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root/OpenMD/trunk/src/brains/ForceField.hpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/UseTheForce/ForceField.hpp (file contents):
Revision 963 by tim, Wed May 17 21:51:42 2006 UTC vs.
Revision 1282 by gezelter, Wed Jul 30 18:11:19 2008 UTC

# Line 53 | Line 53
53   #include "config.h"
54   #include <string>
55   #include <utility>
56 + #include <vector>
57  
58   #include "io/basic_ifstrstream.hpp"
59   #include "io/ForceFieldOptions.hpp"
60   #include "utils/TypeContainer.hpp"
61 + #include "utils/Tuple.hpp"
62   #include "types/AtomType.hpp"
63   #include "types/BondType.hpp"
64   #include "types/BendType.hpp"
65   #include "types/TorsionType.hpp"
66 + #include "types/InversionType.hpp"
67 + #include "types/NonBondedInteractionType.hpp"
68   #include "UseTheForce/fForceOptions.h"
69   namespace oopse {
70  
# Line 76 | Line 80 | namespace oopse {
80      typedef TypeContainer<BondType, 2> BondTypeContainer;
81      typedef TypeContainer<BendType, 3> BendTypeContainer;
82      typedef TypeContainer<TorsionType, 4> TorsionTypeContainer;
83 <        
83 >    typedef TypeContainer<InversionType, 4> InversionTypeContainer;
84 >    typedef TypeContainer<NonBondedInteractionType, 2> NonBondedInteractionTypeContainer;
85 >    
86      ForceField();
87 <
87 >    
88      virtual ~ForceField();
89  
90      std::string getForceFieldFileName() {
# Line 97 | Line 103 | namespace oopse {
103                            const std::string &at3);
104      TorsionType* getTorsionType(const std::string &at1, const std::string &at2,
105                                  const std::string &at3, const std::string &at4);
106 <
106 >    InversionType* getInversionType(const std::string &at1,
107 >                                    const std::string &at2,
108 >                                    const std::string &at3,
109 >                                    const std::string &at4);
110 >    NonBondedInteractionType* getNonBondedInteractionType(const std::string &at1, const std::string &at2);
111 >    
112      BondType* getExactBondType(const std::string &at1, const std::string &at2);
113      BendType* getExactBendType(const std::string &at1, const std::string &at2,
114                                 const std::string &at3);
# Line 105 | Line 116 | namespace oopse {
116                                       const std::string &at2,
117                                       const std::string &at3,
118                                       const std::string &at4);
119 <
120 <
119 >    InversionType* getExactInversionType(const std::string &at1,
120 >                                         const std::string &at2,
121 >                                         const std::string &at3,
122 >                                         const std::string &at4);
123 >    NonBondedInteractionType* getExactNonBondedInteractionType(const std::string &at1, const std::string &at2);
124 >    
125 >    
126      //avoid make virtual function public
127      //Herb Sutter and Andrei Alexandrescu, C++ coding Standards, Addision-Wesley
128      virtual RealType getRcutFromAtomType(AtomType* at);
129 <
129 >    
130      std::string getWildCard() {
131        return wildCardAtomTypeName_;
132      }
133 <
133 >    
134      void setWildCard(const std::string& wildCard) {
135        wildCardAtomTypeName_ = wildCard;
136      }
137 <
122 <
137 >    
138      unsigned int getNAtomType() {
139        return atomTypeCont_.size();
140      }
141          
142      bool addAtomType(const std::string &at, AtomType* atomType);
143  
144 +    bool replaceAtomType(const std::string &at, AtomType* atomType);
145 +
146      bool addBondType(const std::string &at1, const std::string &at2,
147                       BondType* bondType);
148  
# Line 133 | Line 150 | namespace oopse {
150                       const std::string &at3, BendType* bendType);
151  
152      bool addTorsionType(const std::string &at1, const std::string &at2,
153 <                        const std::string &at3, const std::string &at4, TorsionType* torsionType);
153 >                        const std::string &at3, const std::string &at4,
154 >                        TorsionType* torsionType);
155  
156 +    bool addInversionType(const std::string &at1, const std::string &at2,
157 +                          const std::string &at3, const std::string &at4,
158 +                          InversionType* inversionType);
159 +    
160 +    bool addNonBondedInteractionType(const std::string &at1,
161 +                                     const std::string &at2,
162 +                                     NonBondedInteractionType* nbiType);
163 +    
164      ifstrstream* openForceFieldFile(const std::string& filename);
165 <
165 >    
166      ForceFieldOptions& getForceFieldOptions() {return forceFieldOptions_;}
167  
168      void setFortranForceOptions(void);
169 +
170 +
171    protected:
172  
173      AtomTypeContainer atomTypeCont_;    
174      BondTypeContainer bondTypeCont_;
175      BendTypeContainer bendTypeCont_;
176      TorsionTypeContainer torsionTypeCont_;
177 +    InversionTypeContainer inversionTypeCont_;
178 +    NonBondedInteractionTypeContainer nonBondedInteractionTypeCont_;
179      ForceFieldOptions forceFieldOptions_;
180      
181    private:  
182      std::string ffPath_;
183 <
183 >    
184      std::string wildCardAtomTypeName_;
185 <
186 <    std::string forceFieldFileName_;
185 >    
186 >    std::string forceFieldFileName_;    
187 >    
188    };
158 –
159 –
189   }//end namespace oopse
190   #endif
191  

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines