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root/OpenMD/trunk/src/io/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/io/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 507 by gezelter, Fri Apr 15 22:04:00 2005 UTC vs.
Revision 966 by chrisfen, Fri May 19 21:26:41 2006 UTC

# Line 43 | Line 43
43   #include "primitives/Molecule.hpp"
44   #include "utils/simError.h"
45   #include "io/basic_teebuf.hpp"
46 + #include "io/gzstream.hpp"
47 + #include "io/Globals.hpp"
48 +
49   #ifdef IS_MPI
50   #include <mpi.h>
51   #endif //is_mpi
# Line 51 | Line 54 | namespace oopse {
54  
55    DumpWriter::DumpWriter(SimInfo* info)
56      : info_(info), filename_(info->getDumpFileName()), eorFilename_(info->getFinalConfigFileName()){
57 +
58 +    Globals* simParams = info->getSimParams();
59 +    needCompression_ = simParams->getCompressDumpFile();
60 +    needForceVector_ = simParams->getOutputForceVector();
61 +    createDumpFile_ = true;
62 + #ifdef HAVE_LIBZ
63 +    if (needCompression_) {
64 +        filename_ += ".gz";
65 +        eorFilename_ += ".gz";
66 +    }
67 + #endif
68 +    
69   #ifdef IS_MPI
70  
71        if (worldRank == 0) {
72   #endif // is_mpi
73  
74 <        dumpFile_.open(filename_.c_str(), std::ios::out | std::ios::trunc);
74 >        
75 >        dumpFile_ = createOStream(filename_);
76  
77          if (!dumpFile_) {
78            sprintf(painCave.errMsg, "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
# Line 79 | Line 95 | namespace oopse {
95  
96    DumpWriter::DumpWriter(SimInfo* info, const std::string& filename)
97      : info_(info), filename_(filename){
98 +
99 +    Globals* simParams = info->getSimParams();
100 +    eorFilename_ = filename_.substr(0, filename_.rfind(".")) + ".eor";    
101 +
102 +    needCompression_ = simParams->getCompressDumpFile();
103 +    needForceVector_ = simParams->getOutputForceVector();
104 +    createDumpFile_ = true;
105 + #ifdef HAVE_LIBZ
106 +    if (needCompression_) {
107 +        filename_ += ".gz";
108 +        eorFilename_ += ".gz";
109 +    }
110 + #endif
111 +    
112   #ifdef IS_MPI
113  
114        if (worldRank == 0) {
115   #endif // is_mpi
116  
117 <        eorFilename_ = filename_.substr(0, filename_.rfind(".")) + ".eor";
118 <        dumpFile_.open(filename_.c_str(), std::ios::out | std::ios::trunc);
117 >      
118 >        dumpFile_ = createOStream(filename_);
119  
120          if (!dumpFile_) {
121            sprintf(painCave.errMsg, "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
# Line 104 | Line 134 | namespace oopse {
134   #endif // is_mpi
135  
136      }
137 +  
138 +  DumpWriter::DumpWriter(SimInfo* info, const std::string& filename, bool writeDumpFile)
139 +  : info_(info), filename_(filename){
140 +    
141 +    Globals* simParams = info->getSimParams();
142 +    eorFilename_ = filename_.substr(0, filename_.rfind(".")) + ".eor";    
143 +    
144 +    needCompression_ = simParams->getCompressDumpFile();
145 +    needForceVector_ = simParams->getOutputForceVector();
146 +    
147 + #ifdef HAVE_LIBZ
148 +    if (needCompression_) {
149 +      filename_ += ".gz";
150 +      eorFilename_ += ".gz";
151 +    }
152 + #endif
153 +    
154 + #ifdef IS_MPI
155 +    
156 +    if (worldRank == 0) {
157 + #endif // is_mpi
158 +      
159 +      createDumpFile_ = writeDumpFile;
160 +      if (createDumpFile_) {
161 +        dumpFile_ = createOStream(filename_);
162 +      
163 +        if (!dumpFile_) {
164 +          sprintf(painCave.errMsg, "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
165 +                  filename_.c_str());
166 +          painCave.isFatal = 1;
167 +          simError();
168 +        }
169 +      }
170 + #ifdef IS_MPI
171 +      
172 +    }
173 +    
174 +    sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
175 +    MPIcheckPoint();
176 +    
177 + #endif // is_mpi
178 +    
179 +  }
180 +  
181 +  
182 +  
183 +  
184 +  
185  
186    DumpWriter::~DumpWriter() {
187  
# Line 111 | Line 189 | namespace oopse {
189  
190      if (worldRank == 0) {
191   #endif // is_mpi
192 <
193 <      dumpFile_.close();
194 <
192 >      if (createDumpFile_){
193 >        delete dumpFile_;
194 >      }
195   #ifdef IS_MPI
196  
197      }
# Line 124 | Line 202 | namespace oopse {
202  
203    void DumpWriter::writeCommentLine(std::ostream& os, Snapshot* s) {
204  
205 <    double currentTime;
205 >    RealType currentTime;
206      Mat3x3d hmat;
207 <    double chi;
208 <    double integralOfChiDt;
207 >    RealType chi;
208 >    RealType integralOfChiDt;
209      Mat3x3d eta;
210      
211      currentTime = s->getTime();
# Line 143 | Line 221 | namespace oopse {
221  
222      //write out additional parameters, such as chi and eta
223  
224 <    os << chi << "\t" << integralOfChiDt << "\t;";
224 >    os << chi << "\t" << integralOfChiDt << ";\t";
225  
226      os << eta(0, 0) << "\t" << eta(1, 0) << "\t" << eta(2, 0) << ";\t"
227         << eta(0, 1) << "\t" << eta(1, 1) << "\t" << eta(2, 1) << ";\t"
# Line 163 | Line 241 | namespace oopse {
241      Vector3d ji;
242      Vector3d pos;
243      Vector3d vel;
244 +    Vector3d frc;
245 +    Vector3d trq;
246  
247      Molecule* mol;
248      StuntDouble* integrableObject;
# Line 199 | Line 279 | namespace oopse {
279            q = integrableObject->getQ();
280            ji = integrableObject->getJ();
281  
282 <          sprintf(tempBuffer, "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
282 >          sprintf(tempBuffer, "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
283                    q[0], q[1], q[2], q[3],
284                    ji[0], ji[1], ji[2]);
285            strcat(writeLine, tempBuffer);
286          } else {
287 <          strcat(writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
287 >          strcat(writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0");
288          }
289  
290 +        if (needForceVector_) {
291 +          frc = integrableObject->getFrc();
292 +          trq = integrableObject->getTrq();
293 +          
294 +          sprintf(tempBuffer, "\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
295 +                  frc[0], frc[1], frc[2],
296 +                  trq[0], trq[1], trq[2]);
297 +          strcat(writeLine, tempBuffer);
298 +        }
299 +        
300 +        strcat(writeLine, "\n");
301          os << writeLine;
302  
303        }
# Line 256 | Line 347 | namespace oopse {
347      int myPotato;
348      int nProc;
349      int which_node;
350 <    double atomData[13];
350 >    RealType atomData[19];
351      int isDirectional;
352      char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
353      int msgLen; // the length of message actually recieved at master nodes
# Line 331 | Line 422 | namespace oopse {
422  
423              myPotato++;
424  
425 <            MPI_Recv(atomData, 13, MPI_DOUBLE, which_node, myPotato,
425 >            MPI_Recv(atomData, 19, MPI_REALTYPE, which_node, myPotato,
426                       MPI_COMM_WORLD, &istatus);
427              myPotato++;
428  
429 <            MPI_Get_count(&istatus, MPI_DOUBLE, &msgLen);
429 >            MPI_Get_count(&istatus, MPI_REALTYPE, &msgLen);
430  
431 <            if (msgLen == 13)
431 >            if (msgLen == 13 || msgLen == 19)
432                isDirectional = 1;
433              else
434                isDirectional = 0;
# Line 352 | Line 443 | namespace oopse {
443                        atomData[5]);
444  
445                strcat(writeLine,
446 <                     "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
446 >                     "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0");
447              } else {
448                sprintf(writeLine,
449 <                      "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
449 >                      "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
450                        MPIatomTypeString,
451                        atomData[0],
452                        atomData[1],
# Line 371 | Line 462 | namespace oopse {
462                        atomData[11],
463                        atomData[12]);
464              }
465 +            
466 +            if (needForceVector_) {
467 +              if (!isDirectional) {
468 +                sprintf(writeLine, "\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
469 +                        atomData[6],
470 +                        atomData[7],
471 +                        atomData[8],
472 +                        atomData[9],
473 +                        atomData[10],
474 +                        atomData[11]);
475 +              } else {
476 +                sprintf(writeLine, "\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
477 +                        atomData[13],
478 +                        atomData[14],
479 +                        atomData[15],
480 +                        atomData[16],
481 +                        atomData[17],
482 +                        atomData[18]);
483 +              }
484 +            }
485  
486 <            os << writeLine;
486 >            os << writeLine << "\n";
487  
488            } // end for(int l =0)
489  
# Line 423 | Line 534 | namespace oopse {
534                atomData[12] = ji[2];
535              }
536  
537 +            if (needForceVector_) {
538 +              frc = integrableObject->getFrc();
539 +              trq = integrableObject->getTrq();
540 +
541 +              if (!isDirectional) {
542 +                atomData[6] = frc[0];
543 +                atomData[7] = frc[1];
544 +                atomData[8] = frc[2];
545 +                atomData[9] = trq[0];
546 +                atomData[10] = trq[1];
547 +                atomData[11] = trq[2];
548 +              } else {
549 +                atomData[13] = frc[0];
550 +                atomData[14] = frc[1];
551 +                atomData[15] = frc[2];
552 +                atomData[16] = trq[0];
553 +                atomData[17] = trq[1];
554 +                atomData[18] = trq[2];
555 +              }
556 +            }
557 +
558              // If we've survived to here, format the line:
559  
560              if (!isDirectional) {
# Line 433 | Line 565 | namespace oopse {
565                        atomData[5]);
566  
567                strcat(writeLine,
568 <                     "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
568 >                     "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0");
569              } else {
570                sprintf(writeLine,
571 <                      "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
571 >                      "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
572                        integrableObject->getType().c_str(),
573                        atomData[0],
574                        atomData[1],
# Line 453 | Line 585 | namespace oopse {
585                        atomData[12]);
586              }
587  
588 +            if (needForceVector_) {
589 +              if (!isDirectional) {
590 +              sprintf(writeLine, "\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
591 +                      atomData[6],
592 +                      atomData[7],
593 +                      atomData[8],
594 +                      atomData[9],
595 +                      atomData[10],
596 +                      atomData[11]);
597 +              } else {
598 +                sprintf(writeLine, "\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
599 +                        atomData[13],
600 +                        atomData[14],
601 +                        atomData[15],
602 +                        atomData[16],
603 +                        atomData[17],
604 +                        atomData[18]);
605 +              }
606 +            }
607  
608 <            os << writeLine;
608 >            os << writeLine << "\n";
609  
610            } //end for(iter = integrableObject.begin())
611          }
# Line 539 | Line 690 | namespace oopse {
690                atomData[12] = ji[2];
691              }
692  
693 +            if (needForceVector_) {
694 +              frc = integrableObject->getFrc();
695 +              trq = integrableObject->getTrq();
696 +              
697 +              if (!isDirectional) {
698 +                atomData[6] = frc[0];
699 +                atomData[7] = frc[1];
700 +                atomData[8] = frc[2];
701 +                
702 +                atomData[9] = trq[0];
703 +                atomData[10] = trq[1];
704 +                atomData[11] = trq[2];
705 +              } else {
706 +                atomData[13] = frc[0];
707 +                atomData[14] = frc[1];
708 +                atomData[15] = frc[2];
709 +                
710 +                atomData[16] = trq[0];
711 +                atomData[17] = trq[1];
712 +                atomData[18] = trq[2];
713 +              }
714 +            }
715 +
716              strncpy(MPIatomTypeString, integrableObject->getType().c_str(), MINIBUFFERSIZE);
717  
718              // null terminate the  std::string before sending (just in case):
# Line 549 | Line 723 | namespace oopse {
723  
724              myPotato++;
725  
726 <            if (isDirectional) {
727 <              MPI_Send(atomData, 13, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
726 >            if (isDirectional && needForceVector_) {
727 >              MPI_Send(atomData, 19, MPI_REALTYPE, 0, myPotato,
728                         MPI_COMM_WORLD);
729 +            } else if (isDirectional) {
730 +              MPI_Send(atomData, 13, MPI_REALTYPE, 0, myPotato,
731 +                       MPI_COMM_WORLD);
732 +            } else if (needForceVector_) {
733 +              MPI_Send(atomData, 12, MPI_REALTYPE, 0, myPotato,
734 +                       MPI_COMM_WORLD);
735              } else {
736 <              MPI_Send(atomData, 6, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
736 >              MPI_Send(atomData, 6, MPI_REALTYPE, 0, myPotato,
737                         MPI_COMM_WORLD);
738              }
739  
# Line 572 | Line 752 | namespace oopse {
752    }
753  
754    void DumpWriter::writeDump() {
755 <    writeFrame(dumpFile_);
576 <
755 >    writeFrame(*dumpFile_);
756    }
757  
758    void DumpWriter::writeEor() {
759 <    std::ofstream eorStream;
759 >    std::ostream* eorStream;
760      
761   #ifdef IS_MPI
762      if (worldRank == 0) {
763   #endif // is_mpi
764  
765 <      eorStream.open(eorFilename_.c_str());
587 <      if (!eorStream.is_open()) {
588 <        sprintf(painCave.errMsg, "DumpWriter : Could not open \"%s\" for writing.\n",
589 <                eorFilename_.c_str());
590 <        painCave.isFatal = 1;
591 <        simError();
592 <      }
765 >      eorStream = createOStream(eorFilename_);
766  
767   #ifdef IS_MPI
768      }
769   #endif // is_mpi    
770  
771 <    writeFrame(eorStream);
771 >    writeFrame(*eorStream);
772 >
773 > #ifdef IS_MPI
774 >    if (worldRank == 0) {
775 > #endif // is_mpi
776 >    delete eorStream;
777 >
778 > #ifdef IS_MPI
779 >    }
780 > #endif // is_mpi  
781 >
782    }
783  
784  
785    void DumpWriter::writeDumpAndEor() {
603 –    std::ofstream eorStream;
786      std::vector<std::streambuf*> buffers;
787 +    std::ostream* eorStream;
788   #ifdef IS_MPI
789      if (worldRank == 0) {
790   #endif // is_mpi
791  
792 <      buffers.push_back(dumpFile_.rdbuf());
792 >      buffers.push_back(dumpFile_->rdbuf());
793  
794 <      eorStream.open(eorFilename_.c_str());
612 <      if (!eorStream.is_open()) {
613 <        sprintf(painCave.errMsg, "DumpWriter : Could not open \"%s\" for writing.\n",
614 <                eorFilename_.c_str());
615 <        painCave.isFatal = 1;
616 <        simError();
617 <      }
794 >      eorStream = createOStream(eorFilename_);
795  
796 <      buffers.push_back(eorStream.rdbuf());
796 >      buffers.push_back(eorStream->rdbuf());
797          
798   #ifdef IS_MPI
799      }
# Line 626 | Line 803 | namespace oopse {
803      std::ostream os(&tbuf);
804  
805      writeFrame(os);
806 +
807 + #ifdef IS_MPI
808 +    if (worldRank == 0) {
809 + #endif // is_mpi
810 +    delete eorStream;
811 +
812 + #ifdef IS_MPI
813 +    }
814 + #endif // is_mpi  
815      
816    }
817  
818 + std::ostream* DumpWriter::createOStream(const std::string& filename) {
819  
820 +    std::ostream* newOStream;
821 + #ifdef HAVE_LIBZ
822 +    if (needCompression_) {
823 +        newOStream = new ogzstream(filename.c_str());
824 +    } else {
825 +        newOStream = new std::ofstream(filename.c_str());
826 +    }
827 + #else
828 +    newOStream = new std::ofstream(filename.c_str());
829 + #endif
830 +    return newOStream;
831 + }
832  
833   }//end namespace oopse

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines