ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/OpenMD/trunk/src/brains/Snapshot.hpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/brains/Snapshot.hpp (file contents):
Revision 146 by tim, Fri Oct 22 23:09:57 2004 UTC vs.
Revision 155 by tim, Tue Oct 26 22:19:22 2004 UTC

# Line 36 | Line 36
36  
37   #include <vector>
38  
39 < #include "math/Vector3.hpp"
40 < #include "math/SquareMatrix3.hpp"
39 > #include "brains/DataStorage.hpp"
40  
41   using namespace std;
42  
43   namespace oopse{
44  
45 <    //forward declaration
46 <    class Snapshot;
48 <    class SnapshotManager;
49 <
45 >    class StuntDouble;
46 >    
47      /**
51 –     * @struct DataStorage
52 –     * @brief
53 –     */
54 –    class DataStorage {
55 –        public:
56 –            DataStorage() {};
57 –            DataStorage(size_t size);
58 –            void resize(size_t size);
59 –            void reserve(size_t size);
60 –            
61 –        //friend Snapshot;
62 –        //friend SnapshotManager;
63 –        //private:
64 –            vector<Vector3d> position;               /** position array */
65 –            vector<Vector3d> velocity;               /** velocity array */
66 –            vector<RotMat3x3d> Amat;            /** rotation matrix array */
67 –            vector<Vector3d> angularMomentum;/** velocity array */
68 –            vector<Vector3d> ul;                /** the lab frame unit vector array*/
69 –            vector<double> zAngle;              /** z -angle array */        
70 –            vector<Vector3d> force;               /** force array */
71 –            vector<Vector3d> torque;               /** torque array */
72 –
73 –    };
74 –
75 –    /**
48       * @class Snapshot Snapshot.hpp "brains/Snapshot.hpp"
49       * @brief Snapshot class is a repository class for storing dynamic data during
50       *  Simulation
# Line 83 | Line 55 | namespace oopse{
55      class Snapshot {
56          public:
57              
58 <            Snapshot() {}
59 <            Snapshot(int i) {
60 <
58 >            Snapshot(int nAtoms, int nRigidbodies) {
59 >                atomData.resize(nAtoms);
60 >                rigidbodyData.resize(nRigidbodies);
61              }
62  
63              Snapshot(const Snapshot& s);
# Line 107 | Line 79 | namespace oopse{
79              //    return v[0]->getArrayPointer();
80              //}
81  
82 <            static double* getArrayPointer(vector<Vector3d>& v) {
83 <                assert(v.size() > 0);
112 <                return v[0].getArrayPointer();
82 >            int getSize() {
83 >                return atomData.getSize() + rigidbodyData.getSize();
84              }
85 <            
86 <            static double* getArrayPointer(vector<RotMat3x3d>& v) {
87 <                assert(v.size() > 0);
88 <                return v[0].getArrayPointer();
85 >
86 >            /** Returns the number of atoms */
87 >            int getNumberOfAtoms() {
88 >                return atomData.getSize();
89              }
90 <            
91 <            static double* getArrayPointer(vector<double>& v) {
92 <                assert(v.size() > 0);
93 <                return &(v[0]);
90 >
91 >            /** Returns the number of rigid bodies */
92 >            int getNumberOfRigidBodies() {
93 >                return rigidbodyData.getSize();
94              }
124 –            
125 –            /** */
126 –            void resize(size_t size);
95  
96 +            /** Returns the H-Matrix */
97 +            Mat3x3d getHmat() {
98 +                return hmat_;
99 +            }
100  
101 <            /** */
102 <            void reserve(size_t size);
101 >            /** Sets the H-Matrix */
102 >            void setHamt(const Mat3x3d& m) {
103 >                hmat_ = m;
104 >                invHmat_ = hmat_.inverse();
105 >            }
106  
107 +            /** Returns the inverse H-Matrix */
108 +            Mat3x3d getInvHmat() {
109 +                return invHmat_
110 +            }
111 +
112 +            double getTimeStamp() {
113 +                return timeStamp_;
114 +            }
115 +
116 +            void setTimeStamp(double timeStamp) {
117 +                timeStamp_ =timeStamp;
118 +            }
119 +
120 +
121              DataStorage atomData;
122              DataStorage rigidbodyData;
123 <
124 <            friend class SnapshotManager;
123 >            
124 >            friend class StuntDouble;
125 >            
126          private:
127 <
127 >            double timeStamp_;
128 >            Mat3x3d hmat_;
129 >            Mat3x3d invHmat_;
130              int id_; /**< identification number of the snapshot */
131      };
132  
133 <    typedef DataStorage* (Snapshot::*DataStoragePointer);
133 >    typedef DataStorage (Snapshot::*DataStoragePointer);
134   }
135   #endif //BRAINS_SNAPSHOT_HPP

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines