| 78 | 
  | 
#include "applications/staticProps/TetrahedralityParam.hpp" | 
| 79 | 
  | 
#include "applications/staticProps/TetrahedralityParamZ.hpp" | 
| 80 | 
  | 
#include "applications/staticProps/RNEMDStats.hpp" | 
| 81 | 
+ | 
#include "applications/staticProps/NitrileFrequencyMap.hpp" | 
| 82 | 
  | 
 | 
| 83 | 
  | 
using namespace OpenMD; | 
| 84 | 
  | 
 | 
| 268 | 
  | 
      painCave.isFatal = 1; | 
| 269 | 
  | 
      simError(); | 
| 270 | 
  | 
    } | 
| 271 | 
< | 
  } else if (args_info.bor_given){ | 
| 271 | 
> | 
  } else if (args_info.ior_given){ | 
| 272 | 
  | 
    if (args_info.rcut_given) { | 
| 273 | 
< | 
      analyser = new BOPofR(info, dumpFileName, sele1, args_info.rcut_arg, | 
| 273 | 
> | 
      analyser = new IcosahedralOfR(info, dumpFileName, sele1,  | 
| 274 | 
> | 
                                    args_info.rcut_arg, | 
| 275 | 
> | 
                                    args_info.nbins_arg, maxLen); | 
| 276 | 
> | 
    } else { | 
| 277 | 
> | 
      sprintf( painCave.errMsg, | 
| 278 | 
> | 
               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters"); | 
| 279 | 
> | 
      painCave.severity = OPENMD_ERROR; | 
| 280 | 
> | 
      painCave.isFatal = 1; | 
| 281 | 
> | 
      simError(); | 
| 282 | 
> | 
    } | 
| 283 | 
> | 
  } else if (args_info.for_given){ | 
| 284 | 
> | 
    if (args_info.rcut_given) { | 
| 285 | 
> | 
      analyser = new FCCOfR(info, dumpFileName, sele1, args_info.rcut_arg, | 
| 286 | 
  | 
                            args_info.nbins_arg, maxLen); | 
| 287 | 
  | 
    } else { | 
| 288 | 
  | 
      sprintf( painCave.errMsg, | 
| 327 | 
  | 
  } else if (args_info.rnemdrt_given) { | 
| 328 | 
  | 
    analyser = new RNEMDRTheta(info, dumpFileName, sele1, | 
| 329 | 
  | 
                               args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg); | 
| 330 | 
+ | 
  } else if (args_info.nitrile_given) { | 
| 331 | 
+ | 
    analyser = new NitrileFrequencyMap(info, dumpFileName, sele1, | 
| 332 | 
+ | 
                                       args_info.nbins_arg); | 
| 333 | 
  | 
  } else if (args_info.p_angle_given) { | 
| 334 | 
  | 
    if (args_info.sele1_given) {      | 
| 335 | 
  | 
      if (args_info.sele2_given)  | 
| 336 | 
  | 
        analyser  = new pAngle(info, dumpFileName, sele1, sele2, | 
| 337 | 
  | 
                               args_info.nbins_arg); | 
| 338 | 
  | 
      else  | 
| 339 | 
< | 
        if (args_info.seleoffset_given)  | 
| 339 | 
> | 
        if (args_info.seleoffset_given) { | 
| 340 | 
> | 
          if (args_info.seleoffset2_given) { | 
| 341 | 
> | 
            analyser  = new pAngle(info, dumpFileName, sele1,  | 
| 342 | 
> | 
                                   args_info.seleoffset_arg,  | 
| 343 | 
> | 
                                   args_info.seleoffset2_arg,  | 
| 344 | 
> | 
                                   args_info.nbins_arg); | 
| 345 | 
> | 
          } else { | 
| 346 | 
> | 
            analyser  = new pAngle(info, dumpFileName, sele1,  | 
| 347 | 
> | 
                                   args_info.seleoffset_arg,  | 
| 348 | 
> | 
                                   args_info.nbins_arg); | 
| 349 | 
> | 
          } | 
| 350 | 
> | 
        } else  | 
| 351 | 
  | 
          analyser  = new pAngle(info, dumpFileName, sele1,  | 
| 325 | 
– | 
                                 args_info.seleoffset_arg, args_info.nbins_arg); | 
| 326 | 
– | 
        else  | 
| 327 | 
– | 
          analyser  = new pAngle(info, dumpFileName, sele1,  | 
| 352 | 
  | 
                                 args_info.nbins_arg); | 
| 353 | 
  | 
    } else { | 
| 354 | 
  | 
      sprintf( painCave.errMsg, |