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root/OpenMD/trunk/src/brains/ForceField.hpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/UseTheForce/ForceField.hpp (file contents):
Revision 246 by gezelter, Wed Jan 12 22:41:40 2005 UTC vs.
Revision 514 by chrisfen, Thu Apr 21 14:12:19 2005 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < /*
1 > /*
2   * Copyright (c) 2005 The University of Notre Dame. All Rights Reserved.
3   *
4   * The University of Notre Dame grants you ("Licensee") a
# Line 39 | Line 39
39   * such damages.
40   */
41  
42 < /**
43 <  * @file ForceField.hpp
44 <  * @author tlin
45 <  * @date 11/04/2004
46 <  * @time 22:51am
47 <  * @version 1.0
48 <  */
42 > /**
43 > * @file ForceField.hpp
44 > * @author tlin
45 > * @date 11/04/2004
46 > * @time 22:51am
47 > * @version 1.0
48 > */
49    
50   #ifndef USETHEFORCE_FORCEFIELD_HPP
51   #define USETHEFORCE_FORCEFIELD_HPP
# Line 65 | Line 65 | namespace oopse {
65  
66   namespace oopse {
67  
68 < /**
69 < * @class ForceField ForceField.hpp ''UseTheForce/ForceField.hpp"
70 < * @brief
71 < */
72 < class ForceField{
68 >  /**
69 >   * @class ForceField ForceField.hpp ''UseTheForce/ForceField.hpp"
70 >   * @brief
71 >   */
72 >  class ForceField{
73  
74 <    public:
74 >  public:
75  
76 <        typedef TypeContainer<AtomType, 1> AtomTypeContainer;
77 <        typedef TypeContainer<BondType, 2> BondTypeContainer;
78 <        typedef TypeContainer<BendType, 3> BendTypeContainer;
79 <        typedef TypeContainer<TorsionType, 4> TorsionTypeContainer;
76 >    typedef TypeContainer<AtomType, 1> AtomTypeContainer;
77 >    typedef TypeContainer<BondType, 2> BondTypeContainer;
78 >    typedef TypeContainer<BendType, 3> BendTypeContainer;
79 >    typedef TypeContainer<TorsionType, 4> TorsionTypeContainer;
80          
81 <        ForceField();
81 >    ForceField();
82  
83 <        virtual ~ForceField(){}
83 >    virtual ~ForceField();
84  
85 <        std::string getForceFieldFileName() {
86 <            return forceFieldFileName_;
87 <        }
85 >    std::string getForceFieldFileName() {
86 >      return forceFieldFileName_;
87 >    }
88  
89 <        void setForceFieldFileName(const std::string& filename) {
90 <            forceFieldFileName_ = filename;
91 <        }
89 >    void setForceFieldFileName(const std::string& filename) {
90 >      forceFieldFileName_ = filename;
91 >    }
92          
93 <        virtual void parse(const std::string& filename) = 0;  
93 >    virtual void parse(const std::string& filename) = 0;  
94  
95 <        AtomType* getAtomType(const std::string &at);
96 <        BondType* getBondType(const std::string &at1, const std::string &at2);
97 <        BendType* getBendType(const std::string &at1, const std::string &at2,
98 <                                    const std::string &at3);
99 <        TorsionType* getTorsionType(const std::string &at1, const std::string &at2,
100 <                                          const std::string &at3, const std::string &at4);
95 >    AtomType* getAtomType(const std::string &at);
96 >    BondType* getBondType(const std::string &at1, const std::string &at2);
97 >    BendType* getBendType(const std::string &at1, const std::string &at2,
98 >                          const std::string &at3);
99 >    TorsionType* getTorsionType(const std::string &at1, const std::string &at2,
100 >                                const std::string &at3, const std::string &at4);
101  
102 <        BondType* getExactBondType(const std::string &at1, const std::string &at2);
103 <        BendType* getExactBendType(const std::string &at1, const std::string &at2,
104 <                                    const std::string &at3);
105 <        TorsionType* getExactTorsionType(const std::string &at1, const std::string &at2,
106 <                                          const std::string &at3, const std::string &at4);
102 >    BondType* getExactBondType(const std::string &at1, const std::string &at2);
103 >    BendType* getExactBendType(const std::string &at1, const std::string &at2,
104 >                               const std::string &at3);
105 >    TorsionType* getExactTorsionType(const std::string &at1,
106 >                                     const std::string &at2,
107 >                                     const std::string &at3,
108 >                                     const std::string &at4);
109  
110  
111 <        //avoid make virtual function public
112 <        //Herb Sutter and Andrei Alexandrescu, C++ coding Standards, Addision-Wesley
113 <        virtual double getRcutFromAtomType(AtomType* at);
111 >    //avoid make virtual function public
112 >    //Herb Sutter and Andrei Alexandrescu, C++ coding Standards, Addision-Wesley
113 >    virtual double getRcutFromAtomType(AtomType* at);
114  
115 <        std::string getWildCard() {
116 <            return wildCardAtomTypeName_;
117 <        }
115 >    std::string getWildCard() {
116 >      return wildCardAtomTypeName_;
117 >    }
118  
119 <        void setWildCard(const std::string& wildCard) {
120 <            wildCardAtomTypeName_ = wildCard;
121 <        }
119 >    void setWildCard(const std::string& wildCard) {
120 >      wildCardAtomTypeName_ = wildCard;
121 >    }
122  
123  
124 <        unsigned int getNAtomType() {
125 <            return atomTypeCont_.size();
126 <        }
124 >    unsigned int getNAtomType() {
125 >      return atomTypeCont_.size();
126 >    }
127          
128 <        bool addAtomType(const std::string &at, AtomType* atomType);
128 >    bool addAtomType(const std::string &at, AtomType* atomType);
129  
130 <        bool addBondType(const std::string &at1, const std::string &at2, BondType* bondType);
130 >    bool addBondType(const std::string &at1, const std::string &at2,
131 >                     BondType* bondType);
132  
133 <        bool addBendType(const std::string &at1, const std::string &at2,
134 <                                    const std::string &at3, BendType* bendType);
133 >    bool addBendType(const std::string &at1, const std::string &at2,
134 >                     const std::string &at3, BendType* bendType);
135  
136 <        bool addTorsionType(const std::string &at1, const std::string &at2,
137 <                                          const std::string &at3, const std::string &at4, TorsionType* torsionType);
136 >    bool addTorsionType(const std::string &at1, const std::string &at2,
137 >                        const std::string &at3, const std::string &at4, TorsionType* torsionType);
138  
139 <        ifstrstream* openForceFieldFile(const std::string& filename);
139 >    ifstrstream* openForceFieldFile(const std::string& filename);
140  
141 <    protected:
141 >  protected:
142  
143 <        AtomTypeContainer atomTypeCont_;    
144 <        BondTypeContainer bondTypeCont_;
145 <        BendTypeContainer bendTypeCont_;
146 <        TorsionTypeContainer torsionTypeCont_;
143 >    AtomTypeContainer atomTypeCont_;    
144 >    BondTypeContainer bondTypeCont_;
145 >    BendTypeContainer bendTypeCont_;
146 >    TorsionTypeContainer torsionTypeCont_;
147          
148 <    private:  
149 <        std::string ffPath_;
148 >  private:  
149 >    std::string ffPath_;
150  
151 <        std::string wildCardAtomTypeName_;
151 >    std::string wildCardAtomTypeName_;
152  
153 <        std::string forceFieldFileName_;
154 < };
153 >    std::string forceFieldFileName_;
154 >  };
155  
156  
157   }//end namespace oopse

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