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root/OpenMD/trunk/src/selection/SelectionEvaluator.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/selection/SelectionEvaluator.cpp (file contents):
Revision 278 by tim, Tue Feb 1 22:49:23 2005 UTC vs.
Revision 281 by tim, Wed Feb 2 23:13:11 2005 UTC

# Line 61 | Line 61 | void SelectionEvaluator::clearState() {
61  
62   void SelectionEvaluator::clearState() {
63      for (int i = scriptLevelMax; --i >= 0; )
64 <        stack[i] = null;
64 >        stack[i].clear();
65      scriptLevel = 0;
66      error = false;
67 <    errorMessage = null;
67 >    errorMessage = "";
68   }
69  
70   bool SelectionEvaluator::loadScriptString(const std::string& script) {
71      clearState();
72 <    return loadScript(null, script);
72 >    return loadScript("", script);
73   }
74  
75   bool SelectionEvaluator::loadScriptFile(const std::string& filename) {
# Line 80 | Line 80 | void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(){
80  
81   void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(){
82  
83 <    while ( pc < aatoken.length) {
83 >    while ( pc < aatoken.size()) {
84          statement = aatoken[pc++];
85 <        statementLength = statement.length;
85 >        statementLength = statement.size();
86          Token token = statement[0];
87          switch (token.tok) {
88 <            case Token.define:
88 >            case Token::define:
89                  define();
90              break;
91 <            case Token.select:
91 >            case Token::select:
92                  select();
93              break;
94              default:
# Line 98 | Line 98 | void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(){
98      }
99   }
100  
101 <  void SelectionEvaluator::predefine(String script) {
101 >  void SelectionEvaluator::predefine(const std::string& script) {
102      if (compiler.compile("#predefine", script)) {
103 <      Token [][] aatoken = compiler.getAatokenCompiled();
104 <      if (aatoken.length != 1) {
103 >      std::vector<std::vector<Token> > aatoken = compiler.getAatokenCompiled();
104 >      if (aatoken.size() != 1) {
105          viewer.scriptStatus("predefinition does not have exactly 1 command:"
106                              + script);
107          return;
108        }
109 <      Token[] statement = aatoken[0];
110 <      if (statement.length > 2) {
109 >
110 >      std::vector<Token> statement = aatoken[0];
111 >
112 >      if (statement.size() > 2) {
113          int tok = statement[1].tok;
114 <        if (tok == Token.identifier ||
115 <            (tok & Token.predefinedset) == Token.predefinedset) {
116 <          String variable = (String)statement[1].value;
114 >        if (tok == Token::identifier ||
115 >            (tok & Token::predefinedset) == Token::predefinedset) {
116 >          std::string variable = (std::string)statement[1].value;
117            variables.put(variable, statement);
118          } else {
119            viewer.scriptStatus("invalid variable name:" + script);
# Line 127 | Line 129 | void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(){
129  
130  
131  
132 <  BitSet SelectionEvaluator::expression(Token[] code, int pcStart) throws ScriptException {
132 >  BitSet SelectionEvaluator::expression(std::vector<Token>& code, int pcStart) {
133      int numberOfAtoms = viewer.getAtomCount();
134      BitSet bs;
135      BitSet[] stack = new BitSet[10];
# Line 138 | Line 140 | void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(){
140        if (logMessages)
141          viewer.scriptStatus("instruction=" + instruction);
142        switch (instruction.tok) {
143 <      case Token.expressionBegin:
143 >      case Token::expressionBegin:
144          break;
145 <      case Token.expressionEnd:
145 >      case Token::expressionEnd:
146          break expression_loop;
147 <      case Token.all:
147 >      case Token::all:
148          bs = stack[sp++] = new BitSet(numberOfAtoms);
149          for (int i = numberOfAtoms; --i >= 0; )
150            bs.set(i);
151          break;
152 <      case Token.none:
152 >      case Token::none:
153          stack[sp++] = new BitSet();
154          break;
155 <      case Token.opOr:
155 >      case Token::opOr:
156          bs = stack[--sp];
157          stack[sp-1].or(bs);
158          break;
159 <      case Token.opAnd:
159 >      case Token::opAnd:
160          bs = stack[--sp];
161          stack[sp-1].and(bs);
162          break;
163 <      case Token.opNot:
163 >      case Token::opNot:
164          bs = stack[sp - 1];
165          notSet(bs);
166          break;
167 <      case Token.within:
167 >      case Token::within:
168          bs = stack[sp - 1];
169          stack[sp - 1] = new BitSet();
170          withinInstruction(instruction, bs, stack[sp - 1]);
171          break;
172 <      case Token.selected:
172 >      case Token::selected:
173          stack[sp++] = copyBitSet(viewer.getSelectionSet());
174          break;
175 <      case Token.y:
176 <      case Token.amino:
175 <      case Token.backbone:
176 <      case Token.solvent:
177 <      case Token.identifier:
178 <      case Token.sidechain:
179 <      case Token.surface:
180 <        stack[sp++] = lookupIdentifierValue((String)instruction.value);
175 >      case Token::name:
176 >
177          break;
178 <      case Token.opLT:
179 <      case Token.opLE:
180 <      case Token.opGE:
181 <      case Token.opGT:
182 <      case Token.opEQ:
183 <      case Token.opNE:
178 >      case  Token::index:
179 >        
180 >        break;
181 >      case Token::molname:  
182 >
183 >        break;
184 >      case Token::molindex:
185 >        break;
186 >      case Token::identifier:
187 >        stack[sp++] = lookupIdentifierValue((std::string)instruction.value);
188 >        break;
189 >      case Token::opLT:
190 >      case Token::opLE:
191 >      case Token::opGE:
192 >      case Token::opGT:
193 >      case Token::opEQ:
194 >      case Token::opNE:
195          bs = stack[sp++] = new BitSet();
196          comparatorInstruction(instruction, bs);
197          break;
# Line 209 | Line 216 | void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(){
216      for (int i = 0; i < numberOfAtoms; ++i) {
217        Atom atom = frame.getAtomAt(i);
218        switch (property) {
219 <      case Token.atomno:
220 <        propertyValue = atom.getAtomNumber();
219 >      case Token::mass:
220 >        //propertyValue = atom.getAtomNumber();
221          break;
222 <      case Token.elemno:
223 <        propertyValue = atom.getElementNumber();
222 >      case Token::charge:
223 >
224          break;
225 <      case Token.temperature:
226 <        propertyValue = atom.getBfactor100();
220 <        if (propertyValue < 0)
221 <          continue;
222 <        propertyValue /= 100;
225 >      case Token::dipole:
226 >
227          break;
224 –      case Token._atomID:
225 –        propertyValue = atom.getSpecialAtomID();
226 –        if (propertyValue < 0)
227 –          continue;
228 –        break;
229 –      case Token._structure:
230 –        propertyValue = getProteinStructureType(atom);
231 –        if (propertyValue == -1)
232 –          continue;
233 –        break;
234 –      case Token.radius:
235 –        propertyValue = atom.getRasMolRadius();
236 –        break;
237 –      case Token._bondedcount:
238 –        propertyValue = atom.getCovalentBondCount();
239 –        break;
240 –      case Token.model:
241 –        propertyValue = atom.getModelTagNumber();
242 –        break;
228        default:
229          unrecognizedAtomProperty(property);
230        }
231 <      boolean match = false;
231 >      bool match = false;
232        switch (comparator) {
233 <      case Token.opLT:
233 >      case Token::opLT:
234          match = propertyValue < comparisonValue;
235          break;
236 <      case Token.opLE:
236 >      case Token::opLE:
237          match = propertyValue <= comparisonValue;
238          break;
239 <      case Token.opGE:
239 >      case Token::opGE:
240          match = propertyValue >= comparisonValue;
241          break;
242 <      case Token.opGT:
242 >      case Token::opGT:
243          match = propertyValue > comparisonValue;
244          break;
245 <      case Token.opEQ:
245 >      case Token::opEQ:
246          match = propertyValue == comparisonValue;
247          break;
248 <      case Token.opNE:
248 >      case Token::opNE:
249          match = propertyValue != comparisonValue;
250          break;
251        }
# Line 269 | Line 254 | void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(){
254      }
255    }
256  
257 < void SelectionEvaluator::withinInstruction(Token instruction, BitSet bs, BitSet bsResult)
257 > void SelectionEvaluator::withinInstruction(const Token& instruction, BitSet& bs, BitSet& bsResult)
258  
259 <    Object withinSpec = instruction.value;
259 >    boost::any withinSpec = instruction.value;
260      if (withinSpec instanceof Float) {
261          withinDistance(((Float)withinSpec).floatValue(), bs, bsResult);
262          return;
# Line 292 | Line 277 | void SelectionEvaluator::withinInstruction(Token instr
277      }
278    }
279  
280 <  void SelectionEvaluator::define() throws ScriptException {
281 <    String variable = (String)statement[1].value;
282 <    variables.put(variable, (expression(statement, 2)));
280 >  void SelectionEvaluator::define() {
281 >    std::string variable = (std::string)statement[1].value;
282 >    variables.insert(std::make_pair(variable, expression(statement, 2)));
283    }
284   }
285  
286    void SelectionEvaluator::predefine(Token[] statement) {
287 <    String variable = (String)statement[1].value;
287 >    std::string variable = (std::string)statement[1].value;
288      variables.put(variable, statement);
289    }
290  
291    void SelectionEvaluator::select(){
307 –    // NOTE this is called by restrict()
308 –    if (statementLength == 1) {
309 –      viewer.selectAll();
310 –      if (!viewer.getRasmolHydrogenSetting())
311 –        viewer.excludeSelectionSet(getHydrogenSet());
312 –      if (!viewer.getRasmolHeteroSetting())
313 –        viewer.excludeSelectionSet(getHeteroSet());
314 –    } else {
292        viewer.setSelectionSet(expression(statement, 1));
316 –    }
317 –    viewer.scriptStatus("" + viewer.getSelectionCount() + " atoms selected");
293    }
294    
295    }

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