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root/OpenMD/trunk/src/applications/staticProps/StaticPropsCmd.c
(Generate patch)

Comparing trunk/src/applications/staticProps/StaticPropsCmd.c (file contents):
Revision 543 by tim, Thu May 26 22:45:00 2005 UTC vs.
Revision 545 by tim, Fri May 27 21:11:24 2005 UTC

# Line 43 | Line 43 | cmdline_parser_print_help (void)
43    printf("  -r, --nrbins=INT                number of bins for distance  (default=`100')\n");
44    printf("  -a, --nanglebins=INT            number of bins for cos(angle)  (default=\n                                    `50')\n");
45    printf("  -l, --length=DOUBLE             maximum length (Defaults to 1/2 smallest \n                                    length of first frame)\n");
46 <  printf("      --sele1=selection script    select first stuntdouble set\n");
47 <  printf("      --sele2=selection script    select second stuntdouble set\n");
46 >  printf("      --sele1=selection script    select the first stuntdouble set\n");
47 >  printf("      --sele2=selection script    select the second stuntdouble set\n");
48 >  printf("      --sele3=selection script    select the third stuntdouble set\n");
49    printf("      --refsele=selection script  select reference (use and only use with \n                                    --gxyz)\n");
50 +  printf("      --molname=STRING            molecule name\n");
51 +  printf("      --begin=INT                 begin interanl index\n");
52 +  printf("      --end=INT                   end internal index\n");
53    printf("\n");
54    printf(" Group: staticProps  an option of this group is required\n");
55    printf("      --gofr                      g(r)\n");
# Line 53 | Line 57 | cmdline_parser_print_help (void)
57    printf("      --r_omega                   g(r, cos(omega))\n");
58    printf("      --theta_omega               g(cos(theta), cos(omega))\n");
59    printf("      --gxyz                      g(x, y, z)\n");
60 <  printf("      --p2                        p2 order parameter\n");
60 >  printf("      --p2                        p2 order parameter (--sele1 and --sele2 must \n                                    be specified)\n");
61 >  printf("      --scd                       scd order parameter(either --sele1, --sele2, \n                                    --sele3 are specified or --molname, \n                                    --begin, --end are specified)\n");
62 >  printf("      --density                   density plot (--sele1 must be specified)\n");
63   }
64  
65  
# Line 89 | Line 95 | cmdline_parser (int argc, char * const *argv, struct g
95    args_info->length_given = 0 ;
96    args_info->sele1_given = 0 ;
97    args_info->sele2_given = 0 ;
98 +  args_info->sele3_given = 0 ;
99    args_info->refsele_given = 0 ;
100 +  args_info->molname_given = 0 ;
101 +  args_info->begin_given = 0 ;
102 +  args_info->end_given = 0 ;
103    args_info->gofr_given = 0 ;
104    args_info->r_theta_given = 0 ;
105    args_info->r_omega_given = 0 ;
106    args_info->theta_omega_given = 0 ;
107    args_info->gxyz_given = 0 ;
108    args_info->p2_given = 0 ;
109 +  args_info->scd_given = 0 ;
110 +  args_info->density_given = 0 ;
111   #define clear_args() { \
112    args_info->input_arg = NULL; \
113    args_info->output_arg = NULL; \
# Line 104 | Line 116 | cmdline_parser (int argc, char * const *argv, struct g
116    args_info->nanglebins_arg = 50 ;\
117    args_info->sele1_arg = NULL; \
118    args_info->sele2_arg = NULL; \
119 +  args_info->sele3_arg = NULL; \
120    args_info->refsele_arg = NULL; \
121 +  args_info->molname_arg = NULL; \
122   }
123  
124    clear_args();
# Line 130 | Line 144 | cmdline_parser (int argc, char * const *argv, struct g
144          { "length",     1, NULL, 'l' },
145          { "sele1",      1, NULL, 0 },
146          { "sele2",      1, NULL, 0 },
147 +        { "sele3",      1, NULL, 0 },
148          { "refsele",    1, NULL, 0 },
149 +        { "molname",    1, NULL, 0 },
150 +        { "begin",      1, NULL, 0 },
151 +        { "end",        1, NULL, 0 },
152          { "gofr",       0, NULL, 0 },
153          { "r_theta",    0, NULL, 0 },
154          { "r_omega",    0, NULL, 0 },
155          { "theta_omega",        0, NULL, 0 },
156          { "gxyz",       0, NULL, 0 },
157          { "p2", 0, NULL, 0 },
158 +        { "scd",        0, NULL, 0 },
159 +        { "density",    0, NULL, 0 },
160          { NULL, 0, NULL, 0 }
161        };
162  
# Line 225 | Line 245 | cmdline_parser (int argc, char * const *argv, struct g
245  
246  
247          case 0: /* Long option with no short option */
248 <          /* select first stuntdouble set.  */
248 >          /* select the first stuntdouble set.  */
249            if (strcmp (long_options[option_index].name, "sele1") == 0)
250            {
251              if (args_info->sele1_given)
# Line 239 | Line 259 | cmdline_parser (int argc, char * const *argv, struct g
259              break;
260            }
261            
262 <          /* select second stuntdouble set.  */
262 >          /* select the second stuntdouble set.  */
263            else if (strcmp (long_options[option_index].name, "sele2") == 0)
264            {
265              if (args_info->sele2_given)
# Line 253 | Line 273 | cmdline_parser (int argc, char * const *argv, struct g
273              break;
274            }
275            
276 +          /* select the third stuntdouble set.  */
277 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "sele3") == 0)
278 +          {
279 +            if (args_info->sele3_given)
280 +              {
281 +                fprintf (stderr, "%s: `--sele3' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
282 +                clear_args ();
283 +                exit (EXIT_FAILURE);
284 +              }
285 +            args_info->sele3_given = 1;
286 +            args_info->sele3_arg = gengetopt_strdup (optarg);
287 +            break;
288 +          }
289 +          
290            /* select reference (use and only use with --gxyz).  */
291            else if (strcmp (long_options[option_index].name, "refsele") == 0)
292            {
# Line 264 | Line 298 | cmdline_parser (int argc, char * const *argv, struct g
298                }
299              args_info->refsele_given = 1;
300              args_info->refsele_arg = gengetopt_strdup (optarg);
301 +            break;
302 +          }
303 +          
304 +          /* molecule name.  */
305 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "molname") == 0)
306 +          {
307 +            if (args_info->molname_given)
308 +              {
309 +                fprintf (stderr, "%s: `--molname' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
310 +                clear_args ();
311 +                exit (EXIT_FAILURE);
312 +              }
313 +            args_info->molname_given = 1;
314 +            args_info->molname_arg = gengetopt_strdup (optarg);
315 +            break;
316 +          }
317 +          
318 +          /* begin interanl index.  */
319 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "begin") == 0)
320 +          {
321 +            if (args_info->begin_given)
322 +              {
323 +                fprintf (stderr, "%s: `--begin' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
324 +                clear_args ();
325 +                exit (EXIT_FAILURE);
326 +              }
327 +            args_info->begin_given = 1;
328 +            args_info->begin_arg = strtol (optarg,&stop_char,0);
329              break;
330            }
331            
332 +          /* end internal index.  */
333 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "end") == 0)
334 +          {
335 +            if (args_info->end_given)
336 +              {
337 +                fprintf (stderr, "%s: `--end' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
338 +                clear_args ();
339 +                exit (EXIT_FAILURE);
340 +              }
341 +            args_info->end_given = 1;
342 +            args_info->end_arg = strtol (optarg,&stop_char,0);
343 +            break;
344 +          }
345 +          
346            /* g(r).  */
347            else if (strcmp (long_options[option_index].name, "gofr") == 0)
348            {
# Line 337 | Line 413 | cmdline_parser (int argc, char * const *argv, struct g
413              break;
414            }
415            
416 <          /* p2 order parameter.  */
416 >          /* p2 order parameter (--sele1 and --sele2 must be specified).  */
417            else if (strcmp (long_options[option_index].name, "p2") == 0)
418            {
419              if (args_info->p2_given)
# Line 351 | Line 427 | cmdline_parser (int argc, char * const *argv, struct g
427              break;
428            }
429            
430 +          /* scd order parameter(either --sele1, --sele2, --sele3 are specified or --molname, --begin, --end are specified).  */
431 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "scd") == 0)
432 +          {
433 +            if (args_info->scd_given)
434 +              {
435 +                fprintf (stderr, "%s: `--scd' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
436 +                clear_args ();
437 +                exit (EXIT_FAILURE);
438 +              }
439 +            args_info->scd_given = 1; staticProps_group_counter += 1;
440 +          
441 +            break;
442 +          }
443 +          
444 +          /* density plot (--sele1 must be specified).  */
445 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "density") == 0)
446 +          {
447 +            if (args_info->density_given)
448 +              {
449 +                fprintf (stderr, "%s: `--density' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
450 +                clear_args ();
451 +                exit (EXIT_FAILURE);
452 +              }
453 +            args_info->density_given = 1; staticProps_group_counter += 1;
454 +          
455 +            break;
456 +          }
457 +          
458  
459          case '?':       /* Invalid option.  */
460            /* `getopt_long' already printed an error message.  */

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