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root/OpenMD/trunk/src/brains/Snapshot.hpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/brains/Snapshot.hpp (file contents):
Revision 137 by tim, Thu Oct 21 21:31:39 2004 UTC vs.
Revision 149 by tim, Mon Oct 25 04:08:14 2004 UTC

# Line 30 | Line 30
30    * @time 23:56am
31    * @version 1.0
32    */
33 +  
34   #ifndef BRAINS_SNAPSHOT_HPP
35   #define BRAINS_SNAPSHOT_HPP
36  
# Line 42 | Line 43 | namespace oopse{
43  
44   namespace oopse{
45  
46 +    enum DataStorageLayout {
47 +        dslPosition = 1,
48 +        dslVelocity = 2,
49 +        dslAMat = 4,
50 +        dslAngularMomentum = 8,
51 +        dslUnitVector = 16,
52 +        dslZAngle = 32,
53 +        dslForce = 64,
54 +        dslTorque = 128
55 +    };
56 +    //forward declaration
57 +    class Snapshot;
58 +    class SnapshotManager;
59 +    class StuntDouble;
60 +    
61      /**
62 +     * @class DataStorage
63 +     * @brief
64 +     * @warning do not try to insert element into (or ease element from) private member data
65 +     * of DataStorage directly.
66 +     */
67 +    class DataStorage {
68 +        public:
69 +            DataStorage() {};
70 +            DataStorage(size_t size);
71 +
72 +            int size();
73 +            void resize(size_t size);
74 +            void reserve(size_t size);
75 +            
76 +            friend class Snapshot;
77 +            friend class StuntDouble;
78 +        private:
79 +            vector<Vector3d> position;               /** position array */
80 +            vector<Vector3d> velocity;               /** velocity array */
81 +            vector<RotMat3x3d> aMat;            /** rotation matrix array */
82 +            vector<Vector3d> angularMomentum;/** velocity array */
83 +            vector<Vector3d> unitVector;                /** the lab frame unit vector array*/
84 +            vector<double> zAngle;              /** z -angle array */        
85 +            vector<Vector3d> force;               /** force array */
86 +            vector<Vector3d> torque;               /** torque array */
87 +
88 +    };
89 +
90 +    /**
91       * @class Snapshot Snapshot.hpp "brains/Snapshot.hpp"
92       * @brief Snapshot class is a repository class for storing dynamic data during
93       *  Simulation
94 +     * Every snapshot class will contain one DataStorage  for atoms and one DataStorage
95 +     *  for rigid bodies.
96       * @see SimData
97       */
98      class Snapshot {
99          public:
100 <
101 <            Snapshot(int i) {
102 <
100 >            
101 >            Snapshot(int nAtoms, int nRigidbodies) {
102 >                atomData.resize(nAtoms);
103 >                rigidbodyData.resize(nRigidbodies);
104              }
105  
106              Snapshot(const Snapshot& s);
# Line 69 | Line 117 | namespace oopse{
117                  id_ = id;
118              }
119  
72 –            /** */
73 –            Snapshot* clone() {
74 –                return new Snapshot(*this);
75 –            }
76 –
77 –
120              //template<typename T>
121              //static typename T::ElemPointerType getArrayPointer(vector<T>& v) {
122              //    return v[0]->getArrayPointer();
123              //}
124  
125              static double* getArrayPointer(vector<Vector3d>& v) {
126 +                assert(v.size() > 0);
127                  return v[0].getArrayPointer();
128              }
129              
130              static double* getArrayPointer(vector<RotMat3x3d>& v) {
131 +                assert(v.size() > 0);
132                  return v[0].getArrayPointer();
133              }
134              
# Line 92 | Line 136 | namespace oopse{
136                  assert(v.size() > 0);
137                  return &(v[0]);
138              }
139 +
140 +            int getSize() {
141 +                return atomData.size() + rigidbodyData.size();
142 +            }
143              
144 <            vector<Vector3d> pos;
145 <            vector<Vector3d> vel;
146 <            vector<Vector3d> frc;
99 <            vector<Vector3d> trq;
100 <            vector<RotMat3x3d> Amat;
101 <            vector<Vector3d> mu;
102 <            vector<Vector3d> ul;
103 <            vector<double> zAngle;
144 >            int getSizeOfAtoms() {
145 >                return atomData.size();
146 >            }
147              
148 +            int getSizeOfRigidBodies() {
149 +                return rigidbodyData.size();
150 +            }
151 +            
152 +            DataStorage atomData;
153 +            DataStorage rigidbodyData;
154 +
155 +            friend class StuntDouble;
156          private:
157  
158              int id_; /**< identification number of the snapshot */
159      };
160  
161 +    typedef DataStorage (Snapshot::*DataStoragePointer);
162   }
163   #endif //BRAINS_SNAPSHOT_HPP

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