info.nbins_arg);
279      } else {
280        sprintf( painCave.errMsg,
281 <               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Angle Distributions");
281 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Angle Distributions");
282        painCave.severity = OPENMD_ERROR;
283        painCave.isFatal = 1;
284        simError();
285 <    }
285 >      }
286    } else if (args_info.scd_given) {
287      if (batchMode) {
288        analyser  = new SCDOrderParameter(info, dumpFileName, args_info.molname_arg,
289 <                                        args_info.begin_arg, args_info.end_arg);
289 >                                        args_info.begin_arg, args_info.end_arg);
290      } else{
291        std::string sele3 = args_info.sele3_arg;
292        analyser  = new SCDOrderParameter(info, dumpFileName, sele1, sele2, sele3);
293      }
294    }else if (args_info.density_given) {
295      analyser= new DensityPlot(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
296 <                              args_info.nbins_arg);  
296 >                              args_info.nbins_arg);  
297    } else if (args_info.count_given) {
298      analyser = new ObjectCount(info, dumpFileName, sele1 );
299    } else if (args_info.slab_density_given) {
# Line 287 | Line 303 | int main(int argc, char* argv[]){
303   #if defined(HAVE_FFTW_H) || defined(HAVE_DFFTW_H) || defined(HAVE_FFTW3_H)
304    }else if (args_info.hxy_given) {
305      analyser = new Hxy(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_x_arg,
306 <                       args_info.nbins_y_arg, args_info.nbins_arg);
306 >                       args_info.nbins_y_arg, args_info.nbins_arg);
307   #endif
308    }else if (args_info.rho_r_given) {
309      if (args_info.radius_given){
310        analyser = new RhoR(info, dumpFileName, sele1, maxLen,args_info.nbins_arg,args_info.radius_arg);
311      }else{
312        sprintf( painCave.errMsg,
313 <               "A particle radius (radius) must be specified when calculating Rho(r)");
313 >               "A particle radius (radius) must be specified when calculating Rho(r)");
314        painCave.severity = OPENMD_ERROR;
315        painCave.isFatal = 1;
316        simError();
317      }
318 <  }else if (args_info.hullvol_given) {
318 >  } else if (args_info.hullvol_given) {
319      analyser = new NanoVolume(info, dumpFileName, sele1);
320 +  } else if (args_info.angle_r_given) {
321 +    analyser = new AngleR(info, dumpFileName, sele1, maxLen,args_info.nbins_arg);
322    }
323 <  
323 >    
324    if (args_info.output_given) {
325      analyser->setOutputName(args_info.output_arg);
326    }
327    if (args_info.step_given) {
328      analyser->setStep(args_info.step_arg);
329    }
330 <
330 >  
331    analyser->process();
332 <
332 >  
333    delete analyser;    
334    delete info;
335  

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