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root/group/branches/new_design/OOPSE-3.0/src/brains/Snapshot.hpp
(Generate patch)

Comparing:
trunk/OOPSE-3.0/src/brains/Snapshot.hpp (file contents), Revision 1645 by tim, Tue Oct 26 17:28:53 2004 UTC vs.
branches/new_design/OOPSE-3.0/src/brains/Snapshot.hpp (file contents), Revision 1765 by tim, Mon Nov 22 20:55:52 2004 UTC

# Line 36 | Line 36
36  
37   #include <vector>
38  
39 < #include "math/Vector3.hpp"
40 < #include "math/SquareMatrix3.hpp"
39 > #include "brains/DataStorage.hpp"
40 > #include "brains/Stats.hpp"
41  
42   using namespace std;
43  
44   namespace oopse{
45  
46 –
47 –    //forward declaration
48 –    class Snapshot;
49 –    class SnapshotManager;
50 –    class StuntDouble;
51 –    
46      /**
53 –     * @class DataStorage
54 –     * @warning do not try to insert element into (or ease element from) private member data
55 –     * of DataStorage directly.
56 –     */
57 –    class DataStorage {
58 –        public:
59 –
60 –            enum{
61 –                slPosition = 1,
62 –                slVelocity = 2,
63 –                slAmat = 4,
64 –                slAngularMomentum = 8,
65 –                slUnitVector = 16,
66 –                slZAngle = 32,
67 –                slForce = 64,
68 –                slTorque = 128
69 –            };
70 –            
71 –            DataStorage(int size);
72 –
73 –            /** return the size of this DataStorage */
74 –            int size();
75 –            void resize(int size);
76 –            void reserve(int size);
77 –
78 –            void move(int source, int num, int target);
79 –            int getStorageLayout();
80 –            void setStorageLayout(int layout);
81 –
82 –            double *getArrayPointer(int );
83 –
84 –            friend class StuntDouble;
85 –
86 –        private:
87 –            int size_;
88 –            int storageLayout_;
89 –            vector<Vector3d> position;               /** position array */
90 –            vector<Vector3d> velocity;               /** velocity array */
91 –            vector<RotMat3x3d> aMat;            /** rotation matrix array */
92 –            vector<Vector3d> angularMomentum;/** velocity array */
93 –            vector<Vector3d> unitVector;                /** the lab frame unit vector array*/
94 –            vector<double> zAngle;              /** z -angle array */        
95 –            vector<Vector3d> force;               /** force array */
96 –            vector<Vector3d> torque;               /** torque array */
97 –    };
98 –
99 –    /**
47       * @class Snapshot Snapshot.hpp "brains/Snapshot.hpp"
48       * @brief Snapshot class is a repository class for storing dynamic data during
49       *  Simulation
50       * Every snapshot class will contain one DataStorage  for atoms and one DataStorage
51       *  for rigid bodies.
105 –     * @see SimData
52       */
53      class Snapshot {
54          public:
55              
56 <            Snapshot(int nAtoms, int nRigidbodies) {
56 >            Snapshot(int nAtoms, int nRigidbodies) : currentTime_(0), chi_(0), integralOfChiDt_(0), eta_(0) {
57                  atomData.resize(nAtoms);
58                  rigidbodyData.resize(nRigidbodies);
59              }
60  
115 –            Snapshot(const Snapshot& s);
116 –
117 –            Snapshot& operator =(const Snapshot& s);
61              
62              /** Returns the id of this Snapshot */
63              int getID() {
# Line 126 | Line 69 | namespace oopse{
69                  id_ = id;
70              }
71  
129 –            //template<typename T>
130 –            //static typename T::ElemPointerType getArrayPointer(vector<T>& v) {
131 –            //    return v[0]->getArrayPointer();
132 –            //}
133 –
72              int getSize() {
73 <                return atomData.size() + rigidbodyData.size();
73 >                return atomData.getSize() + rigidbodyData.getSize();
74              }
75  
76              /** Returns the number of atoms */
77              int getNumberOfAtoms() {
78 <                return atomData.size();
78 >                return atomData.getSize();
79              }
80  
81              /** Returns the number of rigid bodies */
82              int getNumberOfRigidBodies() {
83 <                return rigidbodyData.size();
83 >                return rigidbodyData.getSize();
84              }
85  
86              /** Returns the H-Matrix */
# Line 151 | Line 89 | namespace oopse{
89              }
90  
91              /** Sets the H-Matrix */
92 <            void setHamt(const Mat3x3d& m) {
92 >            void setHmat(const Mat3x3d& m) {
93                  hmat_ = m;
94                  invHmat_ = hmat_.inverse();
95 +                
96 +                //notify fortran Hmat is changed
97 +                double fortranHmat[9];
98 +                double fortranInvHmat[9];
99 +                hmat_.getArray(fortranHmat);
100 +                invHmat_.getArray(fortranInvHmat);
101 +                setFortranBox(fortranHmat, fortranInvHmat, &orthoRhombic_);
102              }
103  
104 +            void getVolume() {
105 +                return hmat_.determinant();
106 +            }
107 +
108              /** Returns the inverse H-Matrix */
109              Mat3x3d getInvHmat() {
110 <                return invHmat_
110 >                return invHmat_;
111              }
112  
113 <            double getTimeStamp() {
114 <                return timeStamp_;
113 >            /** Wrapping the vector according to periodic boundary condition*/
114 >            void wrapVector(Vector3d& v);
115 >
116 >            
117 >            double getTime() {
118 >                return currentTime_;
119              }
120  
121 <            void setTimeStamp(double timeStamp) {
122 <                timeStamp_ =timeStamp;
121 >            void setTime(double time) {
122 >                currentTime_ =time;
123 >                //time at statData is redundant
124 >                statData[Stats::TIME] = currentTime_;
125              }
126  
127 +            double getChi() {
128 +                return chi_;
129 +            }
130  
131 +            void setChi(double chi) {
132 +                chi_ = chi;
133 +            }
134 +
135 +            double getIntegralOfChiDt() {
136 +                return integralOfChiDt_;
137 +            }
138 +
139 +            void setIntegralOfChiDt(double integralOfChiDt) {
140 +                integralOfChiDt_ = integralOfChiDt;
141 +            }
142 +            
143 +            Mat3x3d getEta() {
144 +                return eta_;
145 +            }
146 +
147 +            void setEta(const Mat3x3d& eta) {
148 +                eta_ = eta;
149 +            }
150 +            
151              DataStorage atomData;
152              DataStorage rigidbodyData;
153 +            Stats statData;
154              
176 –            friend class StuntDouble;
177 –            
155          private:
156 <            double timeStamp_;
156 >            double currentTime_;
157 >
158              Mat3x3d hmat_;
159              Mat3x3d invHmat_;
160 +            int orthoRhombic_;
161 +
162 +            double chi_;
163 +            double integralOfChiDt_;
164 +            Mat3x3d eta_;
165 +            
166              int id_; /**< identification number of the snapshot */
167      };
168  

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