| 1 | 
  | 
/* | 
| 2 | 
  | 
  File autogenerated by gengetopt version 2.11 | 
| 3 | 
  | 
  generated with the following command: | 
| 4 | 
< | 
  /home/maul/gezelter/tim/bin/gengetopt -F StaticPropsCmd  | 
| 4 | 
> | 
  /home/maul/gezelter/tim/bin/gengetopt -i StaticProps.ggo -F StaticPropsCmd  | 
| 5 | 
  | 
 | 
| 6 | 
  | 
  The developers of gengetopt consider the fixed text that goes in all | 
| 7 | 
  | 
  gengetopt output files to be in the public domain: | 
| 35 | 
  | 
  printf("\n" | 
| 36 | 
  | 
  "Usage: %s [OPTIONS]...\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE); | 
| 37 | 
  | 
  printf("\n"); | 
| 38 | 
< | 
  printf("  -h, --help                    Print help and exit\n"); | 
| 39 | 
< | 
  printf("  -V, --version                 Print version and exit\n"); | 
| 40 | 
< | 
  printf("  -i, --input=filename          input dump file\n"); | 
| 41 | 
< | 
  printf("  -o, --output=filename         output file name\n"); | 
| 42 | 
< | 
  printf("  -n, --step=INT                process every n frame  (default=`1')\n"); | 
| 43 | 
< | 
  printf("  -r, --nrbins=INT              number of bins for distance  (default=`100')\n"); | 
| 44 | 
< | 
  printf("  -a, --nanglebins=INT          number of bins for cos(angle)  (default=`50')\n"); | 
| 45 | 
< | 
  printf("  -l, --length=DOUBLE           maximum length (Defaults to 1/2 smallest \n                                  length of first frame)\n"); | 
| 46 | 
< | 
  printf("      --sele1=selection script  select first stuntdouble set\n"); | 
| 47 | 
< | 
  printf("      --sele2=selection script  select second stuntdouble set\n"); | 
| 38 | 
> | 
  printf("  -h, --help                      Print help and exit\n"); | 
| 39 | 
> | 
  printf("  -V, --version                   Print version and exit\n"); | 
| 40 | 
> | 
  printf("  -i, --input=filename            input dump file\n"); | 
| 41 | 
> | 
  printf("  -o, --output=filename           output file name\n"); | 
| 42 | 
> | 
  printf("  -n, --step=INT                  process every n frame  (default=`1')\n"); | 
| 43 | 
> | 
  printf("  -r, --nrbins=INT                number of bins for distance  (default=`100')\n"); | 
| 44 | 
> | 
  printf("  -a, --nanglebins=INT            number of bins for cos(angle)  (default=\n                                    `50')\n"); | 
| 45 | 
> | 
  printf("  -l, --length=DOUBLE             maximum length (Defaults to 1/2 smallest \n                                    length of first frame)\n"); | 
| 46 | 
> | 
  printf("      --sele1=selection script    select the first stuntdouble set\n"); | 
| 47 | 
> | 
  printf("      --sele2=selection script    select the second stuntdouble set\n"); | 
| 48 | 
> | 
  printf("      --sele3=selection script    select the third stuntdouble set\n"); | 
| 49 | 
> | 
  printf("      --refsele=selection script  select reference (use and only use with \n                                    --gxyz)\n"); | 
| 50 | 
> | 
  printf("      --molname=STRING            molecule name\n"); | 
| 51 | 
> | 
  printf("      --begin=INT                 begin interanl index\n"); | 
| 52 | 
> | 
  printf("      --end=INT                   end internal index\n"); | 
| 53 | 
  | 
  printf("\n"); | 
| 54 | 
  | 
  printf(" Group: staticProps  an option of this group is required\n"); | 
| 55 | 
< | 
  printf("      --gofr                    g(r)\n"); | 
| 56 | 
< | 
  printf("      --r_theta                 g(r, cos(theta))\n"); | 
| 57 | 
< | 
  printf("      --r_omega                 g(r, cos(omega))\n"); | 
| 58 | 
< | 
  printf("      --theta_omega             g(cos(theta), cos(omega))\n"); | 
| 59 | 
< | 
  printf("      --xyz                     g(x, y, z)\n"); | 
| 55 | 
> | 
  printf("      --gofr                      g(r)\n"); | 
| 56 | 
> | 
  printf("      --r_theta                   g(r, cos(theta))\n"); | 
| 57 | 
> | 
  printf("      --r_omega                   g(r, cos(omega))\n"); | 
| 58 | 
> | 
  printf("      --theta_omega               g(cos(theta), cos(omega))\n"); | 
| 59 | 
> | 
  printf("      --gxyz                      g(x, y, z)\n"); | 
| 60 | 
> | 
  printf("      --p2                        p2 order parameter (--sele1 and --sele2 must \n                                    be specified)\n"); | 
| 61 | 
> | 
  printf("      --scd                       scd order parameter(either --sele1, --sele2, \n                                    --sele3 are specified or --molname, \n                                    --begin, --end are specified)\n"); | 
| 62 | 
> | 
  printf("      --density                   density plot (--sele1 must be specified)\n"); | 
| 63 | 
  | 
} | 
| 64 | 
  | 
 | 
| 65 | 
  | 
 | 
| 95 | 
  | 
  args_info->length_given = 0 ; | 
| 96 | 
  | 
  args_info->sele1_given = 0 ; | 
| 97 | 
  | 
  args_info->sele2_given = 0 ; | 
| 98 | 
+ | 
  args_info->sele3_given = 0 ; | 
| 99 | 
+ | 
  args_info->refsele_given = 0 ; | 
| 100 | 
+ | 
  args_info->molname_given = 0 ; | 
| 101 | 
+ | 
  args_info->begin_given = 0 ; | 
| 102 | 
+ | 
  args_info->end_given = 0 ; | 
| 103 | 
  | 
  args_info->gofr_given = 0 ; | 
| 104 | 
  | 
  args_info->r_theta_given = 0 ; | 
| 105 | 
  | 
  args_info->r_omega_given = 0 ; | 
| 106 | 
  | 
  args_info->theta_omega_given = 0 ; | 
| 107 | 
< | 
  args_info->xyz_given = 0 ; | 
| 107 | 
> | 
  args_info->gxyz_given = 0 ; | 
| 108 | 
> | 
  args_info->p2_given = 0 ; | 
| 109 | 
> | 
  args_info->scd_given = 0 ; | 
| 110 | 
> | 
  args_info->density_given = 0 ; | 
| 111 | 
  | 
#define clear_args() { \ | 
| 112 | 
  | 
  args_info->input_arg = NULL; \ | 
| 113 | 
  | 
  args_info->output_arg = NULL; \ | 
| 116 | 
  | 
  args_info->nanglebins_arg = 50 ;\ | 
| 117 | 
  | 
  args_info->sele1_arg = NULL; \ | 
| 118 | 
  | 
  args_info->sele2_arg = NULL; \ | 
| 119 | 
+ | 
  args_info->sele3_arg = NULL; \ | 
| 120 | 
+ | 
  args_info->refsele_arg = NULL; \ | 
| 121 | 
+ | 
  args_info->molname_arg = NULL; \ | 
| 122 | 
  | 
} | 
| 123 | 
  | 
 | 
| 124 | 
  | 
  clear_args(); | 
| 144 | 
  | 
        { "length",     1, NULL, 'l' }, | 
| 145 | 
  | 
        { "sele1",      1, NULL, 0 }, | 
| 146 | 
  | 
        { "sele2",      1, NULL, 0 }, | 
| 147 | 
+ | 
        { "sele3",      1, NULL, 0 }, | 
| 148 | 
+ | 
        { "refsele",    1, NULL, 0 }, | 
| 149 | 
+ | 
        { "molname",    1, NULL, 0 }, | 
| 150 | 
+ | 
        { "begin",      1, NULL, 0 }, | 
| 151 | 
+ | 
        { "end",        1, NULL, 0 }, | 
| 152 | 
  | 
        { "gofr",       0, NULL, 0 }, | 
| 153 | 
  | 
        { "r_theta",    0, NULL, 0 }, | 
| 154 | 
  | 
        { "r_omega",    0, NULL, 0 }, | 
| 155 | 
  | 
        { "theta_omega",        0, NULL, 0 }, | 
| 156 | 
< | 
        { "xyz",        0, NULL, 0 }, | 
| 156 | 
> | 
        { "gxyz",       0, NULL, 0 }, | 
| 157 | 
> | 
        { "p2", 0, NULL, 0 }, | 
| 158 | 
> | 
        { "scd",        0, NULL, 0 }, | 
| 159 | 
> | 
        { "density",    0, NULL, 0 }, | 
| 160 | 
  | 
        { NULL, 0, NULL, 0 } | 
| 161 | 
  | 
      }; | 
| 162 | 
  | 
 | 
| 245 | 
  | 
 | 
| 246 | 
  | 
 | 
| 247 | 
  | 
        case 0: /* Long option with no short option */ | 
| 248 | 
< | 
          /* select first stuntdouble set.  */ | 
| 248 | 
> | 
          /* select the first stuntdouble set.  */ | 
| 249 | 
  | 
          if (strcmp (long_options[option_index].name, "sele1") == 0) | 
| 250 | 
  | 
          { | 
| 251 | 
  | 
            if (args_info->sele1_given) | 
| 259 | 
  | 
            break; | 
| 260 | 
  | 
          } | 
| 261 | 
  | 
           | 
| 262 | 
< | 
          /* select second stuntdouble set.  */ | 
| 262 | 
> | 
          /* select the second stuntdouble set.  */ | 
| 263 | 
  | 
          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "sele2") == 0) | 
| 264 | 
  | 
          { | 
| 265 | 
  | 
            if (args_info->sele2_given) | 
| 273 | 
  | 
            break; | 
| 274 | 
  | 
          } | 
| 275 | 
  | 
           | 
| 276 | 
+ | 
          /* select the third stuntdouble set.  */ | 
| 277 | 
+ | 
          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "sele3") == 0) | 
| 278 | 
+ | 
          { | 
| 279 | 
+ | 
            if (args_info->sele3_given) | 
| 280 | 
+ | 
              { | 
| 281 | 
+ | 
                fprintf (stderr, "%s: `--sele3' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE); | 
| 282 | 
+ | 
                clear_args (); | 
| 283 | 
+ | 
                exit (EXIT_FAILURE); | 
| 284 | 
+ | 
              } | 
| 285 | 
+ | 
            args_info->sele3_given = 1; | 
| 286 | 
+ | 
            args_info->sele3_arg = gengetopt_strdup (optarg); | 
| 287 | 
+ | 
            break; | 
| 288 | 
+ | 
          } | 
| 289 | 
+ | 
           | 
| 290 | 
+ | 
          /* select reference (use and only use with --gxyz).  */ | 
| 291 | 
+ | 
          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "refsele") == 0) | 
| 292 | 
+ | 
          { | 
| 293 | 
+ | 
            if (args_info->refsele_given) | 
| 294 | 
+ | 
              { | 
| 295 | 
+ | 
                fprintf (stderr, "%s: `--refsele' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE); | 
| 296 | 
+ | 
                clear_args (); | 
| 297 | 
+ | 
                exit (EXIT_FAILURE); | 
| 298 | 
+ | 
              } | 
| 299 | 
+ | 
            args_info->refsele_given = 1; | 
| 300 | 
+ | 
            args_info->refsele_arg = gengetopt_strdup (optarg); | 
| 301 | 
+ | 
            break; | 
| 302 | 
+ | 
          } | 
| 303 | 
+ | 
           | 
| 304 | 
+ | 
          /* molecule name.  */ | 
| 305 | 
+ | 
          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "molname") == 0) | 
| 306 | 
+ | 
          { | 
| 307 | 
+ | 
            if (args_info->molname_given) | 
| 308 | 
+ | 
              { | 
| 309 | 
+ | 
                fprintf (stderr, "%s: `--molname' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE); | 
| 310 | 
+ | 
                clear_args (); | 
| 311 | 
+ | 
                exit (EXIT_FAILURE); | 
| 312 | 
+ | 
              } | 
| 313 | 
+ | 
            args_info->molname_given = 1; | 
| 314 | 
+ | 
            args_info->molname_arg = gengetopt_strdup (optarg); | 
| 315 | 
+ | 
            break; | 
| 316 | 
+ | 
          } | 
| 317 | 
+ | 
           | 
| 318 | 
+ | 
          /* begin interanl index.  */ | 
| 319 | 
+ | 
          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "begin") == 0) | 
| 320 | 
+ | 
          { | 
| 321 | 
+ | 
            if (args_info->begin_given) | 
| 322 | 
+ | 
              { | 
| 323 | 
+ | 
                fprintf (stderr, "%s: `--begin' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE); | 
| 324 | 
+ | 
                clear_args (); | 
| 325 | 
+ | 
                exit (EXIT_FAILURE); | 
| 326 | 
+ | 
              } | 
| 327 | 
+ | 
            args_info->begin_given = 1; | 
| 328 | 
+ | 
            args_info->begin_arg = strtol (optarg,&stop_char,0); | 
| 329 | 
+ | 
            break; | 
| 330 | 
+ | 
          } | 
| 331 | 
+ | 
           | 
| 332 | 
+ | 
          /* end internal index.  */ | 
| 333 | 
+ | 
          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "end") == 0) | 
| 334 | 
+ | 
          { | 
| 335 | 
+ | 
            if (args_info->end_given) | 
| 336 | 
+ | 
              { | 
| 337 | 
+ | 
                fprintf (stderr, "%s: `--end' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE); | 
| 338 | 
+ | 
                clear_args (); | 
| 339 | 
+ | 
                exit (EXIT_FAILURE); | 
| 340 | 
+ | 
              } | 
| 341 | 
+ | 
            args_info->end_given = 1; | 
| 342 | 
+ | 
            args_info->end_arg = strtol (optarg,&stop_char,0); | 
| 343 | 
+ | 
            break; | 
| 344 | 
+ | 
          } | 
| 345 | 
+ | 
           | 
| 346 | 
  | 
          /* g(r).  */ | 
| 347 | 
  | 
          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "gofr") == 0) | 
| 348 | 
  | 
          { | 
| 400 | 
  | 
          } | 
| 401 | 
  | 
           | 
| 402 | 
  | 
          /* g(x, y, z).  */ | 
| 403 | 
< | 
          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "xyz") == 0) | 
| 403 | 
> | 
          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "gxyz") == 0) | 
| 404 | 
  | 
          { | 
| 405 | 
< | 
            if (args_info->xyz_given) | 
| 405 | 
> | 
            if (args_info->gxyz_given) | 
| 406 | 
  | 
              { | 
| 407 | 
< | 
                fprintf (stderr, "%s: `--xyz' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE); | 
| 407 | 
> | 
                fprintf (stderr, "%s: `--gxyz' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE); | 
| 408 | 
  | 
                clear_args (); | 
| 409 | 
  | 
                exit (EXIT_FAILURE); | 
| 410 | 
  | 
              } | 
| 411 | 
< | 
            args_info->xyz_given = 1; staticProps_group_counter += 1; | 
| 411 | 
> | 
            args_info->gxyz_given = 1; staticProps_group_counter += 1; | 
| 412 | 
  | 
           | 
| 413 | 
  | 
            break; | 
| 414 | 
  | 
          } | 
| 415 | 
  | 
           | 
| 416 | 
+ | 
          /* p2 order parameter (--sele1 and --sele2 must be specified).  */ | 
| 417 | 
+ | 
          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "p2") == 0) | 
| 418 | 
+ | 
          { | 
| 419 | 
+ | 
            if (args_info->p2_given) | 
| 420 | 
+ | 
              { | 
| 421 | 
+ | 
                fprintf (stderr, "%s: `--p2' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE); | 
| 422 | 
+ | 
                clear_args (); | 
| 423 | 
+ | 
                exit (EXIT_FAILURE); | 
| 424 | 
+ | 
              } | 
| 425 | 
+ | 
            args_info->p2_given = 1; staticProps_group_counter += 1; | 
| 426 | 
+ | 
           | 
| 427 | 
+ | 
            break; | 
| 428 | 
+ | 
          } | 
| 429 | 
+ | 
           | 
| 430 | 
+ | 
          /* scd order parameter(either --sele1, --sele2, --sele3 are specified or --molname, --begin, --end are specified).  */ | 
| 431 | 
+ | 
          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "scd") == 0) | 
| 432 | 
+ | 
          { | 
| 433 | 
+ | 
            if (args_info->scd_given) | 
| 434 | 
+ | 
              { | 
| 435 | 
+ | 
                fprintf (stderr, "%s: `--scd' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE); | 
| 436 | 
+ | 
                clear_args (); | 
| 437 | 
+ | 
                exit (EXIT_FAILURE); | 
| 438 | 
+ | 
              } | 
| 439 | 
+ | 
            args_info->scd_given = 1; staticProps_group_counter += 1; | 
| 440 | 
+ | 
           | 
| 441 | 
+ | 
            break; | 
| 442 | 
+ | 
          } | 
| 443 | 
+ | 
           | 
| 444 | 
+ | 
          /* density plot (--sele1 must be specified).  */ | 
| 445 | 
+ | 
          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "density") == 0) | 
| 446 | 
+ | 
          { | 
| 447 | 
+ | 
            if (args_info->density_given) | 
| 448 | 
+ | 
              { | 
| 449 | 
+ | 
                fprintf (stderr, "%s: `--density' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE); | 
| 450 | 
+ | 
                clear_args (); | 
| 451 | 
+ | 
                exit (EXIT_FAILURE); | 
| 452 | 
+ | 
              } | 
| 453 | 
+ | 
            args_info->density_given = 1; staticProps_group_counter += 1; | 
| 454 | 
+ | 
           | 
| 455 | 
+ | 
            break; | 
| 456 | 
+ | 
          } | 
| 457 | 
+ | 
           | 
| 458 | 
  | 
 | 
| 459 | 
  | 
        case '?':       /* Invalid option.  */ | 
| 460 | 
  | 
          /* `getopt_long' already printed an error message.  */ |