ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/OpenMD/trunk/src/io/RestReader.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/io/RestReader.cpp (file contents):
Revision 417 by chrisfen, Thu Mar 10 15:10:24 2005 UTC vs.
Revision 423 by chrisfen, Thu Mar 10 19:11:02 2005 UTC

# Line 60 | Line 60
60  
61   #ifdef IS_MPI
62   #include <mpi.h>
63 – #include "brains/mpiSimulation.hpp"
63   #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 0
64   #define TAKE_THIS_TAG_INT 1
65   #define TAKE_THIS_TAG_DOUBLE 2
# Line 220 | Line 219 | namespace oopse {
219      int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
220      
221      MPI_Status istatus;
223 –    int localIndex;
222      int nCurObj;
223      int nitems;
224 <    
225 <    nTotObjs = info_->getTotIntegrableObjects();
224 >    int haveError;
225 >
226 >    nTotObjs = info_->getNGlobalIntegrableObjects();
227      haveError = 0;
228      
229      if (worldRank == masterNode) {
# Line 266 | Line 265 | namespace oopse {
265          if(which_node == masterNode){
266            //molecules belong to master node
267            
268 <          localIndex = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
268 >          mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
269            
270 <          if(localIndex == NULL) {
271 <            strcpy(painCave.errMsg,
272 <                   "RestReader Error: Molecule not found on node %d!",
270 >          if(mol == NULL) {
271 >            sprintf(painCave.errMsg,
272 >                   "RestReader Error: Molecule not found on node %d!\n",
273                     worldRank);
274              painCave.isFatal = 1;
275              simError();
# Line 313 | Line 312 | namespace oopse {
312                simError();
313              }
314              
315 <            if(haveError) nodeZeroError();
317 <            
318 <            MPI_Send(read_buffer, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
315 >            MPI_Send(read_buffer, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
316                       TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
317            }
318          }
# Line 328 | Line 325 | namespace oopse {
325          if(which_node == worldRank){
326            //molecule with global index i belongs to this processor
327            
328 <          localIndex = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
328 >          mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
329            
330 <          if(localIndex == NULL) {
330 >          if(mol == NULL) {
331              sprintf(painCave.errMsg,
332                      "RestReader Error: molecule not found on node %d\n",
333                      worldRank);
# Line 338 | Line 335 | namespace oopse {
335              simError();
336            }
337            
338 <          nCurObj = localIndex->getNIntegrableObjects();
338 >          nCurObj = mol->getNIntegrableObjects();
339            
340            MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, masterNode,
341                     TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
# Line 594 | Line 591 | namespace oopse {
591      
592      // first thing first, suspend fatalities.
593      painCave.isEventLoop = 1;
594 <    
594 >
595 >    int masterNode = 0;
596      int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
597 <    int haveError, index;
598 <    
599 <    int *MolToProcMap = mpiSim->getMolToProcMap();
602 <    int localIndex;
597 >    int haveError;
598 >    int index;    
599 >
600      int nCurObj;
601      double angleTranfer;
602      
603 <    nTotObjs = info_->getTotIntegrableObjects();
603 >    nTotObjs = info_->getNGlobalIntegrableObjects();
604      haveError = 0;
605 <    if (worldRank == 0) {
605 >
606 >    if (worldRank == masterNode) {
607        
608        eof_test = fgets(read_buffer, sizeof(read_buffer), inAngFile);
609        if( eof_test == NULL ){
# Line 636 | Line 634 | namespace oopse {
634          simError();
635        }
636        
637 <    }
638 <    // At this point, node 0 has a tempZangs vector completed, and
639 <    // everyone else has nada
642 <    index = 0;
643 <    
644 <    for (i=0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++) {
645 <      // Get the Node number which has this atom
646 <      which_node = MolToProcMap[i];
637 >      // At this point, node 0 has a tempZangs vector completed, and
638 >      // everyone else has nada
639 >      index = 0;
640        
641 <      if (worldRank == 0) {
642 <        if (which_node == 0) {
643 <          localIndex = mpiSim->getGlobalToLocalMol(i);
644 <          
645 <          if(localIndex == -1) {
646 <            strcpy(painCave.errMsg, "Molecule not found on node 0!");
647 <            haveError = 1;
641 >      for (i=0 ; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
642 >        // Get the Node number which has this atom
643 >        which_node = info_->getMolToProc(i);
644 >        
645 >        if (worldRank == masterNode) {
646 >          mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
647 >          
648 >          if(mol == NULL) {
649 >            strcpy(painCave.errMsg, "Molecule not found on node 0!");
650 >            haveError = 1;
651 >            simError();
652 >          }
653 >          
654 >          for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii);
655 >               integrableObject != NULL;
656 >               integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)){
657 >            
658 >            integrableObject->setZangle(tempZangs[index]);
659 >            index++;
660 >          }    
661 >          
662 >        } else {
663 >          // I am MASTER OF THE UNIVERSE, but I don't own this molecule
664 >          
665 >          MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node,
666 >                   TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
667 >          
668 >          for(j=0; j < nCurObj; j++){            
669 >            angleTransfer = tempZangs[index];
670 >            MPI_Send(&angleTransfer, 1, MPI_DOUBLE, which_node,
671 >                     TAKE_THIS_TAG_DOUBLE, MPI_COMM_WORLD);              
672 >            index++;
673 >          }
674 >          
675 >        }
676 >      }
677 >    } else {
678 >      // I am SLAVE TO THE MASTER
679 >      for (i=0 ; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
680 >        int which_node = info_->getMolToProc(i);
681 >
682 >        if (which_node == worldRank) {
683 >          
684 >          // BUT I OWN THIS MOLECULE!!!
685 >          
686 >          mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
687 >
688 >          if(mol == NULL) {
689 >            sprintf(painCave.errMsg,
690 >                    "RestReader Error: molecule not found on node %d\n",
691 >                    worldRank);
692 >            painCave.isFatal = 1;
693              simError();
694            }
695 <          
696 <          vecParticles = (info_->molecules[localIndex]).getIntegrableObjects();
697 <          for(j = 0; j < vecParticles.size(); j++){      
698 <            vecParticles[j]->setZangle(tempZangs[index]);
699 <            index++;
700 <          }    
701 <          
702 <        } else {
703 <          // I am MASTER OF THE UNIVERSE, but I don't own this molecule
704 <          
705 <          MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node,
706 <                   TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
707 <          
708 <          for(j=0; j < nCurObj; j++){            
709 <            angleTransfer = tempZangs[index];
710 <            MPI_Send(&angleTransfer, 1, MPI_DOUBLE, which_node,
673 <                     TAKE_THIS_TAG_DOUBLE, MPI_COMM_WORLD);              
674 <            index++;
675 <          }
676 <          
677 <        }
678 <        
679 <      } else {
680 <        // I am SLAVE TO THE MASTER
681 <        
682 <        if (which_node == worldRank) {
683 <          
684 <          // BUT I OWN THIS MOLECULE!!!
685 <          
686 <          localIndex = mpiSim->getGlobalToLocalMol(i);
687 <          vecParticles = (info_->molecules[localIndex]).getIntegrableObjects();
688 <          nCurObj = vecParticles.size();
689 <          
690 <          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0,
691 <                   TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
692 <          
693 <          for(j = 0; j < vecParticles.size(); j++){
694 <            
695 <            MPI_Recv(&angleTransfer, 1, MPI_DOUBLE, 0,
696 <                     TAKE_THIS_TAG_DOUBLE, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
697 <            vecParticles[j]->setZangle(angleTransfer);
698 <          }    
699 <        }
695 >
696 >          nCurObj = mol->getNIntegrableObjects();
697 >        
698 >          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0,
699 >                   TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
700 >          
701 >          for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii);
702 >               integrableObject != NULL;
703 >               integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)){
704 >            
705 >            MPI_Recv(&angleTransfer, 1, MPI_DOUBLE, 0,
706 >                     TAKE_THIS_TAG_DOUBLE, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
707 >
708 >            integrableObject->setZangle(angleTransfer);
709 >          }    
710 >        }
711        }
712 <    }
712 >    }
713   #endif
714    }
715    
# Line 732 | Line 743 | namespace oopse {
743      // first thing first, suspend fatalities.
744      painCave.isEventLoop = 1;
745      
746 +    int masterNode = 0;
747      int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
748 <    int haveError, index;
748 >    int haveError;
749      int which_node;
750      
751      MPI_Status istatus;
752 <    int *MolToProcMap = mpiSim->getMolToProcMap();
741 <    int localIndex;
752 >    
753      int nCurObj;
754      double angleTranfer;
755      
756 <    nTotObjs = info_->getTotIntegrableObjects();
756 >    nTotObjs = info_->getNGlobalIntegrableObjects();
757      haveError = 0;
758 <    
759 <    for (i=0 ; i < mpiSim->getNMolGlobal(); i++) {
760 <      // Get the Node number which has this atom
761 <      which_node = MolToProcMap[i];
762 <      
763 <      // let's let node 0 pass out constant values to all the processors
764 <      if (worldRank == 0) {
765 <        if (which_node == 0) {
766 <          localIndex = mpiSim->getGlobalToLocalMol(i);
767 <          
768 <          if(localIndex == -1) {
769 <            strcpy(painCave.errMsg, "Molecule not found on node 0!");
770 <            haveError = 1;
771 <            simError();
772 <          }
773 <          
774 <          vecParticles = (info_->molecules[localIndex]).getIntegrableObjects();
775 <          for(j = 0; j < vecParticles.size(); j++){      
776 <            vecParticles[j]->setZangle( 0.0 );
777 <          }    
778 <          
779 <        } else {
780 <          // I am MASTER OF THE UNIVERSE, but I don't own this molecule
781 <          
782 <          MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node,
783 <                   TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
784 <          
785 <          for(j=0; j < nCurObj; j++){            
786 <            angleTransfer = 0.0;
787 <            MPI_Send(&angleTransfer, 1, MPI_DOUBLE, which_node,
788 <                     TAKE_THIS_TAG_DOUBLE, MPI_COMM_WORLD);              
789 <            index++;
790 <          }
791 <        }
792 <      } else {
793 <        // I am SLAVE TO THE MASTER
794 <        
795 <        if (which_node == worldRank) {
796 <          
797 <          // BUT I OWN THIS MOLECULE!!!
798 <          
799 <          localIndex = mpiSim->getGlobalToLocalMol(i);
800 <          vecParticles = (info_->molecules[localIndex]).getIntegrableObjects();
801 <          nCurObj = vecParticles.size();
802 <          
803 <          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0,
804 <                   TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
805 <          
806 <          for(j = 0; j < vecParticles.size(); j++){
807 <            
758 >    if (worldRank == masterNode) {
759 >
760 >      for (i=0 ; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
761 >        // Get the Node number which has this atom
762 >        which_node = info_->getMolToProc(i);
763 >        
764 >        // let's let node 0 pass out constant values to all the processors
765 >        if (worldRank == masterNode) {
766 >          mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
767 >          
768 >          if(mol == NULL) {
769 >            strcpy(painCave.errMsg, "Molecule not found on node 0!");
770 >            haveError = 1;
771 >            simError();
772 >          }
773 >          
774 >          for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii);
775 >               integrableObject != NULL;
776 >               integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)){
777 >            
778 >            integrableObject->setZangle( 0.0 );
779 >            
780 >          }
781 >          
782 >        } else {
783 >          // I am MASTER OF THE UNIVERSE, but I don't own this molecule
784 >          
785 >          MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node,
786 >                   TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
787 >          
788 >          for(j=0; j < nCurObj; j++){            
789 >            angleTransfer = 0.0;
790 >            MPI_Send(&angleTransfer, 1, MPI_DOUBLE, which_node,
791 >                     TAKE_THIS_TAG_DOUBLE, MPI_COMM_WORLD);              
792 >            
793 >          }
794 >        }
795 >      }
796 >    } else {
797 >      // I am SLAVE TO THE MASTER
798 >      for (i=0 ; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
799 >        int which_node = info_->getMolToProc(i);
800 >        
801 >        if (which_node == worldRank) {
802 >          
803 >          // BUT I OWN THIS MOLECULE!!!
804 >          mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
805 >          
806 >          if(mol == NULL) {
807 >            sprintf(painCave.errMsg,
808 >                    "RestReader Error: molecule not found on node %d\n",
809 >                    worldRank);
810 >            painCave.isFatal = 1;
811 >            simError();
812 >          }
813 >          
814 >          nCurObj = mol->getNIntegrableObjects();
815 >          
816 >          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0,
817 >                   TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
818 >          
819 >          for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii);
820 >               integrableObject != NULL;
821 >               integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)){
822 >            
823              MPI_Recv(&angleTransfer, 1, MPI_DOUBLE, 0,
824                       TAKE_THIS_TAG_DOUBLE, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
825              vecParticles[j]->setZangle(angleTransfer);

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines