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root/OpenMD/trunk/src/selection/SelectionEvaluator.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/selection/SelectionEvaluator.cpp (file contents):
Revision 278 by tim, Tue Feb 1 22:49:23 2005 UTC vs.
Revision 295 by tim, Mon Feb 7 19:13:18 2005 UTC

# Line 39 | Line 39
39   * such damages.
40   */
41  
42 + #include <stack>
43   #include "selection/SelectionEvaluator.hpp"
44 + #include "primitives/Atom.hpp"
45 + #include "primitives/DirectionalAtom.hpp"
46 + #include "primitives/RigidBody.hpp"
47 + #include "primitives/Molecule.hpp"
48 +
49   namespace oopse {
50  
51  
52 + SelectionEvaluator::SelectionEvaluator(SimInfo* si) : info(si), nameFinder(info), distanceFinder(info), isLoaded_(false){
53 +    nStuntDouble = info->getNGlobalAtoms() + info->getNRigidBodies();
54 + }            
55 +
56   bool SelectionEvaluator::loadScript(const std::string& filename, const std::string& script) {
57 +    clearDefinitionsAndLoadPredefined();
58      this->filename = filename;
59      this->script = script;
60      if (! compiler.compile(filename, script)) {
61          error = true;
62          errorMessage = compiler.getErrorMessage();
63 +        std::cerr << "SelectionCompiler Error: " << errorMessage << std::endl;
64          return false;
65      }
66  
# Line 56 | Line 68 | bool SelectionEvaluator::loadScript(const std::string&
68      aatoken = compiler.getAatokenCompiled();
69      linenumbers = compiler.getLineNumbers();
70      lineIndices = compiler.getLineIndices();
71 +
72 +    std::vector<std::vector<Token> >::const_iterator i;  
73 +
74 +    isDynamic_ = false;
75 +    for (i = aatoken.begin(); i != aatoken.end(); ++i) {
76 +        if (containDynamicToken(*i)) {
77 +            isDynamic_ = true;
78 +            break;
79 +        }
80 +    }
81 +
82 +    isLoaded_ = true;
83      return true;
84   }
85  
86   void SelectionEvaluator::clearState() {
87 <    for (int i = scriptLevelMax; --i >= 0; )
88 <        stack[i] = null;
89 <    scriptLevel = 0;
87 >    //for (int i = scriptLevelMax; --i >= 0; )
88 >    //    stack[i].clear();
89 >    //scriptLevel = 0;
90      error = false;
91 <    errorMessage = null;
91 >    errorMessage = "";
92   }
93  
94   bool SelectionEvaluator::loadScriptString(const std::string& script) {
95      clearState();
96 <    return loadScript(null, script);
96 >    return loadScript("", script);
97   }
98  
99   bool SelectionEvaluator::loadScriptFile(const std::string& filename) {
# Line 77 | Line 101 | bool SelectionEvaluator::loadScriptFile(const std::str
101      return loadScriptFileInternal(filename);
102   }
103  
104 + bool SelectionEvaluator::loadScriptFileInternal(const  std::string & filename) {
105 +    ifstream ifs(filename.c_str());
106 +    if (!ifs.is_open()) {
107 +        return false;
108 +    }
109  
110 < void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(){
110 >    const int bufferSize = 65535;
111 >    char buffer[bufferSize];
112 >    std::string script;
113 >    while(ifs.getline(buffer, bufferSize)) {
114 >        script += buffer;
115 >    }
116 >    return loadScript(filename, script);
117 > }
118  
119 <    while ( pc < aatoken.length) {
119 > void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(BitSet& bs){
120 >    
121 >    while ( pc < aatoken.size()) {
122          statement = aatoken[pc++];
123 <        statementLength = statement.length;
123 >        statementLength = statement.size();
124          Token token = statement[0];
125          switch (token.tok) {
126 <            case Token.define:
126 >            case Token::define:
127                  define();
128              break;
129 <            case Token.select:
130 <                select();
129 >            case Token::select:
130 >                select(bs);
131              break;
132              default:
133                  unrecognizedCommand(token);
134              return;
135          }
136      }
137 +
138   }
139  
140 <  void SelectionEvaluator::predefine(String script) {
102 <    if (compiler.compile("#predefine", script)) {
103 <      Token [][] aatoken = compiler.getAatokenCompiled();
104 <      if (aatoken.length != 1) {
105 <        viewer.scriptStatus("predefinition does not have exactly 1 command:"
106 <                            + script);
107 <        return;
108 <      }
109 <      Token[] statement = aatoken[0];
110 <      if (statement.length > 2) {
111 <        int tok = statement[1].tok;
112 <        if (tok == Token.identifier ||
113 <            (tok & Token.predefinedset) == Token.predefinedset) {
114 <          String variable = (String)statement[1].value;
115 <          variables.put(variable, statement);
116 <        } else {
117 <          viewer.scriptStatus("invalid variable name:" + script);
118 <        }
119 <      } else {
120 <        viewer.scriptStatus("bad predefinition length:" + script);
121 <      }
122 <    } else {
123 <      viewer.scriptStatus("predefined set compile error:" + script +
124 <                          "\ncompile error:" + compiler.getErrorMessage());
125 <    }
126 <  }
127 <
128 <
129 <
130 <  BitSet SelectionEvaluator::expression(Token[] code, int pcStart) throws ScriptException {
131 <    int numberOfAtoms = viewer.getAtomCount();
140 >  BitSet SelectionEvaluator::expression(const std::vector<Token>& code, int pcStart) {
141      BitSet bs;
142 <    BitSet[] stack = new BitSet[10];
143 <    int sp = 0;
144 <
136 <    for (int pc = pcStart; ; ++pc) {
142 >    std::stack<BitSet> stack;
143 >    
144 >    for (int pc = pcStart; pc < code.size(); ++pc) {
145        Token instruction = code[pc];
146 <      if (logMessages)
139 <        viewer.scriptStatus("instruction=" + instruction);
146 >
147        switch (instruction.tok) {
148 <      case Token.expressionBegin:
148 >      case Token::expressionBegin:
149          break;
150 <      case Token.expressionEnd:
144 <        break expression_loop;
145 <      case Token.all:
146 <        bs = stack[sp++] = new BitSet(numberOfAtoms);
147 <        for (int i = numberOfAtoms; --i >= 0; )
148 <          bs.set(i);
150 >      case Token::expressionEnd:
151          break;
152 <      case Token.none:
153 <        stack[sp++] = new BitSet();
152 >      case Token::all:
153 >        bs = BitSet(nStuntDouble);
154 >        bs.setAll();
155 >        stack.push(bs);            
156          break;
157 <      case Token.opOr:
158 <        bs = stack[--sp];
159 <        stack[sp-1].or(bs);
157 >      case Token::none:
158 >        bs = BitSet(nStuntDouble);
159 >        stack.push(bs);            
160          break;
161 <      case Token.opAnd:
162 <        bs = stack[--sp];
163 <        stack[sp-1].and(bs);
161 >      case Token::opOr:
162 >        bs = stack.top();
163 >        stack.pop();
164 >        stack.top() |= bs;
165          break;
166 <      case Token.opNot:
167 <        bs = stack[sp - 1];
168 <        notSet(bs);
166 >      case Token::opAnd:
167 >        bs = stack.top();
168 >        stack.pop();
169 >        stack.top() &= bs;
170          break;
171 <      case Token.within:
172 <        bs = stack[sp - 1];
167 <        stack[sp - 1] = new BitSet();
168 <        withinInstruction(instruction, bs, stack[sp - 1]);
171 >      case Token::opNot:
172 >        stack.top().flip();
173          break;
174 <      case Token.selected:
175 <        stack[sp++] = copyBitSet(viewer.getSelectionSet());
174 >      case Token::within:
175 >
176 >        withinInstruction(instruction, stack.top());
177          break;
178 <      case Token.y:
179 <      case Token.amino:
180 <      case Token.backbone:
181 <      case Token.solvent:
182 <      case Token.identifier:
178 <      case Token.sidechain:
179 <      case Token.surface:
180 <        stack[sp++] = lookupIdentifierValue((String)instruction.value);
178 >      //case Token::selected:
179 >      //  stack.push(getSelectionSet());
180 >      //  break;
181 >      case Token::name:
182 >        stack.push(nameInstruction(boost::any_cast<std::string>(instruction.value)));
183          break;
184 <      case Token.opLT:
185 <      case Token.opLE:
184 <      case Token.opGE:
185 <      case Token.opGT:
186 <      case Token.opEQ:
187 <      case Token.opNE:
188 <        bs = stack[sp++] = new BitSet();
189 <        comparatorInstruction(instruction, bs);
184 >      case Token::index:
185 >        stack.push(indexInstruction(instruction.value));
186          break;
187 +      case Token::identifier:
188 +        stack.push(lookupValue(boost::any_cast<std::string>(instruction.value)));
189 +        break;
190 +      case Token::opLT:
191 +      case Token::opLE:
192 +      case Token::opGE:
193 +      case Token::opGT:
194 +      case Token::opEQ:
195 +      case Token::opNE:
196 +        stack.push(comparatorInstruction(instruction));
197 +        break;
198        default:
199          unrecognizedExpression();
200        }
201      }
202 <    if (sp != 1)
202 >    if (stack.size() != 1)
203        evalError("atom expression compiler error - stack over/underflow");
204 <    return stack[0];
204 >          
205 >    return stack.top();
206    }
207  
208  
209  
210 <  void SelectionEvaluator::comparatorInstruction(Token instruction, BitSet bs) {
210 > BitSet SelectionEvaluator::comparatorInstruction(const Token& instruction) {
211      int comparator = instruction.tok;
212      int property = instruction.intValue;
213 <    float propertyValue = 0; // just for temperature
214 <    int comparisonValue = ((Integer)instruction.value).intValue();
215 <    int numberOfAtoms = viewer.getAtomCount();
216 <    Frame frame = viewer.getFrame();
217 <    for (int i = 0; i < numberOfAtoms; ++i) {
218 <      Atom atom = frame.getAtomAt(i);
219 <      switch (property) {
220 <      case Token.atomno:
221 <        propertyValue = atom.getAtomNumber();
222 <        break;
223 <      case Token.elemno:
224 <        propertyValue = atom.getElementNumber();
225 <        break;
226 <      case Token.temperature:
227 <        propertyValue = atom.getBfactor100();
228 <        if (propertyValue < 0)
229 <          continue;
230 <        propertyValue /= 100;
231 <        break;
232 <      case Token._atomID:
233 <        propertyValue = atom.getSpecialAtomID();
234 <        if (propertyValue < 0)
227 <          continue;
228 <        break;
229 <      case Token._structure:
230 <        propertyValue = getProteinStructureType(atom);
231 <        if (propertyValue == -1)
232 <          continue;
233 <        break;
234 <      case Token.radius:
235 <        propertyValue = atom.getRasMolRadius();
236 <        break;
237 <      case Token._bondedcount:
238 <        propertyValue = atom.getCovalentBondCount();
239 <        break;
240 <      case Token.model:
241 <        propertyValue = atom.getModelTagNumber();
242 <        break;
243 <      default:
244 <        unrecognizedAtomProperty(property);
245 <      }
246 <      boolean match = false;
247 <      switch (comparator) {
248 <      case Token.opLT:
249 <        match = propertyValue < comparisonValue;
250 <        break;
251 <      case Token.opLE:
252 <        match = propertyValue <= comparisonValue;
253 <        break;
254 <      case Token.opGE:
255 <        match = propertyValue >= comparisonValue;
256 <        break;
257 <      case Token.opGT:
258 <        match = propertyValue > comparisonValue;
259 <        break;
260 <      case Token.opEQ:
261 <        match = propertyValue == comparisonValue;
262 <        break;
263 <      case Token.opNE:
264 <        match = propertyValue != comparisonValue;
265 <        break;
266 <      }
267 <      if (match)
268 <        bs.set(i);
213 >    float comparisonValue = boost::any_cast<float>(instruction.value);
214 >    float propertyValue;
215 >    BitSet bs(nStuntDouble);
216 >    bs.clearAll();
217 >    
218 >    SimInfo::MoleculeIterator mi;
219 >    Molecule* mol;
220 >    Molecule::AtomIterator ai;
221 >    Atom* atom;
222 >    Molecule::RigidBodyIterator rbIter;
223 >    RigidBody* rb;
224 >    
225 >    for (mol = info->beginMolecule(mi); mol != NULL; mol = info->nextMolecule(mi)) {
226 >
227 >        for(atom = mol->beginAtom(ai); atom != NULL; atom = mol->nextAtom(ai)) {
228 >            compareProperty(atom, bs, property, comparator, comparisonValue);
229 >        }
230 >        
231 >        //change the positions of atoms which belong to the rigidbodies
232 >        for (rb = mol->beginRigidBody(rbIter); rb != NULL; rb = mol->nextRigidBody(rbIter)) {
233 >            compareProperty(rb, bs, property, comparator, comparisonValue);
234 >        }        
235      }
270 –  }
236  
237 < void SelectionEvaluator::withinInstruction(Token instruction, BitSet bs, BitSet bsResult)
237 >    return bs;
238 > }
239  
240 <    Object withinSpec = instruction.value;
241 <    if (withinSpec instanceof Float) {
242 <        withinDistance(((Float)withinSpec).floatValue(), bs, bsResult);
243 <        return;
240 > void SelectionEvaluator::compareProperty(StuntDouble* sd, BitSet& bs, int property, int comparator, float comparisonValue) {
241 >        double propertyValue;
242 >        switch (property) {
243 >        case Token::mass:
244 >            propertyValue = sd->getMass();
245 >            break;
246 >        case Token::charge:
247 >            return;
248 >            //break;
249 >        case Token::dipole:
250 >            return;
251 >            //break;
252 >        default:
253 >            unrecognizedAtomProperty(property);
254 >        }
255 >        
256 >        bool match = false;
257 >        switch (comparator) {
258 >            case Token::opLT:
259 >                match = propertyValue < comparisonValue;
260 >                break;
261 >            case Token::opLE:
262 >                match = propertyValue <= comparisonValue;
263 >                break;
264 >            case Token::opGE:
265 >                match = propertyValue >= comparisonValue;
266 >                break;
267 >            case Token::opGT:
268 >                match = propertyValue > comparisonValue;
269 >                break;
270 >            case Token::opEQ:
271 >                match = propertyValue == comparisonValue;
272 >                break;
273 >            case Token::opNE:
274 >                match = propertyValue != comparisonValue;
275 >                break;
276 >        }
277 >        if (match)
278 >            bs.setBitOn(sd->getGlobalIndex());
279 >
280 > }
281 >
282 > void SelectionEvaluator::withinInstruction(const Token& instruction, BitSet& bs){
283 >    
284 >    boost::any withinSpec = instruction.value;
285 >    float distance;
286 >    if (withinSpec.type() == typeid(float)){
287 >        distance = boost::any_cast<float>(withinSpec);
288 >    } else if (withinSpec.type() == typeid(int)) {
289 >        distance = boost::any_cast<int>(withinSpec);    
290 >    } else {
291 >        evalError("casting error in withinInstruction");
292 >        bs.clearAll();
293      }
294 <    evalError("Unrecognized within parameter:" + withinSpec);
294 >    
295 >    bs = distanceFinder.find(bs, distance);            
296   }
297  
298 <  void SelectionEvaluator::withinDistance(float distance, BitSet bs, BitSet bsResult) {
299 <    Frame frame = viewer.getFrame();
300 <    for (int i = frame.getAtomCount(); --i >= 0; ) {
301 <      if (bs.get(i)) {
302 <        Atom atom = frame.getAtomAt(i);
303 <        AtomIterator iterWithin =
304 <          frame.getWithinIterator(atom, distance);
305 <        while (iterWithin.hasNext())
306 <          bsResult.set(iterWithin.next().getAtomIndex());
307 <      }
298 > void SelectionEvaluator::define() {
299 >    assert(statement.size() >= 3);
300 >
301 >    std::string variable = boost::any_cast<std::string>(statement[1].value);
302 >
303 >    variables.insert(std::make_pair(variable, expression(statement, 2)));
304 > }
305 >
306 >
307 > /** @todo */
308 > void SelectionEvaluator::predefine(const std::string& script) {
309 >
310 >    if (compiler.compile("#predefine", script)) {
311 >        std::vector<std::vector<Token> > aatoken = compiler.getAatokenCompiled();
312 >        if (aatoken.size() != 1) {
313 >            evalError("predefinition does not have exactly 1 command:"
314 >                + script);
315 >            return;
316 >        }
317 >        std::vector<Token> statement = aatoken[0];
318 >        if (statement.size() > 2) {
319 >            int tok = statement[1].tok;
320 >            if (tok == Token::identifier || (tok & Token::predefinedset) == Token::predefinedset) {
321 >                std::string variable = boost::any_cast<std::string>(statement[1].value);
322 >                variables.insert(std::make_pair(variable, statement));
323 >
324 >            } else {
325 >                evalError("invalid variable name:" + script);
326 >            }
327 >        }else {
328 >            evalError("bad predefinition length:" + script);
329 >        }
330 >
331 >        
332 >    } else {
333 >        evalError("predefined set compile error:" + script +
334 >          "\ncompile error:" + compiler.getErrorMessage());
335      }
293 –  }
336  
295 –  void SelectionEvaluator::define() throws ScriptException {
296 –    String variable = (String)statement[1].value;
297 –    variables.put(variable, (expression(statement, 2)));
298 –  }
337   }
338  
339 <  void SelectionEvaluator::predefine(Token[] statement) {
340 <    String variable = (String)statement[1].value;
341 <    variables.put(variable, statement);
304 <  }
339 > void SelectionEvaluator::select(BitSet& bs){
340 >    bs = expression(statement, 1);
341 > }
342  
343 <  void SelectionEvaluator::select(){
344 <    // NOTE this is called by restrict()
345 <    if (statementLength == 1) {
346 <      viewer.selectAll();
347 <      if (!viewer.getRasmolHydrogenSetting())
348 <        viewer.excludeSelectionSet(getHydrogenSet());
349 <      if (!viewer.getRasmolHeteroSetting())
350 <        viewer.excludeSelectionSet(getHeteroSet());
343 > BitSet SelectionEvaluator::lookupValue(const std::string& variable){
344 >
345 >    BitSet bs(nStuntDouble);
346 >    std::map<std::string, boost::any>::iterator i = variables.find(variable);
347 >    
348 >    if (i != variables.end()) {
349 >        if (i->second.type() == typeid(BitSet)) {
350 >            return boost::any_cast<BitSet>(i->second);
351 >        } else if (i->second.type() ==  typeid(std::vector<Token>)){
352 >            bs = expression(boost::any_cast<std::vector<Token> >(i->second), 2);
353 >            i->second =  bs; /**@todo fixme */
354 >            return bs;
355 >        }
356      } else {
357 <      viewer.setSelectionSet(expression(statement, 1));
357 >        unrecognizedIdentifier(variable);
358      }
359 <    viewer.scriptStatus("" + viewer.getSelectionCount() + " atoms selected");
360 <  }
361 <  
362 <  }
359 >
360 >    return bs;
361 > }
362 >
363 > BitSet SelectionEvaluator::nameInstruction(const std::string& name){
364 >    
365 >    return nameFinder.match(name);
366 >
367 > }    
368 >
369 > bool SelectionEvaluator::containDynamicToken(const std::vector<Token>& tokens){
370 >    std::vector<Token>::const_iterator i;
371 >    for (i = tokens.begin(); i != tokens.end(); ++i) {
372 >        if (i->tok & Token::dynamic) {
373 >            return true;
374 >        }
375 >    }
376 >
377 >    return false;
378 > }    
379 >
380 > void SelectionEvaluator::clearDefinitionsAndLoadPredefined() {
381 >    variables.clear();
382 >    //load predefine
383 >    //predefine();
384 > }
385 >
386 > BitSet SelectionEvaluator::evaluate() {
387 >    BitSet bs(nStuntDouble);
388 >    if (isLoaded_) {
389 >        instructionDispatchLoop(bs);
390 >    }
391 >
392 >    return bs;
393 > }
394 >
395 > BitSet SelectionEvaluator::indexInstruction(const boost::any& value) {
396 >    BitSet bs(nStuntDouble);
397 >
398 >    if (value.type() == typeid(int)) {
399 >        int index = boost::any_cast<int>(value);
400 >        if (index < 0 || index >= bs.size()) {
401 >            invalidIndex(index);
402 >        } else {
403 >            bs.setBitOn(index);
404 >        }
405 >    } else if (value.type() == typeid(std::pair<int, int>)) {
406 >        std::pair<int, int> indexRange= boost::any_cast<std::pair<int, int> >(value);
407 >        assert(indexRange.first <= indexRange.second);
408 >        if (indexRange.first < 0 || indexRange.second >= bs.size()) {
409 >            invalidIndexRange(indexRange);
410 >        }else {
411 >            bs.setRangeOn(indexRange.first, indexRange.second);
412 >        }
413 >    }
414 >
415 >    return bs;
416 > }
417 >
418 > //BitSet SelectionEvaluator::evaluate(int frameNo) {
419 > //
420 > //}
421 >
422 > }

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> Changed lines