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root/OpenMD/trunk/src/io/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/io/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 246 by gezelter, Wed Jan 12 22:41:40 2005 UTC vs.
Revision 854 by chuckv, Thu Jan 12 19:56:30 2006 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < /*
1 > /*
2   * Copyright (c) 2005 The University of Notre Dame. All Rights Reserved.
3   *
4   * The University of Notre Dame grants you ("Licensee") a
# Line 42 | Line 42
42   #include "io/DumpWriter.hpp"
43   #include "primitives/Molecule.hpp"
44   #include "utils/simError.h"
45 + #include "io/basic_teebuf.hpp"
46 + #include "io/gzstream.hpp"
47 + #include "io/Globals.hpp"
48  
49   #ifdef IS_MPI
50   #include <mpi.h>
# Line 49 | Line 52 | namespace oopse {
52  
53   namespace oopse {
54  
55 < DumpWriter::DumpWriter(SimInfo* info, const std::string& filename)
56 <                   : info_(info), filename_(filename){
55 >  DumpWriter::DumpWriter(SimInfo* info)
56 >    : info_(info), filename_(info->getDumpFileName()), eorFilename_(info->getFinalConfigFileName()){
57 >
58 >    Globals* simParams = info->getSimParams();
59 >    needCompression_ = simParams->getCompressDumpFile();
60 >    needForceVector_ = simParams->getOutputForceVector();
61 >    createDumpFile_ = true;
62 > #ifdef HAVE_LIBZ
63 >    if (needCompression_) {
64 >        filename_ += ".gz";
65 >        eorFilename_ += ".gz";
66 >    }
67 > #endif
68 >    
69   #ifdef IS_MPI
70  
71 <    if (worldRank == 0) {
71 >      if (worldRank == 0) {
72   #endif // is_mpi
73  
74 <        dumpFile_.open(filename_.c_str(), std::ios::out | std::ios::trunc);
74 >        
75 >        dumpFile_ = createOStream(filename_);
76  
77          if (!dumpFile_) {
78 <            sprintf(painCave.errMsg, "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
79 <                    filename_.c_str());
80 <            painCave.isFatal = 1;
81 <            simError();
78 >          sprintf(painCave.errMsg, "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
79 >                  filename_.c_str());
80 >          painCave.isFatal = 1;
81 >          simError();
82          }
83  
84   #ifdef IS_MPI
85  
86 +      }
87 +
88 +      sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
89 +      MPIcheckPoint();
90 +
91 + #endif // is_mpi
92 +
93      }
94  
72 –    sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
73 –    MPIcheckPoint();
95  
96 +  DumpWriter::DumpWriter(SimInfo* info, const std::string& filename)
97 +    : info_(info), filename_(filename){
98 +
99 +    Globals* simParams = info->getSimParams();
100 +    eorFilename_ = filename_.substr(0, filename_.rfind(".")) + ".eor";    
101 +
102 +    needCompression_ = simParams->getCompressDumpFile();
103 +    needForceVector_ = simParams->getOutputForceVector();
104 +    createDumpFile_ = true;
105 + #ifdef HAVE_LIBZ
106 +    if (needCompression_) {
107 +        filename_ += ".gz";
108 +        eorFilename_ += ".gz";
109 +    }
110 + #endif
111 +    
112 + #ifdef IS_MPI
113 +
114 +      if (worldRank == 0) {
115   #endif // is_mpi
116  
117 < }
117 >      
118 >        dumpFile_ = createOStream(filename_);
119  
120 < DumpWriter::~DumpWriter() {
120 >        if (!dumpFile_) {
121 >          sprintf(painCave.errMsg, "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
122 >                  filename_.c_str());
123 >          painCave.isFatal = 1;
124 >          simError();
125 >        }
126  
127   #ifdef IS_MPI
128  
129 +      }
130 +
131 +      sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
132 +      MPIcheckPoint();
133 +
134 + #endif // is_mpi
135 +
136 +    }
137 +  
138 +  DumpWriter::DumpWriter(SimInfo* info, const std::string& filename, bool writeDumpFile)
139 +  : info_(info), filename_(filename){
140 +    
141 +    Globals* simParams = info->getSimParams();
142 +    eorFilename_ = filename_.substr(0, filename_.rfind(".")) + ".eor";    
143 +    
144 +    needCompression_ = simParams->getCompressDumpFile();
145 +    needForceVector_ = simParams->getOutputForceVector();
146 +    
147 + #ifdef HAVE_LIBZ
148 +    if (needCompression_) {
149 +      filename_ += ".gz";
150 +      eorFilename_ += ".gz";
151 +    }
152 + #endif
153 +    
154 + #ifdef IS_MPI
155 +    
156      if (worldRank == 0) {
157   #endif // is_mpi
158 +      
159 +      createDumpFile_ = writeDumpFile;
160 +      if (createDumpFile_) {
161 +        dumpFile_ = createOStream(filename_);
162 +      
163 +        if (!dumpFile_) {
164 +          sprintf(painCave.errMsg, "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
165 +                  filename_.c_str());
166 +          painCave.isFatal = 1;
167 +          simError();
168 +        }
169 +      }
170 + #ifdef IS_MPI
171 +      
172 +    }
173 +    
174 +    sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
175 +    MPIcheckPoint();
176 +    
177 + #endif // is_mpi
178 +    
179 +  }
180 +  
181 +  
182 +  
183 +  
184 +  
185  
186 <        dumpFile_.close();
186 >  DumpWriter::~DumpWriter() {
187  
188   #ifdef IS_MPI
189  
190 +    if (worldRank == 0) {
191 + #endif // is_mpi
192 +      if (createDumpFile_){
193 +        delete dumpFile_;
194 +      }
195 + #ifdef IS_MPI
196 +
197      }
198  
199   #endif // is_mpi
200  
201 < }
201 >  }
202  
203 < void DumpWriter::writeCommentLine(std::ostream& os, Snapshot* s) {
203 >  void DumpWriter::writeCommentLine(std::ostream& os, Snapshot* s) {
204  
205      double currentTime;
206      Mat3x3d hmat;
# Line 108 | Line 215 | void DumpWriter::writeCommentLine(std::ostream& os, Sn
215      eta = s->getEta();
216      
217      os << currentTime << ";\t"
218 <         << hmat(0, 0) << "\t" << hmat(1, 0) << "\t" << hmat(2, 0) << ";\t"
219 <         << hmat(0, 1) << "\t" << hmat(1, 1) << "\t" << hmat(2, 1) << ";\t"
220 <         << hmat(0, 2) << "\t" << hmat(1, 2) << "\t" << hmat(2, 2) << ";\t";
218 >       << hmat(0, 0) << "\t" << hmat(1, 0) << "\t" << hmat(2, 0) << ";\t"
219 >       << hmat(0, 1) << "\t" << hmat(1, 1) << "\t" << hmat(2, 1) << ";\t"
220 >       << hmat(0, 2) << "\t" << hmat(1, 2) << "\t" << hmat(2, 2) << ";\t";
221  
222      //write out additional parameters, such as chi and eta
223  
224 <    os << chi << "\t" << integralOfChiDt << "\t;";
224 >    os << chi << "\t" << integralOfChiDt << ";\t";
225  
226      os << eta(0, 0) << "\t" << eta(1, 0) << "\t" << eta(2, 0) << ";\t"
227 <         << eta(0, 1) << "\t" << eta(1, 1) << "\t" << eta(2, 1) << ";\t"
228 <         << eta(0, 2) << "\t" << eta(1, 2) << "\t" << eta(2, 2) << ";";
227 >       << eta(0, 1) << "\t" << eta(1, 1) << "\t" << eta(2, 1) << ";\t"
228 >       << eta(0, 2) << "\t" << eta(1, 2) << "\t" << eta(2, 2) << ";";
229          
230 <    os << std::endl;
231 < }
230 >    os << "\n";
231 >  }
232  
233 < void DumpWriter::writeFrame(std::ostream& os) {
233 >  void DumpWriter::writeFrame(std::ostream& os) {
234      const int BUFFERSIZE = 2000;
235      const int MINIBUFFERSIZE = 100;
236  
# Line 134 | Line 241 | void DumpWriter::writeFrame(std::ostream& os) {
241      Vector3d ji;
242      Vector3d pos;
243      Vector3d vel;
244 +    Vector3d frc;
245 +    Vector3d trq;
246  
247      Molecule* mol;
248      StuntDouble* integrableObject;
# Line 152 | Line 261 | void DumpWriter::writeFrame(std::ostream& os) {
261  
262      for (mol = info_->beginMolecule(mi); mol != NULL; mol = info_->nextMolecule(mi)) {
263  
264 <        for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
265 <            integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {
264 >      for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
265 >           integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {
266                  
267  
268 <            pos = integrableObject->getPos();
269 <            vel = integrableObject->getVel();
268 >        pos = integrableObject->getPos();
269 >        vel = integrableObject->getVel();
270  
271 <            sprintf(tempBuffer, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
272 <                    integrableObject->getType().c_str(),
273 <                    pos[0], pos[1], pos[2],
274 <                    vel[0], vel[1], vel[2]);
271 >        sprintf(tempBuffer, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
272 >                integrableObject->getType().c_str(),
273 >                pos[0], pos[1], pos[2],
274 >                vel[0], vel[1], vel[2]);
275  
276 <            strcpy(writeLine, tempBuffer);
276 >        strcpy(writeLine, tempBuffer);
277  
278 <            if (integrableObject->isDirectional()) {
279 <                q = integrableObject->getQ();
280 <                ji = integrableObject->getJ();
278 >        if (integrableObject->isDirectional()) {
279 >          q = integrableObject->getQ();
280 >          ji = integrableObject->getJ();
281  
282 <                sprintf(tempBuffer, "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
283 <                        q[0], q[1], q[2], q[3],
284 <                        ji[0], ji[1], ji[2]);
285 <                strcat(writeLine, tempBuffer);
286 <            } else {
287 <                strcat(writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
288 <            }
282 >          sprintf(tempBuffer, "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
283 >                  q[0], q[1], q[2], q[3],
284 >                  ji[0], ji[1], ji[2]);
285 >          strcat(writeLine, tempBuffer);
286 >        } else {
287 >          strcat(writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0");
288 >        }
289  
290 <            os << writeLine;
290 >        if (needForceVector_) {
291 >          frc = integrableObject->getFrc();
292 >          trq = integrableObject->getTrq();
293 >          
294 >          sprintf(tempBuffer, "\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
295 >                  frc[0], frc[1], frc[2],
296 >                  trq[0], trq[1], trq[2]);
297 >          strcat(writeLine, tempBuffer);
298 >        }
299 >        
300 >        strcat(writeLine, "\n");
301 >        os << writeLine;
302  
303 <        }
303 >      }
304      }
305  
306 +    os.flush();
307   #else // is_mpi
308      /*********************************************************************
309       * Documentation?  You want DOCUMENTATION?
# Line 226 | Line 347 | void DumpWriter::writeFrame(std::ostream& os) {
347      int myPotato;
348      int nProc;
349      int which_node;
350 <    double atomData[13];
350 >    double atomData[19];
351      int isDirectional;
231 –    const char * atomTypeString;
352      char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
353      int msgLen; // the length of message actually recieved at master nodes
354      int haveError;
# Line 242 | Line 362 | void DumpWriter::writeFrame(std::ostream& os) {
362      MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
363  
364      if (flag) {
365 <        MAXTAG = *tagub;
365 >      MAXTAG = *tagub;
366      } else {
367 <        MAXTAG = 32767;
367 >      MAXTAG = 32767;
368      }
369  
370      if (worldRank == masterNode) { //master node (node 0) is responsible for writing the dump file
371  
372 <        // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
372 >      // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
373  
374 <        MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &nProc);
375 <        potatoes = new int[nProc];
374 >      MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &nProc);
375 >      potatoes = new int[nProc];
376  
377 <        //write out the comment lines
378 <        for(int i = 0; i < nProc; i++) {
379 <            potatoes[i] = 0;
380 <        }
377 >      //write out the comment lines
378 >      for(int i = 0; i < nProc; i++) {
379 >        potatoes[i] = 0;
380 >      }
381  
382  
383 <        os << nTotObjects << "\n";
384 <        writeCommentLine(os, info_->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot());
383 >      os << nTotObjects << "\n";
384 >      writeCommentLine(os, info_->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot());
385  
386 <        for(int i = 0; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
386 >      for(int i = 0; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
387  
388 <            // Get the Node number which has this atom;
388 >        // Get the Node number which has this atom;
389  
390 <            which_node = info_->getMolToProc(i);
390 >        which_node = info_->getMolToProc(i);
391  
392 <            if (which_node != masterNode) { //current molecule is in slave node
393 <                if (potatoes[which_node] + 1 >= MAXTAG) {
394 <                    // The potato was going to exceed the maximum value,
395 <                    // so wrap this processor potato back to 0:        
392 >        if (which_node != masterNode) { //current molecule is in slave node
393 >          if (potatoes[which_node] + 1 >= MAXTAG) {
394 >            // The potato was going to exceed the maximum value,
395 >            // so wrap this processor potato back to 0:        
396  
397 <                    potatoes[which_node] = 0;
398 <                    MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0,
399 <                             MPI_COMM_WORLD);
400 <                }
397 >            potatoes[which_node] = 0;
398 >            MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0,
399 >                     MPI_COMM_WORLD);
400 >          }
401  
402 <                myPotato = potatoes[which_node];
402 >          myPotato = potatoes[which_node];
403  
404 <                //recieve the number of integrableObject in current molecule
405 <                MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node, myPotato,
406 <                         MPI_COMM_WORLD, &istatus);
407 <                myPotato++;
404 >          //recieve the number of integrableObject in current molecule
405 >          MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node, myPotato,
406 >                   MPI_COMM_WORLD, &istatus);
407 >          myPotato++;
408  
409 <                for(int l = 0; l < nCurObj; l++) {
410 <                    if (potatoes[which_node] + 2 >= MAXTAG) {
411 <                        // The potato was going to exceed the maximum value,
412 <                        // so wrap this processor potato back to 0:        
409 >          for(int l = 0; l < nCurObj; l++) {
410 >            if (potatoes[which_node] + 2 >= MAXTAG) {
411 >              // The potato was going to exceed the maximum value,
412 >              // so wrap this processor potato back to 0:        
413  
414 <                        potatoes[which_node] = 0;
415 <                        MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node,
416 <                                 0, MPI_COMM_WORLD);
417 <                    }
414 >              potatoes[which_node] = 0;
415 >              MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node,
416 >                       0, MPI_COMM_WORLD);
417 >            }
418  
419 <                    MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR,
420 <                             which_node, myPotato, MPI_COMM_WORLD,
421 <                             &istatus);
419 >            MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR,
420 >                     which_node, myPotato, MPI_COMM_WORLD,
421 >                     &istatus);
422  
423 <                    atomTypeString = MPIatomTypeString;
423 >            myPotato++;
424  
425 <                    myPotato++;
425 >            MPI_Recv(atomData, 19, MPI_DOUBLE, which_node, myPotato,
426 >                     MPI_COMM_WORLD, &istatus);
427 >            myPotato++;
428  
429 <                    MPI_Recv(atomData, 13, MPI_DOUBLE, which_node, myPotato,
308 <                             MPI_COMM_WORLD, &istatus);
309 <                    myPotato++;
429 >            MPI_Get_count(&istatus, MPI_DOUBLE, &msgLen);
430  
431 <                    MPI_Get_count(&istatus, MPI_DOUBLE, &msgLen);
431 >            if (msgLen == 13 || msgLen == 19)
432 >              isDirectional = 1;
433 >            else
434 >              isDirectional = 0;
435  
436 <                    if (msgLen == 13)
314 <                        isDirectional = 1;
315 <                    else
316 <                        isDirectional = 0;
436 >            // If we've survived to here, format the line:
437  
438 <                    // If we've survived to here, format the line:
438 >            if (!isDirectional) {
439 >              sprintf(writeLine, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
440 >                      MPIatomTypeString, atomData[0],
441 >                      atomData[1], atomData[2],
442 >                      atomData[3], atomData[4],
443 >                      atomData[5]);
444  
445 <                    if (!isDirectional) {
446 <                        sprintf(writeLine, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
447 <                                atomTypeString, atomData[0],
448 <                                atomData[1], atomData[2],
449 <                                atomData[3], atomData[4],
450 <                                atomData[5]);
445 >              strcat(writeLine,
446 >                     "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0");
447 >            } else {
448 >              sprintf(writeLine,
449 >                      "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
450 >                      MPIatomTypeString,
451 >                      atomData[0],
452 >                      atomData[1],
453 >                      atomData[2],
454 >                      atomData[3],
455 >                      atomData[4],
456 >                      atomData[5],
457 >                      atomData[6],
458 >                      atomData[7],
459 >                      atomData[8],
460 >                      atomData[9],
461 >                      atomData[10],
462 >                      atomData[11],
463 >                      atomData[12]);
464 >            }
465 >            
466 >            if (needForceVector_) {
467 >              if (!isDirectional) {
468 >                sprintf(writeLine, "\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
469 >                        atomData[6],
470 >                        atomData[7],
471 >                        atomData[8],
472 >                        atomData[9],
473 >                        atomData[10],
474 >                        atomData[11]);
475 >              } else {
476 >                sprintf(writeLine, "\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
477 >                        atomData[13],
478 >                        atomData[14],
479 >                        atomData[15],
480 >                        atomData[16],
481 >                        atomData[17],
482 >                        atomData[18]);
483 >              }
484 >            }
485  
486 <                        strcat(writeLine,
487 <                               "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
329 <                    } else {
330 <                        sprintf(writeLine,
331 <                                "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
332 <                                atomTypeString,
333 <                                atomData[0],
334 <                                atomData[1],
335 <                                atomData[2],
336 <                                atomData[3],
337 <                                atomData[4],
338 <                                atomData[5],
339 <                                atomData[6],
340 <                                atomData[7],
341 <                                atomData[8],
342 <                                atomData[9],
343 <                                atomData[10],
344 <                                atomData[11],
345 <                                atomData[12]);
346 <                    }
486 >            sprintf(writeLine, "\n");
487 >            os << writeLine;
488  
489 <                    os << writeLine;
489 >          } // end for(int l =0)
490  
491 <                } // end for(int l =0)
491 >          potatoes[which_node] = myPotato;
492 >        } else { //master node has current molecule
493  
494 <                potatoes[which_node] = myPotato;
353 <            } else { //master node has current molecule
494 >          mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
495  
496 <                mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
497 <
498 <                if (mol == NULL) {
499 <                    sprintf(painCave.errMsg, "Molecule not found on node %d!", worldRank);
500 <                    painCave.isFatal = 1;
360 <                    simError();
361 <                }
496 >          if (mol == NULL) {
497 >            sprintf(painCave.errMsg, "Molecule not found on node %d!", worldRank);
498 >            painCave.isFatal = 1;
499 >            simError();
500 >          }
501                  
502 <                for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
503 <                    integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {
365 <                        
366 <                    atomTypeString = integrableObject->getType().c_str();
502 >          for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
503 >               integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {      
504  
505 <                    pos = integrableObject->getPos();
506 <                    vel = integrableObject->getVel();
505 >            pos = integrableObject->getPos();
506 >            vel = integrableObject->getVel();
507  
508 <                    atomData[0] = pos[0];
509 <                    atomData[1] = pos[1];
510 <                    atomData[2] = pos[2];
508 >            atomData[0] = pos[0];
509 >            atomData[1] = pos[1];
510 >            atomData[2] = pos[2];
511  
512 <                    atomData[3] = vel[0];
513 <                    atomData[4] = vel[1];
514 <                    atomData[5] = vel[2];
512 >            atomData[3] = vel[0];
513 >            atomData[4] = vel[1];
514 >            atomData[5] = vel[2];
515  
516 <                    isDirectional = 0;
516 >            isDirectional = 0;
517  
518 <                    if (integrableObject->isDirectional()) {
519 <                        isDirectional = 1;
518 >            if (integrableObject->isDirectional()) {
519 >              isDirectional = 1;
520  
521 <                        q = integrableObject->getQ();
522 <                        ji = integrableObject->getJ();
521 >              q = integrableObject->getQ();
522 >              ji = integrableObject->getJ();
523  
524 <                        for(int j = 0; j < 6; j++) {
525 <                            atomData[j] = atomData[j];
526 <                        }
524 >              for(int j = 0; j < 6; j++) {
525 >                atomData[j] = atomData[j];
526 >              }
527  
528 <                        atomData[6] = q[0];
529 <                        atomData[7] = q[1];
530 <                        atomData[8] = q[2];
531 <                        atomData[9] = q[3];
528 >              atomData[6] = q[0];
529 >              atomData[7] = q[1];
530 >              atomData[8] = q[2];
531 >              atomData[9] = q[3];
532  
533 <                        atomData[10] = ji[0];
534 <                        atomData[11] = ji[1];
535 <                        atomData[12] = ji[2];
536 <                    }
533 >              atomData[10] = ji[0];
534 >              atomData[11] = ji[1];
535 >              atomData[12] = ji[2];
536 >            }
537  
538 <                    // If we've survived to here, format the line:
538 >            if (needForceVector_) {
539 >              frc = integrableObject->getFrc();
540 >              trq = integrableObject->getTrq();
541  
542 <                    if (!isDirectional) {
543 <                        sprintf(writeLine, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
544 <                                atomTypeString, atomData[0],
545 <                                atomData[1], atomData[2],
546 <                                atomData[3], atomData[4],
547 <                                atomData[5]);
542 >              if (!isDirectional) {
543 >                atomData[6] = frc[0];
544 >                atomData[7] = frc[1];
545 >                atomData[8] = frc[2];
546 >                atomData[9] = trq[0];
547 >                atomData[10] = trq[1];
548 >                atomData[11] = trq[2];
549 >              } else {
550 >                atomData[13] = frc[0];
551 >                atomData[14] = frc[1];
552 >                atomData[15] = frc[2];
553 >                atomData[16] = trq[0];
554 >                atomData[17] = trq[1];
555 >                atomData[18] = trq[2];
556 >              }
557 >            }
558  
559 <                        strcat(writeLine,
411 <                               "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
412 <                    } else {
413 <                        sprintf(writeLine,
414 <                                "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
415 <                                atomTypeString,
416 <                                atomData[0],
417 <                                atomData[1],
418 <                                atomData[2],
419 <                                atomData[3],
420 <                                atomData[4],
421 <                                atomData[5],
422 <                                atomData[6],
423 <                                atomData[7],
424 <                                atomData[8],
425 <                                atomData[9],
426 <                                atomData[10],
427 <                                atomData[11],
428 <                                atomData[12]);
429 <                    }
559 >            // If we've survived to here, format the line:
560  
561 +            if (!isDirectional) {
562 +              sprintf(writeLine, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
563 +                      integrableObject->getType().c_str(), atomData[0],
564 +                      atomData[1], atomData[2],
565 +                      atomData[3], atomData[4],
566 +                      atomData[5]);
567  
568 <                    os << writeLine;
568 >              strcat(writeLine,
569 >                     "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0");
570 >            } else {
571 >              sprintf(writeLine,
572 >                      "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
573 >                      integrableObject->getType().c_str(),
574 >                      atomData[0],
575 >                      atomData[1],
576 >                      atomData[2],
577 >                      atomData[3],
578 >                      atomData[4],
579 >                      atomData[5],
580 >                      atomData[6],
581 >                      atomData[7],
582 >                      atomData[8],
583 >                      atomData[9],
584 >                      atomData[10],
585 >                      atomData[11],
586 >                      atomData[12]);
587 >            }
588  
589 <                } //end for(iter = integrableObject.begin())
590 <            }
591 <        } //end for(i = 0; i < mpiSim->getNmol())
589 >            if (needForceVector_) {
590 >              if (!isDirectional) {
591 >              sprintf(writeLine, "\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
592 >                      atomData[6],
593 >                      atomData[7],
594 >                      atomData[8],
595 >                      atomData[9],
596 >                      atomData[10],
597 >                      atomData[11]);
598 >              } else {
599 >                sprintf(writeLine, "\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
600 >                        atomData[13],
601 >                        atomData[14],
602 >                        atomData[15],
603 >                        atomData[16],
604 >                        atomData[17],
605 >                        atomData[18]);
606 >              }
607 >            }
608  
609 <        os.flush();
610 <        std::cout << "master" << std::endl;
440 <        sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully took a dump.\n");
609 >            sprintf(writeLine, "\n");
610 >            os << writeLine;
611  
612 <        MPIcheckPoint();
612 >          } //end for(iter = integrableObject.begin())
613 >        }
614 >      } //end for(i = 0; i < mpiSim->getNmol())
615  
616 <        delete [] potatoes;
616 >      os.flush();
617 >        
618 >      sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully took a dump.\n");
619 >      MPIcheckPoint();
620 >
621 >      delete [] potatoes;
622      } else {
623  
624 <        // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
624 >      // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
625  
626 <        // Set my magic potato to 0:
626 >      // Set my magic potato to 0:
627  
628 <        myPotato = 0;
628 >      myPotato = 0;
629  
630 <        for(int i = 0; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
630 >      for(int i = 0; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
631  
632 <            // Am I the node which has this integrableObject?
633 <            int whichNode = info_->getMolToProc(i);
634 <            if (whichNode == worldRank) {
635 <                if (myPotato + 1 >= MAXTAG) {
632 >        // Am I the node which has this integrableObject?
633 >        int whichNode = info_->getMolToProc(i);
634 >        if (whichNode == worldRank) {
635 >          if (myPotato + 1 >= MAXTAG) {
636  
637 <                    // The potato was going to exceed the maximum value,
638 <                    // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
639 <                    // node 0 says we can go:
637 >            // The potato was going to exceed the maximum value,
638 >            // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
639 >            // node 0 says we can go:
640  
641 <                    MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD,
642 <                             &istatus);
643 <                }
641 >            MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD,
642 >                     &istatus);
643 >          }
644  
645 <                mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
645 >          mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
646  
647                  
648 <                nCurObj = mol->getNIntegrableObjects();
648 >          nCurObj = mol->getNIntegrableObjects();
649  
650 <                MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0, myPotato, MPI_COMM_WORLD);
651 <                myPotato++;
650 >          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0, myPotato, MPI_COMM_WORLD);
651 >          myPotato++;
652  
653 <                for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
654 <                    integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {
653 >          for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
654 >               integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {
655  
656 <                    if (myPotato + 2 >= MAXTAG) {
656 >            if (myPotato + 2 >= MAXTAG) {
657  
658 <                        // The potato was going to exceed the maximum value,
659 <                        // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
660 <                        // node 0 says we can go:
658 >              // The potato was going to exceed the maximum value,
659 >              // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
660 >              // node 0 says we can go:
661  
662 <                        MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD,
663 <                                 &istatus);
664 <                    }
662 >              MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD,
663 >                       &istatus);
664 >            }
665  
666 <                    atomTypeString = integrableObject->getType().c_str();
666 >            pos = integrableObject->getPos();
667 >            vel = integrableObject->getVel();
668  
669 <                    pos = integrableObject->getPos();
670 <                    vel = integrableObject->getVel();
669 >            atomData[0] = pos[0];
670 >            atomData[1] = pos[1];
671 >            atomData[2] = pos[2];
672  
673 <                    atomData[0] = pos[0];
674 <                    atomData[1] = pos[1];
675 <                    atomData[2] = pos[2];
673 >            atomData[3] = vel[0];
674 >            atomData[4] = vel[1];
675 >            atomData[5] = vel[2];
676  
677 <                    atomData[3] = vel[0];
499 <                    atomData[4] = vel[1];
500 <                    atomData[5] = vel[2];
677 >            isDirectional = 0;
678  
679 <                    isDirectional = 0;
679 >            if (integrableObject->isDirectional()) {
680 >              isDirectional = 1;
681  
682 <                    if (integrableObject->isDirectional()) {
683 <                        isDirectional = 1;
682 >              q = integrableObject->getQ();
683 >              ji = integrableObject->getJ();
684  
685 <                        q = integrableObject->getQ();
686 <                        ji = integrableObject->getJ();
685 >              atomData[6] = q[0];
686 >              atomData[7] = q[1];
687 >              atomData[8] = q[2];
688 >              atomData[9] = q[3];
689  
690 <                        atomData[6] = q[0];
691 <                        atomData[7] = q[1];
692 <                        atomData[8] = q[2];
693 <                        atomData[9] = q[3];
690 >              atomData[10] = ji[0];
691 >              atomData[11] = ji[1];
692 >              atomData[12] = ji[2];
693 >            }
694  
695 <                        atomData[10] = ji[0];
696 <                        atomData[11] = ji[1];
697 <                        atomData[12] = ji[2];
698 <                    }
695 >            if (needForceVector_) {
696 >              frc = integrableObject->getFrc();
697 >              trq = integrableObject->getTrq();
698 >              
699 >              if (!isDirectional) {
700 >                atomData[6] = frc[0];
701 >                atomData[7] = frc[1];
702 >                atomData[8] = frc[2];
703 >                
704 >                atomData[9] = trq[0];
705 >                atomData[10] = trq[1];
706 >                atomData[11] = trq[2];
707 >              } else {
708 >                atomData[13] = frc[0];
709 >                atomData[14] = frc[1];
710 >                atomData[15] = frc[2];
711 >                
712 >                atomData[16] = trq[0];
713 >                atomData[17] = trq[1];
714 >                atomData[18] = trq[2];
715 >              }
716 >            }
717  
718 <                    strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
718 >            strncpy(MPIatomTypeString, integrableObject->getType().c_str(), MINIBUFFERSIZE);
719  
720 <                    // null terminate the  std::string before sending (just in case):
721 <                    MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE - 1] = '\0';
720 >            // null terminate the  std::string before sending (just in case):
721 >            MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE - 1] = '\0';
722  
723 <                    MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
724 <                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
723 >            MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
724 >                     myPotato, MPI_COMM_WORLD);
725  
726 <                    myPotato++;
726 >            myPotato++;
727  
728 <                    if (isDirectional) {
729 <                        MPI_Send(atomData, 13, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
730 <                                 MPI_COMM_WORLD);
731 <                    } else {
732 <                        MPI_Send(atomData, 6, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
733 <                                 MPI_COMM_WORLD);
734 <                    }
728 >            if (isDirectional && needForceVector_) {
729 >              MPI_Send(atomData, 19, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
730 >                       MPI_COMM_WORLD);
731 >            } else if (isDirectional) {
732 >              MPI_Send(atomData, 13, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
733 >                       MPI_COMM_WORLD);
734 >            } else if (needForceVector_) {
735 >              MPI_Send(atomData, 12, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
736 >                       MPI_COMM_WORLD);
737 >            } else {
738 >              MPI_Send(atomData, 6, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
739 >                       MPI_COMM_WORLD);
740 >            }
741  
742 <                    myPotato++;
743 <                }
742 >            myPotato++;
743 >          }
744                      
745 <            }
745 >        }
746              
747 <        }
748 <        std::cout << "slave" << std::endl;
749 <        sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully took a dump.\n");
546 <        MPIcheckPoint();
747 >      }
748 >      sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully took a dump.\n");
749 >      MPIcheckPoint();
750      }
751  
752   #endif // is_mpi
753  
754 +  }
755 +
756 +  void DumpWriter::writeDump() {
757 +    writeFrame(*dumpFile_);
758 +  }
759 +
760 +  void DumpWriter::writeEor() {
761 +    std::ostream* eorStream;
762 +    
763 + #ifdef IS_MPI
764 +    if (worldRank == 0) {
765 + #endif // is_mpi
766 +
767 +      eorStream = createOStream(eorFilename_);
768 +
769 + #ifdef IS_MPI
770 +    }
771 + #endif // is_mpi    
772 +
773 +    writeFrame(*eorStream);
774 +
775 + #ifdef IS_MPI
776 +    if (worldRank == 0) {
777 + #endif // is_mpi
778 +    delete eorStream;
779 +
780 + #ifdef IS_MPI
781 +    }
782 + #endif // is_mpi  
783 +
784 +  }
785 +
786 +
787 +  void DumpWriter::writeDumpAndEor() {
788 +    std::vector<std::streambuf*> buffers;
789 +    std::ostream* eorStream;
790 + #ifdef IS_MPI
791 +    if (worldRank == 0) {
792 + #endif // is_mpi
793 +
794 +      buffers.push_back(dumpFile_->rdbuf());
795 +
796 +      eorStream = createOStream(eorFilename_);
797 +
798 +      buffers.push_back(eorStream->rdbuf());
799 +        
800 + #ifdef IS_MPI
801 +    }
802 + #endif // is_mpi    
803 +
804 +    TeeBuf tbuf(buffers.begin(), buffers.end());
805 +    std::ostream os(&tbuf);
806 +
807 +    writeFrame(os);
808 +
809 + #ifdef IS_MPI
810 +    if (worldRank == 0) {
811 + #endif // is_mpi
812 +    delete eorStream;
813 +
814 + #ifdef IS_MPI
815 +    }
816 + #endif // is_mpi  
817 +    
818 +  }
819 +
820 + std::ostream* DumpWriter::createOStream(const std::string& filename) {
821 +
822 +    std::ostream* newOStream;
823 + #ifdef HAVE_LIBZ
824 +    if (needCompression_) {
825 +        newOStream = new ogzstream(filename.c_str());
826 +    } else {
827 +        newOStream = new std::ofstream(filename.c_str());
828 +    }
829 + #else
830 +    newOStream = new std::ofstream(filename.c_str());
831 + #endif
832 +    return newOStream;
833   }
834  
835   }//end namespace oopse

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