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root/OpenMD/trunk/src/io/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/io/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 376 by tim, Thu Feb 24 20:55:07 2005 UTC vs.
Revision 507 by gezelter, Fri Apr 15 22:04:00 2005 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < /*
1 > /*
2   * Copyright (c) 2005 The University of Notre Dame. All Rights Reserved.
3   *
4   * The University of Notre Dame grants you ("Licensee") a
# Line 49 | Line 49 | namespace oopse {
49  
50   namespace oopse {
51  
52 < DumpWriter::DumpWriter(SimInfo* info)
53 <                   : info_(info), filename_(info->getDumpFileName()), eorFilename_(info->getFinalConfigFileName()){
52 >  DumpWriter::DumpWriter(SimInfo* info)
53 >    : info_(info), filename_(info->getDumpFileName()), eorFilename_(info->getFinalConfigFileName()){
54   #ifdef IS_MPI
55  
56 <    if (worldRank == 0) {
56 >      if (worldRank == 0) {
57   #endif // is_mpi
58  
59          dumpFile_.open(filename_.c_str(), std::ios::out | std::ios::trunc);
60  
61          if (!dumpFile_) {
62 <            sprintf(painCave.errMsg, "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
63 <                    filename_.c_str());
64 <            painCave.isFatal = 1;
65 <            simError();
62 >          sprintf(painCave.errMsg, "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
63 >                  filename_.c_str());
64 >          painCave.isFatal = 1;
65 >          simError();
66          }
67  
68   #ifdef IS_MPI
69  
70 <    }
70 >      }
71  
72 <    sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
73 <    MPIcheckPoint();
72 >      sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
73 >      MPIcheckPoint();
74  
75   #endif // is_mpi
76  
77 < }
77 >    }
78  
79  
80 < DumpWriter::DumpWriter(SimInfo* info, const std::string& filename)
81 <                   : info_(info), filename_(filename){
80 >  DumpWriter::DumpWriter(SimInfo* info, const std::string& filename)
81 >    : info_(info), filename_(filename){
82   #ifdef IS_MPI
83  
84 <    if (worldRank == 0) {
84 >      if (worldRank == 0) {
85   #endif // is_mpi
86  
87          eorFilename_ = filename_.substr(0, filename_.rfind(".")) + ".eor";
88          dumpFile_.open(filename_.c_str(), std::ios::out | std::ios::trunc);
89  
90          if (!dumpFile_) {
91 <            sprintf(painCave.errMsg, "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
92 <                    filename_.c_str());
93 <            painCave.isFatal = 1;
94 <            simError();
91 >          sprintf(painCave.errMsg, "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
92 >                  filename_.c_str());
93 >          painCave.isFatal = 1;
94 >          simError();
95          }
96  
97   #ifdef IS_MPI
98  
99 <    }
99 >      }
100  
101 <    sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
102 <    MPIcheckPoint();
101 >      sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
102 >      MPIcheckPoint();
103  
104   #endif // is_mpi
105  
106 < }
106 >    }
107  
108 < DumpWriter::~DumpWriter() {
108 >  DumpWriter::~DumpWriter() {
109  
110   #ifdef IS_MPI
111  
112      if (worldRank == 0) {
113   #endif // is_mpi
114  
115 <        dumpFile_.close();
115 >      dumpFile_.close();
116  
117   #ifdef IS_MPI
118  
# Line 120 | Line 120 | DumpWriter::~DumpWriter() {
120  
121   #endif // is_mpi
122  
123 < }
123 >  }
124  
125 < void DumpWriter::writeCommentLine(std::ostream& os, Snapshot* s) {
125 >  void DumpWriter::writeCommentLine(std::ostream& os, Snapshot* s) {
126  
127      double currentTime;
128      Mat3x3d hmat;
# Line 137 | Line 137 | void DumpWriter::writeCommentLine(std::ostream& os, Sn
137      eta = s->getEta();
138      
139      os << currentTime << ";\t"
140 <         << hmat(0, 0) << "\t" << hmat(1, 0) << "\t" << hmat(2, 0) << ";\t"
141 <         << hmat(0, 1) << "\t" << hmat(1, 1) << "\t" << hmat(2, 1) << ";\t"
142 <         << hmat(0, 2) << "\t" << hmat(1, 2) << "\t" << hmat(2, 2) << ";\t";
140 >       << hmat(0, 0) << "\t" << hmat(1, 0) << "\t" << hmat(2, 0) << ";\t"
141 >       << hmat(0, 1) << "\t" << hmat(1, 1) << "\t" << hmat(2, 1) << ";\t"
142 >       << hmat(0, 2) << "\t" << hmat(1, 2) << "\t" << hmat(2, 2) << ";\t";
143  
144      //write out additional parameters, such as chi and eta
145  
146      os << chi << "\t" << integralOfChiDt << "\t;";
147  
148      os << eta(0, 0) << "\t" << eta(1, 0) << "\t" << eta(2, 0) << ";\t"
149 <         << eta(0, 1) << "\t" << eta(1, 1) << "\t" << eta(2, 1) << ";\t"
150 <         << eta(0, 2) << "\t" << eta(1, 2) << "\t" << eta(2, 2) << ";";
149 >       << eta(0, 1) << "\t" << eta(1, 1) << "\t" << eta(2, 1) << ";\t"
150 >       << eta(0, 2) << "\t" << eta(1, 2) << "\t" << eta(2, 2) << ";";
151          
152      os << "\n";
153 < }
153 >  }
154  
155 < void DumpWriter::writeFrame(std::ostream& os) {
155 >  void DumpWriter::writeFrame(std::ostream& os) {
156      const int BUFFERSIZE = 2000;
157      const int MINIBUFFERSIZE = 100;
158  
# Line 181 | Line 181 | void DumpWriter::writeFrame(std::ostream& os) {
181  
182      for (mol = info_->beginMolecule(mi); mol != NULL; mol = info_->nextMolecule(mi)) {
183  
184 <        for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
185 <            integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {
184 >      for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
185 >           integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {
186                  
187  
188 <            pos = integrableObject->getPos();
189 <            vel = integrableObject->getVel();
188 >        pos = integrableObject->getPos();
189 >        vel = integrableObject->getVel();
190  
191 <            sprintf(tempBuffer, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
192 <                    integrableObject->getType().c_str(),
193 <                    pos[0], pos[1], pos[2],
194 <                    vel[0], vel[1], vel[2]);
191 >        sprintf(tempBuffer, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
192 >                integrableObject->getType().c_str(),
193 >                pos[0], pos[1], pos[2],
194 >                vel[0], vel[1], vel[2]);
195  
196 <            strcpy(writeLine, tempBuffer);
196 >        strcpy(writeLine, tempBuffer);
197  
198 <            if (integrableObject->isDirectional()) {
199 <                q = integrableObject->getQ();
200 <                ji = integrableObject->getJ();
198 >        if (integrableObject->isDirectional()) {
199 >          q = integrableObject->getQ();
200 >          ji = integrableObject->getJ();
201  
202 <                sprintf(tempBuffer, "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
203 <                        q[0], q[1], q[2], q[3],
204 <                        ji[0], ji[1], ji[2]);
205 <                strcat(writeLine, tempBuffer);
206 <            } else {
207 <                strcat(writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
208 <            }
202 >          sprintf(tempBuffer, "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
203 >                  q[0], q[1], q[2], q[3],
204 >                  ji[0], ji[1], ji[2]);
205 >          strcat(writeLine, tempBuffer);
206 >        } else {
207 >          strcat(writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
208 >        }
209  
210 <            os << writeLine;
210 >        os << writeLine;
211  
212 <        }
212 >      }
213      }
214  
215      os.flush();
# Line 258 | Line 258 | void DumpWriter::writeFrame(std::ostream& os) {
258      int which_node;
259      double atomData[13];
260      int isDirectional;
261 –    const char * atomTypeString;
261      char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
262      int msgLen; // the length of message actually recieved at master nodes
263      int haveError;
# Line 272 | Line 271 | void DumpWriter::writeFrame(std::ostream& os) {
271      MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
272  
273      if (flag) {
274 <        MAXTAG = *tagub;
274 >      MAXTAG = *tagub;
275      } else {
276 <        MAXTAG = 32767;
276 >      MAXTAG = 32767;
277      }
278  
279      if (worldRank == masterNode) { //master node (node 0) is responsible for writing the dump file
280  
281 <        // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
281 >      // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
282  
283 <        MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &nProc);
284 <        potatoes = new int[nProc];
283 >      MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &nProc);
284 >      potatoes = new int[nProc];
285  
286 <        //write out the comment lines
287 <        for(int i = 0; i < nProc; i++) {
288 <            potatoes[i] = 0;
289 <        }
286 >      //write out the comment lines
287 >      for(int i = 0; i < nProc; i++) {
288 >        potatoes[i] = 0;
289 >      }
290  
291  
292 <        os << nTotObjects << "\n";
293 <        writeCommentLine(os, info_->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot());
292 >      os << nTotObjects << "\n";
293 >      writeCommentLine(os, info_->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot());
294  
295 <        for(int i = 0; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
295 >      for(int i = 0; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
296  
297 <            // Get the Node number which has this atom;
297 >        // Get the Node number which has this atom;
298  
299 <            which_node = info_->getMolToProc(i);
299 >        which_node = info_->getMolToProc(i);
300  
301 <            if (which_node != masterNode) { //current molecule is in slave node
302 <                if (potatoes[which_node] + 1 >= MAXTAG) {
303 <                    // The potato was going to exceed the maximum value,
304 <                    // so wrap this processor potato back to 0:        
301 >        if (which_node != masterNode) { //current molecule is in slave node
302 >          if (potatoes[which_node] + 1 >= MAXTAG) {
303 >            // The potato was going to exceed the maximum value,
304 >            // so wrap this processor potato back to 0:        
305  
306 <                    potatoes[which_node] = 0;
307 <                    MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0,
308 <                             MPI_COMM_WORLD);
309 <                }
306 >            potatoes[which_node] = 0;
307 >            MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0,
308 >                     MPI_COMM_WORLD);
309 >          }
310  
311 <                myPotato = potatoes[which_node];
311 >          myPotato = potatoes[which_node];
312  
313 <                //recieve the number of integrableObject in current molecule
314 <                MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node, myPotato,
315 <                         MPI_COMM_WORLD, &istatus);
316 <                myPotato++;
313 >          //recieve the number of integrableObject in current molecule
314 >          MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node, myPotato,
315 >                   MPI_COMM_WORLD, &istatus);
316 >          myPotato++;
317  
318 <                for(int l = 0; l < nCurObj; l++) {
319 <                    if (potatoes[which_node] + 2 >= MAXTAG) {
320 <                        // The potato was going to exceed the maximum value,
321 <                        // so wrap this processor potato back to 0:        
318 >          for(int l = 0; l < nCurObj; l++) {
319 >            if (potatoes[which_node] + 2 >= MAXTAG) {
320 >              // The potato was going to exceed the maximum value,
321 >              // so wrap this processor potato back to 0:        
322  
323 <                        potatoes[which_node] = 0;
324 <                        MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node,
325 <                                 0, MPI_COMM_WORLD);
326 <                    }
323 >              potatoes[which_node] = 0;
324 >              MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node,
325 >                       0, MPI_COMM_WORLD);
326 >            }
327  
328 <                    MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR,
329 <                             which_node, myPotato, MPI_COMM_WORLD,
330 <                             &istatus);
328 >            MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR,
329 >                     which_node, myPotato, MPI_COMM_WORLD,
330 >                     &istatus);
331  
332 <                    atomTypeString = MPIatomTypeString;
334 <
335 <                    myPotato++;
332 >            myPotato++;
333  
334 <                    MPI_Recv(atomData, 13, MPI_DOUBLE, which_node, myPotato,
335 <                             MPI_COMM_WORLD, &istatus);
336 <                    myPotato++;
334 >            MPI_Recv(atomData, 13, MPI_DOUBLE, which_node, myPotato,
335 >                     MPI_COMM_WORLD, &istatus);
336 >            myPotato++;
337  
338 <                    MPI_Get_count(&istatus, MPI_DOUBLE, &msgLen);
338 >            MPI_Get_count(&istatus, MPI_DOUBLE, &msgLen);
339  
340 <                    if (msgLen == 13)
341 <                        isDirectional = 1;
342 <                    else
343 <                        isDirectional = 0;
340 >            if (msgLen == 13)
341 >              isDirectional = 1;
342 >            else
343 >              isDirectional = 0;
344  
345 <                    // If we've survived to here, format the line:
345 >            // If we've survived to here, format the line:
346  
347 <                    if (!isDirectional) {
348 <                        sprintf(writeLine, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
349 <                                atomTypeString, atomData[0],
350 <                                atomData[1], atomData[2],
351 <                                atomData[3], atomData[4],
352 <                                atomData[5]);
347 >            if (!isDirectional) {
348 >              sprintf(writeLine, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
349 >                      MPIatomTypeString, atomData[0],
350 >                      atomData[1], atomData[2],
351 >                      atomData[3], atomData[4],
352 >                      atomData[5]);
353  
354 <                        strcat(writeLine,
355 <                               "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
356 <                    } else {
357 <                        sprintf(writeLine,
358 <                                "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
359 <                                atomTypeString,
360 <                                atomData[0],
361 <                                atomData[1],
362 <                                atomData[2],
363 <                                atomData[3],
364 <                                atomData[4],
365 <                                atomData[5],
366 <                                atomData[6],
367 <                                atomData[7],
368 <                                atomData[8],
369 <                                atomData[9],
370 <                                atomData[10],
371 <                                atomData[11],
372 <                                atomData[12]);
373 <                    }
354 >              strcat(writeLine,
355 >                     "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
356 >            } else {
357 >              sprintf(writeLine,
358 >                      "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
359 >                      MPIatomTypeString,
360 >                      atomData[0],
361 >                      atomData[1],
362 >                      atomData[2],
363 >                      atomData[3],
364 >                      atomData[4],
365 >                      atomData[5],
366 >                      atomData[6],
367 >                      atomData[7],
368 >                      atomData[8],
369 >                      atomData[9],
370 >                      atomData[10],
371 >                      atomData[11],
372 >                      atomData[12]);
373 >            }
374  
375 <                    os << writeLine;
375 >            os << writeLine;
376  
377 <                } // end for(int l =0)
377 >          } // end for(int l =0)
378  
379 <                potatoes[which_node] = myPotato;
380 <            } else { //master node has current molecule
379 >          potatoes[which_node] = myPotato;
380 >        } else { //master node has current molecule
381  
382 <                mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
382 >          mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
383  
384 <                if (mol == NULL) {
385 <                    sprintf(painCave.errMsg, "Molecule not found on node %d!", worldRank);
386 <                    painCave.isFatal = 1;
387 <                    simError();
388 <                }
384 >          if (mol == NULL) {
385 >            sprintf(painCave.errMsg, "Molecule not found on node %d!", worldRank);
386 >            painCave.isFatal = 1;
387 >            simError();
388 >          }
389                  
390 <                for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
391 <                    integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {
395 <                        
396 <                    atomTypeString = integrableObject->getType().c_str();
390 >          for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
391 >               integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {      
392  
393 <                    pos = integrableObject->getPos();
394 <                    vel = integrableObject->getVel();
393 >            pos = integrableObject->getPos();
394 >            vel = integrableObject->getVel();
395  
396 <                    atomData[0] = pos[0];
397 <                    atomData[1] = pos[1];
398 <                    atomData[2] = pos[2];
396 >            atomData[0] = pos[0];
397 >            atomData[1] = pos[1];
398 >            atomData[2] = pos[2];
399  
400 <                    atomData[3] = vel[0];
401 <                    atomData[4] = vel[1];
402 <                    atomData[5] = vel[2];
400 >            atomData[3] = vel[0];
401 >            atomData[4] = vel[1];
402 >            atomData[5] = vel[2];
403  
404 <                    isDirectional = 0;
404 >            isDirectional = 0;
405  
406 <                    if (integrableObject->isDirectional()) {
407 <                        isDirectional = 1;
406 >            if (integrableObject->isDirectional()) {
407 >              isDirectional = 1;
408  
409 <                        q = integrableObject->getQ();
410 <                        ji = integrableObject->getJ();
409 >              q = integrableObject->getQ();
410 >              ji = integrableObject->getJ();
411  
412 <                        for(int j = 0; j < 6; j++) {
413 <                            atomData[j] = atomData[j];
414 <                        }
412 >              for(int j = 0; j < 6; j++) {
413 >                atomData[j] = atomData[j];
414 >              }
415  
416 <                        atomData[6] = q[0];
417 <                        atomData[7] = q[1];
418 <                        atomData[8] = q[2];
419 <                        atomData[9] = q[3];
416 >              atomData[6] = q[0];
417 >              atomData[7] = q[1];
418 >              atomData[8] = q[2];
419 >              atomData[9] = q[3];
420  
421 <                        atomData[10] = ji[0];
422 <                        atomData[11] = ji[1];
423 <                        atomData[12] = ji[2];
424 <                    }
421 >              atomData[10] = ji[0];
422 >              atomData[11] = ji[1];
423 >              atomData[12] = ji[2];
424 >            }
425  
426 <                    // If we've survived to here, format the line:
426 >            // If we've survived to here, format the line:
427  
428 <                    if (!isDirectional) {
429 <                        sprintf(writeLine, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
430 <                                atomTypeString, atomData[0],
431 <                                atomData[1], atomData[2],
432 <                                atomData[3], atomData[4],
433 <                                atomData[5]);
428 >            if (!isDirectional) {
429 >              sprintf(writeLine, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
430 >                      integrableObject->getType().c_str(), atomData[0],
431 >                      atomData[1], atomData[2],
432 >                      atomData[3], atomData[4],
433 >                      atomData[5]);
434  
435 <                        strcat(writeLine,
436 <                               "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
437 <                    } else {
438 <                        sprintf(writeLine,
439 <                                "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
440 <                                atomTypeString,
441 <                                atomData[0],
442 <                                atomData[1],
443 <                                atomData[2],
444 <                                atomData[3],
445 <                                atomData[4],
446 <                                atomData[5],
447 <                                atomData[6],
448 <                                atomData[7],
449 <                                atomData[8],
450 <                                atomData[9],
451 <                                atomData[10],
452 <                                atomData[11],
453 <                                atomData[12]);
454 <                    }
435 >              strcat(writeLine,
436 >                     "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
437 >            } else {
438 >              sprintf(writeLine,
439 >                      "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
440 >                      integrableObject->getType().c_str(),
441 >                      atomData[0],
442 >                      atomData[1],
443 >                      atomData[2],
444 >                      atomData[3],
445 >                      atomData[4],
446 >                      atomData[5],
447 >                      atomData[6],
448 >                      atomData[7],
449 >                      atomData[8],
450 >                      atomData[9],
451 >                      atomData[10],
452 >                      atomData[11],
453 >                      atomData[12]);
454 >            }
455  
456  
457 <                    os << writeLine;
457 >            os << writeLine;
458  
459 <                } //end for(iter = integrableObject.begin())
460 <            }
461 <        } //end for(i = 0; i < mpiSim->getNmol())
459 >          } //end for(iter = integrableObject.begin())
460 >        }
461 >      } //end for(i = 0; i < mpiSim->getNmol())
462  
463 <        os.flush();
463 >      os.flush();
464          
465 <        sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully took a dump.\n");
466 <        MPIcheckPoint();
465 >      sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully took a dump.\n");
466 >      MPIcheckPoint();
467  
468 <        delete [] potatoes;
468 >      delete [] potatoes;
469      } else {
470  
471 <        // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
471 >      // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
472  
473 <        // Set my magic potato to 0:
473 >      // Set my magic potato to 0:
474  
475 <        myPotato = 0;
475 >      myPotato = 0;
476  
477 <        for(int i = 0; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
477 >      for(int i = 0; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
478  
479 <            // Am I the node which has this integrableObject?
480 <            int whichNode = info_->getMolToProc(i);
481 <            if (whichNode == worldRank) {
482 <                if (myPotato + 1 >= MAXTAG) {
479 >        // Am I the node which has this integrableObject?
480 >        int whichNode = info_->getMolToProc(i);
481 >        if (whichNode == worldRank) {
482 >          if (myPotato + 1 >= MAXTAG) {
483  
484 <                    // The potato was going to exceed the maximum value,
485 <                    // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
486 <                    // node 0 says we can go:
484 >            // The potato was going to exceed the maximum value,
485 >            // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
486 >            // node 0 says we can go:
487  
488 <                    MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD,
489 <                             &istatus);
490 <                }
488 >            MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD,
489 >                     &istatus);
490 >          }
491  
492 <                mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
492 >          mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
493  
494                  
495 <                nCurObj = mol->getNIntegrableObjects();
495 >          nCurObj = mol->getNIntegrableObjects();
496  
497 <                MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0, myPotato, MPI_COMM_WORLD);
498 <                myPotato++;
497 >          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0, myPotato, MPI_COMM_WORLD);
498 >          myPotato++;
499  
500 <                for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
501 <                    integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {
500 >          for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
501 >               integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {
502  
503 <                    if (myPotato + 2 >= MAXTAG) {
503 >            if (myPotato + 2 >= MAXTAG) {
504  
505 <                        // The potato was going to exceed the maximum value,
506 <                        // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
507 <                        // node 0 says we can go:
505 >              // The potato was going to exceed the maximum value,
506 >              // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
507 >              // node 0 says we can go:
508  
509 <                        MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD,
510 <                                 &istatus);
511 <                    }
509 >              MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD,
510 >                       &istatus);
511 >            }
512  
513 <                    atomTypeString = integrableObject->getType().c_str();
513 >            pos = integrableObject->getPos();
514 >            vel = integrableObject->getVel();
515  
516 <                    pos = integrableObject->getPos();
517 <                    vel = integrableObject->getVel();
516 >            atomData[0] = pos[0];
517 >            atomData[1] = pos[1];
518 >            atomData[2] = pos[2];
519  
520 <                    atomData[0] = pos[0];
521 <                    atomData[1] = pos[1];
522 <                    atomData[2] = pos[2];
520 >            atomData[3] = vel[0];
521 >            atomData[4] = vel[1];
522 >            atomData[5] = vel[2];
523  
524 <                    atomData[3] = vel[0];
528 <                    atomData[4] = vel[1];
529 <                    atomData[5] = vel[2];
524 >            isDirectional = 0;
525  
526 <                    isDirectional = 0;
526 >            if (integrableObject->isDirectional()) {
527 >              isDirectional = 1;
528  
529 <                    if (integrableObject->isDirectional()) {
530 <                        isDirectional = 1;
529 >              q = integrableObject->getQ();
530 >              ji = integrableObject->getJ();
531  
532 <                        q = integrableObject->getQ();
533 <                        ji = integrableObject->getJ();
532 >              atomData[6] = q[0];
533 >              atomData[7] = q[1];
534 >              atomData[8] = q[2];
535 >              atomData[9] = q[3];
536  
537 <                        atomData[6] = q[0];
538 <                        atomData[7] = q[1];
539 <                        atomData[8] = q[2];
540 <                        atomData[9] = q[3];
537 >              atomData[10] = ji[0];
538 >              atomData[11] = ji[1];
539 >              atomData[12] = ji[2];
540 >            }
541  
542 <                        atomData[10] = ji[0];
545 <                        atomData[11] = ji[1];
546 <                        atomData[12] = ji[2];
547 <                    }
542 >            strncpy(MPIatomTypeString, integrableObject->getType().c_str(), MINIBUFFERSIZE);
543  
544 <                    strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
544 >            // null terminate the  std::string before sending (just in case):
545 >            MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE - 1] = '\0';
546  
547 <                    // null terminate the  std::string before sending (just in case):
548 <                    MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE - 1] = '\0';
547 >            MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
548 >                     myPotato, MPI_COMM_WORLD);
549  
550 <                    MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
555 <                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
550 >            myPotato++;
551  
552 <                    myPotato++;
552 >            if (isDirectional) {
553 >              MPI_Send(atomData, 13, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
554 >                       MPI_COMM_WORLD);
555 >            } else {
556 >              MPI_Send(atomData, 6, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
557 >                       MPI_COMM_WORLD);
558 >            }
559  
560 <                    if (isDirectional) {
561 <                        MPI_Send(atomData, 13, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
561 <                                 MPI_COMM_WORLD);
562 <                    } else {
563 <                        MPI_Send(atomData, 6, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
564 <                                 MPI_COMM_WORLD);
565 <                    }
566 <
567 <                    myPotato++;
568 <                }
560 >            myPotato++;
561 >          }
562                      
563 <            }
563 >        }
564              
565 <        }
566 <        sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully took a dump.\n");
567 <        MPIcheckPoint();
565 >      }
566 >      sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully took a dump.\n");
567 >      MPIcheckPoint();
568      }
569  
570   #endif // is_mpi
571  
572 < }
572 >  }
573  
574 < void DumpWriter::writeDump() {
574 >  void DumpWriter::writeDump() {
575      writeFrame(dumpFile_);
576  
577 < }
577 >  }
578  
579 < void DumpWriter::writeEor() {
579 >  void DumpWriter::writeEor() {
580      std::ofstream eorStream;
581      
582   #ifdef IS_MPI
583      if (worldRank == 0) {
584   #endif // is_mpi
585  
586 <        eorStream.open(eorFilename_.c_str());
587 <        if (!eorStream.is_open()) {
588 <            sprintf(painCave.errMsg, "DumpWriter : Could not open \"%s\" for writing.\n",
589 <                    eorFilename_.c_str());
590 <            painCave.isFatal = 1;
591 <            simError();
592 <        }
586 >      eorStream.open(eorFilename_.c_str());
587 >      if (!eorStream.is_open()) {
588 >        sprintf(painCave.errMsg, "DumpWriter : Could not open \"%s\" for writing.\n",
589 >                eorFilename_.c_str());
590 >        painCave.isFatal = 1;
591 >        simError();
592 >      }
593  
594   #ifdef IS_MPI
595      }
596   #endif // is_mpi    
597  
598      writeFrame(eorStream);
599 < }
599 >  }
600  
601  
602 < void DumpWriter::writeDumpAndEor() {
602 >  void DumpWriter::writeDumpAndEor() {
603      std::ofstream eorStream;
604      std::vector<std::streambuf*> buffers;
605   #ifdef IS_MPI
606      if (worldRank == 0) {
607   #endif // is_mpi
608  
609 <        buffers.push_back(dumpFile_.rdbuf());
609 >      buffers.push_back(dumpFile_.rdbuf());
610  
611 <        eorStream.open(eorFilename_.c_str());
612 <        if (!eorStream.is_open()) {
613 <            sprintf(painCave.errMsg, "DumpWriter : Could not open \"%s\" for writing.\n",
614 <                    eorFilename_.c_str());
615 <            painCave.isFatal = 1;
616 <            simError();
617 <        }
611 >      eorStream.open(eorFilename_.c_str());
612 >      if (!eorStream.is_open()) {
613 >        sprintf(painCave.errMsg, "DumpWriter : Could not open \"%s\" for writing.\n",
614 >                eorFilename_.c_str());
615 >        painCave.isFatal = 1;
616 >        simError();
617 >      }
618  
619 <        buffers.push_back(eorStream.rdbuf());
619 >      buffers.push_back(eorStream.rdbuf());
620          
621   #ifdef IS_MPI
622      }
# Line 634 | Line 627 | void DumpWriter::writeDumpAndEor() {
627  
628      writeFrame(os);
629      
630 < }
630 >  }
631  
632  
633  

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