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root/OpenMD/trunk/src/primitives/CutoffGroup.hpp
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Comparing trunk/src/primitives/CutoffGroup.hpp (file contents):
Revision 430 by tim, Thu Mar 10 23:56:42 2005 UTC vs.
Revision 963 by tim, Wed May 17 21:51:42 2006 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < /*
1 > /*
2   * Copyright (c) 2005 The University of Notre Dame. All Rights Reserved.
3   *
4   * The University of Notre Dame grants you ("Licensee") a
# Line 47 | Line 47 | namespace oopse {
47   #include "math/Vector3.hpp"
48  
49   namespace oopse {
50 < class CutoffGroup {
51 <    public:
50 >  class CutoffGroup {
51 >  public:
52  
53 <        CutoffGroup() {
54 <            haveTotalMass = false;
55 <            totalMass = 0.0;
56 <        }
53 >    CutoffGroup() {
54 >      haveTotalMass = false;
55 >      totalMass = 0.0;
56 >    }
57  
58 <        void addAtom(Atom *atom) {
59 <            cutoffAtomList.push_back(atom);
60 <        }
58 >    void addAtom(Atom *atom) {
59 >      cutoffAtomList.push_back(atom);
60 >    }
61  
62 <        Atom *beginAtom(std::vector<Atom *>::iterator & i) {
63 <            i = cutoffAtomList.begin();
64 <            return i != cutoffAtomList.end() ? *i : NULL;
65 <        }
62 >    Atom *beginAtom(std::vector<Atom *>::iterator & i) {
63 >      i = cutoffAtomList.begin();
64 >      return i != cutoffAtomList.end() ? *i : NULL;
65 >    }
66  
67 <        Atom *nextAtom(std::vector<Atom *>::iterator & i) {
68 <            i++;
69 <            return i != cutoffAtomList.end() ? *i : NULL;
70 <        }
67 >    Atom *nextAtom(std::vector<Atom *>::iterator & i) {
68 >      i++;
69 >      return i != cutoffAtomList.end() ? *i : NULL;
70 >    }
71  
72 <        std::vector<Atom*> getAtoms() { return cutoffAtomList; }
73 <        double getMass() {
74 <            std::vector<Atom *>::iterator i;
75 <            Atom * atom;
76 <            double mass;
72 >    std::vector<Atom*> getAtoms() { return cutoffAtomList; }
73 >    RealType getMass() {
74 >      std::vector<Atom *>::iterator i;
75 >      Atom * atom;
76 >      RealType mass;
77  
78 <            if (!haveTotalMass) {
79 <                totalMass = 0;
78 >      if (!haveTotalMass) {
79 >        totalMass = 0;
80  
81 <                for(atom = beginAtom(i); atom != NULL; atom = nextAtom(i)) {
82 <                    mass = atom->getMass();
83 <                    totalMass += mass;
84 <                }
81 >        for(atom = beginAtom(i); atom != NULL; atom = nextAtom(i)) {
82 >          mass = atom->getMass();
83 >          totalMass += mass;
84 >        }
85  
86 <                haveTotalMass = true;
87 <            }
86 >        haveTotalMass = true;
87 >      }
88  
89 <            return totalMass;
90 <        }
89 >      return totalMass;
90 >    }
91  
92 <        void getCOM(Vector3d & com) {
93 <            std::vector<Atom *>::iterator i;
94 <            Atom * atom;
95 <            Vector3d pos;
96 <            double mass;
92 >    void getCOM(Vector3d & com) {
93 >      std::vector<Atom *>::iterator i;
94 >      Atom * atom;
95 >      Vector3d pos;
96 >      RealType mass;
97  
98 <            com[0] = 0;
99 <            com[1] = 0;
100 <            com[2] = 0;
101 <            totalMass = getMass();
98 >      com[0] = 0;
99 >      com[1] = 0;
100 >      com[2] = 0;
101 >      totalMass = getMass();
102  
103 <            if (cutoffAtomList.size() == 1) {
104 <                com = beginAtom(i)->getPos();
105 <            } else {
106 <                for(atom = beginAtom(i); atom != NULL; atom = nextAtom(i)) {
107 <                    mass = atom->getMass();
108 <                    pos = atom->getPos();
109 <                    com += pos * mass;
110 <                }
103 >      if (cutoffAtomList.size() == 1) {
104 >        com = beginAtom(i)->getPos();
105 >      } else {
106 >        for(atom = beginAtom(i); atom != NULL; atom = nextAtom(i)) {
107 >          mass = atom->getMass();
108 >          pos = atom->getPos();
109 >          com += pos * mass;
110 >        }
111  
112 <                com /= totalMass;
113 <            }
114 <        }
112 >        com /= totalMass;
113 >      }
114 >    }
115  
116 <        int getNumAtom() {
117 <            return cutoffAtomList.size();
118 <        }
116 >    int getNumAtom() {
117 >      return cutoffAtomList.size();
118 >    }
119  
120 <        int getGlobalIndex() {
121 <            return globalIndex;
122 <        }
120 >    int getGlobalIndex() {
121 >      return globalIndex;
122 >    }
123  
124 <        void setGlobalIndex(int id) {
125 <            this->globalIndex = id;
126 <        }
124 >    void setGlobalIndex(int id) {
125 >      this->globalIndex = id;
126 >    }
127  
128 <    private:
128 >  private:
129  
130 <        std::vector<Atom *>cutoffAtomList;
131 <        bool haveTotalMass;
132 <        double totalMass;
133 <        int globalIndex;
134 < };
130 >    std::vector<Atom *>cutoffAtomList;
131 >    bool haveTotalMass;
132 >    RealType totalMass;
133 >    int globalIndex;
134 >  };
135  
136   }      //end namespace oopse
137  

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+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines