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root/OpenMD/trunk/src/selection/SelectionEvaluator.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/selection/SelectionEvaluator.cpp (file contents):
Revision 282 by tim, Thu Feb 3 14:04:59 2005 UTC vs.
Revision 301 by chrisfen, Mon Feb 7 20:39:36 2005 UTC

# Line 39 | Line 39
39   * such damages.
40   */
41  
42 + #include <stack>
43   #include "selection/SelectionEvaluator.hpp"
44 + #include "primitives/Atom.hpp"
45 + #include "primitives/DirectionalAtom.hpp"
46 + #include "primitives/RigidBody.hpp"
47 + #include "primitives/Molecule.hpp"
48 +
49   namespace oopse {
50  
51  
52 + SelectionEvaluator::SelectionEvaluator(SimInfo* si) : info(si), nameFinder(info), distanceFinder(info), isLoaded_(false){
53 +    nStuntDouble = info->getNGlobalAtoms() + info->getNRigidBodies();
54 + }            
55 +
56   bool SelectionEvaluator::loadScript(const std::string& filename, const std::string& script) {
57 +    clearDefinitionsAndLoadPredefined();
58      this->filename = filename;
59      this->script = script;
60      if (! compiler.compile(filename, script)) {
61          error = true;
62          errorMessage = compiler.getErrorMessage();
63 +        std::cerr << "SelectionCompiler Error: " << errorMessage << std::endl;
64          return false;
65      }
66  
# Line 56 | Line 68 | bool SelectionEvaluator::loadScript(const std::string&
68      aatoken = compiler.getAatokenCompiled();
69      linenumbers = compiler.getLineNumbers();
70      lineIndices = compiler.getLineIndices();
71 +
72 +    std::vector<std::vector<Token> >::const_iterator i;  
73 +
74 +    isDynamic_ = false;
75 +    for (i = aatoken.begin(); i != aatoken.end(); ++i) {
76 +        if (containDynamicToken(*i)) {
77 +            isDynamic_ = true;
78 +            break;
79 +        }
80 +    }
81 +
82 +    isLoaded_ = true;
83      return true;
84   }
85  
86   void SelectionEvaluator::clearState() {
87 <    for (int i = scriptLevelMax; --i >= 0; )
88 <        stack[i].clear();
89 <    scriptLevel = 0;
87 >    //for (int i = scriptLevelMax; --i >= 0; )
88 >    //    stack[i].clear();
89 >    //scriptLevel = 0;
90      error = false;
91      errorMessage = "";
92   }
# Line 77 | Line 101 | bool SelectionEvaluator::loadScriptFile(const std::str
101      return loadScriptFileInternal(filename);
102   }
103  
104 < bool SelectionEvaluator::loadScriptFileInternal(const  string & filename) {
104 > bool SelectionEvaluator::loadScriptFileInternal(const  std::string & filename) {
105 >  std::ifstream ifs(filename.c_str());
106 >    if (!ifs.is_open()) {
107 >        return false;
108 >    }
109  
110 +    const int bufferSize = 65535;
111 +    char buffer[bufferSize];
112 +    std::string script;
113 +    while(ifs.getline(buffer, bufferSize)) {
114 +        script += buffer;
115 +    }
116 +    return loadScript(filename, script);
117   }
118  
119 < void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(){
120 <
119 > void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(BitSet& bs){
120 >    
121      while ( pc < aatoken.size()) {
122          statement = aatoken[pc++];
123          statementLength = statement.size();
# Line 92 | Line 127 | void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(){
127                  define();
128              break;
129              case Token::select:
130 <                select();
130 >                select(bs);
131              break;
132              default:
133                  unrecognizedCommand(token);
134              return;
135          }
136      }
137 +
138   }
139  
140 <  BitSet SelectionEvaluator::expression(std::vector<Token>& code, int pcStart) {
105 <    int numberOfAtoms = viewer.getAtomCount();
140 >  BitSet SelectionEvaluator::expression(const std::vector<Token>& code, int pcStart) {
141      BitSet bs;
142 <    BitSet[] stack = new BitSet[10];
143 <    int sp = 0;
144 <
110 <    for (int pc = pcStart; ; ++pc) {
142 >    std::stack<BitSet> stack;
143 >    
144 >    for (int pc = pcStart; pc < code.size(); ++pc) {
145        Token instruction = code[pc];
146  
147        switch (instruction.tok) {
# Line 116 | Line 150 | void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(){
150        case Token::expressionEnd:
151          break;
152        case Token::all:
153 <        bs = stack[sp++] = new BitSet(numberOfAtoms);
154 <        for (int i = numberOfAtoms; --i >= 0; )
155 <          bs.set(i);
153 >        bs = BitSet(nStuntDouble);
154 >        bs.setAll();
155 >        stack.push(bs);            
156          break;
157        case Token::none:
158 <        stack[sp++] = new BitSet();
158 >        bs = BitSet(nStuntDouble);
159 >        stack.push(bs);            
160          break;
161        case Token::opOr:
162 <        bs = stack[--sp];
163 <        stack[sp-1].or(bs);
162 >        bs = stack.top();
163 >        stack.pop();
164 >        stack.top() |= bs;
165          break;
166        case Token::opAnd:
167 <        bs = stack[--sp];
168 <        stack[sp-1].and(bs);
167 >        bs = stack.top();
168 >        stack.pop();
169 >        stack.top() &= bs;
170          break;
171        case Token::opNot:
172 <        bs = stack[sp - 1];
136 <        notSet(bs);
172 >        stack.top().flip();
173          break;
174        case Token::within:
175 <        bs = stack[sp - 1];
176 <        stack[sp - 1] = new BitSet();
141 <        withinInstruction(instruction, bs, stack[sp - 1]);
175 >
176 >        withinInstruction(instruction, stack.top());
177          break;
178 <      case Token::selected:
179 <        stack[sp++] = copyBitSet(viewer.getSelectionSet());
180 <        break;
178 >      //case Token::selected:
179 >      //  stack.push(getSelectionSet());
180 >      //  break;
181        case Token::name:
182 <
182 >        stack.push(nameInstruction(boost::any_cast<std::string>(instruction.value)));
183          break;
184 <      case  Token::index:
185 <        
184 >      case Token::index:
185 >        stack.push(indexInstruction(instruction.value));
186          break;
152 –      case Token::molname:  
153 –
154 –        break;
155 –      case Token::molindex:
156 –        break;
187        case Token::identifier:
188 <        stack[sp++] = lookupIdentifierValue((std::string)instruction.value);
188 >        stack.push(lookupValue(boost::any_cast<std::string>(instruction.value)));
189          break;
190        case Token::opLT:
191        case Token::opLE:
# Line 163 | Line 193 | void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(){
193        case Token::opGT:
194        case Token::opEQ:
195        case Token::opNE:
196 <        bs = stack[sp++] = new BitSet();
167 <        comparatorInstruction(instruction, bs);
196 >        stack.push(comparatorInstruction(instruction));
197          break;
198        default:
199          unrecognizedExpression();
200        }
201      }
202 <    if (sp != 1)
202 >    if (stack.size() != 1)
203        evalError("atom expression compiler error - stack over/underflow");
204 <    return stack[0];
204 >          
205 >    return stack.top();
206    }
207  
208  
209  
210 <  void SelectionEvaluator::comparatorInstruction(Token instruction, BitSet bs) {
210 > BitSet SelectionEvaluator::comparatorInstruction(const Token& instruction) {
211      int comparator = instruction.tok;
212      int property = instruction.intValue;
213 <    float propertyValue = 0; // just for temperature
214 <    int comparisonValue = ((Integer)instruction.value).intValue();
215 <    int numberOfAtoms = viewer.getAtomCount();
216 <    Frame frame = viewer.getFrame();
217 <    for (int i = 0; i < numberOfAtoms; ++i) {
218 <      Atom atom = frame.getAtomAt(i);
219 <      switch (property) {
220 <      case Token::mass:
221 <        //propertyValue = atom.getAtomNumber();
222 <        break;
223 <      case Token::charge:
213 >    float comparisonValue = boost::any_cast<float>(instruction.value);
214 >    float propertyValue;
215 >    BitSet bs(nStuntDouble);
216 >    bs.clearAll();
217 >    
218 >    SimInfo::MoleculeIterator mi;
219 >    Molecule* mol;
220 >    Molecule::AtomIterator ai;
221 >    Atom* atom;
222 >    Molecule::RigidBodyIterator rbIter;
223 >    RigidBody* rb;
224 >    
225 >    for (mol = info->beginMolecule(mi); mol != NULL; mol = info->nextMolecule(mi)) {
226  
227 <        break;
228 <      case Token::dipole:
229 <
230 <        break;
231 <      default:
232 <        unrecognizedAtomProperty(property);
233 <      }
234 <      bool match = false;
235 <      switch (comparator) {
204 <      case Token::opLT:
205 <        match = propertyValue < comparisonValue;
206 <        break;
207 <      case Token::opLE:
208 <        match = propertyValue <= comparisonValue;
209 <        break;
210 <      case Token::opGE:
211 <        match = propertyValue >= comparisonValue;
212 <        break;
213 <      case Token::opGT:
214 <        match = propertyValue > comparisonValue;
215 <        break;
216 <      case Token::opEQ:
217 <        match = propertyValue == comparisonValue;
218 <        break;
219 <      case Token::opNE:
220 <        match = propertyValue != comparisonValue;
221 <        break;
222 <      }
223 <      if (match)
224 <        bs.set(i);
225 <    }
226 <  }
227 >        for(atom = mol->beginAtom(ai); atom != NULL; atom = mol->nextAtom(ai)) {
228 >            compareProperty(atom, bs, property, comparator, comparisonValue);
229 >        }
230 >        
231 >        //change the positions of atoms which belong to the rigidbodies
232 >        for (rb = mol->beginRigidBody(rbIter); rb != NULL; rb = mol->nextRigidBody(rbIter)) {
233 >            compareProperty(rb, bs, property, comparator, comparisonValue);
234 >        }        
235 >    }
236  
237 < void SelectionEvaluator::withinInstruction(const Token& instruction, BitSet& bs, BitSet& bsResult)
237 >    return bs;
238 > }
239  
240 + void SelectionEvaluator::compareProperty(StuntDouble* sd, BitSet& bs, int property, int comparator, float comparisonValue) {
241 +        double propertyValue;
242 +        switch (property) {
243 +        case Token::mass:
244 +            propertyValue = sd->getMass();
245 +            break;
246 +        case Token::charge:
247 +            return;
248 +            //break;
249 +        case Token::dipole:
250 +            return;
251 +            //break;
252 +        default:
253 +            unrecognizedAtomProperty(property);
254 +        }
255 +        
256 +        bool match = false;
257 +        switch (comparator) {
258 +            case Token::opLT:
259 +                match = propertyValue < comparisonValue;
260 +                break;
261 +            case Token::opLE:
262 +                match = propertyValue <= comparisonValue;
263 +                break;
264 +            case Token::opGE:
265 +                match = propertyValue >= comparisonValue;
266 +                break;
267 +            case Token::opGT:
268 +                match = propertyValue > comparisonValue;
269 +                break;
270 +            case Token::opEQ:
271 +                match = propertyValue == comparisonValue;
272 +                break;
273 +            case Token::opNE:
274 +                match = propertyValue != comparisonValue;
275 +                break;
276 +        }
277 +        if (match)
278 +            bs.setBitOn(sd->getGlobalIndex());
279 +
280 + }
281 +
282 + void SelectionEvaluator::withinInstruction(const Token& instruction, BitSet& bs){
283 +    
284      boost::any withinSpec = instruction.value;
285 +    float distance;
286      if (withinSpec.type() == typeid(float)){
287 <        withinDistance(boost::any_cast<float>(withinSpec), bs, bsResult);
288 <        return;
287 >        distance = boost::any_cast<float>(withinSpec);
288 >    } else if (withinSpec.type() == typeid(int)) {
289 >        distance = boost::any_cast<int>(withinSpec);    
290 >    } else {
291 >        evalError("casting error in withinInstruction");
292 >        bs.clearAll();
293      }
294      
295 <    evalError("Unrecognized within parameter:" + withinSpec);
295 >    bs = distanceFinder.find(bs, distance);            
296   }
297  
298 <  void SelectionEvaluator::withinDistance(float distance, const BitSet& bs, const BitSet& bsResult) {
240 <    Frame frame = viewer.getFrame();
241 <    for (int i = frame.getAtomCount(); --i >= 0; ) {
242 <      if (bs.get(i)) {
243 <        Atom atom = frame.getAtomAt(i);
244 <        AtomIterator iterWithin =
245 <          frame.getWithinIterator(atom, distance);
246 <        while (iterWithin.hasNext())
247 <          bsResult.set(iterWithin.next().getAtomIndex());
248 <      }
249 <    }
250 <  }
251 <
252 <  void SelectionEvaluator::define() {
298 > void SelectionEvaluator::define() {
299      assert(statement.size() >= 3);
300  
301      std::string variable = boost::any_cast<std::string>(statement[1].value);
302 <    
302 >
303      variables.insert(std::make_pair(variable, expression(statement, 2)));
258 –  }
304   }
305  
306 +
307   /** @todo */
308   void SelectionEvaluator::predefine(const std::string& script) {
309  
# Line 272 | Line 318 | void SelectionEvaluator::predefine(const std::string&
318          if (statement.size() > 2) {
319              int tok = statement[1].tok;
320              if (tok == Token::identifier || (tok & Token::predefinedset) == Token::predefinedset) {
321 <                std::string variable = (std::string)statement[1].value;
321 >                std::string variable = boost::any_cast<std::string>(statement[1].value);
322                  variables.insert(std::make_pair(variable, statement));
323  
324              } else {
# Line 290 | Line 336 | void SelectionEvaluator::predefine(const std::string&
336  
337   }
338  
339 < void SelectionEvaluator::select(){
340 <    viewer.setSelectionSet(expression(statement, 1));
339 > void SelectionEvaluator::select(BitSet& bs){
340 >    bs = expression(statement, 1);
341   }
342  
343   BitSet SelectionEvaluator::lookupValue(const std::string& variable){
344  
345 +    BitSet bs(nStuntDouble);
346      std::map<std::string, boost::any>::iterator i = variables.find(variable);
347 <
347 >    
348      if (i != variables.end()) {
349          if (i->second.type() == typeid(BitSet)) {
350              return boost::any_cast<BitSet>(i->second);
351          } else if (i->second.type() ==  typeid(std::vector<Token>)){
352 <            BitSet bs = expression(boost::any_cast(i->second), 2);
352 >            bs = expression(boost::any_cast<std::vector<Token> >(i->second), 2);
353              i->second =  bs; /**@todo fixme */
354              return bs;
355          }
356 +    } else {
357 +        unrecognizedIdentifier(variable);
358      }
359  
360 +    return bs;
361   }
362  
363 + BitSet SelectionEvaluator::nameInstruction(const std::string& name){
364 +    
365 +    return nameFinder.match(name);
366 +
367 + }    
368 +
369 + bool SelectionEvaluator::containDynamicToken(const std::vector<Token>& tokens){
370 +    std::vector<Token>::const_iterator i;
371 +    for (i = tokens.begin(); i != tokens.end(); ++i) {
372 +        if (i->tok & Token::dynamic) {
373 +            return true;
374 +        }
375 +    }
376 +
377 +    return false;
378 + }    
379 +
380 + void SelectionEvaluator::clearDefinitionsAndLoadPredefined() {
381 +    variables.clear();
382 +    //load predefine
383 +    //predefine();
384   }
385 +
386 + BitSet SelectionEvaluator::evaluate() {
387 +    BitSet bs(nStuntDouble);
388 +    if (isLoaded_) {
389 +        pc = 0;
390 +        instructionDispatchLoop(bs);
391 +    }
392 +
393 +    return bs;
394 + }
395 +
396 + BitSet SelectionEvaluator::indexInstruction(const boost::any& value) {
397 +    BitSet bs(nStuntDouble);
398 +
399 +    if (value.type() == typeid(int)) {
400 +        int index = boost::any_cast<int>(value);
401 +        if (index < 0 || index >= bs.size()) {
402 +            invalidIndex(index);
403 +        } else {
404 +            bs.setBitOn(index);
405 +        }
406 +    } else if (value.type() == typeid(std::pair<int, int>)) {
407 +        std::pair<int, int> indexRange= boost::any_cast<std::pair<int, int> >(value);
408 +        assert(indexRange.first <= indexRange.second);
409 +        if (indexRange.first < 0 || indexRange.second >= bs.size()) {
410 +            invalidIndexRange(indexRange);
411 +        }else {
412 +            bs.setRangeOn(indexRange.first, indexRange.second);
413 +        }
414 +    }
415 +
416 +    return bs;
417 + }
418 +
419 + //BitSet SelectionEvaluator::evaluate(int frameNo) {
420 + //
421 + //}
422 +
423 + }

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