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root/OpenMD/trunk/src/brains/SimInfo.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/brains/SimInfo.cpp (file contents):
Revision 413 by tim, Wed Mar 9 17:30:29 2005 UTC vs.
Revision 430 by tim, Thu Mar 10 23:56:42 2005 UTC

# Line 367 | Line 367 | void SimInfo::addExcludePairs(Molecule* mol) {
367          exclude_.addPair(c, d);        
368      }
369  
370 <    
370 >    Molecule::RigidBodyIterator rbIter;
371 >    RigidBody* rb;
372 >    for (rb = mol->beginRigidBody(rbIter); rb != NULL; rb = mol->nextRigidBody(rbIter)) {
373 >        std::vector<Atom*> atoms = rb->getAtoms();
374 >        for (int i = 0; i < atoms.size() -1 ; ++i) {
375 >            for (int j = i + 1; j < atoms.size(); ++j) {
376 >                a = atoms[i]->getGlobalIndex();
377 >                b = atoms[j]->getGlobalIndex();
378 >                exclude_.addPair(a, b);
379 >            }
380 >        }
381 >    }        
382 >
383 >    Molecule::CutoffGroupIterator cgIter;
384 >    CutoffGroup* cg;
385 >    for (cg = mol->beginCutoffGroup(cgIter); cg != NULL; cg = mol->nextCutoffGroup(cgIter)) {
386 >        std::vector<Atom*> atoms = cg->getAtoms();
387 >        for (int i = 0; i < atoms.size() -1 ; ++i) {
388 >            for (int j = i + 1; j < atoms.size(); ++j) {
389 >                a = atoms[i]->getGlobalIndex();
390 >                b = atoms[j]->getGlobalIndex();
391 >                exclude_.addPair(a, b);
392 >            }
393 >        }
394 >    }  
395 >
396   }
397  
398   void SimInfo::removeExcludePairs(Molecule* mol) {
# Line 412 | Line 437 | void SimInfo::removeExcludePairs(Molecule* mol) {
437          exclude_.removePair(c, d);        
438      }
439  
440 +    Molecule::RigidBodyIterator rbIter;
441 +    RigidBody* rb;
442 +    for (rb = mol->beginRigidBody(rbIter); rb != NULL; rb = mol->nextRigidBody(rbIter)) {
443 +        std::vector<Atom*> atoms = rb->getAtoms();
444 +        for (int i = 0; i < atoms.size() -1 ; ++i) {
445 +            for (int j = i + 1; j < atoms.size(); ++j) {
446 +                a = atoms[i]->getGlobalIndex();
447 +                b = atoms[j]->getGlobalIndex();
448 +                exclude_.removePair(a, b);
449 +            }
450 +        }
451 +    }        
452 +
453 +    Molecule::CutoffGroupIterator cgIter;
454 +    CutoffGroup* cg;
455 +    for (cg = mol->beginCutoffGroup(cgIter); cg != NULL; cg = mol->nextCutoffGroup(cgIter)) {
456 +        std::vector<Atom*> atoms = cg->getAtoms();
457 +        for (int i = 0; i < atoms.size() -1 ; ++i) {
458 +            for (int j = i + 1; j < atoms.size(); ++j) {
459 +                a = atoms[i]->getGlobalIndex();
460 +                b = atoms[j]->getGlobalIndex();
461 +                exclude_.removePair(a, b);
462 +            }
463 +        }
464 +    }  
465 +
466   }
467  
468  

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines