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root/OpenMD/trunk/src/io/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/io/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 507 by gezelter, Fri Apr 15 22:04:00 2005 UTC vs.
Revision 726 by chrisfen, Fri Nov 11 15:22:11 2005 UTC

# Line 43 | Line 43
43   #include "primitives/Molecule.hpp"
44   #include "utils/simError.h"
45   #include "io/basic_teebuf.hpp"
46 + #include "io/gzstream.hpp"
47 + #include "io/Globals.hpp"
48 +
49   #ifdef IS_MPI
50   #include <mpi.h>
51   #endif //is_mpi
# Line 51 | Line 54 | namespace oopse {
54  
55    DumpWriter::DumpWriter(SimInfo* info)
56      : info_(info), filename_(info->getDumpFileName()), eorFilename_(info->getFinalConfigFileName()){
57 +
58 +    Globals* simParams = info->getSimParams();
59 +    needCompression_ = simParams->getCompressDumpFile();
60 +    needForceVector_ = simParams->getOutputForceVector();
61 +
62 + #ifdef HAVE_LIBZ
63 +    if (needCompression_) {
64 +        filename_ += ".gz";
65 +        eorFilename_ += ".gz";
66 +    }
67 + #endif
68 +    
69   #ifdef IS_MPI
70  
71        if (worldRank == 0) {
72   #endif // is_mpi
73  
59 –        dumpFile_.open(filename_.c_str(), std::ios::out | std::ios::trunc);
74  
75 +        dumpFile_ = createOStream(filename_);
76 +
77          if (!dumpFile_) {
78            sprintf(painCave.errMsg, "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
79                    filename_.c_str());
# Line 79 | Line 95 | namespace oopse {
95  
96    DumpWriter::DumpWriter(SimInfo* info, const std::string& filename)
97      : info_(info), filename_(filename){
98 +
99 +    Globals* simParams = info->getSimParams();
100 +    eorFilename_ = filename_.substr(0, filename_.rfind(".")) + ".eor";    
101 +
102 +    needCompression_ = simParams->getCompressDumpFile();
103 +    needForceVector_ = simParams->getOutputForceVector();
104 +
105 + #ifdef HAVE_LIBZ
106 +    if (needCompression_) {
107 +        filename_ += ".gz";
108 +        eorFilename_ += ".gz";
109 +    }
110 + #endif
111 +    
112   #ifdef IS_MPI
113  
114        if (worldRank == 0) {
115   #endif // is_mpi
116  
87 –        eorFilename_ = filename_.substr(0, filename_.rfind(".")) + ".eor";
88 –        dumpFile_.open(filename_.c_str(), std::ios::out | std::ios::trunc);
117  
118 +        dumpFile_ = createOStream(filename_);
119 +
120          if (!dumpFile_) {
121            sprintf(painCave.errMsg, "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
122                    filename_.c_str());
# Line 112 | Line 142 | namespace oopse {
142      if (worldRank == 0) {
143   #endif // is_mpi
144  
145 <      dumpFile_.close();
145 >      delete dumpFile_;
146  
147   #ifdef IS_MPI
148  
# Line 163 | Line 193 | namespace oopse {
193      Vector3d ji;
194      Vector3d pos;
195      Vector3d vel;
196 +    Vector3d frc;
197 +    Vector3d trq;
198  
199      Molecule* mol;
200      StuntDouble* integrableObject;
# Line 199 | Line 231 | namespace oopse {
231            q = integrableObject->getQ();
232            ji = integrableObject->getJ();
233  
234 <          sprintf(tempBuffer, "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
234 >          sprintf(tempBuffer, "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
235                    q[0], q[1], q[2], q[3],
236                    ji[0], ji[1], ji[2]);
237            strcat(writeLine, tempBuffer);
238          } else {
239 <          strcat(writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
239 >          strcat(writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0");
240          }
241  
242 +        if (needForceVector_) {
243 +          frc = integrableObject->getFrc();
244 +          trq = integrableObject->getTrq();
245 +          
246 +          sprintf(tempBuffer, "\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
247 +                  frc[0], frc[1], frc[2],
248 +                  trq[0], trq[1], trq[2]);
249 +          strcat(writeLine, tempBuffer);
250 +        }
251 +        
252 +        strcat(writeLine, "\n");
253          os << writeLine;
254  
255        }
# Line 256 | Line 299 | namespace oopse {
299      int myPotato;
300      int nProc;
301      int which_node;
302 <    double atomData[13];
302 >    double atomData[19];
303      int isDirectional;
304      char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
305      int msgLen; // the length of message actually recieved at master nodes
# Line 331 | Line 374 | namespace oopse {
374  
375              myPotato++;
376  
377 <            MPI_Recv(atomData, 13, MPI_DOUBLE, which_node, myPotato,
377 >            MPI_Recv(atomData, 19, MPI_DOUBLE, which_node, myPotato,
378                       MPI_COMM_WORLD, &istatus);
379              myPotato++;
380  
381              MPI_Get_count(&istatus, MPI_DOUBLE, &msgLen);
382  
383 <            if (msgLen == 13)
383 >            if (msgLen == 13 || msgLen == 19)
384                isDirectional = 1;
385              else
386                isDirectional = 0;
# Line 352 | Line 395 | namespace oopse {
395                        atomData[5]);
396  
397                strcat(writeLine,
398 <                     "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
398 >                     "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0");
399              } else {
400                sprintf(writeLine,
401 <                      "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
401 >                      "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
402                        MPIatomTypeString,
403                        atomData[0],
404                        atomData[1],
# Line 371 | Line 414 | namespace oopse {
414                        atomData[11],
415                        atomData[12]);
416              }
417 +            
418 +            if (needForceVector_) {
419 +              if (!isDirectional) {
420 +                sprintf(writeLine, "\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
421 +                        atomData[6],
422 +                        atomData[7],
423 +                        atomData[8],
424 +                        atomData[9],
425 +                        atomData[10],
426 +                        atomData[11]);
427 +              } else {
428 +                sprintf(writeLine, "\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
429 +                        atomData[13],
430 +                        atomData[14],
431 +                        atomData[15],
432 +                        atomData[16],
433 +                        atomData[17],
434 +                        atomData[18]);
435 +              }
436 +            }
437  
438 +            sprintf(writeLine, "\n");
439              os << writeLine;
440  
441            } // end for(int l =0)
# Line 423 | Line 487 | namespace oopse {
487                atomData[12] = ji[2];
488              }
489  
490 +            if (needForceVector_) {
491 +              frc = integrableObject->getFrc();
492 +              trq = integrableObject->getTrq();
493 +
494 +              if (!isDirectional) {
495 +                atomData[6] = frc[0];
496 +                atomData[7] = frc[1];
497 +                atomData[8] = frc[2];
498 +                atomData[9] = trq[0];
499 +                atomData[10] = trq[1];
500 +                atomData[11] = trq[2];
501 +              } else {
502 +                atomData[13] = frc[0];
503 +                atomData[14] = frc[1];
504 +                atomData[15] = frc[2];
505 +                atomData[16] = trq[0];
506 +                atomData[17] = trq[1];
507 +                atomData[18] = trq[2];
508 +              }
509 +            }
510 +
511              // If we've survived to here, format the line:
512  
513              if (!isDirectional) {
# Line 433 | Line 518 | namespace oopse {
518                        atomData[5]);
519  
520                strcat(writeLine,
521 <                     "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
521 >                     "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0");
522              } else {
523                sprintf(writeLine,
524 <                      "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
524 >                      "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
525                        integrableObject->getType().c_str(),
526                        atomData[0],
527                        atomData[1],
# Line 453 | Line 538 | namespace oopse {
538                        atomData[12]);
539              }
540  
541 +            if (needForceVector_) {
542 +              if (!isDirectional) {
543 +              sprintf(writeLine, "\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
544 +                      atomData[6],
545 +                      atomData[7],
546 +                      atomData[8],
547 +                      atomData[9],
548 +                      atomData[10],
549 +                      atomData[11]);
550 +              } else {
551 +                sprintf(writeLine, "\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
552 +                        atomData[13],
553 +                        atomData[14],
554 +                        atomData[15],
555 +                        atomData[16],
556 +                        atomData[17],
557 +                        atomData[18]);
558 +              }
559 +            }
560  
561 +            sprintf(writeLine, "\n");
562              os << writeLine;
563  
564            } //end for(iter = integrableObject.begin())
# Line 539 | Line 644 | namespace oopse {
644                atomData[12] = ji[2];
645              }
646  
647 +            if (needForceVector_) {
648 +              frc = integrableObject->getFrc();
649 +              trq = integrableObject->getTrq();
650 +              
651 +              if (!isDirectional) {
652 +                atomData[6] = frc[0];
653 +                atomData[7] = frc[1];
654 +                atomData[8] = frc[2];
655 +                
656 +                atomData[9] = trq[0];
657 +                atomData[10] = trq[1];
658 +                atomData[11] = trq[2];
659 +              } else {
660 +                atomData[13] = frc[0];
661 +                atomData[14] = frc[1];
662 +                atomData[15] = frc[2];
663 +                
664 +                atomData[16] = trq[0];
665 +                atomData[17] = trq[1];
666 +                atomData[18] = trq[2];
667 +              }
668 +            }
669 +
670              strncpy(MPIatomTypeString, integrableObject->getType().c_str(), MINIBUFFERSIZE);
671  
672              // null terminate the  std::string before sending (just in case):
# Line 549 | Line 677 | namespace oopse {
677  
678              myPotato++;
679  
680 <            if (isDirectional) {
680 >            if (isDirectional && needForceVector_) {
681 >              MPI_Send(atomData, 19, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
682 >                       MPI_COMM_WORLD);
683 >            } else if (isDirectional) {
684                MPI_Send(atomData, 13, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
685                         MPI_COMM_WORLD);
686 +            } else if (needForceVector_) {
687 +              MPI_Send(atomData, 12, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
688 +                       MPI_COMM_WORLD);
689              } else {
690                MPI_Send(atomData, 6, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
691                         MPI_COMM_WORLD);
# Line 572 | Line 706 | namespace oopse {
706    }
707  
708    void DumpWriter::writeDump() {
709 <    writeFrame(dumpFile_);
576 <
709 >    writeFrame(*dumpFile_);
710    }
711  
712    void DumpWriter::writeEor() {
713 <    std::ofstream eorStream;
713 >    std::ostream* eorStream;
714      
715   #ifdef IS_MPI
716      if (worldRank == 0) {
717   #endif // is_mpi
718  
719 <      eorStream.open(eorFilename_.c_str());
587 <      if (!eorStream.is_open()) {
588 <        sprintf(painCave.errMsg, "DumpWriter : Could not open \"%s\" for writing.\n",
589 <                eorFilename_.c_str());
590 <        painCave.isFatal = 1;
591 <        simError();
592 <      }
719 >      eorStream = createOStream(eorFilename_);
720  
721   #ifdef IS_MPI
722      }
723   #endif // is_mpi    
724  
725 <    writeFrame(eorStream);
725 >    writeFrame(*eorStream);
726 >
727 > #ifdef IS_MPI
728 >    if (worldRank == 0) {
729 > #endif // is_mpi
730 >    delete eorStream;
731 >
732 > #ifdef IS_MPI
733 >    }
734 > #endif // is_mpi  
735 >
736    }
737  
738  
739    void DumpWriter::writeDumpAndEor() {
603 –    std::ofstream eorStream;
740      std::vector<std::streambuf*> buffers;
741 +    std::ostream* eorStream;
742   #ifdef IS_MPI
743      if (worldRank == 0) {
744   #endif // is_mpi
745  
746 <      buffers.push_back(dumpFile_.rdbuf());
746 >      buffers.push_back(dumpFile_->rdbuf());
747  
748 <      eorStream.open(eorFilename_.c_str());
612 <      if (!eorStream.is_open()) {
613 <        sprintf(painCave.errMsg, "DumpWriter : Could not open \"%s\" for writing.\n",
614 <                eorFilename_.c_str());
615 <        painCave.isFatal = 1;
616 <        simError();
617 <      }
748 >      eorStream = createOStream(eorFilename_);
749  
750 <      buffers.push_back(eorStream.rdbuf());
750 >      buffers.push_back(eorStream->rdbuf());
751          
752   #ifdef IS_MPI
753      }
# Line 626 | Line 757 | namespace oopse {
757      std::ostream os(&tbuf);
758  
759      writeFrame(os);
760 +
761 + #ifdef IS_MPI
762 +    if (worldRank == 0) {
763 + #endif // is_mpi
764 +    delete eorStream;
765 +
766 + #ifdef IS_MPI
767 +    }
768 + #endif // is_mpi  
769      
770    }
771  
772 + std::ostream* DumpWriter::createOStream(const std::string& filename) {
773  
774 +    std::ostream* newOStream;
775 + #ifdef HAVE_LIBZ
776 +    if (needCompression_) {
777 +        newOStream = new ogzstream(filename.c_str());
778 +    } else {
779 +        newOStream = new std::ofstream(filename.c_str());
780 +    }
781 + #else
782 +    newOStream = new std::ofstream(filename.c_str());
783 + #endif
784 +    return newOStream;
785 + }
786  
787   }//end namespace oopse

Diff Legend

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+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines