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root/OpenMD/trunk/src/parallel/Communicator.hpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/parallel/Communicator.hpp (file contents):
Revision 1796 by gezelter, Mon Sep 10 18:38:44 2012 UTC vs.
Revision 1969 by gezelter, Wed Feb 26 14:14:50 2014 UTC

# Line 2 | Line 2
2   * @file Communicator.hpp
3   * @author Charles Vardeman <cvardema.at.nd.edu>
4   * @date 08/18/2010
5 – * @time 11:56am
5   * @version 1.0
6   *
7   * @section LICENSE
# Line 42 | Line 41
41   *                                                                      
42   * [1]  Meineke, et al., J. Comp. Chem. 26, 252-271 (2005).            
43   * [2]  Fennell & Gezelter, J. Chem. Phys. 124, 234104 (2006).          
44 < * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 24107 (2008).          
44 > * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 234107 (2008).          
45   * [4]  Kuang & Gezelter,  J. Chem. Phys. 133, 164101 (2010).
46   * [5]  Vardeman, Stocker & Gezelter, J. Chem. Theory Comput. 7, 834 (2011).
47   */
# Line 68 | Line 67 | namespace OpenMD{
67    template<class T>
68    class MPITraits {
69    public:
70 <    static MPI::Datatype Type();
70 >    static MPI_Datatype Type();
71      static int Length() { return 1; };
72    };
73    
74 <  template<> inline MPI::Datatype MPITraits<int>::Type() { return MPI::INT; }
75 <  template<> inline MPI::Datatype MPITraits<RealType>::Type() { return MPI::REALTYPE; }
74 >  template<> inline MPI_Datatype MPITraits<int>::Type() { return MPI_INT; }
75 >  template<> inline MPI_Datatype MPITraits<RealType>::Type() { return MPI_REALTYPE; }
76  
77    template<class T, unsigned int Dim>
78    class MPITraits< Vector<T, Dim> > {
79    public:
80 <    static MPI::Datatype Type() { return MPITraits<T>::Type(); }
80 >    static MPI_Datatype Type() { return MPITraits<T>::Type(); }
81      static int Length() {return Dim;}
82    };
83  
84    template<class T>
85    class MPITraits< Vector3<T> > {
86    public:
87 <    static MPI::Datatype Type() { return MPITraits<T>::Type(); }
87 >    static MPI_Datatype Type() { return MPITraits<T>::Type(); }
88      static int Length() {return 3;}
89    };
90  
91 <  template<class T, unsigned int Row, unsigned int Col>
92 <  class MPITraits< RectMatrix<T, Row, Col> > {
91 >  template<class T, unsigned int R, unsigned int C>
92 >  class MPITraits< RectMatrix<T, R, C> > {
93    public:
94 <    static MPI::Datatype Type() { return MPITraits<T>::Type(); }
95 <    static int Length() {return Row * Col;}
94 >    static MPI_Datatype Type() { return MPITraits<T>::Type(); }
95 >    static int Length() {return R * C;}
96    };
97  
98    template<class T>
99    class MPITraits< SquareMatrix3<T> > {
100    public:
101 <    static MPI::Datatype Type() { return MPITraits<T>::Type(); }
101 >    static MPI_Datatype Type() { return MPITraits<T>::Type(); }
102      static int Length() {return 9;}
103    };
104    
# Line 110 | Line 109 | namespace OpenMD{
109      
110      Communicator<D>() {
111        
112 <      int nProc = MPI::COMM_WORLD.Get_size();
113 <      int myRank = MPI::COMM_WORLD.Get_rank();
112 >      int nProc;
113 >      int myRank;
114 >
115 >      MPI_Comm_size( MPI_COMM_WORLD, &nProc);
116 >      MPI_Comm_rank( MPI_COMM_WORLD, &myRank);
117        
118        int nColumnsMax = (int) sqrt(RealType(nProc));
119  
# Line 120 | Line 122 | namespace OpenMD{
122          if (nProc % i == 0) nColumns = i;        
123        }
124          
125 +      // int nRows = nProc / nColumns;
126        rowIndex_ = myRank / nColumns;      
127        columnIndex_ = myRank % nColumns;
128  
129        switch(D) {
130        case Row :
131 <        myComm = MPI::COMM_WORLD.Split(rowIndex_, 0);
131 >        MPI_Comm_split(MPI_COMM_WORLD, rowIndex_, 0, &myComm);
132 >        //  myComm = MPI::COMM_WORLD.Split(rowIndex_, 0);
133          break;
134        case Column:
135 <        myComm = MPI::COMM_WORLD.Split(columnIndex_, 0);
135 >        MPI_Comm_split(MPI_COMM_WORLD, columnIndex_, 0, &myComm);
136 >        //myComm = MPI::COMM_WORLD.Split(columnIndex_, 0);
137          break;
138        case Global:
139 <        myComm = MPI::COMM_WORLD.Split(myRank, 0);
139 >        MPI_Comm_split(MPI_COMM_WORLD, myRank, 0, &myComm);
140 >        //myComm = MPI::COMM_WORLD.Split(myRank, 0);
141        }
142  
143      }
144      
145 <    MPI::Intracomm getComm() { return myComm; }
145 >    MPI_Comm getComm() { return myComm; }
146      
147    private:
148      int rowIndex_;
149      int columnIndex_;
150 <    MPI::Intracomm myComm;
150 >    MPI_Comm myComm;
151    };
152    
153  
# Line 149 | Line 155 | namespace OpenMD{
155    class Plan {
156    public:
157      
158 <    Plan<T>(MPI::Intracomm comm, int nObjects) {
159 <      myComm = comm;
160 <      int nCommProcs = myComm.Get_size();
158 >    Plan<T>(MPI_Comm comm, int nObjects) : myComm(comm) {
159 >
160 >      int nCommProcs;
161 >      MPI_Comm_size( myComm, &nCommProcs );
162 >
163 >      //int nCommProcs = myComm.Get_size();
164        
165        counts.resize(nCommProcs, 0);
166        displacements.resize(nCommProcs, 0);
167        
168        planSize_ = MPITraits<T>::Length() * nObjects;
169        
170 <      myComm.Allgather(&planSize_, 1, MPI::INT, &counts[0], 1, MPI::INT);
170 >      MPI_Allgather(&planSize_, 1, MPI_INT, &counts[0], 1, MPI_INT, myComm);
171 >      //myComm.Allgather(&planSize_, 1, MPI_INT, &counts[0], 1, MPI_INT);
172        
173        displacements[0] = 0;
174        for (int i = 1; i < nCommProcs; i++) {
# Line 177 | Line 187 | namespace OpenMD{
187        // an assert would be helpful here to make sure the vectors are the
188        // correct geometry
189        
190 <      myComm.Allgatherv(&v1[0],
191 <                        planSize_,
192 <                        MPITraits<T>::Type(),
193 <                        &v2[0],
194 <                        &counts[0],
195 <                        &displacements[0],
196 <                        MPITraits<T>::Type());      
190 >      MPI_Allgatherv(&v1[0],
191 >                     planSize_,
192 >                     MPITraits<T>::Type(),
193 >                     &v2[0],
194 >                     &counts[0],
195 >                     &displacements[0],
196 >                     MPITraits<T>::Type(),
197 >                     myComm);
198 >      // myComm.Allgatherv(&v1[0],
199 >      //                   planSize_,
200 >      //                   MPITraits<T>::Type(),
201 >      //                   &v2[0],
202 >      //                   &counts[0],
203 >      //                   &displacements[0],
204 >      //                   MPITraits<T>::Type());      
205      }      
206      
207      void scatter(vector<T>& v1, vector<T>& v2) {
208        // an assert would be helpful here to make sure the vectors are the
209        // correct geometry
210              
211 <      myComm.Reduce_scatter(&v1[0], &v2[0], &counts[0],
212 <                            MPITraits<T>::Type(), MPI::SUM);
211 >      MPI_Reduce_scatter(&v1[0], &v2[0], &counts[0],
212 >                         MPITraits<T>::Type(), MPI_SUM, myComm);
213 >
214 >      // myComm.Reduce_scatter(&v1[0], &v2[0], &counts[0],
215 >      //                       MPITraits<T>::Type(), MPI::SUM);
216      }
217      
218      int getSize() {
# Line 203 | Line 224 | namespace OpenMD{
224      int size_;
225      vector<int> counts;
226      vector<int> displacements;
227 <    MPI::Intracomm myComm;
227 >    MPI_Comm myComm;
228    };
229  
230   #endif

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines