| 1 | 
< | 
/* $ANTLR 2.7.7 (20120725): "MDTreeParser.g" -> "MDTreeParser.cpp"$ */ | 
| 1 | 
> | 
/* $ANTLR 2.7.7 (20140107): "MDTreeParser.g" -> "MDTreeParser.cpp"$ */ | 
| 2 | 
  | 
#include "MDTreeParser.hpp" | 
| 3 | 
  | 
#include <antlr/Token.hpp> | 
| 4 | 
  | 
#include <antlr/AST.hpp> | 
| 546 | 
  | 
} | 
| 547 | 
  | 
 | 
| 548 | 
  | 
int  MDTreeParser::intConst(ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST _t) { | 
| 549 | 
< | 
#line 294 "MDTreeParser.g" | 
| 549 | 
> | 
#line 314 "MDTreeParser.g" | 
| 550 | 
  | 
        int ival; | 
| 551 | 
  | 
#line 552 "MDTreeParser.cpp" | 
| 552 | 
  | 
        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST intConst_AST_in = (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST(ASTNULL)) ? ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST : _t; | 
| 562 | 
  | 
                        i1 = _t; | 
| 563 | 
  | 
                        match(_t,NUM_INT); | 
| 564 | 
  | 
                        _t = _t->getNextSibling(); | 
| 565 | 
< | 
#line 295 "MDTreeParser.g" | 
| 565 | 
> | 
#line 315 "MDTreeParser.g" | 
| 566 | 
  | 
                        ival = lexi_cast<int>(i1->getText()); | 
| 567 | 
  | 
#line 568 "MDTreeParser.cpp" | 
| 568 | 
  | 
                        break; | 
| 572 | 
  | 
                        i2 = _t; | 
| 573 | 
  | 
                        match(_t,NUM_LONG); | 
| 574 | 
  | 
                        _t = _t->getNextSibling(); | 
| 575 | 
< | 
#line 296 "MDTreeParser.g" | 
| 575 | 
> | 
#line 316 "MDTreeParser.g" | 
| 576 | 
  | 
                        ival = lexi_cast<int>(i2->getText()); | 
| 577 | 
  | 
#line 578 "MDTreeParser.cpp" | 
| 578 | 
  | 
                        break; | 
| 593 | 
  | 
} | 
| 594 | 
  | 
 | 
| 595 | 
  | 
RealType  MDTreeParser::floatConst(ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST _t) { | 
| 596 | 
< | 
#line 306 "MDTreeParser.g" | 
| 596 | 
> | 
#line 326 "MDTreeParser.g" | 
| 597 | 
  | 
        RealType dval; | 
| 598 | 
  | 
#line 599 "MDTreeParser.cpp" | 
| 599 | 
  | 
        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST floatConst_AST_in = (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST(ASTNULL)) ? ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST : _t; | 
| 609 | 
  | 
                        d1 = _t; | 
| 610 | 
  | 
                        match(_t,NUM_FLOAT); | 
| 611 | 
  | 
                        _t = _t->getNextSibling(); | 
| 612 | 
< | 
#line 307 "MDTreeParser.g" | 
| 612 | 
> | 
#line 327 "MDTreeParser.g" | 
| 613 | 
  | 
                        dval = lexi_cast<RealType>(d1->getText()); | 
| 614 | 
  | 
#line 615 "MDTreeParser.cpp" | 
| 615 | 
  | 
                        break; | 
| 619 | 
  | 
                        d2 = _t; | 
| 620 | 
  | 
                        match(_t,NUM_DOUBLE); | 
| 621 | 
  | 
                        _t = _t->getNextSibling(); | 
| 622 | 
< | 
#line 308 "MDTreeParser.g" | 
| 622 | 
> | 
#line 328 "MDTreeParser.g" | 
| 623 | 
  | 
                        dval = lexi_cast<RealType>(d2->getText()); | 
| 624 | 
  | 
#line 625 "MDTreeParser.cpp" | 
| 625 | 
  | 
                        break; | 
| 640 | 
  | 
} | 
| 641 | 
  | 
 | 
| 642 | 
  | 
RealType  MDTreeParser::doubleNumber(ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST _t) { | 
| 643 | 
< | 
#line 300 "MDTreeParser.g" | 
| 643 | 
> | 
#line 320 "MDTreeParser.g" | 
| 644 | 
  | 
        RealType dval; | 
| 645 | 
  | 
#line 646 "MDTreeParser.cpp" | 
| 646 | 
  | 
        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST doubleNumber_AST_in = (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST(ASTNULL)) ? ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST : _t; | 
| 657 | 
  | 
                        ic = (_t == ASTNULL) ? ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST : _t; | 
| 658 | 
  | 
                        intConst(_t); | 
| 659 | 
  | 
                        _t = _retTree; | 
| 660 | 
< | 
#line 301 "MDTreeParser.g" | 
| 660 | 
> | 
#line 321 "MDTreeParser.g" | 
| 661 | 
  | 
                        dval = lexi_cast<RealType>(ic->getText()); | 
| 662 | 
  | 
#line 663 "MDTreeParser.cpp" | 
| 663 | 
  | 
                        break; | 
| 668 | 
  | 
                        fc = (_t == ASTNULL) ? ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST : _t; | 
| 669 | 
  | 
                        floatConst(_t); | 
| 670 | 
  | 
                        _t = _retTree; | 
| 671 | 
< | 
#line 302 "MDTreeParser.g" | 
| 671 | 
> | 
#line 322 "MDTreeParser.g" | 
| 672 | 
  | 
                        dval = lexi_cast<RealType>(fc->getText()); | 
| 673 | 
  | 
#line 674 "MDTreeParser.cpp" | 
| 674 | 
  | 
                        break; | 
| 749 | 
  | 
                        _t = _retTree; | 
| 750 | 
  | 
                        break; | 
| 751 | 
  | 
                } | 
| 752 | 
+ | 
                case CONSTRAINT: | 
| 753 | 
+ | 
                { | 
| 754 | 
+ | 
                        constraintblock(_t); | 
| 755 | 
+ | 
                        _t = _retTree; | 
| 756 | 
+ | 
                        break; | 
| 757 | 
+ | 
                } | 
| 758 | 
  | 
                default: | 
| 759 | 
  | 
                { | 
| 760 | 
  | 
                        throw ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)NoViableAltException(_t); | 
| 771 | 
  | 
 | 
| 772 | 
  | 
void MDTreeParser::atomblock(ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST _t) { | 
| 773 | 
  | 
        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST atomblock_AST_in = (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST(ASTNULL)) ? ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST : _t; | 
| 774 | 
< | 
#line 119 "MDTreeParser.g" | 
| 774 | 
> | 
#line 120 "MDTreeParser.g" | 
| 775 | 
  | 
         | 
| 776 | 
  | 
        int index; | 
| 777 | 
  | 
         | 
| 778 | 
< | 
#line 773 "MDTreeParser.cpp" | 
| 778 | 
> | 
#line 779 "MDTreeParser.cpp" | 
| 779 | 
  | 
         | 
| 780 | 
  | 
        try {      // for error handling | 
| 781 | 
  | 
                ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST __t39 = _t; | 
| 784 | 
  | 
                _t = _t->getFirstChild(); | 
| 785 | 
  | 
                index=intConst(_t); | 
| 786 | 
  | 
                _t = _retTree; | 
| 787 | 
< | 
#line 123 "MDTreeParser.g" | 
| 787 | 
> | 
#line 124 "MDTreeParser.g" | 
| 788 | 
  | 
                AtomStamp* currAtomStamp = new AtomStamp(index); blockStack.push(currAtomStamp); | 
| 789 | 
< | 
#line 784 "MDTreeParser.cpp" | 
| 789 | 
> | 
#line 790 "MDTreeParser.cpp" | 
| 790 | 
  | 
                { // ( ... )* | 
| 791 | 
  | 
                for (;;) { | 
| 792 | 
  | 
                        if (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST ) | 
| 807 | 
  | 
                _t = _t->getNextSibling(); | 
| 808 | 
  | 
                _t = __t39; | 
| 809 | 
  | 
                _t = _t->getNextSibling(); | 
| 810 | 
< | 
#line 125 "MDTreeParser.g" | 
| 810 | 
> | 
#line 126 "MDTreeParser.g" | 
| 811 | 
  | 
                 | 
| 812 | 
  | 
                blockStack.top()->validate(); | 
| 813 | 
  | 
                blockStack.pop();  | 
| 814 | 
  | 
                MoleculeStamp* currMoleculeStamp = static_cast<MoleculeStamp*>(blockStack.top()); | 
| 815 | 
  | 
                currMoleculeStamp->addAtomStamp(currAtomStamp);  | 
| 816 | 
  | 
                 | 
| 817 | 
< | 
#line 812 "MDTreeParser.cpp" | 
| 817 | 
> | 
#line 818 "MDTreeParser.cpp" | 
| 818 | 
  | 
        } | 
| 819 | 
  | 
        catch (ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RecognitionException& ex) { | 
| 820 | 
  | 
                reportError(ex); | 
| 832 | 
  | 
                ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp22_AST_in = _t; | 
| 833 | 
  | 
                match(_t,BOND); | 
| 834 | 
  | 
                _t = _t->getFirstChild(); | 
| 835 | 
< | 
#line 145 "MDTreeParser.g" | 
| 835 | 
> | 
#line 146 "MDTreeParser.g" | 
| 836 | 
  | 
                BondStamp* currBondStamp = new BondStamp(); blockStack.push(currBondStamp); | 
| 837 | 
< | 
#line 832 "MDTreeParser.cpp" | 
| 837 | 
> | 
#line 838 "MDTreeParser.cpp" | 
| 838 | 
  | 
                { // ( ... )* | 
| 839 | 
  | 
                for (;;) { | 
| 840 | 
  | 
                        if (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST ) | 
| 855 | 
  | 
                _t = _t->getNextSibling(); | 
| 856 | 
  | 
                _t = __t46; | 
| 857 | 
  | 
                _t = _t->getNextSibling(); | 
| 858 | 
< | 
#line 147 "MDTreeParser.g" | 
| 858 | 
> | 
#line 148 "MDTreeParser.g" | 
| 859 | 
  | 
                 | 
| 860 | 
  | 
                blockStack.pop();  | 
| 861 | 
  | 
                MoleculeStamp* currMoleculeStamp = static_cast<MoleculeStamp*>(blockStack.top()); | 
| 862 | 
  | 
                currMoleculeStamp->addBondStamp(currBondStamp);  | 
| 863 | 
  | 
                 | 
| 864 | 
< | 
#line 859 "MDTreeParser.cpp" | 
| 864 | 
> | 
#line 865 "MDTreeParser.cpp" | 
| 865 | 
  | 
        } | 
| 866 | 
  | 
        catch (ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RecognitionException& ex) { | 
| 867 | 
  | 
                reportError(ex); | 
| 879 | 
  | 
                ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp24_AST_in = _t; | 
| 880 | 
  | 
                match(_t,BEND); | 
| 881 | 
  | 
                _t = _t->getFirstChild(); | 
| 882 | 
< | 
#line 163 "MDTreeParser.g" | 
| 882 | 
> | 
#line 164 "MDTreeParser.g" | 
| 883 | 
  | 
                BendStamp* currBendStamp = new BendStamp(); blockStack.push(currBendStamp); | 
| 884 | 
< | 
#line 879 "MDTreeParser.cpp" | 
| 884 | 
> | 
#line 885 "MDTreeParser.cpp" | 
| 885 | 
  | 
                { // ( ... )* | 
| 886 | 
  | 
                for (;;) { | 
| 887 | 
  | 
                        if (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST ) | 
| 902 | 
  | 
                _t = _t->getNextSibling(); | 
| 903 | 
  | 
                _t = __t52; | 
| 904 | 
  | 
                _t = _t->getNextSibling(); | 
| 905 | 
< | 
#line 165 "MDTreeParser.g" | 
| 905 | 
> | 
#line 166 "MDTreeParser.g" | 
| 906 | 
  | 
                 | 
| 907 | 
  | 
                blockStack.top()->validate(); | 
| 908 | 
  | 
                blockStack.pop();  | 
| 909 | 
  | 
                MoleculeStamp* currMoleculeStamp = static_cast<MoleculeStamp*>(blockStack.top()); | 
| 910 | 
  | 
                currMoleculeStamp->addBendStamp(currBendStamp);  | 
| 911 | 
  | 
                 | 
| 912 | 
< | 
#line 907 "MDTreeParser.cpp" | 
| 912 | 
> | 
#line 913 "MDTreeParser.cpp" | 
| 913 | 
  | 
        } | 
| 914 | 
  | 
        catch (ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RecognitionException& ex) { | 
| 915 | 
  | 
                reportError(ex); | 
| 927 | 
  | 
                ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp26_AST_in = _t; | 
| 928 | 
  | 
                match(_t,TORSION); | 
| 929 | 
  | 
                _t = _t->getFirstChild(); | 
| 930 | 
< | 
#line 182 "MDTreeParser.g" | 
| 930 | 
> | 
#line 183 "MDTreeParser.g" | 
| 931 | 
  | 
                TorsionStamp* currTorsionStamp = new TorsionStamp(); blockStack.push(currTorsionStamp); | 
| 932 | 
< | 
#line 927 "MDTreeParser.cpp" | 
| 932 | 
> | 
#line 933 "MDTreeParser.cpp" | 
| 933 | 
  | 
                { // ( ... )* | 
| 934 | 
  | 
                for (;;) { | 
| 935 | 
  | 
                        if (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST ) | 
| 950 | 
  | 
                _t = _t->getNextSibling(); | 
| 951 | 
  | 
                _t = __t58; | 
| 952 | 
  | 
                _t = _t->getNextSibling(); | 
| 953 | 
< | 
#line 184 "MDTreeParser.g" | 
| 953 | 
> | 
#line 185 "MDTreeParser.g" | 
| 954 | 
  | 
                 | 
| 955 | 
  | 
                blockStack.top()->validate(); | 
| 956 | 
  | 
                blockStack.pop();  | 
| 957 | 
  | 
                MoleculeStamp* currMoleculeStamp = static_cast<MoleculeStamp*>(blockStack.top()); | 
| 958 | 
  | 
                currMoleculeStamp->addTorsionStamp(currTorsionStamp);  | 
| 959 | 
  | 
                 | 
| 960 | 
< | 
#line 955 "MDTreeParser.cpp" | 
| 960 | 
> | 
#line 961 "MDTreeParser.cpp" | 
| 961 | 
  | 
        } | 
| 962 | 
  | 
        catch (ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RecognitionException& ex) { | 
| 963 | 
  | 
                reportError(ex); | 
| 975 | 
  | 
                ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp28_AST_in = _t; | 
| 976 | 
  | 
                match(_t,INVERSION); | 
| 977 | 
  | 
                _t = _t->getFirstChild(); | 
| 978 | 
< | 
#line 201 "MDTreeParser.g" | 
| 978 | 
> | 
#line 202 "MDTreeParser.g" | 
| 979 | 
  | 
                InversionStamp* currInversionStamp = new InversionStamp(); blockStack.push(currInversionStamp); | 
| 980 | 
< | 
#line 975 "MDTreeParser.cpp" | 
| 980 | 
> | 
#line 981 "MDTreeParser.cpp" | 
| 981 | 
  | 
                { // ( ... )* | 
| 982 | 
  | 
                for (;;) { | 
| 983 | 
  | 
                        if (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST ) | 
| 984 | 
  | 
                                _t = ASTNULL; | 
| 985 | 
< | 
                        if ((_t->getType() == CENTER || _t->getType() == ASSIGNEQUAL)) { | 
| 985 | 
> | 
                        if ((_t->getType() == CENTER || _t->getType() == SATELLITES || _t->getType() == ASSIGNEQUAL)) { | 
| 986 | 
  | 
                                inversionstatement(_t); | 
| 987 | 
  | 
                                _t = _retTree; | 
| 988 | 
  | 
                        } | 
| 998 | 
  | 
                _t = _t->getNextSibling(); | 
| 999 | 
  | 
                _t = __t64; | 
| 1000 | 
  | 
                _t = _t->getNextSibling(); | 
| 1001 | 
< | 
#line 203 "MDTreeParser.g" | 
| 1001 | 
> | 
#line 204 "MDTreeParser.g" | 
| 1002 | 
  | 
                 | 
| 1003 | 
  | 
                blockStack.top()->validate(); | 
| 1004 | 
  | 
                blockStack.pop();  | 
| 1005 | 
  | 
                MoleculeStamp* currMoleculeStamp = static_cast<MoleculeStamp*>(blockStack.top()); | 
| 1006 | 
  | 
                currMoleculeStamp->addInversionStamp(currInversionStamp);  | 
| 1007 | 
  | 
                 | 
| 1008 | 
< | 
#line 1003 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1008 | 
> | 
#line 1009 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1009 | 
  | 
        } | 
| 1010 | 
  | 
        catch (ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RecognitionException& ex) { | 
| 1011 | 
  | 
                reportError(ex); | 
| 1017 | 
  | 
 | 
| 1018 | 
  | 
void MDTreeParser::rigidbodyblock(ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST _t) { | 
| 1019 | 
  | 
        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST rigidbodyblock_AST_in = (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST(ASTNULL)) ? ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST : _t; | 
| 1020 | 
< | 
#line 220 "MDTreeParser.g" | 
| 1020 | 
> | 
#line 223 "MDTreeParser.g" | 
| 1021 | 
  | 
         | 
| 1022 | 
  | 
        int index; | 
| 1023 | 
  | 
         | 
| 1024 | 
< | 
#line 1019 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1024 | 
> | 
#line 1025 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1025 | 
  | 
         | 
| 1026 | 
  | 
        try {      // for error handling | 
| 1027 | 
< | 
                ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST __t70 = _t; | 
| 1027 | 
> | 
                ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST __t71 = _t; | 
| 1028 | 
  | 
                ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp30_AST_in = _t; | 
| 1029 | 
  | 
                match(_t,RIGIDBODY); | 
| 1030 | 
  | 
                _t = _t->getFirstChild(); | 
| 1031 | 
  | 
                index=intConst(_t); | 
| 1032 | 
  | 
                _t = _retTree; | 
| 1033 | 
< | 
#line 224 "MDTreeParser.g" | 
| 1033 | 
> | 
#line 227 "MDTreeParser.g" | 
| 1034 | 
  | 
                RigidBodyStamp* currRigidBodyStamp = new RigidBodyStamp(index); blockStack.push(currRigidBodyStamp); | 
| 1035 | 
< | 
#line 1030 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1035 | 
> | 
#line 1036 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1036 | 
  | 
                { // ( ... )* | 
| 1037 | 
  | 
                for (;;) { | 
| 1038 | 
  | 
                        if (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST ) | 
| 1042 | 
  | 
                                _t = _retTree; | 
| 1043 | 
  | 
                        } | 
| 1044 | 
  | 
                        else { | 
| 1045 | 
< | 
                                goto _loop72; | 
| 1045 | 
> | 
                                goto _loop73; | 
| 1046 | 
  | 
                        } | 
| 1047 | 
  | 
                         | 
| 1048 | 
  | 
                } | 
| 1049 | 
< | 
                _loop72:; | 
| 1049 | 
> | 
                _loop73:; | 
| 1050 | 
  | 
                } // ( ... )* | 
| 1051 | 
  | 
                ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp31_AST_in = _t; | 
| 1052 | 
  | 
                match(_t,ENDBLOCK); | 
| 1053 | 
  | 
                _t = _t->getNextSibling(); | 
| 1054 | 
< | 
                _t = __t70; | 
| 1054 | 
> | 
                _t = __t71; | 
| 1055 | 
  | 
                _t = _t->getNextSibling(); | 
| 1056 | 
< | 
#line 226 "MDTreeParser.g" | 
| 1056 | 
> | 
#line 229 "MDTreeParser.g" | 
| 1057 | 
  | 
                 | 
| 1058 | 
  | 
                blockStack.top()->validate(); | 
| 1059 | 
  | 
                blockStack.pop();  | 
| 1060 | 
  | 
                MoleculeStamp* currMoleculeStamp = static_cast<MoleculeStamp*>(blockStack.top()); | 
| 1061 | 
  | 
                currMoleculeStamp->addRigidBodyStamp(currRigidBodyStamp);  | 
| 1062 | 
  | 
                 | 
| 1063 | 
< | 
#line 1058 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1063 | 
> | 
#line 1064 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1064 | 
  | 
        } | 
| 1065 | 
  | 
        catch (ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RecognitionException& ex) { | 
| 1066 | 
  | 
                reportError(ex); | 
| 1074 | 
  | 
        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST cutoffgroupblock_AST_in = (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST(ASTNULL)) ? ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST : _t; | 
| 1075 | 
  | 
         | 
| 1076 | 
  | 
        try {      // for error handling | 
| 1077 | 
< | 
                ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST __t76 = _t; | 
| 1077 | 
> | 
                ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST __t77 = _t; | 
| 1078 | 
  | 
                ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp32_AST_in = _t; | 
| 1079 | 
  | 
                match(_t,CUTOFFGROUP); | 
| 1080 | 
  | 
                _t = _t->getFirstChild(); | 
| 1081 | 
< | 
#line 243 "MDTreeParser.g" | 
| 1081 | 
> | 
#line 246 "MDTreeParser.g" | 
| 1082 | 
  | 
                CutoffGroupStamp* currCutoffGroupStamp = new CutoffGroupStamp(); blockStack.push(currCutoffGroupStamp); | 
| 1083 | 
< | 
#line 1078 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1083 | 
> | 
#line 1084 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1084 | 
  | 
                { // ( ... )* | 
| 1085 | 
  | 
                for (;;) { | 
| 1086 | 
  | 
                        if (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST ) | 
| 1090 | 
  | 
                                _t = _retTree; | 
| 1091 | 
  | 
                        } | 
| 1092 | 
  | 
                        else { | 
| 1093 | 
< | 
                                goto _loop78; | 
| 1093 | 
> | 
                                goto _loop79; | 
| 1094 | 
  | 
                        } | 
| 1095 | 
  | 
                         | 
| 1096 | 
  | 
                } | 
| 1097 | 
< | 
                _loop78:; | 
| 1097 | 
> | 
                _loop79:; | 
| 1098 | 
  | 
                } // ( ... )* | 
| 1099 | 
  | 
                ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp33_AST_in = _t; | 
| 1100 | 
  | 
                match(_t,ENDBLOCK); | 
| 1101 | 
  | 
                _t = _t->getNextSibling(); | 
| 1102 | 
< | 
                _t = __t76; | 
| 1102 | 
> | 
                _t = __t77; | 
| 1103 | 
  | 
                _t = _t->getNextSibling(); | 
| 1104 | 
< | 
#line 245 "MDTreeParser.g" | 
| 1104 | 
> | 
#line 248 "MDTreeParser.g" | 
| 1105 | 
  | 
                 | 
| 1106 | 
  | 
                blockStack.top()->validate(); | 
| 1107 | 
  | 
                blockStack.pop();  | 
| 1108 | 
  | 
                MoleculeStamp* currMoleculeStamp = static_cast<MoleculeStamp*>(blockStack.top()); | 
| 1109 | 
  | 
                currMoleculeStamp->addCutoffGroupStamp(currCutoffGroupStamp);  | 
| 1110 | 
  | 
                 | 
| 1111 | 
< | 
#line 1106 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1111 | 
> | 
#line 1112 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1112 | 
  | 
        } | 
| 1113 | 
  | 
        catch (ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RecognitionException& ex) { | 
| 1114 | 
  | 
                reportError(ex); | 
| 1120 | 
  | 
 | 
| 1121 | 
  | 
void MDTreeParser::fragmentblock(ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST _t) { | 
| 1122 | 
  | 
        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST fragmentblock_AST_in = (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST(ASTNULL)) ? ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST : _t; | 
| 1123 | 
< | 
#line 262 "MDTreeParser.g" | 
| 1123 | 
> | 
#line 265 "MDTreeParser.g" | 
| 1124 | 
  | 
        int ival; | 
| 1125 | 
< | 
#line 1120 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1125 | 
> | 
#line 1126 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1126 | 
  | 
         | 
| 1127 | 
  | 
        try {      // for error handling | 
| 1128 | 
< | 
                ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST __t82 = _t; | 
| 1128 | 
> | 
                ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST __t83 = _t; | 
| 1129 | 
  | 
                ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp34_AST_in = _t; | 
| 1130 | 
  | 
                match(_t,FRAGMENT); | 
| 1131 | 
  | 
                _t = _t->getFirstChild(); | 
| 1132 | 
  | 
                ival=intConst(_t); | 
| 1133 | 
  | 
                _t = _retTree; | 
| 1134 | 
< | 
#line 263 "MDTreeParser.g" | 
| 1134 | 
> | 
#line 266 "MDTreeParser.g" | 
| 1135 | 
  | 
                FragmentStamp* currFragmentStamp = new FragmentStamp(ival); blockStack.push(currFragmentStamp); | 
| 1136 | 
< | 
#line 1131 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1136 | 
> | 
#line 1137 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1137 | 
  | 
                { // ( ... )* | 
| 1138 | 
  | 
                for (;;) { | 
| 1139 | 
  | 
                        if (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST ) | 
| 1143 | 
  | 
                                _t = _retTree; | 
| 1144 | 
  | 
                        } | 
| 1145 | 
  | 
                        else { | 
| 1146 | 
< | 
                                goto _loop84; | 
| 1146 | 
> | 
                                goto _loop85; | 
| 1147 | 
  | 
                        } | 
| 1148 | 
  | 
                         | 
| 1149 | 
  | 
                } | 
| 1150 | 
< | 
                _loop84:; | 
| 1150 | 
> | 
                _loop85:; | 
| 1151 | 
  | 
                } // ( ... )* | 
| 1152 | 
  | 
                ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp35_AST_in = _t; | 
| 1153 | 
  | 
                match(_t,ENDBLOCK); | 
| 1154 | 
  | 
                _t = _t->getNextSibling(); | 
| 1155 | 
< | 
                _t = __t82; | 
| 1155 | 
> | 
                _t = __t83; | 
| 1156 | 
  | 
                _t = _t->getNextSibling(); | 
| 1157 | 
< | 
#line 265 "MDTreeParser.g" | 
| 1157 | 
> | 
#line 268 "MDTreeParser.g" | 
| 1158 | 
  | 
                 | 
| 1159 | 
  | 
                blockStack.top()->validate(); | 
| 1160 | 
  | 
                blockStack.pop();  | 
| 1161 | 
  | 
                MoleculeStamp* currMoleculeStamp = static_cast<MoleculeStamp*>(blockStack.top()); | 
| 1162 | 
  | 
                currMoleculeStamp->addFragmentStamp(currFragmentStamp);  | 
| 1163 | 
  | 
                 | 
| 1164 | 
< | 
#line 1159 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1164 | 
> | 
#line 1165 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1165 | 
  | 
        } | 
| 1166 | 
  | 
        catch (ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RecognitionException& ex) { | 
| 1167 | 
  | 
                reportError(ex); | 
| 1171 | 
  | 
        _retTree = _t; | 
| 1172 | 
  | 
} | 
| 1173 | 
  | 
 | 
| 1174 | 
+ | 
void MDTreeParser::constraintblock(ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST _t) { | 
| 1175 | 
+ | 
        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST constraintblock_AST_in = (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST(ASTNULL)) ? ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST : _t; | 
| 1176 | 
+ | 
         | 
| 1177 | 
+ | 
        try {      // for error handling | 
| 1178 | 
+ | 
                ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST __t88 = _t; | 
| 1179 | 
+ | 
                ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp36_AST_in = _t; | 
| 1180 | 
+ | 
                match(_t,CONSTRAINT); | 
| 1181 | 
+ | 
                _t = _t->getFirstChild(); | 
| 1182 | 
+ | 
#line 279 "MDTreeParser.g" | 
| 1183 | 
+ | 
                ConstraintStamp* currConstraintStamp = new ConstraintStamp(); blockStack.push(currConstraintStamp); | 
| 1184 | 
+ | 
#line 1185 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1185 | 
+ | 
                { // ( ... )* | 
| 1186 | 
+ | 
                for (;;) { | 
| 1187 | 
+ | 
                        if (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST ) | 
| 1188 | 
+ | 
                                _t = ASTNULL; | 
| 1189 | 
+ | 
                        if ((_t->getType() == MEMBERS || _t->getType() == ASSIGNEQUAL)) { | 
| 1190 | 
+ | 
                                constraintstatement(_t); | 
| 1191 | 
+ | 
                                _t = _retTree; | 
| 1192 | 
+ | 
                        } | 
| 1193 | 
+ | 
                        else { | 
| 1194 | 
+ | 
                                goto _loop90; | 
| 1195 | 
+ | 
                        } | 
| 1196 | 
+ | 
                         | 
| 1197 | 
+ | 
                } | 
| 1198 | 
+ | 
                _loop90:; | 
| 1199 | 
+ | 
                } // ( ... )* | 
| 1200 | 
+ | 
                ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp37_AST_in = _t; | 
| 1201 | 
+ | 
                match(_t,ENDBLOCK); | 
| 1202 | 
+ | 
                _t = _t->getNextSibling(); | 
| 1203 | 
+ | 
                _t = __t88; | 
| 1204 | 
+ | 
                _t = _t->getNextSibling(); | 
| 1205 | 
+ | 
#line 281 "MDTreeParser.g" | 
| 1206 | 
+ | 
                 | 
| 1207 | 
+ | 
                blockStack.pop();  | 
| 1208 | 
+ | 
                MoleculeStamp* currMoleculeStamp = static_cast<MoleculeStamp*>(blockStack.top()); | 
| 1209 | 
+ | 
                currMoleculeStamp->addConstraintStamp(currConstraintStamp);  | 
| 1210 | 
+ | 
                 | 
| 1211 | 
+ | 
#line 1212 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1212 | 
+ | 
        } | 
| 1213 | 
+ | 
        catch (ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RecognitionException& ex) { | 
| 1214 | 
+ | 
                reportError(ex); | 
| 1215 | 
+ | 
                if ( _t != ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST ) | 
| 1216 | 
+ | 
                        _t = _t->getNextSibling(); | 
| 1217 | 
+ | 
        } | 
| 1218 | 
+ | 
        _retTree = _t; | 
| 1219 | 
+ | 
} | 
| 1220 | 
+ | 
 | 
| 1221 | 
  | 
void MDTreeParser::atomstatement(ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST _t) { | 
| 1222 | 
  | 
        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST atomstatement_AST_in = (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST(ASTNULL)) ? ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST : _t; | 
| 1223 | 
< | 
#line 133 "MDTreeParser.g" | 
| 1223 | 
> | 
#line 134 "MDTreeParser.g" | 
| 1224 | 
  | 
         | 
| 1225 | 
  | 
        vector<RealType> dvec; | 
| 1226 | 
  | 
        AtomStamp* currAtomStamp =  static_cast<AtomStamp*>(blockStack.top()); | 
| 1227 | 
  | 
         | 
| 1228 | 
  | 
         | 
| 1229 | 
< | 
#line 1177 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1229 | 
> | 
#line 1230 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1230 | 
  | 
         | 
| 1231 | 
  | 
        try {      // for error handling | 
| 1232 | 
  | 
                if (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST ) | 
| 1241 | 
  | 
                case POSITION: | 
| 1242 | 
  | 
                { | 
| 1243 | 
  | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST __t43 = _t; | 
| 1244 | 
< | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp36_AST_in = _t; | 
| 1244 | 
> | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp38_AST_in = _t; | 
| 1245 | 
  | 
                        match(_t,POSITION); | 
| 1246 | 
  | 
                        _t = _t->getFirstChild(); | 
| 1247 | 
  | 
                        dvec=doubleNumberTuple(_t); | 
| 1248 | 
  | 
                        _t = _retTree; | 
| 1249 | 
  | 
                        _t = __t43; | 
| 1250 | 
  | 
                        _t = _t->getNextSibling(); | 
| 1251 | 
< | 
#line 140 "MDTreeParser.g" | 
| 1251 | 
> | 
#line 141 "MDTreeParser.g" | 
| 1252 | 
  | 
                        currAtomStamp->setPosition(dvec); | 
| 1253 | 
< | 
#line 1201 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1253 | 
> | 
#line 1254 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1254 | 
  | 
                        break; | 
| 1255 | 
  | 
                } | 
| 1256 | 
  | 
                case ORIENTATION: | 
| 1257 | 
  | 
                { | 
| 1258 | 
  | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST __t44 = _t; | 
| 1259 | 
< | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp37_AST_in = _t; | 
| 1259 | 
> | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp39_AST_in = _t; | 
| 1260 | 
  | 
                        match(_t,ORIENTATION); | 
| 1261 | 
  | 
                        _t = _t->getFirstChild(); | 
| 1262 | 
  | 
                        dvec=doubleNumberTuple(_t); | 
| 1263 | 
  | 
                        _t = _retTree; | 
| 1264 | 
  | 
                        _t = __t44; | 
| 1265 | 
  | 
                        _t = _t->getNextSibling(); | 
| 1266 | 
< | 
#line 141 "MDTreeParser.g" | 
| 1266 | 
> | 
#line 142 "MDTreeParser.g" | 
| 1267 | 
  | 
                        currAtomStamp->setOrientation(dvec); | 
| 1268 | 
< | 
#line 1216 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1268 | 
> | 
#line 1269 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1269 | 
  | 
                        break; | 
| 1270 | 
  | 
                } | 
| 1271 | 
  | 
                default: | 
| 1283 | 
  | 
} | 
| 1284 | 
  | 
 | 
| 1285 | 
  | 
vector<RealType>  MDTreeParser::doubleNumberTuple(ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST _t) { | 
| 1286 | 
< | 
#line 278 "MDTreeParser.g" | 
| 1286 | 
> | 
#line 298 "MDTreeParser.g" | 
| 1287 | 
  | 
        vector<RealType> dvec; | 
| 1288 | 
< | 
#line 1236 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1288 | 
> | 
#line 1289 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1289 | 
  | 
        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST doubleNumberTuple_AST_in = (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST(ASTNULL)) ? ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST : _t; | 
| 1290 | 
< | 
#line 278 "MDTreeParser.g" | 
| 1290 | 
> | 
#line 298 "MDTreeParser.g" | 
| 1291 | 
  | 
         | 
| 1292 | 
  | 
        RealType dval; | 
| 1293 | 
  | 
         | 
| 1294 | 
< | 
#line 1242 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1294 | 
> | 
#line 1295 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1295 | 
  | 
         | 
| 1296 | 
  | 
        try {      // for error handling | 
| 1297 | 
  | 
                { // ( ... )+ | 
| 1298 | 
< | 
                int _cnt88=0; | 
| 1298 | 
> | 
                int _cnt95=0; | 
| 1299 | 
  | 
                for (;;) { | 
| 1300 | 
  | 
                        if (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST ) | 
| 1301 | 
  | 
                                _t = ASTNULL; | 
| 1302 | 
  | 
                        if (((_t->getType() >= NUM_INT && _t->getType() <= NUM_DOUBLE))) { | 
| 1303 | 
  | 
                                dval=doubleNumber(_t); | 
| 1304 | 
  | 
                                _t = _retTree; | 
| 1305 | 
< | 
#line 282 "MDTreeParser.g" | 
| 1305 | 
> | 
#line 302 "MDTreeParser.g" | 
| 1306 | 
  | 
                                dvec.push_back(dval); | 
| 1307 | 
< | 
#line 1255 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1307 | 
> | 
#line 1308 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1308 | 
  | 
                        } | 
| 1309 | 
  | 
                        else { | 
| 1310 | 
< | 
                                if ( _cnt88>=1 ) { goto _loop88; } else {throw ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)NoViableAltException(_t);} | 
| 1310 | 
> | 
                                if ( _cnt95>=1 ) { goto _loop95; } else {throw ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)NoViableAltException(_t);} | 
| 1311 | 
  | 
                        } | 
| 1312 | 
  | 
                         | 
| 1313 | 
< | 
                        _cnt88++; | 
| 1313 | 
> | 
                        _cnt95++; | 
| 1314 | 
  | 
                } | 
| 1315 | 
< | 
                _loop88:; | 
| 1315 | 
> | 
                _loop95:; | 
| 1316 | 
  | 
                }  // ( ... )+ | 
| 1317 | 
  | 
        } | 
| 1318 | 
  | 
        catch (ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RecognitionException& ex) { | 
| 1326 | 
  | 
 | 
| 1327 | 
  | 
void MDTreeParser::bondstatement(ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST _t) { | 
| 1328 | 
  | 
        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST bondstatement_AST_in = (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST(ASTNULL)) ? ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST : _t; | 
| 1329 | 
< | 
#line 154 "MDTreeParser.g" | 
| 1329 | 
> | 
#line 155 "MDTreeParser.g" | 
| 1330 | 
  | 
         | 
| 1331 | 
  | 
        vector<int> ivec; | 
| 1332 | 
  | 
        BondStamp* currBondStamp = static_cast<BondStamp*>(blockStack.top()); | 
| 1333 | 
  | 
         | 
| 1334 | 
< | 
#line 1282 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1334 | 
> | 
#line 1335 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1335 | 
  | 
         | 
| 1336 | 
  | 
        try {      // for error handling | 
| 1337 | 
  | 
                if (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST ) | 
| 1346 | 
  | 
                case MEMBERS: | 
| 1347 | 
  | 
                { | 
| 1348 | 
  | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST __t50 = _t; | 
| 1349 | 
< | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp38_AST_in = _t; | 
| 1349 | 
> | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp40_AST_in = _t; | 
| 1350 | 
  | 
                        match(_t,MEMBERS); | 
| 1351 | 
  | 
                        _t = _t->getFirstChild(); | 
| 1352 | 
  | 
                        ivec=inttuple(_t); | 
| 1353 | 
  | 
                        _t = _retTree; | 
| 1354 | 
  | 
                        _t = __t50; | 
| 1355 | 
  | 
                        _t = _t->getNextSibling(); | 
| 1356 | 
< | 
#line 160 "MDTreeParser.g" | 
| 1356 | 
> | 
#line 161 "MDTreeParser.g" | 
| 1357 | 
  | 
                        currBondStamp->setMembers(ivec); | 
| 1358 | 
< | 
#line 1306 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1358 | 
> | 
#line 1359 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1359 | 
  | 
                        break; | 
| 1360 | 
  | 
                } | 
| 1361 | 
  | 
                default: | 
| 1373 | 
  | 
} | 
| 1374 | 
  | 
 | 
| 1375 | 
  | 
vector<int>  MDTreeParser::inttuple(ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST _t) { | 
| 1376 | 
< | 
#line 286 "MDTreeParser.g" | 
| 1376 | 
> | 
#line 306 "MDTreeParser.g" | 
| 1377 | 
  | 
        vector<int> ivec; | 
| 1378 | 
< | 
#line 1326 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1378 | 
> | 
#line 1379 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1379 | 
  | 
        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST inttuple_AST_in = (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST(ASTNULL)) ? ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST : _t; | 
| 1380 | 
< | 
#line 286 "MDTreeParser.g" | 
| 1380 | 
> | 
#line 306 "MDTreeParser.g" | 
| 1381 | 
  | 
         | 
| 1382 | 
  | 
        int ival; | 
| 1383 | 
  | 
         | 
| 1384 | 
< | 
#line 1332 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1384 | 
> | 
#line 1385 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1385 | 
  | 
         | 
| 1386 | 
  | 
        try {      // for error handling | 
| 1387 | 
  | 
                { // ( ... )+ | 
| 1388 | 
< | 
                int _cnt91=0; | 
| 1388 | 
> | 
                int _cnt98=0; | 
| 1389 | 
  | 
                for (;;) { | 
| 1390 | 
  | 
                        if (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST ) | 
| 1391 | 
  | 
                                _t = ASTNULL; | 
| 1392 | 
  | 
                        if ((_t->getType() == NUM_INT || _t->getType() == NUM_LONG)) { | 
| 1393 | 
  | 
                                ival=intConst(_t); | 
| 1394 | 
  | 
                                _t = _retTree; | 
| 1395 | 
< | 
#line 290 "MDTreeParser.g" | 
| 1395 | 
> | 
#line 310 "MDTreeParser.g" | 
| 1396 | 
  | 
                                ivec.push_back(ival); | 
| 1397 | 
< | 
#line 1345 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1397 | 
> | 
#line 1398 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1398 | 
  | 
                        } | 
| 1399 | 
  | 
                        else { | 
| 1400 | 
< | 
                                if ( _cnt91>=1 ) { goto _loop91; } else {throw ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)NoViableAltException(_t);} | 
| 1400 | 
> | 
                                if ( _cnt98>=1 ) { goto _loop98; } else {throw ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)NoViableAltException(_t);} | 
| 1401 | 
  | 
                        } | 
| 1402 | 
  | 
                         | 
| 1403 | 
< | 
                        _cnt91++; | 
| 1403 | 
> | 
                        _cnt98++; | 
| 1404 | 
  | 
                } | 
| 1405 | 
< | 
                _loop91:; | 
| 1405 | 
> | 
                _loop98:; | 
| 1406 | 
  | 
                }  // ( ... )+ | 
| 1407 | 
  | 
        } | 
| 1408 | 
  | 
        catch (ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RecognitionException& ex) { | 
| 1416 | 
  | 
 | 
| 1417 | 
  | 
void MDTreeParser::bendstatement(ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST _t) { | 
| 1418 | 
  | 
        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST bendstatement_AST_in = (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST(ASTNULL)) ? ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST : _t; | 
| 1419 | 
< | 
#line 173 "MDTreeParser.g" | 
| 1419 | 
> | 
#line 174 "MDTreeParser.g" | 
| 1420 | 
  | 
         | 
| 1421 | 
  | 
        vector<int> ivec; | 
| 1422 | 
  | 
        BendStamp* currBendStamp = static_cast<BendStamp*>(blockStack.top()); | 
| 1423 | 
  | 
         | 
| 1424 | 
< | 
#line 1372 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1424 | 
> | 
#line 1425 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1425 | 
  | 
         | 
| 1426 | 
  | 
        try {      // for error handling | 
| 1427 | 
  | 
                if (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST ) | 
| 1436 | 
  | 
                case MEMBERS: | 
| 1437 | 
  | 
                { | 
| 1438 | 
  | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST __t56 = _t; | 
| 1439 | 
< | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp39_AST_in = _t; | 
| 1439 | 
> | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp41_AST_in = _t; | 
| 1440 | 
  | 
                        match(_t,MEMBERS); | 
| 1441 | 
  | 
                        _t = _t->getFirstChild(); | 
| 1442 | 
  | 
                        ivec=inttuple(_t); | 
| 1443 | 
  | 
                        _t = _retTree; | 
| 1444 | 
  | 
                        _t = __t56; | 
| 1445 | 
  | 
                        _t = _t->getNextSibling(); | 
| 1446 | 
< | 
#line 179 "MDTreeParser.g" | 
| 1446 | 
> | 
#line 180 "MDTreeParser.g" | 
| 1447 | 
  | 
                        currBendStamp->setMembers(ivec); | 
| 1448 | 
< | 
#line 1396 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1448 | 
> | 
#line 1449 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1449 | 
  | 
                        break; | 
| 1450 | 
  | 
                } | 
| 1451 | 
  | 
                default: | 
| 1464 | 
  | 
 | 
| 1465 | 
  | 
void MDTreeParser::torsionstatement(ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST _t) { | 
| 1466 | 
  | 
        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST torsionstatement_AST_in = (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST(ASTNULL)) ? ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST : _t; | 
| 1467 | 
< | 
#line 192 "MDTreeParser.g" | 
| 1467 | 
> | 
#line 193 "MDTreeParser.g" | 
| 1468 | 
  | 
         | 
| 1469 | 
  | 
        vector<int> ivec; | 
| 1470 | 
  | 
        TorsionStamp* currTorsionStamp = static_cast<TorsionStamp*>(blockStack.top()); | 
| 1471 | 
  | 
         | 
| 1472 | 
< | 
#line 1420 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1472 | 
> | 
#line 1473 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1473 | 
  | 
         | 
| 1474 | 
  | 
        try {      // for error handling | 
| 1475 | 
  | 
                if (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST ) | 
| 1484 | 
  | 
                case MEMBERS: | 
| 1485 | 
  | 
                { | 
| 1486 | 
  | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST __t62 = _t; | 
| 1487 | 
< | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp40_AST_in = _t; | 
| 1487 | 
> | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp42_AST_in = _t; | 
| 1488 | 
  | 
                        match(_t,MEMBERS); | 
| 1489 | 
  | 
                        _t = _t->getFirstChild(); | 
| 1490 | 
  | 
                        ivec=inttuple(_t); | 
| 1491 | 
  | 
                        _t = _retTree; | 
| 1492 | 
  | 
                        _t = __t62; | 
| 1493 | 
  | 
                        _t = _t->getNextSibling(); | 
| 1494 | 
< | 
#line 198 "MDTreeParser.g" | 
| 1494 | 
> | 
#line 199 "MDTreeParser.g" | 
| 1495 | 
  | 
                        currTorsionStamp->setMembers(ivec); | 
| 1496 | 
< | 
#line 1444 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1496 | 
> | 
#line 1497 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1497 | 
  | 
                        break; | 
| 1498 | 
  | 
                } | 
| 1499 | 
  | 
                default: | 
| 1512 | 
  | 
 | 
| 1513 | 
  | 
void MDTreeParser::inversionstatement(ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST _t) { | 
| 1514 | 
  | 
        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST inversionstatement_AST_in = (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST(ASTNULL)) ? ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST : _t; | 
| 1515 | 
< | 
#line 211 "MDTreeParser.g" | 
| 1515 | 
> | 
#line 212 "MDTreeParser.g" | 
| 1516 | 
  | 
         | 
| 1517 | 
  | 
        int icent; | 
| 1518 | 
+ | 
        vector<int> ivec; | 
| 1519 | 
  | 
        InversionStamp* currInversionStamp = static_cast<InversionStamp*>(blockStack.top()); | 
| 1520 | 
  | 
         | 
| 1521 | 
< | 
#line 1468 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1521 | 
> | 
#line 1522 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1522 | 
  | 
         | 
| 1523 | 
  | 
        try {      // for error handling | 
| 1524 | 
  | 
                if (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST ) | 
| 1533 | 
  | 
                case CENTER: | 
| 1534 | 
  | 
                { | 
| 1535 | 
  | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST __t68 = _t; | 
| 1536 | 
< | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp41_AST_in = _t; | 
| 1536 | 
> | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp43_AST_in = _t; | 
| 1537 | 
  | 
                        match(_t,CENTER); | 
| 1538 | 
  | 
                        _t = _t->getFirstChild(); | 
| 1539 | 
  | 
                        icent=intConst(_t); | 
| 1540 | 
  | 
                        _t = _retTree; | 
| 1541 | 
  | 
                        _t = __t68; | 
| 1542 | 
  | 
                        _t = _t->getNextSibling(); | 
| 1543 | 
< | 
#line 217 "MDTreeParser.g" | 
| 1543 | 
> | 
#line 219 "MDTreeParser.g" | 
| 1544 | 
  | 
                        currInversionStamp->setCenter(icent); | 
| 1545 | 
< | 
#line 1492 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1545 | 
> | 
#line 1546 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1546 | 
  | 
                        break; | 
| 1547 | 
  | 
                } | 
| 1548 | 
+ | 
                case SATELLITES: | 
| 1549 | 
+ | 
                { | 
| 1550 | 
+ | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST __t69 = _t; | 
| 1551 | 
+ | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp44_AST_in = _t; | 
| 1552 | 
+ | 
                        match(_t,SATELLITES); | 
| 1553 | 
+ | 
                        _t = _t->getFirstChild(); | 
| 1554 | 
+ | 
                        ivec=inttuple(_t); | 
| 1555 | 
+ | 
                        _t = _retTree; | 
| 1556 | 
+ | 
                        _t = __t69; | 
| 1557 | 
+ | 
                        _t = _t->getNextSibling(); | 
| 1558 | 
+ | 
#line 220 "MDTreeParser.g" | 
| 1559 | 
+ | 
                        currInversionStamp->setSatellites(ivec); | 
| 1560 | 
+ | 
#line 1561 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1561 | 
+ | 
                        break; | 
| 1562 | 
+ | 
                } | 
| 1563 | 
  | 
                default: | 
| 1564 | 
  | 
                { | 
| 1565 | 
  | 
                        throw ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)NoViableAltException(_t); | 
| 1576 | 
  | 
 | 
| 1577 | 
  | 
void MDTreeParser::rigidbodystatement(ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST _t) { | 
| 1578 | 
  | 
        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST rigidbodystatement_AST_in = (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST(ASTNULL)) ? ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST : _t; | 
| 1579 | 
< | 
#line 234 "MDTreeParser.g" | 
| 1579 | 
> | 
#line 237 "MDTreeParser.g" | 
| 1580 | 
  | 
         | 
| 1581 | 
  | 
        vector<int> ivec; | 
| 1582 | 
  | 
        RigidBodyStamp* currRigidBodyStamp = static_cast<RigidBodyStamp*>(blockStack.top()); | 
| 1583 | 
  | 
         | 
| 1584 | 
< | 
#line 1516 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1584 | 
> | 
#line 1585 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1585 | 
  | 
         | 
| 1586 | 
  | 
        try {      // for error handling | 
| 1587 | 
  | 
                if (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST ) | 
| 1595 | 
  | 
                } | 
| 1596 | 
  | 
                case MEMBERS: | 
| 1597 | 
  | 
                { | 
| 1598 | 
< | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST __t74 = _t; | 
| 1599 | 
< | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp42_AST_in = _t; | 
| 1598 | 
> | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST __t75 = _t; | 
| 1599 | 
> | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp45_AST_in = _t; | 
| 1600 | 
  | 
                        match(_t,MEMBERS); | 
| 1601 | 
  | 
                        _t = _t->getFirstChild(); | 
| 1602 | 
  | 
                        ivec=inttuple(_t); | 
| 1603 | 
  | 
                        _t = _retTree; | 
| 1604 | 
< | 
                        _t = __t74; | 
| 1604 | 
> | 
                        _t = __t75; | 
| 1605 | 
  | 
                        _t = _t->getNextSibling(); | 
| 1606 | 
< | 
#line 240 "MDTreeParser.g" | 
| 1606 | 
> | 
#line 243 "MDTreeParser.g" | 
| 1607 | 
  | 
                        currRigidBodyStamp->setMembers(ivec); | 
| 1608 | 
< | 
#line 1540 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1608 | 
> | 
#line 1609 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1609 | 
  | 
                        break; | 
| 1610 | 
  | 
                } | 
| 1611 | 
  | 
                default: | 
| 1624 | 
  | 
 | 
| 1625 | 
  | 
void MDTreeParser::cutoffgroupstatement(ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST _t) { | 
| 1626 | 
  | 
        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST cutoffgroupstatement_AST_in = (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST(ASTNULL)) ? ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST : _t; | 
| 1627 | 
< | 
#line 253 "MDTreeParser.g" | 
| 1627 | 
> | 
#line 256 "MDTreeParser.g" | 
| 1628 | 
  | 
         | 
| 1629 | 
  | 
        vector<int> ivec; | 
| 1630 | 
  | 
        CutoffGroupStamp* currCutoffGroupStamp = static_cast<CutoffGroupStamp*>(blockStack.top()); | 
| 1631 | 
  | 
         | 
| 1632 | 
< | 
#line 1564 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1632 | 
> | 
#line 1633 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1633 | 
  | 
         | 
| 1634 | 
  | 
        try {      // for error handling | 
| 1635 | 
  | 
                if (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST ) | 
| 1643 | 
  | 
                } | 
| 1644 | 
  | 
                case MEMBERS: | 
| 1645 | 
  | 
                { | 
| 1646 | 
< | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST __t80 = _t; | 
| 1647 | 
< | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp43_AST_in = _t; | 
| 1646 | 
> | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST __t81 = _t; | 
| 1647 | 
> | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp46_AST_in = _t; | 
| 1648 | 
  | 
                        match(_t,MEMBERS); | 
| 1649 | 
  | 
                        _t = _t->getFirstChild(); | 
| 1650 | 
  | 
                        ivec=inttuple(_t); | 
| 1651 | 
  | 
                        _t = _retTree; | 
| 1652 | 
< | 
                        _t = __t80; | 
| 1652 | 
> | 
                        _t = __t81; | 
| 1653 | 
  | 
                        _t = _t->getNextSibling(); | 
| 1654 | 
< | 
#line 259 "MDTreeParser.g" | 
| 1654 | 
> | 
#line 262 "MDTreeParser.g" | 
| 1655 | 
  | 
                        currCutoffGroupStamp->setMembers(ivec); | 
| 1656 | 
< | 
#line 1588 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1656 | 
> | 
#line 1657 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1657 | 
  | 
                        break; | 
| 1658 | 
  | 
                } | 
| 1659 | 
  | 
                default: | 
| 1685 | 
  | 
        _retTree = _t; | 
| 1686 | 
  | 
} | 
| 1687 | 
  | 
 | 
| 1688 | 
+ | 
void MDTreeParser::constraintstatement(ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST _t) { | 
| 1689 | 
+ | 
        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST constraintstatement_AST_in = (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST(ASTNULL)) ? ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST : _t; | 
| 1690 | 
+ | 
#line 288 "MDTreeParser.g" | 
| 1691 | 
+ | 
         | 
| 1692 | 
+ | 
        vector<int> ivec; | 
| 1693 | 
+ | 
        ConstraintStamp* currConstraintStamp = static_cast<ConstraintStamp*>(blockStack.top()); | 
| 1694 | 
+ | 
         | 
| 1695 | 
+ | 
#line 1696 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1696 | 
+ | 
         | 
| 1697 | 
+ | 
        try {      // for error handling | 
| 1698 | 
+ | 
                if (_t == ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST ) | 
| 1699 | 
+ | 
                        _t = ASTNULL; | 
| 1700 | 
+ | 
                switch ( _t->getType()) { | 
| 1701 | 
+ | 
                case ASSIGNEQUAL: | 
| 1702 | 
+ | 
                { | 
| 1703 | 
+ | 
                        assignment(_t); | 
| 1704 | 
+ | 
                        _t = _retTree; | 
| 1705 | 
+ | 
                        break; | 
| 1706 | 
+ | 
                } | 
| 1707 | 
+ | 
                case MEMBERS: | 
| 1708 | 
+ | 
                { | 
| 1709 | 
+ | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST __t92 = _t; | 
| 1710 | 
+ | 
                        ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RefAST tmp47_AST_in = _t; | 
| 1711 | 
+ | 
                        match(_t,MEMBERS); | 
| 1712 | 
+ | 
                        _t = _t->getFirstChild(); | 
| 1713 | 
+ | 
                        ivec=inttuple(_t); | 
| 1714 | 
+ | 
                        _t = _retTree; | 
| 1715 | 
+ | 
                        _t = __t92; | 
| 1716 | 
+ | 
                        _t = _t->getNextSibling(); | 
| 1717 | 
+ | 
#line 294 "MDTreeParser.g" | 
| 1718 | 
+ | 
                        currConstraintStamp->setMembers(ivec); | 
| 1719 | 
+ | 
#line 1720 "MDTreeParser.cpp" | 
| 1720 | 
+ | 
                        break; | 
| 1721 | 
+ | 
                } | 
| 1722 | 
+ | 
                default: | 
| 1723 | 
+ | 
                { | 
| 1724 | 
+ | 
                        throw ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)NoViableAltException(_t); | 
| 1725 | 
+ | 
                } | 
| 1726 | 
+ | 
                } | 
| 1727 | 
+ | 
        } | 
| 1728 | 
+ | 
        catch (ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)RecognitionException& ex) { | 
| 1729 | 
+ | 
                reportError(ex); | 
| 1730 | 
+ | 
                if ( _t != ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)nullAST ) | 
| 1731 | 
+ | 
                        _t = _t->getNextSibling(); | 
| 1732 | 
+ | 
        } | 
| 1733 | 
+ | 
        _retTree = _t; | 
| 1734 | 
+ | 
} | 
| 1735 | 
+ | 
 | 
| 1736 | 
  | 
void MDTreeParser::initializeASTFactory( ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)ASTFactory& ) | 
| 1737 | 
  | 
{ | 
| 1738 | 
  | 
} | 
| 1752 | 
  | 
        "\"inversion\"", | 
| 1753 | 
  | 
        "\"rigidBody\"", | 
| 1754 | 
  | 
        "\"cutoffGroup\"", | 
| 1755 | 
+ | 
        "\"constraint\"", | 
| 1756 | 
+ | 
        "\"distance\"", | 
| 1757 | 
  | 
        "\"fragment\"", | 
| 1758 | 
  | 
        "\"members\"", | 
| 1759 | 
  | 
        "\"center\"", | 
| 1760 | 
+ | 
        "\"satellites\"", | 
| 1761 | 
  | 
        "\"position\"", | 
| 1762 | 
  | 
        "\"orientation\"", | 
| 1763 | 
  | 
        "\"flucQ\"", | 
| 1800 | 
  | 
        0 | 
| 1801 | 
  | 
}; | 
| 1802 | 
  | 
 | 
| 1803 | 
< | 
const unsigned long MDTreeParser::_tokenSet_0_data_[] = { 40894704UL, 0UL, 0UL, 0UL }; | 
| 1803 | 
> | 
const unsigned long MDTreeParser::_tokenSet_0_data_[] = { 327155952UL, 0UL, 0UL, 0UL }; | 
| 1804 | 
  | 
// "component" "molecule" "zconstraint" "restraint" "flucQ" "RNEMD" "minimizer"  | 
| 1805 | 
  | 
// ASSIGNEQUAL  | 
| 1806 | 
  | 
const ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)BitSet MDTreeParser::_tokenSet_0(_tokenSet_0_data_,4); | 
| 1807 | 
< | 
const unsigned long MDTreeParser::_tokenSet_1_data_[] = { 33619712UL, 0UL, 0UL, 0UL }; | 
| 1807 | 
> | 
const unsigned long MDTreeParser::_tokenSet_1_data_[] = { 268631808UL, 0UL, 0UL, 0UL }; | 
| 1808 | 
  | 
// "atom" "bond" "bend" "torsion" "inversion" "rigidBody" "cutoffGroup"  | 
| 1809 | 
< | 
// "fragment" ASSIGNEQUAL  | 
| 1809 | 
> | 
// "constraint" "fragment" ASSIGNEQUAL  | 
| 1810 | 
  | 
const ANTLR_USE_NAMESPACE(antlr)BitSet MDTreeParser::_tokenSet_1(_tokenSet_1_data_,4); | 
| 1811 | 
  | 
 | 
| 1812 | 
  | 
 |