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root/OpenMD/trunk/src/io/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/io/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 251 by tim, Wed Jan 12 23:24:55 2005 UTC vs.
Revision 619 by tim, Wed Sep 21 20:59:31 2005 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < /*
1 > /*
2   * Copyright (c) 2005 The University of Notre Dame. All Rights Reserved.
3   *
4   * The University of Notre Dame grants you ("Licensee") a
# Line 42 | Line 42
42   #include "io/DumpWriter.hpp"
43   #include "primitives/Molecule.hpp"
44   #include "utils/simError.h"
45 + #include "io/basic_teebuf.hpp"
46 + #include "io/gzstream.hpp"
47 + #include "io/Globals.hpp"
48  
49   #ifdef IS_MPI
50   #include <mpi.h>
# Line 49 | Line 52 | namespace oopse {
52  
53   namespace oopse {
54  
55 < DumpWriter::DumpWriter(SimInfo* info, const std::string& filename)
56 <                   : info_(info), filename_(filename){
55 >  DumpWriter::DumpWriter(SimInfo* info)
56 >    : info_(info), filename_(info->getDumpFileName()), eorFilename_(info->getFinalConfigFileName()){
57 >
58 >    Globals* simParams = info->getSimParams();
59 >    needCompression_ = simParams->getCompressDumpFile();
60 >
61 > #ifdef HAVE_LIBZ
62 >    if (needCompression_) {
63 >        filename_ += ".gz";
64 >        eorFilename_ += ".gz";
65 >    }
66 > #endif
67 >    
68   #ifdef IS_MPI
69  
70 <    if (worldRank == 0) {
70 >      if (worldRank == 0) {
71   #endif // is_mpi
72  
59 –        dumpFile_.open(filename_.c_str(), std::ios::out | std::ios::trunc);
73  
74 +        dumpFile_ = createOStream(filename_);
75 +
76          if (!dumpFile_) {
77 <            sprintf(painCave.errMsg, "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
78 <                    filename_.c_str());
79 <            painCave.isFatal = 1;
80 <            simError();
77 >          sprintf(painCave.errMsg, "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
78 >                  filename_.c_str());
79 >          painCave.isFatal = 1;
80 >          simError();
81          }
82  
83   #ifdef IS_MPI
84  
85 +      }
86 +
87 +      sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
88 +      MPIcheckPoint();
89 +
90 + #endif // is_mpi
91 +
92      }
93  
72 –    sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
73 –    MPIcheckPoint();
94  
95 +  DumpWriter::DumpWriter(SimInfo* info, const std::string& filename)
96 +    : info_(info), filename_(filename){
97 +
98 +    Globals* simParams = info->getSimParams();
99 +    eorFilename_ = filename_.substr(0, filename_.rfind(".")) + ".eor";    
100 +
101 +    needCompression_ = simParams->getCompressDumpFile();
102 +
103 + #ifdef HAVE_LIBZ
104 +    if (needCompression_) {
105 +        filename_ += ".gz";
106 +        eorFilename_ += ".gz";
107 +    }
108 + #endif
109 +    
110 + #ifdef IS_MPI
111 +
112 +      if (worldRank == 0) {
113   #endif // is_mpi
114  
77 – }
115  
116 < DumpWriter::~DumpWriter() {
116 >        dumpFile_ = createOStream(filename_);
117  
118 +        if (!dumpFile_) {
119 +          sprintf(painCave.errMsg, "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
120 +                  filename_.c_str());
121 +          painCave.isFatal = 1;
122 +          simError();
123 +        }
124 +
125   #ifdef IS_MPI
126  
127 +      }
128 +
129 +      sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
130 +      MPIcheckPoint();
131 +
132 + #endif // is_mpi
133 +
134 +    }
135 +
136 +  DumpWriter::~DumpWriter() {
137 +
138 + #ifdef IS_MPI
139 +
140      if (worldRank == 0) {
141   #endif // is_mpi
142  
143 <        dumpFile_.close();
143 >      delete dumpFile_;
144  
145   #ifdef IS_MPI
146  
# Line 91 | Line 148 | DumpWriter::~DumpWriter() {
148  
149   #endif // is_mpi
150  
151 < }
151 >  }
152  
153 < void DumpWriter::writeCommentLine(std::ostream& os, Snapshot* s) {
153 >  void DumpWriter::writeCommentLine(std::ostream& os, Snapshot* s) {
154  
155      double currentTime;
156      Mat3x3d hmat;
# Line 108 | Line 165 | void DumpWriter::writeCommentLine(std::ostream& os, Sn
165      eta = s->getEta();
166      
167      os << currentTime << ";\t"
168 <         << hmat(0, 0) << "\t" << hmat(1, 0) << "\t" << hmat(2, 0) << ";\t"
169 <         << hmat(0, 1) << "\t" << hmat(1, 1) << "\t" << hmat(2, 1) << ";\t"
170 <         << hmat(0, 2) << "\t" << hmat(1, 2) << "\t" << hmat(2, 2) << ";\t";
168 >       << hmat(0, 0) << "\t" << hmat(1, 0) << "\t" << hmat(2, 0) << ";\t"
169 >       << hmat(0, 1) << "\t" << hmat(1, 1) << "\t" << hmat(2, 1) << ";\t"
170 >       << hmat(0, 2) << "\t" << hmat(1, 2) << "\t" << hmat(2, 2) << ";\t";
171  
172      //write out additional parameters, such as chi and eta
173  
174      os << chi << "\t" << integralOfChiDt << "\t;";
175  
176      os << eta(0, 0) << "\t" << eta(1, 0) << "\t" << eta(2, 0) << ";\t"
177 <         << eta(0, 1) << "\t" << eta(1, 1) << "\t" << eta(2, 1) << ";\t"
178 <         << eta(0, 2) << "\t" << eta(1, 2) << "\t" << eta(2, 2) << ";";
177 >       << eta(0, 1) << "\t" << eta(1, 1) << "\t" << eta(2, 1) << ";\t"
178 >       << eta(0, 2) << "\t" << eta(1, 2) << "\t" << eta(2, 2) << ";";
179          
180 <    os << std::endl;
181 < }
180 >    os << "\n";
181 >  }
182  
183 < void DumpWriter::writeFrame(std::ostream& os) {
183 >  void DumpWriter::writeFrame(std::ostream& os) {
184      const int BUFFERSIZE = 2000;
185      const int MINIBUFFERSIZE = 100;
186  
# Line 152 | Line 209 | void DumpWriter::writeFrame(std::ostream& os) {
209  
210      for (mol = info_->beginMolecule(mi); mol != NULL; mol = info_->nextMolecule(mi)) {
211  
212 <        for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
213 <            integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {
212 >      for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
213 >           integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {
214                  
215  
216 <            pos = integrableObject->getPos();
217 <            vel = integrableObject->getVel();
216 >        pos = integrableObject->getPos();
217 >        vel = integrableObject->getVel();
218  
219 <            sprintf(tempBuffer, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
220 <                    integrableObject->getType().c_str(),
221 <                    pos[0], pos[1], pos[2],
222 <                    vel[0], vel[1], vel[2]);
166 <
167 <            strcpy(writeLine, tempBuffer);
219 >        sprintf(tempBuffer, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
220 >                integrableObject->getType().c_str(),
221 >                pos[0], pos[1], pos[2],
222 >                vel[0], vel[1], vel[2]);
223  
224 <            if (integrableObject->isDirectional()) {
170 <                q = integrableObject->getQ();
171 <                ji = integrableObject->getJ();
224 >        strcpy(writeLine, tempBuffer);
225  
226 <                sprintf(tempBuffer, "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
227 <                        q[0], q[1], q[2], q[3],
228 <                        ji[0], ji[1], ji[2]);
176 <                strcat(writeLine, tempBuffer);
177 <            } else {
178 <                strcat(writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
179 <            }
226 >        if (integrableObject->isDirectional()) {
227 >          q = integrableObject->getQ();
228 >          ji = integrableObject->getJ();
229  
230 <            os << writeLine;
230 >          sprintf(tempBuffer, "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
231 >                  q[0], q[1], q[2], q[3],
232 >                  ji[0], ji[1], ji[2]);
233 >          strcat(writeLine, tempBuffer);
234 >        } else {
235 >          strcat(writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
236 >        }
237  
238 <        }
238 >        os << writeLine;
239 >
240 >      }
241      }
242  
243 +    os.flush();
244   #else // is_mpi
245      /*********************************************************************
246       * Documentation?  You want DOCUMENTATION?
# Line 228 | Line 286 | void DumpWriter::writeFrame(std::ostream& os) {
286      int which_node;
287      double atomData[13];
288      int isDirectional;
231 –    const char * atomTypeString;
289      char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
290      int msgLen; // the length of message actually recieved at master nodes
291      int haveError;
# Line 242 | Line 299 | void DumpWriter::writeFrame(std::ostream& os) {
299      MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
300  
301      if (flag) {
302 <        MAXTAG = *tagub;
302 >      MAXTAG = *tagub;
303      } else {
304 <        MAXTAG = 32767;
304 >      MAXTAG = 32767;
305      }
306  
307      if (worldRank == masterNode) { //master node (node 0) is responsible for writing the dump file
308  
309 <        // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
309 >      // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
310  
311 <        MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &nProc);
312 <        potatoes = new int[nProc];
311 >      MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &nProc);
312 >      potatoes = new int[nProc];
313  
314 <        //write out the comment lines
315 <        for(int i = 0; i < nProc; i++) {
316 <            potatoes[i] = 0;
317 <        }
314 >      //write out the comment lines
315 >      for(int i = 0; i < nProc; i++) {
316 >        potatoes[i] = 0;
317 >      }
318  
319  
320 <        os << nTotObjects << "\n";
321 <        writeCommentLine(os, info_->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot());
320 >      os << nTotObjects << "\n";
321 >      writeCommentLine(os, info_->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot());
322  
323 <        for(int i = 0; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
323 >      for(int i = 0; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
324  
325 <            // Get the Node number which has this atom;
325 >        // Get the Node number which has this atom;
326  
327 <            which_node = info_->getMolToProc(i);
327 >        which_node = info_->getMolToProc(i);
328  
329 <            if (which_node != masterNode) { //current molecule is in slave node
330 <                if (potatoes[which_node] + 1 >= MAXTAG) {
331 <                    // The potato was going to exceed the maximum value,
332 <                    // so wrap this processor potato back to 0:        
329 >        if (which_node != masterNode) { //current molecule is in slave node
330 >          if (potatoes[which_node] + 1 >= MAXTAG) {
331 >            // The potato was going to exceed the maximum value,
332 >            // so wrap this processor potato back to 0:        
333  
334 <                    potatoes[which_node] = 0;
335 <                    MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0,
336 <                             MPI_COMM_WORLD);
337 <                }
334 >            potatoes[which_node] = 0;
335 >            MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0,
336 >                     MPI_COMM_WORLD);
337 >          }
338  
339 <                myPotato = potatoes[which_node];
339 >          myPotato = potatoes[which_node];
340  
341 <                //recieve the number of integrableObject in current molecule
342 <                MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node, myPotato,
343 <                         MPI_COMM_WORLD, &istatus);
344 <                myPotato++;
341 >          //recieve the number of integrableObject in current molecule
342 >          MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node, myPotato,
343 >                   MPI_COMM_WORLD, &istatus);
344 >          myPotato++;
345  
346 <                for(int l = 0; l < nCurObj; l++) {
347 <                    if (potatoes[which_node] + 2 >= MAXTAG) {
348 <                        // The potato was going to exceed the maximum value,
349 <                        // so wrap this processor potato back to 0:        
346 >          for(int l = 0; l < nCurObj; l++) {
347 >            if (potatoes[which_node] + 2 >= MAXTAG) {
348 >              // The potato was going to exceed the maximum value,
349 >              // so wrap this processor potato back to 0:        
350  
351 <                        potatoes[which_node] = 0;
352 <                        MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node,
353 <                                 0, MPI_COMM_WORLD);
354 <                    }
351 >              potatoes[which_node] = 0;
352 >              MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node,
353 >                       0, MPI_COMM_WORLD);
354 >            }
355  
356 <                    MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR,
357 <                             which_node, myPotato, MPI_COMM_WORLD,
358 <                             &istatus);
356 >            MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR,
357 >                     which_node, myPotato, MPI_COMM_WORLD,
358 >                     &istatus);
359  
360 <                    atomTypeString = MPIatomTypeString;
360 >            myPotato++;
361  
362 <                    myPotato++;
362 >            MPI_Recv(atomData, 13, MPI_DOUBLE, which_node, myPotato,
363 >                     MPI_COMM_WORLD, &istatus);
364 >            myPotato++;
365  
366 <                    MPI_Recv(atomData, 13, MPI_DOUBLE, which_node, myPotato,
308 <                             MPI_COMM_WORLD, &istatus);
309 <                    myPotato++;
366 >            MPI_Get_count(&istatus, MPI_DOUBLE, &msgLen);
367  
368 <                    MPI_Get_count(&istatus, MPI_DOUBLE, &msgLen);
368 >            if (msgLen == 13)
369 >              isDirectional = 1;
370 >            else
371 >              isDirectional = 0;
372  
373 <                    if (msgLen == 13)
314 <                        isDirectional = 1;
315 <                    else
316 <                        isDirectional = 0;
373 >            // If we've survived to here, format the line:
374  
375 <                    // If we've survived to here, format the line:
375 >            if (!isDirectional) {
376 >              sprintf(writeLine, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
377 >                      MPIatomTypeString, atomData[0],
378 >                      atomData[1], atomData[2],
379 >                      atomData[3], atomData[4],
380 >                      atomData[5]);
381  
382 <                    if (!isDirectional) {
383 <                        sprintf(writeLine, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
384 <                                atomTypeString, atomData[0],
385 <                                atomData[1], atomData[2],
386 <                                atomData[3], atomData[4],
387 <                                atomData[5]);
382 >              strcat(writeLine,
383 >                     "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
384 >            } else {
385 >              sprintf(writeLine,
386 >                      "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
387 >                      MPIatomTypeString,
388 >                      atomData[0],
389 >                      atomData[1],
390 >                      atomData[2],
391 >                      atomData[3],
392 >                      atomData[4],
393 >                      atomData[5],
394 >                      atomData[6],
395 >                      atomData[7],
396 >                      atomData[8],
397 >                      atomData[9],
398 >                      atomData[10],
399 >                      atomData[11],
400 >                      atomData[12]);
401 >            }
402  
403 <                        strcat(writeLine,
328 <                               "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
329 <                    } else {
330 <                        sprintf(writeLine,
331 <                                "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
332 <                                atomTypeString,
333 <                                atomData[0],
334 <                                atomData[1],
335 <                                atomData[2],
336 <                                atomData[3],
337 <                                atomData[4],
338 <                                atomData[5],
339 <                                atomData[6],
340 <                                atomData[7],
341 <                                atomData[8],
342 <                                atomData[9],
343 <                                atomData[10],
344 <                                atomData[11],
345 <                                atomData[12]);
346 <                    }
403 >            os << writeLine;
404  
405 <                    os << writeLine;
405 >          } // end for(int l =0)
406  
407 <                } // end for(int l =0)
407 >          potatoes[which_node] = myPotato;
408 >        } else { //master node has current molecule
409  
410 <                potatoes[which_node] = myPotato;
353 <            } else { //master node has current molecule
410 >          mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
411  
412 <                mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
413 <
414 <                if (mol == NULL) {
415 <                    sprintf(painCave.errMsg, "Molecule not found on node %d!", worldRank);
416 <                    painCave.isFatal = 1;
360 <                    simError();
361 <                }
412 >          if (mol == NULL) {
413 >            sprintf(painCave.errMsg, "Molecule not found on node %d!", worldRank);
414 >            painCave.isFatal = 1;
415 >            simError();
416 >          }
417                  
418 <                for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
419 <                    integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {
365 <                        
366 <                    atomTypeString = integrableObject->getType().c_str();
418 >          for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
419 >               integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {      
420  
421 <                    pos = integrableObject->getPos();
422 <                    vel = integrableObject->getVel();
421 >            pos = integrableObject->getPos();
422 >            vel = integrableObject->getVel();
423  
424 <                    atomData[0] = pos[0];
425 <                    atomData[1] = pos[1];
426 <                    atomData[2] = pos[2];
424 >            atomData[0] = pos[0];
425 >            atomData[1] = pos[1];
426 >            atomData[2] = pos[2];
427  
428 <                    atomData[3] = vel[0];
429 <                    atomData[4] = vel[1];
430 <                    atomData[5] = vel[2];
428 >            atomData[3] = vel[0];
429 >            atomData[4] = vel[1];
430 >            atomData[5] = vel[2];
431  
432 <                    isDirectional = 0;
432 >            isDirectional = 0;
433  
434 <                    if (integrableObject->isDirectional()) {
435 <                        isDirectional = 1;
434 >            if (integrableObject->isDirectional()) {
435 >              isDirectional = 1;
436  
437 <                        q = integrableObject->getQ();
438 <                        ji = integrableObject->getJ();
437 >              q = integrableObject->getQ();
438 >              ji = integrableObject->getJ();
439  
440 <                        for(int j = 0; j < 6; j++) {
441 <                            atomData[j] = atomData[j];
442 <                        }
440 >              for(int j = 0; j < 6; j++) {
441 >                atomData[j] = atomData[j];
442 >              }
443  
444 <                        atomData[6] = q[0];
445 <                        atomData[7] = q[1];
446 <                        atomData[8] = q[2];
447 <                        atomData[9] = q[3];
444 >              atomData[6] = q[0];
445 >              atomData[7] = q[1];
446 >              atomData[8] = q[2];
447 >              atomData[9] = q[3];
448  
449 <                        atomData[10] = ji[0];
450 <                        atomData[11] = ji[1];
451 <                        atomData[12] = ji[2];
452 <                    }
449 >              atomData[10] = ji[0];
450 >              atomData[11] = ji[1];
451 >              atomData[12] = ji[2];
452 >            }
453  
454 <                    // If we've survived to here, format the line:
454 >            // If we've survived to here, format the line:
455  
456 <                    if (!isDirectional) {
457 <                        sprintf(writeLine, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
458 <                                atomTypeString, atomData[0],
459 <                                atomData[1], atomData[2],
460 <                                atomData[3], atomData[4],
461 <                                atomData[5]);
456 >            if (!isDirectional) {
457 >              sprintf(writeLine, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
458 >                      integrableObject->getType().c_str(), atomData[0],
459 >                      atomData[1], atomData[2],
460 >                      atomData[3], atomData[4],
461 >                      atomData[5]);
462  
463 <                        strcat(writeLine,
464 <                               "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
465 <                    } else {
466 <                        sprintf(writeLine,
467 <                                "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
468 <                                atomTypeString,
469 <                                atomData[0],
470 <                                atomData[1],
471 <                                atomData[2],
472 <                                atomData[3],
473 <                                atomData[4],
474 <                                atomData[5],
475 <                                atomData[6],
476 <                                atomData[7],
477 <                                atomData[8],
478 <                                atomData[9],
479 <                                atomData[10],
480 <                                atomData[11],
481 <                                atomData[12]);
482 <                    }
463 >              strcat(writeLine,
464 >                     "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
465 >            } else {
466 >              sprintf(writeLine,
467 >                      "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
468 >                      integrableObject->getType().c_str(),
469 >                      atomData[0],
470 >                      atomData[1],
471 >                      atomData[2],
472 >                      atomData[3],
473 >                      atomData[4],
474 >                      atomData[5],
475 >                      atomData[6],
476 >                      atomData[7],
477 >                      atomData[8],
478 >                      atomData[9],
479 >                      atomData[10],
480 >                      atomData[11],
481 >                      atomData[12]);
482 >            }
483  
484  
485 <                    os << writeLine;
485 >            os << writeLine;
486  
487 <                } //end for(iter = integrableObject.begin())
488 <            }
489 <        } //end for(i = 0; i < mpiSim->getNmol())
487 >          } //end for(iter = integrableObject.begin())
488 >        }
489 >      } //end for(i = 0; i < mpiSim->getNmol())
490  
491 <        os.flush();
491 >      os.flush();
492          
493 <        sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully took a dump.\n");
494 <        MPIcheckPoint();
493 >      sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully took a dump.\n");
494 >      MPIcheckPoint();
495  
496 <        delete [] potatoes;
496 >      delete [] potatoes;
497      } else {
498  
499 <        // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
499 >      // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
500  
501 <        // Set my magic potato to 0:
501 >      // Set my magic potato to 0:
502  
503 <        myPotato = 0;
503 >      myPotato = 0;
504  
505 <        for(int i = 0; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
505 >      for(int i = 0; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
506  
507 <            // Am I the node which has this integrableObject?
508 <            int whichNode = info_->getMolToProc(i);
509 <            if (whichNode == worldRank) {
510 <                if (myPotato + 1 >= MAXTAG) {
507 >        // Am I the node which has this integrableObject?
508 >        int whichNode = info_->getMolToProc(i);
509 >        if (whichNode == worldRank) {
510 >          if (myPotato + 1 >= MAXTAG) {
511  
512 <                    // The potato was going to exceed the maximum value,
513 <                    // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
514 <                    // node 0 says we can go:
512 >            // The potato was going to exceed the maximum value,
513 >            // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
514 >            // node 0 says we can go:
515  
516 <                    MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD,
517 <                             &istatus);
518 <                }
516 >            MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD,
517 >                     &istatus);
518 >          }
519  
520 <                mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
520 >          mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
521  
522                  
523 <                nCurObj = mol->getNIntegrableObjects();
523 >          nCurObj = mol->getNIntegrableObjects();
524  
525 <                MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0, myPotato, MPI_COMM_WORLD);
526 <                myPotato++;
525 >          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0, myPotato, MPI_COMM_WORLD);
526 >          myPotato++;
527  
528 <                for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
529 <                    integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {
528 >          for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
529 >               integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {
530  
531 <                    if (myPotato + 2 >= MAXTAG) {
531 >            if (myPotato + 2 >= MAXTAG) {
532  
533 <                        // The potato was going to exceed the maximum value,
534 <                        // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
535 <                        // node 0 says we can go:
533 >              // The potato was going to exceed the maximum value,
534 >              // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
535 >              // node 0 says we can go:
536  
537 <                        MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD,
538 <                                 &istatus);
539 <                    }
537 >              MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD,
538 >                       &istatus);
539 >            }
540  
541 <                    atomTypeString = integrableObject->getType().c_str();
541 >            pos = integrableObject->getPos();
542 >            vel = integrableObject->getVel();
543  
544 <                    pos = integrableObject->getPos();
545 <                    vel = integrableObject->getVel();
544 >            atomData[0] = pos[0];
545 >            atomData[1] = pos[1];
546 >            atomData[2] = pos[2];
547  
548 <                    atomData[0] = pos[0];
549 <                    atomData[1] = pos[1];
550 <                    atomData[2] = pos[2];
548 >            atomData[3] = vel[0];
549 >            atomData[4] = vel[1];
550 >            atomData[5] = vel[2];
551  
552 <                    atomData[3] = vel[0];
498 <                    atomData[4] = vel[1];
499 <                    atomData[5] = vel[2];
552 >            isDirectional = 0;
553  
554 <                    isDirectional = 0;
554 >            if (integrableObject->isDirectional()) {
555 >              isDirectional = 1;
556  
557 <                    if (integrableObject->isDirectional()) {
558 <                        isDirectional = 1;
557 >              q = integrableObject->getQ();
558 >              ji = integrableObject->getJ();
559  
560 <                        q = integrableObject->getQ();
561 <                        ji = integrableObject->getJ();
560 >              atomData[6] = q[0];
561 >              atomData[7] = q[1];
562 >              atomData[8] = q[2];
563 >              atomData[9] = q[3];
564  
565 <                        atomData[6] = q[0];
566 <                        atomData[7] = q[1];
567 <                        atomData[8] = q[2];
568 <                        atomData[9] = q[3];
565 >              atomData[10] = ji[0];
566 >              atomData[11] = ji[1];
567 >              atomData[12] = ji[2];
568 >            }
569  
570 <                        atomData[10] = ji[0];
515 <                        atomData[11] = ji[1];
516 <                        atomData[12] = ji[2];
517 <                    }
570 >            strncpy(MPIatomTypeString, integrableObject->getType().c_str(), MINIBUFFERSIZE);
571  
572 <                    strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
572 >            // null terminate the  std::string before sending (just in case):
573 >            MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE - 1] = '\0';
574  
575 <                    // null terminate the  std::string before sending (just in case):
576 <                    MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE - 1] = '\0';
575 >            MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
576 >                     myPotato, MPI_COMM_WORLD);
577  
578 <                    MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
525 <                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
578 >            myPotato++;
579  
580 <                    myPotato++;
580 >            if (isDirectional) {
581 >              MPI_Send(atomData, 13, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
582 >                       MPI_COMM_WORLD);
583 >            } else {
584 >              MPI_Send(atomData, 6, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
585 >                       MPI_COMM_WORLD);
586 >            }
587  
588 <                    if (isDirectional) {
589 <                        MPI_Send(atomData, 13, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
531 <                                 MPI_COMM_WORLD);
532 <                    } else {
533 <                        MPI_Send(atomData, 6, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
534 <                                 MPI_COMM_WORLD);
535 <                    }
536 <
537 <                    myPotato++;
538 <                }
588 >            myPotato++;
589 >          }
590                      
591 <            }
591 >        }
592              
593 <        }
594 <        sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully took a dump.\n");
595 <        MPIcheckPoint();
593 >      }
594 >      sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully took a dump.\n");
595 >      MPIcheckPoint();
596      }
597  
598   #endif // is_mpi
599  
600 +  }
601 +
602 +  void DumpWriter::writeDump() {
603 +    writeFrame(*dumpFile_);
604 +  }
605 +
606 +  void DumpWriter::writeEor() {
607 +    std::ostream* eorStream;
608 +    
609 + #ifdef IS_MPI
610 +    if (worldRank == 0) {
611 + #endif // is_mpi
612 +
613 +      eorStream = createOStream(eorFilename_);
614 +
615 + #ifdef IS_MPI
616 +    }
617 + #endif // is_mpi    
618 +
619 +    writeFrame(*eorStream);
620 +
621 + #ifdef IS_MPI
622 +    if (worldRank == 0) {
623 + #endif // is_mpi
624 +    delete eorStream;
625 +
626 + #ifdef IS_MPI
627 +    }
628 + #endif // is_mpi  
629 +
630 +  }
631 +
632 +
633 +  void DumpWriter::writeDumpAndEor() {
634 +    std::vector<std::streambuf*> buffers;
635 +    std::ostream* eorStream;
636 + #ifdef IS_MPI
637 +    if (worldRank == 0) {
638 + #endif // is_mpi
639 +
640 +      buffers.push_back(dumpFile_->rdbuf());
641 +
642 +      eorStream = createOStream(eorFilename_);
643 +
644 +      buffers.push_back(eorStream->rdbuf());
645 +        
646 + #ifdef IS_MPI
647 +    }
648 + #endif // is_mpi    
649 +
650 +    TeeBuf tbuf(buffers.begin(), buffers.end());
651 +    std::ostream os(&tbuf);
652 +
653 +    writeFrame(os);
654 +
655 + #ifdef IS_MPI
656 +    if (worldRank == 0) {
657 + #endif // is_mpi
658 +    delete eorStream;
659 +
660 + #ifdef IS_MPI
661 +    }
662 + #endif // is_mpi  
663 +    
664 +  }
665 +
666 + std::ostream* DumpWriter::createOStream(const std::string& filename) {
667 +
668 +    std::ostream* newOStream;
669 + #ifdef HAVE_LIBZ
670 +    if (needCompression_) {
671 +        newOStream = new ogzstream(filename.c_str());
672 +    } else {
673 +        newOStream = new std::ofstream(filename.c_str());
674 +    }
675 + #else
676 +    newOStream = new std::ofstream(filename.c_str());
677 + #endif
678 +    return newOStream;
679   }
680  
681   }//end namespace oopse

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