ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/OpenMD/trunk/src/brains/Thermo.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/brains/Thermo.cpp (file contents):
Revision 1968 by gezelter, Thu Oct 31 15:32:17 2013 UTC vs.
Revision 1969 by gezelter, Wed Feb 26 14:14:50 2014 UTC

# Line 89 | Line 89 | namespace OpenMD {
89        }
90        
91   #ifdef IS_MPI
92 <      MPI::COMM_WORLD.Allreduce(MPI::IN_PLACE, &kinetic, 1, MPI::REALTYPE,
93 <                                MPI::SUM);
92 >      MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, &kinetic, 1, MPI_REALTYPE,
93 >                    MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
94   #endif
95        
96        kinetic = kinetic * 0.5 / PhysicalConstants::energyConvert;
# Line 140 | Line 140 | namespace OpenMD {
140        }
141        
142   #ifdef IS_MPI
143 <      MPI::COMM_WORLD.Allreduce(MPI::IN_PLACE, &kinetic, 1, MPI::REALTYPE,
144 <                                MPI::SUM);
143 >      MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, &kinetic, 1, MPI_REALTYPE,
144 >                    MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
145   #endif
146        
147        kinetic = kinetic * 0.5 / PhysicalConstants::energyConvert;
# Line 227 | Line 227 | namespace OpenMD {
227        }
228      
229   #ifdef IS_MPI
230 <      MPI::COMM_WORLD.Allreduce(MPI::IN_PLACE, &kinetic, 1, MPI::REALTYPE,
231 <                                MPI::SUM);
230 >      MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, &kinetic, 1, MPI_REALTYPE,
231 >                    MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
232   #endif
233  
234        kinetic *= 0.5;
# Line 297 | Line 297 | namespace OpenMD {
297        }
298        
299   #ifdef IS_MPI
300 <      MPI::COMM_WORLD.Allreduce(MPI::IN_PLACE, p_tens.getArrayPointer(), 9,
301 <                                MPI::REALTYPE, MPI::SUM);
300 >      MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, p_tens.getArrayPointer(), 9,
301 >                    MPI_REALTYPE, MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
302   #endif
303        
304        RealType volume = this->getVolume();
# Line 379 | Line 379 | namespace OpenMD {
379        
380        
381   #ifdef IS_MPI
382 <      MPI::COMM_WORLD.Allreduce(MPI::IN_PLACE, &pChg, 1, MPI::REALTYPE,
383 <                                MPI::SUM);
384 <      MPI::COMM_WORLD.Allreduce(MPI::IN_PLACE, &nChg, 1, MPI::REALTYPE,
385 <                                MPI::SUM);
386 <
387 <      MPI::COMM_WORLD.Allreduce(MPI::IN_PLACE, &pCount, 1, MPI::INTEGER,
388 <                                MPI::SUM);
389 <      MPI::COMM_WORLD.Allreduce(MPI::IN_PLACE, &nCount, 1, MPI::INTEGER,
390 <                                MPI::SUM);
391 <
392 <      MPI::COMM_WORLD.Allreduce(MPI::IN_PLACE, pPos.getArrayPointer(), 3,
393 <                                MPI::REALTYPE, MPI::SUM);
394 <      MPI::COMM_WORLD.Allreduce(MPI::IN_PLACE, nPos.getArrayPointer(), 3,
395 <                                MPI::REALTYPE, MPI::SUM);
382 >      MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, &pChg, 1, MPI_REALTYPE,
383 >                    MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
384 >      MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, &nChg, 1, MPI_REALTYPE,
385 >                    MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
386 >      
387 >      MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, &pCount, 1, MPI_INTEGER,
388 >                    MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
389 >      MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, &nCount, 1, MPI_INTEGER,
390 >                    MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
391 >      
392 >      MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, pPos.getArrayPointer(), 3,
393 >                    MPI_REALTYPE, MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
394 >      MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, nPos.getArrayPointer(), 3,
395 >                    MPI_REALTYPE, MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
396  
397 <      MPI::COMM_WORLD.Allreduce(MPI::IN_PLACE, dipoleVector.getArrayPointer(),
398 <                                3, MPI::REALTYPE, MPI::SUM);
397 >      MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, dipoleVector.getArrayPointer(),
398 >                    3, MPI_REALTYPE, MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
399   #endif
400        
401        // first load the accumulated dipole moment (if dipoles were present)
# Line 498 | Line 498 | namespace OpenMD {
498       *  reduced among all processors.
499       */
500   #ifdef IS_MPI
501 <    MPI::COMM_WORLD.Allreduce(MPI::IN_PLACE, &heatFluxJc[0], 3, MPI::REALTYPE,
502 <                              MPI::SUM);
501 >    MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, &heatFluxJc[0], 3, MPI_REALTYPE,
502 >                  MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
503   #endif
504      
505      // (kcal/mol * A/fs) * conversion => (amu A^3)/fs^3
# Line 531 | Line 531 | namespace OpenMD {
531        }  
532        
533   #ifdef IS_MPI
534 <      MPI::COMM_WORLD.Allreduce(MPI::IN_PLACE, &totalMass, 1, MPI::REALTYPE,
535 <                                MPI::SUM);
536 <      MPI::COMM_WORLD.Allreduce(MPI::IN_PLACE, comVel.getArrayPointer(), 3,
537 <                                MPI::REALTYPE, MPI::SUM);
534 >      MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, &totalMass, 1, MPI_REALTYPE,
535 >                    MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
536 >      MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, comVel.getArrayPointer(), 3,
537 >                    MPI_REALTYPE, MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
538   #endif
539        
540        comVel /= totalMass;
# Line 562 | Line 562 | namespace OpenMD {
562        }  
563        
564   #ifdef IS_MPI
565 <      MPI::COMM_WORLD.Allreduce(MPI::IN_PLACE, &totalMass, 1, MPI::REALTYPE,
566 <                                MPI::SUM);
567 <      MPI::COMM_WORLD.Allreduce(MPI::IN_PLACE, com.getArrayPointer(), 3,
568 <                                MPI::REALTYPE, MPI::SUM);
565 >      MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, &totalMass, 1, MPI_REALTYPE,
566 >                    MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
567 >      MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, com.getArrayPointer(), 3,
568 >                    MPI_REALTYPE, MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
569   #endif
570        
571        com /= totalMass;
# Line 600 | Line 600 | namespace OpenMD {
600        }  
601        
602   #ifdef IS_MPI
603 <      MPI::COMM_WORLD.Allreduce(MPI::IN_PLACE, &totalMass, 1, MPI::REALTYPE,
604 <                                MPI::SUM);
605 <      MPI::COMM_WORLD.Allreduce(MPI::IN_PLACE, com.getArrayPointer(), 3,
606 <                                MPI::REALTYPE, MPI::SUM);
607 <      MPI::COMM_WORLD.Allreduce(MPI::IN_PLACE, comVel.getArrayPointer(), 3,
608 <                                MPI::REALTYPE, MPI::SUM);
603 >      MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, &totalMass, 1, MPI_REALTYPE,
604 >                    MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
605 >      MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, com.getArrayPointer(), 3,
606 >                    MPI_REALTYPE, MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
607 >      MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, comVel.getArrayPointer(), 3,
608 >                    MPI_REALTYPE, MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
609   #endif
610        
611        com /= totalMass;
# Line 684 | Line 684 | namespace OpenMD {
684        inertiaTensor(2,2) = xx + yy;
685        
686   #ifdef IS_MPI
687 <      MPI::COMM_WORLD.Allreduce(MPI::IN_PLACE, inertiaTensor.getArrayPointer(),
688 <                                9, MPI::REALTYPE, MPI::SUM);
689 <      MPI::COMM_WORLD.Allreduce(MPI::IN_PLACE,
690 <                                angularMomentum.getArrayPointer(), 3,
691 <                                MPI::REALTYPE, MPI::SUM);
687 >      MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, inertiaTensor.getArrayPointer(),
688 >                    9, MPI_REALTYPE, MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
689 >      MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE,
690 >                    angularMomentum.getArrayPointer(), 3,
691 >                    MPI_REALTYPE, MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
692   #endif
693        
694        snap->setCOMw(angularMomentum);
# Line 745 | Line 745 | namespace OpenMD {
745        }
746        
747   #ifdef IS_MPI
748 <      MPI::COMM_WORLD.Allreduce(MPI::IN_PLACE, &bMax[0], 3, MPI::REALTYPE,
749 <                                MPI::MAX);
748 >      MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, &bMax[0], 3, MPI_REALTYPE,
749 >                    MPI_MAX, MPI_COMM_WORLD);
750  
751 <      MPI::COMM_WORLD.Allreduce(MPI::IN_PLACE, &bMin[0], 3, MPI::REALTYPE,
752 <                                MPI::MIN);
751 >      MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, &bMin[0], 3, MPI_REALTYPE,
752 >                    MPI_MIN, MPI_COMM_WORLD);
753   #endif
754        Mat3x3d bBox = Mat3x3d(0.0);
755        for (int i = 0; i < 3; i++) {          
# Line 792 | Line 792 | namespace OpenMD {
792        }  
793        
794   #ifdef IS_MPI
795 <      MPI::COMM_WORLD.Allreduce(MPI::IN_PLACE,
796 <                                angularMomentum.getArrayPointer(), 3,
797 <                                MPI::REALTYPE, MPI::SUM);
795 >      MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE,
796 >                    angularMomentum.getArrayPointer(), 3,
797 >                    MPI_REALTYPE, MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
798   #endif
799        
800        snap->setCOMw(angularMomentum);
# Line 887 | Line 887 | namespace OpenMD {
887            data[0] = pos1.x();
888            data[1] = pos1.y();
889            data[2] = pos1.z();          
890 <          MPI::COMM_WORLD.Bcast(data, 3, MPI::REALTYPE, proc1);
890 >          MPI_Bcast(data, 3, MPI_REALTYPE, proc1, MPI_COMM_WORLD);
891          } else {
892 <          MPI::COMM_WORLD.Bcast(data, 3, MPI::REALTYPE, proc1);
892 >          MPI_Bcast(data, 3, MPI_REALTYPE, proc1, MPI_COMM_WORLD);
893            pos1 = Vector3d(data);
894          }
895  
# Line 899 | Line 899 | namespace OpenMD {
899            data[0] = pos2.x();
900            data[1] = pos2.y();
901            data[2] = pos2.z();  
902 <          MPI::COMM_WORLD.Bcast(data, 3, MPI::REALTYPE, proc2);
902 >          MPI_Bcast(data, 3, MPI_REALTYPE, proc2, MPI_COMM_WORLD);
903          } else {
904 <          MPI::COMM_WORLD.Bcast(data, 3, MPI::REALTYPE, proc2);
904 >          MPI_Bcast(data, 3, MPI_REALTYPE, proc2, MPI_COMM_WORLD);
905            pos2 = Vector3d(data);
906          }
907   #else

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines