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root/OpenMD/trunk/src/math/SquareMatrix3.hpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/math/SquareMatrix3.hpp (file contents):
Revision 101 by tim, Mon Oct 18 23:13:23 2004 UTC vs.
Revision 113 by tim, Tue Oct 19 23:01:03 2004 UTC

# Line 59 | Line 59 | namespace oopse {
59              }
60  
61              SquareMatrix3(const Quaternion<Real>& q) {
62 <                *this = q.toRotationMatrix3();
62 >                setupRotMat(q);
63 >
64              }
65  
66              SquareMatrix3(Real w, Real x, Real y, Real z) {
67 <                Quaternion<Real> q(w, x, y, z);
67 <                *this = q.toRotationMatrix3();
67 >                setupRotMat(w, x, y, z);
68              }
69              
70              /** copy assignment operator */
# Line 119 | Line 119 | namespace oopse {
119               * @param quat
120              */
121              void setupRotMat(const Quaternion<Real>& quat) {
122 <                *this = quat.toRotationMatrix3();
122 >                setupRotMat(quat.w(), quat.x(), quat.y(), quat.z());
123              }
124  
125              /**
# Line 196 | Line 196 | namespace oopse {
196               * z-axis (again).
197              */            
198              Vector3<Real> toEulerAngles() {
199 <                Vector<Real> myEuler;
199 >                Vector3<Real> myEuler;
200                  Real phi,theta,psi,eps;
201                  Real ctheta,stheta;
202                  
203                  // set the tolerance for Euler angles and rotation elements
204  
205 <                theta = acos(min(1.0,max(-1.0,data_[2][2])));
205 >                theta = acos(std::min(1.0, std::max(-1.0,data_[2][2])));
206                  ctheta = data_[2][2];
207                  stheta = sqrt(1.0 - ctheta * ctheta);
208  
# Line 285 | Line 285 | namespace oopse {
285                  jacobi(a, w, v);
286  
287                  // if all the eigenvalues are the same, return identity matrix
288 <                if (w[0] == w[1] && w[0] == w[2] ){
288 >                if (w[0] == w[1] && w[0] == w[2] ) {
289                        v = SquareMatrix3<Real>::identity();
290 <                      return
290 >                      return;
291                  }
292  
293                  // transpose temporarily, it makes it easier to sort the eigenvectors
294 <                v = v.tanspose();
294 >                v = v.transpose();
295                  
296                  // if two eigenvalues are the same, re-orthogonalize to optimally line
297                  // up the eigenvectors with the x, y, and z axes
# Line 335 | Line 335 | namespace oopse {
335                      v_maxI = v.getRow(maxI);
336                      v_j = v.getRow(j);
337                      v_k = cross(v_maxI, v_j);
338 <                    v_k.normailze();
338 >                    v_k.normalize();
339                      v_j = cross(v_k, v_maxI);
340                      v.setRow(j, v_j);
341                      v.setRow(k, v_k);
# Line 386 | Line 386 | namespace oopse {
386                  }
387  
388                  // set sign of final eigenvector to ensure that determinant is positive
389 <                if (determinant(v) < 0) {
389 >                if (v.determinant() < 0) {
390                      v(2, 0) = -v(2, 0);
391                      v(2, 1) = -v(2, 1);
392                      v(2, 2) = -v(2, 2);

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