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root/group/branches/new_design/OOPSE-3.0/src/brains/Snapshot.hpp
(Generate patch)

Comparing:
trunk/OOPSE-3.0/src/brains/Snapshot.hpp (file contents), Revision 1615 by tim, Wed Oct 20 05:52:25 2004 UTC vs.
branches/new_design/OOPSE-3.0/src/brains/Snapshot.hpp (file contents), Revision 1765 by tim, Mon Nov 22 20:55:52 2004 UTC

# Line 30 | Line 30
30    * @time 23:56am
31    * @version 1.0
32    */
33 +  
34   #ifndef BRAINS_SNAPSHOT_HPP
35   #define BRAINS_SNAPSHOT_HPP
36 +
37 + #include <vector>
38 +
39 + #include "brains/DataStorage.hpp"
40 + #include "brains/Stats.hpp"
41 +
42 + using namespace std;
43 +
44   namespace oopse{
45  
46      /**
47       * @class Snapshot Snapshot.hpp "brains/Snapshot.hpp"
48       * @brief Snapshot class is a repository class for storing dynamic data during
49       *  Simulation
50 <     * @see SimData
50 >     * Every snapshot class will contain one DataStorage  for atoms and one DataStorage
51 >     *  for rigid bodies.
52       */
53      class Snapshot {
54          public:
55              
56 <            PropertyMap properties_;
56 >            Snapshot(int nAtoms, int nRigidbodies) : currentTime_(0), chi_(0), integralOfChiDt_(0), eta_(0) {
57 >                atomData.resize(nAtoms);
58 >                rigidbodyData.resize(nRigidbodies);
59 >            }
60 >
61              
62 +            /** Returns the id of this Snapshot */
63 +            int getID() {
64 +                return id_;
65 +            }
66 +
67 +            /** Sets the id of this Snapshot */
68 +            void setID(int id) {
69 +                id_ = id;
70 +            }
71 +
72 +            int getSize() {
73 +                return atomData.getSize() + rigidbodyData.getSize();
74 +            }
75 +
76 +            /** Returns the number of atoms */
77 +            int getNumberOfAtoms() {
78 +                return atomData.getSize();
79 +            }
80 +
81 +            /** Returns the number of rigid bodies */
82 +            int getNumberOfRigidBodies() {
83 +                return rigidbodyData.getSize();
84 +            }
85 +
86 +            /** Returns the H-Matrix */
87 +            Mat3x3d getHmat() {
88 +                return hmat_;
89 +            }
90 +
91 +            /** Sets the H-Matrix */
92 +            void setHmat(const Mat3x3d& m) {
93 +                hmat_ = m;
94 +                invHmat_ = hmat_.inverse();
95 +                
96 +                //notify fortran Hmat is changed
97 +                double fortranHmat[9];
98 +                double fortranInvHmat[9];
99 +                hmat_.getArray(fortranHmat);
100 +                invHmat_.getArray(fortranInvHmat);
101 +                setFortranBox(fortranHmat, fortranInvHmat, &orthoRhombic_);
102 +            }
103 +
104 +            void getVolume() {
105 +                return hmat_.determinant();
106 +            }
107 +
108 +            /** Returns the inverse H-Matrix */
109 +            Mat3x3d getInvHmat() {
110 +                return invHmat_;
111 +            }
112 +
113 +            /** Wrapping the vector according to periodic boundary condition*/
114 +            void wrapVector(Vector3d& v);
115 +
116 +            
117 +            double getTime() {
118 +                return currentTime_;
119 +            }
120 +
121 +            void setTime(double time) {
122 +                currentTime_ =time;
123 +                //time at statData is redundant
124 +                statData[Stats::TIME] = currentTime_;
125 +            }
126 +
127 +            double getChi() {
128 +                return chi_;
129 +            }
130 +
131 +            void setChi(double chi) {
132 +                chi_ = chi;
133 +            }
134 +
135 +            double getIntegralOfChiDt() {
136 +                return integralOfChiDt_;
137 +            }
138 +
139 +            void setIntegralOfChiDt(double integralOfChiDt) {
140 +                integralOfChiDt_ = integralOfChiDt;
141 +            }
142 +            
143 +            Mat3x3d getEta() {
144 +                return eta_;
145 +            }
146 +
147 +            void setEta(const Mat3x3d& eta) {
148 +                eta_ = eta;
149 +            }
150 +            
151 +            DataStorage atomData;
152 +            DataStorage rigidbodyData;
153 +            Stats statData;
154 +            
155          private:
156 +            double currentTime_;
157 +
158 +            Mat3x3d hmat_;
159 +            Mat3x3d invHmat_;
160 +            int orthoRhombic_;
161 +
162 +            double chi_;
163 +            double integralOfChiDt_;
164 +            Mat3x3d eta_;
165              
166 +            int id_; /**< identification number of the snapshot */
167      };
168  
169 +    typedef DataStorage (Snapshot::*DataStoragePointer);
170   }
171   #endif //BRAINS_SNAPSHOT_HPP

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