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root/OpenMD/trunk/src/brains/ForceField.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/UseTheForce/ForceField.cpp (file contents):
Revision 246 by gezelter, Wed Jan 12 22:41:40 2005 UTC vs.
Revision 1195 by cpuglis, Thu Dec 6 20:04:02 2007 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < /*
1 > /*
2   * Copyright (c) 2005 The University of Notre Dame. All Rights Reserved.
3   *
4   * The University of Notre Dame grants you ("Licensee") a
# Line 39 | Line 39
39   * such damages.
40   */
41  
42 < /**
43 <  * @file ForceField.cpp
44 <  * @author tlin
45 <  * @date 11/04/2004
46 <  * @time 22:51am
47 <  * @version 1.0
48 <  */
42 > /**
43 > * @file ForceField.cpp
44 > * @author tlin
45 > * @date 11/04/2004
46 > * @time 22:51am
47 > * @version 1.0
48 > */
49    
50   #include "UseTheForce/ForceField.hpp"
51   #include "utils/simError.h"
52 + #include "UseTheForce/DarkSide/atype_interface.h"
53 + #include "UseTheForce/DarkSide/fForceOptions_interface.h"
54 + #include "UseTheForce/DarkSide/switcheroo_interface.h"
55   namespace oopse {
56  
57 < ForceField::ForceField() {
57 >  ForceField::ForceField() {
58      char* tempPath;
59      tempPath = getenv("FORCE_PARAM_PATH");
60  
61      if (tempPath == NULL) {
62 <        //convert a macro from compiler to a string in c++
63 <        STR_DEFINE(ffPath_, FRC_PATH );
62 >      //convert a macro from compiler to a string in c++
63 >      STR_DEFINE(ffPath_, FRC_PATH );
64      } else {
65 <        ffPath_ = tempPath;
65 >      ffPath_ = tempPath;
66      }
67 < }
67 >  }
68  
69 < AtomType* ForceField::getAtomType(const std::string &at) {
69 >
70 >  ForceField::~ForceField() {
71 >    deleteAtypes();
72 >    deleteSwitch();
73 >  }
74 >
75 >  AtomType* ForceField::getAtomType(const std::string &at) {
76      std::vector<std::string> keys;
77      keys.push_back(at);
78      return atomTypeCont_.find(keys);
79 < }
79 >  }
80  
81 < BondType* ForceField::getBondType(const std::string &at1, const std::string &at2) {
81 >  BondType* ForceField::getBondType(const std::string &at1,
82 >                                    const std::string &at2) {
83      std::vector<std::string> keys;
84      keys.push_back(at1);
85      keys.push_back(at2);    
# Line 77 | Line 87 | BondType* ForceField::getBondType(const std::string &a
87      //try exact match first
88      BondType* bondType = bondTypeCont_.find(keys);
89      if (bondType) {
90 <        return bondType;
90 >      return bondType;
91      } else {
92 <        //if no exact match found, try wild card match
93 <        return bondTypeCont_.find(keys, wildCardAtomTypeName_);
92 >      //if no exact match found, try wild card match
93 >      return bondTypeCont_.find(keys, wildCardAtomTypeName_);
94      }
95 +  }
96  
97 < }
98 <
99 < BendType* ForceField::getBendType(const std::string &at1, const std::string &at2,
89 <                        const std::string &at3) {
97 >  BendType* ForceField::getBendType(const std::string &at1,
98 >                                    const std::string &at2,
99 >                                    const std::string &at3) {
100      std::vector<std::string> keys;
101      keys.push_back(at1);
102      keys.push_back(at2);    
# Line 95 | Line 105 | BendType* ForceField::getBendType(const std::string &a
105      //try exact match first
106      BendType* bendType = bendTypeCont_.find(keys);
107      if (bendType) {
108 <        return bendType;
108 >      return bendType;
109      } else {
110 <        //if no exact match found, try wild card match
111 <        return bendTypeCont_.find(keys, wildCardAtomTypeName_);
110 >      //if no exact match found, try wild card match
111 >      return bendTypeCont_.find(keys, wildCardAtomTypeName_);
112      }
113 < }
113 >  }
114  
115 < TorsionType* ForceField::getTorsionType(const std::string &at1, const std::string &at2,
116 <                              const std::string &at3, const std::string &at4) {
115 >  TorsionType* ForceField::getTorsionType(const std::string &at1,
116 >                                          const std::string &at2,
117 >                                          const std::string &at3,
118 >                                          const std::string &at4) {
119      std::vector<std::string> keys;
120      keys.push_back(at1);
121      keys.push_back(at2);    
# Line 112 | Line 124 | TorsionType* ForceField::getTorsionType(const std::str
124  
125      TorsionType* torsionType = torsionTypeCont_.find(keys);
126      if (torsionType) {
127 <        return torsionType;
127 >      return torsionType;
128      } else {
129 <        //if no exact match found, try wild card match
130 <        return torsionTypeCont_.find(keys, wildCardAtomTypeName_);
129 >      //if no exact match found, try wild card match
130 >      return torsionTypeCont_.find(keys, wildCardAtomTypeName_);
131      }
132      
133      return torsionTypeCont_.find(keys, wildCardAtomTypeName_);
134 +  }
135  
136 < }
124 <
125 < BondType* ForceField::getExactBondType(const std::string &at1, const std::string &at2){
136 >  NonBondedInteractionType* ForceField::getNonBondedInteractionType(const std::string &at1, const std::string &at2) {
137      std::vector<std::string> keys;
138      keys.push_back(at1);
139      keys.push_back(at2);    
140 +    
141 +    //try exact match first
142 +    NonBondedInteractionType* nbiType = nonBondedInteractionTypeCont_.find(keys);
143 +    if (nbiType) {
144 +      return nbiType;
145 +    } else {
146 +      //if no exact match found, try wild card match
147 +      return nonBondedInteractionTypeCont_.find(keys, wildCardAtomTypeName_);
148 +    }    
149 +  }
150 +  
151 +  BondType* ForceField::getExactBondType(const std::string &at1,
152 +                                         const std::string &at2){
153 +    std::vector<std::string> keys;
154 +    keys.push_back(at1);
155 +    keys.push_back(at2);    
156      return bondTypeCont_.find(keys);
157 < }
158 <
159 < BendType* ForceField::getExactBendType(const std::string &at1, const std::string &at2,
160 <                            const std::string &at3){
157 >  }
158 >  
159 >  BendType* ForceField::getExactBendType(const std::string &at1,
160 >                                         const std::string &at2,
161 >                                         const std::string &at3){
162      std::vector<std::string> keys;
163      keys.push_back(at1);
164      keys.push_back(at2);    
165      keys.push_back(at3);    
166      return bendTypeCont_.find(keys);
167 < }
168 <
169 < TorsionType* ForceField::getExactTorsionType(const std::string &at1, const std::string &at2,
170 <                                  const std::string &at3, const std::string &at4){
167 >  }
168 >  
169 >  TorsionType* ForceField::getExactTorsionType(const std::string &at1,
170 >                                               const std::string &at2,
171 >                                               const std::string &at3,
172 >                                               const std::string &at4){
173      std::vector<std::string> keys;
174      keys.push_back(at1);
175      keys.push_back(at2);    
176      keys.push_back(at3);    
177      keys.push_back(at4);  
178      return torsionTypeCont_.find(keys);
179 < }
180 < bool ForceField::addAtomType(const std::string &at, AtomType* atomType) {
179 >  }
180 >
181 >  NonBondedInteractionType* ForceField::getExactNonBondedInteractionType(const std::string &at1, const std::string &at2){
182      std::vector<std::string> keys;
183 +    keys.push_back(at1);
184 +    keys.push_back(at2);    
185 +    return nonBondedInteractionTypeCont_.find(keys);
186 +  }
187 +
188 +
189 +  bool ForceField::addAtomType(const std::string &at, AtomType* atomType) {
190 +    std::vector<std::string> keys;
191      keys.push_back(at);
192      return atomTypeCont_.add(keys, atomType);
193 < }
193 >  }
194  
195 < bool ForceField::addBondType(const std::string &at1, const std::string &at2, BondType* bondType) {
195 >  bool ForceField::addBondType(const std::string &at1, const std::string &at2,
196 >                               BondType* bondType) {
197      std::vector<std::string> keys;
198      keys.push_back(at1);
199      keys.push_back(at2);    
200 <    return bondTypeCont_.add(keys, bondType);
201 <
202 < }
203 <
204 < bool ForceField::addBendType(const std::string &at1, const std::string &at2,
165 <                        const std::string &at3, BendType* bendType) {
200 >    return bondTypeCont_.add(keys, bondType);    
201 >  }
202 >  
203 >  bool ForceField::addBendType(const std::string &at1, const std::string &at2,
204 >                               const std::string &at3, BendType* bendType) {
205      std::vector<std::string> keys;
206      keys.push_back(at1);
207      keys.push_back(at2);    
208      keys.push_back(at3);    
209      return bendTypeCont_.add(keys, bendType);
210 < }
211 <
212 < bool ForceField::addTorsionType(const std::string &at1, const std::string &at2,
213 <                              const std::string &at3, const std::string &at4, TorsionType* torsionType) {
210 >  }
211 >  
212 >  bool ForceField::addTorsionType(const std::string &at1,
213 >                                  const std::string &at2,
214 >                                  const std::string &at3,
215 >                                  const std::string &at4,
216 >                                  TorsionType* torsionType) {
217      std::vector<std::string> keys;
218      keys.push_back(at1);
219      keys.push_back(at2);    
220      keys.push_back(at3);    
221      keys.push_back(at4);    
222      return torsionTypeCont_.add(keys, torsionType);
223 < }
223 >  }
224  
225 < double ForceField::getRcutFromAtomType(AtomType* at) {
225 >  bool ForceField::addNonBondedInteractionType(const std::string &at1,
226 >                                               const std::string &at2,
227 >                                               NonBondedInteractionType* nbiType) {
228 >    std::vector<std::string> keys;
229 >    keys.push_back(at1);
230 >    keys.push_back(at2);    
231 >    return nonBondedInteractionTypeCont_.add(keys, nbiType);
232 >  }
233 >  
234 >  RealType ForceField::getRcutFromAtomType(AtomType* at) {
235      /**@todo */
236      GenericData* data;
237 <    double rcut = 0.0;
238 <
237 >    RealType rcut = 0.0;
238 >    
239      if (at->isLennardJones()) {
240 <        data = at->getPropertyByName("LennardJones");
241 <        if (data != NULL) {
242 <            LJParamGenericData* ljData = dynamic_cast<LJParamGenericData*>(data);
243 <
244 <            if (ljData != NULL) {
245 <                LJParam ljParam = ljData->getData();
246 <
247 <                //by default use 2.5*sigma as cutoff radius
248 <                rcut = 2.5 * ljParam.sigma;
249 <                
250 <            } else {
251 <                    sprintf( painCave.errMsg,
252 <                           "Can not cast GenericData to LJParam\n");
253 <                    painCave.severity = OOPSE_ERROR;
254 <                    painCave.isFatal = 1;
255 <                    simError();          
256 <            }            
257 <        } else {
258 <            sprintf( painCave.errMsg, "Can not find Parameters for LennardJones\n");
259 <            painCave.severity = OOPSE_ERROR;
260 <            painCave.isFatal = 1;
261 <            simError();          
262 <        }
240 >      data = at->getPropertyByName("LennardJones");
241 >      if (data != NULL) {
242 >        LJParamGenericData* ljData = dynamic_cast<LJParamGenericData*>(data);
243 >        
244 >        if (ljData != NULL) {
245 >          LJParam ljParam = ljData->getData();
246 >          
247 >          //by default use 2.5*sigma as cutoff radius
248 >          rcut = 2.5 * ljParam.sigma;
249 >          
250 >        } else {
251 >          sprintf( painCave.errMsg,
252 >                   "Can not cast GenericData to LJParam\n");
253 >          painCave.severity = OOPSE_ERROR;
254 >          painCave.isFatal = 1;
255 >          simError();          
256 >        }            
257 >      } else {
258 >        sprintf( painCave.errMsg, "Can not find Parameters for LennardJones\n");
259 >        painCave.severity = OOPSE_ERROR;
260 >        painCave.isFatal = 1;
261 >        simError();          
262 >      }
263      }
213 –
264      return rcut;    
265 < }
265 >  }
266 >  
267  
268 <
218 < ifstrstream* ForceField::openForceFieldFile(const std::string& filename) {
268 >  ifstrstream* ForceField::openForceFieldFile(const std::string& filename) {
269      std::string forceFieldFilename(filename);
270      ifstrstream* ffStream = new ifstrstream();
271      
# Line 223 | Line 273 | ifstrstream* ForceField::openForceFieldFile(const std:
273      ffStream->open(forceFieldFilename.c_str());
274      if(!ffStream->is_open()){
275  
276 <        forceFieldFilename = ffPath_ + "/" + forceFieldFilename;
277 <        ffStream->open( forceFieldFilename.c_str() );
276 >      forceFieldFilename = ffPath_ + "/" + forceFieldFilename;
277 >      ffStream->open( forceFieldFilename.c_str() );
278  
279 <        //if current directory does not contain the force field file,
280 <        //try to open it in the path        
281 <        if(!ffStream->is_open()){
279 >      //if current directory does not contain the force field file,
280 >      //try to open it in the path        
281 >      if(!ffStream->is_open()){
282  
283 <            sprintf( painCave.errMsg,
284 <               "Error opening the force field parameter file:\n"
285 <               "\t%s\n"
286 <               "\tHave you tried setting the FORCE_PARAM_PATH environment "
287 <               "variable?\n",
288 <               forceFieldFilename.c_str() );
289 <            painCave.severity = OOPSE_ERROR;
290 <            painCave.isFatal = 1;
291 <            simError();
292 <        }
283 >        sprintf( painCave.errMsg,
284 >                 "Error opening the force field parameter file:\n"
285 >                 "\t%s\n"
286 >                 "\tHave you tried setting the FORCE_PARAM_PATH environment "
287 >                 "variable?\n",
288 >                 forceFieldFilename.c_str() );
289 >        painCave.severity = OOPSE_ERROR;
290 >        painCave.isFatal = 1;
291 >        simError();
292 >      }
293      }  
244 –
294      return ffStream;
295 +  }
296  
297 < }
298 <
297 >  void ForceField::setFortranForceOptions(){
298 >    ForceOptions theseFortranOptions;
299 >    forceFieldOptions_.makeFortranOptions(theseFortranOptions);
300 >    setfForceOptions(&theseFortranOptions);
301 >  }
302   } //end namespace oopse

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