ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/group/branches/new_design/OOPSE-3.0/src/brains/Snapshot.hpp
(Generate patch)

Comparing:
trunk/OOPSE-3.0/src/brains/Snapshot.hpp (file contents), Revision 1630 by tim, Thu Oct 21 21:31:39 2004 UTC vs.
branches/new_design/OOPSE-3.0/src/brains/Snapshot.hpp (file contents), Revision 1765 by tim, Mon Nov 22 20:55:52 2004 UTC

# Line 30 | Line 30
30    * @time 23:56am
31    * @version 1.0
32    */
33 +  
34   #ifndef BRAINS_SNAPSHOT_HPP
35   #define BRAINS_SNAPSHOT_HPP
36  
37   #include <vector>
38  
39 < #include "math/Vector3.hpp"
40 < #include "math/SquareMatrix3.hpp"
39 > #include "brains/DataStorage.hpp"
40 > #include "brains/Stats.hpp"
41  
42   using namespace std;
43  
# Line 46 | Line 47 | namespace oopse{
47       * @class Snapshot Snapshot.hpp "brains/Snapshot.hpp"
48       * @brief Snapshot class is a repository class for storing dynamic data during
49       *  Simulation
50 <     * @see SimData
50 >     * Every snapshot class will contain one DataStorage  for atoms and one DataStorage
51 >     *  for rigid bodies.
52       */
53      class Snapshot {
54          public:
55 <
56 <            Snapshot(int i) {
57 <
55 >            
56 >            Snapshot(int nAtoms, int nRigidbodies) : currentTime_(0), chi_(0), integralOfChiDt_(0), eta_(0) {
57 >                atomData.resize(nAtoms);
58 >                rigidbodyData.resize(nRigidbodies);
59              }
60  
58 –            Snapshot(const Snapshot& s);
59 –
60 –            Snapshot& operator =(const Snapshot& s);
61              
62              /** Returns the id of this Snapshot */
63              int getID() {
# Line 69 | Line 69 | namespace oopse{
69                  id_ = id;
70              }
71  
72 <            /** */
73 <            Snapshot* clone() {
74 <                return new Snapshot(*this);
72 >            int getSize() {
73 >                return atomData.getSize() + rigidbodyData.getSize();
74              }
75  
76 +            /** Returns the number of atoms */
77 +            int getNumberOfAtoms() {
78 +                return atomData.getSize();
79 +            }
80  
81 <            //template<typename T>
82 <            //static typename T::ElemPointerType getArrayPointer(vector<T>& v) {
83 <            //    return v[0]->getArrayPointer();
84 <            //}
81 >            /** Returns the number of rigid bodies */
82 >            int getNumberOfRigidBodies() {
83 >                return rigidbodyData.getSize();
84 >            }
85  
86 <            static double* getArrayPointer(vector<Vector3d>& v) {
87 <                return v[0].getArrayPointer();
86 >            /** Returns the H-Matrix */
87 >            Mat3x3d getHmat() {
88 >                return hmat_;
89              }
90 +
91 +            /** Sets the H-Matrix */
92 +            void setHmat(const Mat3x3d& m) {
93 +                hmat_ = m;
94 +                invHmat_ = hmat_.inverse();
95 +                
96 +                //notify fortran Hmat is changed
97 +                double fortranHmat[9];
98 +                double fortranInvHmat[9];
99 +                hmat_.getArray(fortranHmat);
100 +                invHmat_.getArray(fortranInvHmat);
101 +                setFortranBox(fortranHmat, fortranInvHmat, &orthoRhombic_);
102 +            }
103 +
104 +            void getVolume() {
105 +                return hmat_.determinant();
106 +            }
107 +
108 +            /** Returns the inverse H-Matrix */
109 +            Mat3x3d getInvHmat() {
110 +                return invHmat_;
111 +            }
112 +
113 +            /** Wrapping the vector according to periodic boundary condition*/
114 +            void wrapVector(Vector3d& v);
115 +
116              
117 <            static double* getArrayPointer(vector<RotMat3x3d>& v) {
118 <                return v[0].getArrayPointer();
117 >            double getTime() {
118 >                return currentTime_;
119              }
120 +
121 +            void setTime(double time) {
122 +                currentTime_ =time;
123 +                //time at statData is redundant
124 +                statData[Stats::TIME] = currentTime_;
125 +            }
126 +
127 +            double getChi() {
128 +                return chi_;
129 +            }
130 +
131 +            void setChi(double chi) {
132 +                chi_ = chi;
133 +            }
134 +
135 +            double getIntegralOfChiDt() {
136 +                return integralOfChiDt_;
137 +            }
138 +
139 +            void setIntegralOfChiDt(double integralOfChiDt) {
140 +                integralOfChiDt_ = integralOfChiDt;
141 +            }
142              
143 <            static double* getArrayPointer(vector<double>& v) {
144 <                assert(v.size() > 0);
93 <                return &(v[0]);
143 >            Mat3x3d getEta() {
144 >                return eta_;
145              }
146 +
147 +            void setEta(const Mat3x3d& eta) {
148 +                eta_ = eta;
149 +            }
150              
151 <            vector<Vector3d> pos;
152 <            vector<Vector3d> vel;
153 <            vector<Vector3d> frc;
99 <            vector<Vector3d> trq;
100 <            vector<RotMat3x3d> Amat;
101 <            vector<Vector3d> mu;
102 <            vector<Vector3d> ul;
103 <            vector<double> zAngle;
151 >            DataStorage atomData;
152 >            DataStorage rigidbodyData;
153 >            Stats statData;
154              
155          private:
156 +            double currentTime_;
157  
158 +            Mat3x3d hmat_;
159 +            Mat3x3d invHmat_;
160 +            int orthoRhombic_;
161 +
162 +            double chi_;
163 +            double integralOfChiDt_;
164 +            Mat3x3d eta_;
165 +            
166              int id_; /**< identification number of the snapshot */
167      };
168  
169 +    typedef DataStorage (Snapshot::*DataStoragePointer);
170   }
171   #endif //BRAINS_SNAPSHOT_HPP

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines