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root/group/branches/new_design/OOPSE-3.0/src/brains/Snapshot.hpp
(Generate patch)

Comparing:
trunk/OOPSE-3.0/src/brains/Snapshot.hpp (file contents), Revision 1639 by tim, Fri Oct 22 23:09:57 2004 UTC vs.
branches/new_design/OOPSE-3.0/src/brains/Snapshot.hpp (file contents), Revision 1765 by tim, Mon Nov 22 20:55:52 2004 UTC

# Line 36 | Line 36
36  
37   #include <vector>
38  
39 < #include "math/Vector3.hpp"
40 < #include "math/SquareMatrix3.hpp"
39 > #include "brains/DataStorage.hpp"
40 > #include "brains/Stats.hpp"
41  
42   using namespace std;
43  
44   namespace oopse{
45  
46 –    //forward declaration
47 –    class Snapshot;
48 –    class SnapshotManager;
49 –
46      /**
51 –     * @struct DataStorage
52 –     * @brief
53 –     */
54 –    class DataStorage {
55 –        public:
56 –            DataStorage() {};
57 –            DataStorage(size_t size);
58 –            void resize(size_t size);
59 –            void reserve(size_t size);
60 –            
61 –        //friend Snapshot;
62 –        //friend SnapshotManager;
63 –        //private:
64 –            vector<Vector3d> position;               /** position array */
65 –            vector<Vector3d> velocity;               /** velocity array */
66 –            vector<RotMat3x3d> Amat;            /** rotation matrix array */
67 –            vector<Vector3d> angularMomentum;/** velocity array */
68 –            vector<Vector3d> ul;                /** the lab frame unit vector array*/
69 –            vector<double> zAngle;              /** z -angle array */        
70 –            vector<Vector3d> force;               /** force array */
71 –            vector<Vector3d> torque;               /** torque array */
72 –
73 –    };
74 –
75 –    /**
47       * @class Snapshot Snapshot.hpp "brains/Snapshot.hpp"
48       * @brief Snapshot class is a repository class for storing dynamic data during
49       *  Simulation
50       * Every snapshot class will contain one DataStorage  for atoms and one DataStorage
51       *  for rigid bodies.
81 –     * @see SimData
52       */
53      class Snapshot {
54          public:
55              
56 <            Snapshot() {}
57 <            Snapshot(int i) {
58 <
56 >            Snapshot(int nAtoms, int nRigidbodies) : currentTime_(0), chi_(0), integralOfChiDt_(0), eta_(0) {
57 >                atomData.resize(nAtoms);
58 >                rigidbodyData.resize(nRigidbodies);
59              }
60  
91 –            Snapshot(const Snapshot& s);
92 –
93 –            Snapshot& operator =(const Snapshot& s);
61              
62              /** Returns the id of this Snapshot */
63              int getID() {
# Line 102 | Line 69 | namespace oopse{
69                  id_ = id;
70              }
71  
72 <            //template<typename T>
73 <            //static typename T::ElemPointerType getArrayPointer(vector<T>& v) {
74 <            //    return v[0]->getArrayPointer();
108 <            //}
72 >            int getSize() {
73 >                return atomData.getSize() + rigidbodyData.getSize();
74 >            }
75  
76 <            static double* getArrayPointer(vector<Vector3d>& v) {
77 <                assert(v.size() > 0);
78 <                return v[0].getArrayPointer();
76 >            /** Returns the number of atoms */
77 >            int getNumberOfAtoms() {
78 >                return atomData.getSize();
79              }
80 <            
81 <            static double* getArrayPointer(vector<RotMat3x3d>& v) {
82 <                assert(v.size() > 0);
83 <                return v[0].getArrayPointer();
80 >
81 >            /** Returns the number of rigid bodies */
82 >            int getNumberOfRigidBodies() {
83 >                return rigidbodyData.getSize();
84              }
85 <            
86 <            static double* getArrayPointer(vector<double>& v) {
87 <                assert(v.size() > 0);
88 <                return &(v[0]);
85 >
86 >            /** Returns the H-Matrix */
87 >            Mat3x3d getHmat() {
88 >                return hmat_;
89              }
90 +
91 +            /** Sets the H-Matrix */
92 +            void setHmat(const Mat3x3d& m) {
93 +                hmat_ = m;
94 +                invHmat_ = hmat_.inverse();
95 +                
96 +                //notify fortran Hmat is changed
97 +                double fortranHmat[9];
98 +                double fortranInvHmat[9];
99 +                hmat_.getArray(fortranHmat);
100 +                invHmat_.getArray(fortranInvHmat);
101 +                setFortranBox(fortranHmat, fortranInvHmat, &orthoRhombic_);
102 +            }
103 +
104 +            void getVolume() {
105 +                return hmat_.determinant();
106 +            }
107 +
108 +            /** Returns the inverse H-Matrix */
109 +            Mat3x3d getInvHmat() {
110 +                return invHmat_;
111 +            }
112 +
113 +            /** Wrapping the vector according to periodic boundary condition*/
114 +            void wrapVector(Vector3d& v);
115 +
116              
117 <            /** */
118 <            void resize(size_t size);
117 >            double getTime() {
118 >                return currentTime_;
119 >            }
120  
121 +            void setTime(double time) {
122 +                currentTime_ =time;
123 +                //time at statData is redundant
124 +                statData[Stats::TIME] = currentTime_;
125 +            }
126  
127 <            /** */
128 <            void reserve(size_t size);
127 >            double getChi() {
128 >                return chi_;
129 >            }
130  
131 +            void setChi(double chi) {
132 +                chi_ = chi;
133 +            }
134 +
135 +            double getIntegralOfChiDt() {
136 +                return integralOfChiDt_;
137 +            }
138 +
139 +            void setIntegralOfChiDt(double integralOfChiDt) {
140 +                integralOfChiDt_ = integralOfChiDt;
141 +            }
142 +            
143 +            Mat3x3d getEta() {
144 +                return eta_;
145 +            }
146 +
147 +            void setEta(const Mat3x3d& eta) {
148 +                eta_ = eta;
149 +            }
150 +            
151              DataStorage atomData;
152              DataStorage rigidbodyData;
153 <
154 <            friend class SnapshotManager;
153 >            Stats statData;
154 >            
155          private:
156 +            double currentTime_;
157  
158 +            Mat3x3d hmat_;
159 +            Mat3x3d invHmat_;
160 +            int orthoRhombic_;
161 +
162 +            double chi_;
163 +            double integralOfChiDt_;
164 +            Mat3x3d eta_;
165 +            
166              int id_; /**< identification number of the snapshot */
167      };
168  
169 <    typedef DataStorage* (Snapshot::*DataStoragePointer);
169 >    typedef DataStorage (Snapshot::*DataStoragePointer);
170   }
171   #endif //BRAINS_SNAPSHOT_HPP

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